мякРНК трипаносомы H/ACA-бокса
В молекулярной биологии некодирующие РНК ( нкРНК ) — это молекулы РНК, которые выполняют функцию, но не транслируются в белки. Малые ядрышковые РНК (мякРНК), один из крупнейших классов нкРНК, далее подразделяются на два основных семейства мякРНК C/D и H/ACA. мякРНК служат направляющими РНК для 2'-О-метилирования и псевдоуридилирования специфических нуклеотидов и указывают сайт модификации путем прямого спаривания оснований с целевой РНК. Большинство этих мякРНК ответственны за посттранскрипционную модификацию рибосомальных РНК ( рРНК ) и в некоторых случаях малых ядерных РНК (мРНК). Эти посттранскрипционные модификации имеют решающее значение для процессинга, стабильности и созревания рРНК. [ 1 ]
мяРНК H/ACA, которые управляют псевдоуридилированием в трипаносомах, состоят из одной шпильки, за которой следует AGA-бокс. [ 1 ] Эти мякРНК H/ACA содержат карман псевдоуридилирования, который направляет мякку H/ACA к нужной области ее целевой рРНК. Карман псевдоуридилирования обеспечивает модификацию правильного уридина, поскольку он содержит две короткие последовательности, комплементарные целевой РНК. Кроме того, он способен образовывать пары оснований с областями, фланкирующими уридин , нуждающимися в модификации. Трипаносомные мякРНК отличаются как по последовательности, так и по структуре от эукариотических мякРНК, поскольку они содержат одну стволовую петлю и AGA-бокс на 3'-конце. Несмотря на эти различия, трипаносомные мякРНК функционируют идентично эукариотическим мякРНК, и с момента открытия одноствольных мякРНК H/ACA у трипаносом, сходные одиночные шпилечные нкРНК были обнаружены у Archea и Euglena . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] В таблице ниже суммированы мякРНК H/ACA и соответствующие сайты-мишени, идентифицированные в трипаносомах. [ 5 ]
мяРНК H/ACA, идентифицированные в трипаносомах
| Идентификатор H/ACA | Цель | Ссылка |
|---|---|---|
| TB3Cs2H1 | ?308-Л5 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB3Cs2H2 | ?1658-L5 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB8Cs4H1 | ?358-Л3 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB8Cs4H2 | ?141-Л3 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB9Cs6H1 | ?199-Л5, ?29-5.8С | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB9Cs6H2 | ?1653-L5 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB10Cs5H1 | ?1254-L3 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB10Cs5H2 | ?131-С | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB10Cs5H3 | ?1276-С | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB11Cs5H1 | ?1710-С | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB11Cs5H2 | ?176-Л3 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB11Cs5H3 | ?1314-L3 | Myslyuk et al. 2008 [ 6 ] |
| TB6Cs1H1 | ?380-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB6Cs1H2 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] | |
| TB6Cs1H3 | ?662-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB6Cs1H4 | ?824-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB6Cs2H1 | ?1001-СГУ | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB8Cs2H1 | ?1113-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB8Cs3H1 | ?1423-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs1H1 | ?1088-С, ?1272-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs1H2 | ?1619-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs1H3 | ?1250-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs2H1 | ?617-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs2H2 | ?1412-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs3H1 | ?1208-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs3H2 | ?1103-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs4H1 | ?2123-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs4H2 | ?1336-L3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB9Cs4H3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] | |
| TB10Cs1H1 | ?659-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs1H2 | ?901-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs1H3 | ?40-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs2H1 | ?1167-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| ТБ10Cs2H2 | ?1173-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs3H1 | ?263-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs3H2 | ?397-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs4H1 | ?2248-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs4H2 | ?1186-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs4H3 | ?1773-L5 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB10Cs4H4 | ?505-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs2H1 | ?28 СЛ | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs3H1 | ?1308-L3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs3H2 | ?475-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs4H1 | ?1357-L3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs4H2 | ?566-Л3 | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
| TB11Cs4H3 | ?61-С | Лян и др. 2005 г. [ 7 ] |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Лян XH, Лю Л, Михаэли С (октябрь 2001 г.). «Идентификация первой РНК трипаносомы H/ACA, которая управляет образованием псевдоуридина на рРНК» . Ж. Биол. Хим . 276 (43): 40313–8. дои : 10.1074/jbc.M104488200 . ПМИД 11483606 .
- ^ Тан Т.Х., Бачеллери Дж.П., Рождественский Т. и др. (май 2002 г.). «Идентификация 86 кандидатов на малые непосредственные РНК из археи Archaeoglobus fulgidus» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (11): 7536–41. Бибкод : 2002PNAS...99.7536T . дои : 10.1073/pnas.112047299 . ПМК 124276 . ПМИД 12032318 .
- ^ Рождественский Т.С., Тан Т.Х., Чиркова И.В., Брозиус Дж., Бачеллери Дж.П., Хюттенхофер А. (февраль 2003 г.). «Связывание белка L7Ae с K-поворотом мякРНК архей: общий мотив связывания РНК для мякРНК C/D и H/ACA-бокса у архей» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (3): 869–77. дои : 10.1093/нар/gkg175 . ПМК 149196 . ПМИД 12560482 .
- ^ Рассел А.Г., Шнаре М.Н., Грей М.В. (июль 2004 г.). «Псевдоуридин-направляющие РНК и другие Cbf5p-ассоциированные РНК у Euglena gracilis» . РНК . 10 (7): 1034–46. дои : 10.1261/rna.7300804 . ПМЦ 1370595 . ПМИД 15208440 .
- ^ Донигер Т., Михаэли С., Унгер Р. (2009). «Семейства молекул нкРНК H/ACA в трипаносоматидах» . РНК Биол . 6 (4): 370–4. дои : 10.4161/rna.6.4.9270 . ПМИД 19652533 . Проверено 12 июля 2010 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л Мыслюк И., Донигер Т., Хореш Ю. и др. (2008). «Psiscan: вычислительный подход для идентификации H/ACA-подобных и AGA-подобных некодирующих РНК в геномах трипаносоматид» . БМК Биоинформатика . 9 : 471. дои : 10.1186/1471-2105-9-471 . ПМЦ 2613932 . ПМИД 18986541 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах Лян XH, Улиэль С., Хури А. и др. (май 2005 г.). «Полногеномный анализ C/D и H/ACA-подобных малых ядрышковых РНК у Trypanosoma brucei выявляет специфичный для трипаносомы паттерн модификации рРНК» . РНК . 11 (5): 619–45. дои : 10.1261/rna.7174805 . ПМК 1370750 . ПМИД 15840815 .