Малая ядрышковая РНК SNORD116
| Малая ядрышковая РНК SNORD116 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и консервативность последовательности SNORD116 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | СНОРД116 |
| Альт. Символы | сноHBII-85; ГБII-85 |
| Рфам | RF00108 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Джин ; мяРНК ; мякРНК ; CD-бокс |
| Домен(ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | ПОЙДИТЕ: 0006396 ПОЙДИТЕ: 0005730 |
| ТАК | ТАК: 0000593 |
| PDB Структуры | ПДБе |
В молекулярной биологии SNORD116 ( также известный как HBII-85 ) представляет собой молекулу некодирующей РНК (нкРНК), которая участвует в модификации других малых ядерных РНК (мяРНК). Этот тип модифицирующей РНК обычно локализуется в ядрышке эукариотической клетки , которое является основным местом биогенеза мяРНК. Она известна как малая ядрышковая РНК (мякРНК), а также ее часто называют направляющей РНК.
SNORD116 принадлежит к классу C/D-боксов мякРНК, которые содержат мотивы консервативной последовательности, известные как C-бокс (UGAUGA) и D-бокс (CUGA). Большинство членов семейства box C/D участвуют в управлении сайт-специфическим 2'-O- метилированием субстратных РНК. [ 1 ]
В геноме человека имеется 29 тандемно повторяющихся копий SNORD116, за которыми следуют 48 копий другой мякроРНК C/D-бокса, SNORD115 , в области синдрома Прадера-Вилли (PWS) хромосомы 15. [ 2 ] В отличие от большинства других мякРНК, SNORD116 преимущественно экспрессируется в головном мозге (но отсутствует у пациентов с СПВ) и не имеет какой-либо значительной комплементарности с рибосомальной РНК . Мышиные модели СПВ демонстрируют симптомы, сходные с человеческими ( гиперфагия и задержка роста), что является дополнительным доказательством того, что СПВ напрямую связан с делецией SNORD116. [ 3 ] [ 4 ]
Дополнительные доказательства получены после открытия двух людей, которые имеют многие черты больных СПВ, оба имеют атипичные микроделеции на хромосоме 15q11–13, пересечение которых содержит только мякРНК SNORD116. [ 5 ] [ 6 ]
Цели SNORD116 неизвестны, однако биоинформационный скрининг обнаружил 23 возможных мишени в генах , кодирующих белок , из которых было обнаружено, что большая часть подвергается альтернативному сплайсингу , что позволяет предположить роль SNORD116 в регуляции альтернативного сплайсинга. [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Галарди, С.; Фатика, А.; Бачи, А.; Скалони, А.; Пресутти, К.; Боццони, И. (октябрь 2002 г.). «Очищенные мяРНП Box C/D способны воспроизводить сайт-специфическое 2'-O-метилирование целевой РНК in vitro» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (19): 6663–6668. дои : 10.1128/MCB.22.19.6663-6668.2002 . ПМК 134041 . ПМИД 12215523 .
- ^ Кавайе Дж., Бьютинг К., Кифманн М. и др. (2000). «Идентификация специфичных для мозга и импринтированных генов малых ядрышковых РНК, демонстрирующих необычную геномную организацию» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (26): 14311–6. Бибкод : 2000PNAS...9714311C . дои : 10.1073/pnas.250426397 . ЧВК 18915 . ПМИД 11106375 .
- ^ Скрябин Б.В., Губарь Л.В., Сигер Б. и др. (2007). «Удаление кластера генов мякРНК MBII-85 у мышей приводит к задержке постнатального роста» . ПЛОС Генет . 3 (12): е235. дои : 10.1371/journal.pgen.0030235 . ПМЦ 2323313 . ПМИД 18166085 .
- ^ Дин Ф., Ли Х.Х., Чжан С. и др. (2008). Акбарян С. (ред.). «Делегация SnoRNA Snord116 (Pwcr1/MBII-85) вызывает задержку роста и гиперфагию у мышей» . ПЛОС ОДИН . 3 (3): e1709. Бибкод : 2008PLoSO...3.1709D . дои : 10.1371/journal.pone.0001709 . ПМК 2248623 . ПМИД 18320030 .
- ^ Саху Т., дель Гаудио Д., Герман Дж.Р., Шинави М., Петерс С.У., Персон Р.Э., Гарника А., Чунг С.В., Боде А.Л. (2008). «Фенотип Прадера-Вилли, вызванный отцовской недостаточностью малого ядрышкового РНК-кластера HBII-85 C/D» . Нат Жене . 40 (6): 719–21. дои : 10.1038/ng.158 . ПМК 2705197 . ПМИД 18500341 .
- ^ де Смит А.Дж., Пурманн С., Уолтерс Р.Г. и др. (июнь 2009 г.). «Удаление класса малых ядрышковых РНК HBII-85 (snoRNA) связано с гиперфагией, ожирением и гипогонадизмом» . Хм. Мол. Жене . 18 (17): 3257–65. дои : 10.1093/hmg/ddp263 . ПМК 2722987 . ПМИД 19498035 .
- ^ Базелей П.С., Шепелев В., Талебизаде З., Батлер М.Г., Федорова Л., Филатов В., Федоров А. (2008). «snoTARGET показывает, что мишени мякРНК-сироты человека располагаются вблизи альтернативных соединений сплайсинга» . Джин . 408 (1–2): 172–9. дои : 10.1016/j.gene.2007.10.037 . ПМК 6800007 . ПМИД 18160232 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]