Jump to content

Редкий вариант (генетика)

Редкий вариант это генетический вариант , который встречается с низкой частотой . в популяции [1] Редкие варианты играют значительную роль как в сложных, так и в менделевских заболеваниях и несут ответственность за часть недостающей наследственности сложных заболеваний. Теоретическим обоснованием значительной роли редких вариантов является то, что аллели , которые сильно предрасполагают человека к заболеванию, будут сохраняться на низких частотах в популяциях за счет очищающего отбора . [2] Редкие варианты все чаще изучаются в результате по секвенированию всего экзома и всего генома усилий . Хотя эти варианты индивидуально нечасты в популяциях, в человеческих популяциях их много, и они могут быть уникальными для определенных популяций. Они с большей вероятностью будут вредоносными , чем обычные варианты, из-за быстрого роста населения и слабого очищающего отбора. [3] Предполагается, что они действуют независимо или вместе с распространенными вариантами, вызывая болезненные состояния. [4]

Методы открытия

[ редактировать ]

Некоторые методы, такие как тесты генетической нагрузки, были специально разработаны для изучения генетической связи редких вариантов. [5] Эти методы объединяют редкие варианты по генетическим областям, таким как гены или целые пути, и оценивают кумулятивные эффекты нескольких генетических вариантов. Эти методы могут увеличитьмощность, когда несколько вариантов в регионе связаны с заболеванием или признаком. Кроме того, по сравнению с полногеномным исследованием ассоциаций , тест на основе региона или гена выполняет гораздо меньше тестов, что приводит к менее строгой коррекции множественных гипотез, чем общегеномный анализ значимости . [6] Некоторыми примерами этих методов являются СКАТ, [7] МЕД, [5] тест АРИЭЛ, [8] предполагать [9] и СТААР. [10] Аннотации SNP помогают расставить приоритеты для редких функциональных вариантов, и включение этих аннотаций может эффективно повысить эффективность генетической ассоциации анализа редких вариантов в исследованиях полноэкзома и полногеномного секвенирования . [11] [12]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Эрьявец С.О., Гельфман С., Абдельазиз А.Р., Ли Э.Ю., Монга И., Алкелай А., Ионита-Лаза И., Петухова Л., Кристиано А.М. (февраль 2022 г.). «Полное секвенирование экзома при очаговой алопеции выявляет редкие варианты KRT82» . Нат Коммун . 13 (1): 800. Бибкод : 2022NatCo..13..800E . дои : 10.1038/s41467-022-28343-3 . ПМЦ   8831607 . ПМИД   35145093 .
  2. ^ Гольдштейн, Д.Б.; Аллен, А; Киблер, Дж; Маргулис, Э.Х.; Петру, С; Петровский, С; Сюняев, С (июль 2013 г.). «Секвенирование исследований в генетике человека: дизайн и интерпретация» . Обзоры природы Генетика . 14 (7): 460–70. дои : 10.1038/nrg3455 . ПМЦ   4117319 . ПМИД   23752795 .
  3. ^ Нельсон, MR; Вегманн, Д.; Эм, МГ; Кесснер, Д.; Сен-Жан, П.; Верзилли, К.; Шен, Дж.; Тан, З.; Бакану, С.-А.; Фрейзер, Д.; Уоррен, Л.; Апонте, Дж.; Завистовский, М.; Лю, X.; Чжан, Х.; Чжан, Ю.; Ли, Дж.; Ли, Ю.; Ли, Л.; Вуллард, П.; Топп, С.; Холл, доктор медицины; Нангл, К.; Ван, Дж.; Абекасис, Г.; Кардон, ЛР; Цоллнер, С.; Уиттакер, Дж. К.; Чиссо, СЛ; Новембр, Дж.; Мусер, В. (17 мая 2012 г.). «Обилие редких функциональных вариантов 202 генов-мишеней для лекарств, секвенированных у 14 002 человек» . Наука . 337 (6090): 100–104. Бибкод : 2012Sci...337..100N . дои : 10.1126/science.1217876 . ПМК   4319976 . ПМИД   22604722 .
  4. ^ Панутсопулу, К.; Тачмазиду, И.; Зеггини, Э. (6 августа 2013 г.). «В поисках низкочастотных и редких вариантов, влияющих на сложные признаки» . Молекулярная генетика человека . 22 (R1): R16–R21. дои : 10.1093/hmg/ddt376 . ПМЦ   3782074 . ПМИД   23922232 .
  5. ^ Перейти обратно: а б Ли, Сынгын; Эмонд, Мэри Дж.; Бамшад, Майкл Дж.; Барнс, Кэтлин С.; Ридер, Марк Дж.; Никерсон, Дебора А.; Кристиани, Дэвид С.; Вурфель, Марк М.; Линь, Сихун (август 2012 г.). «Оптимальный унифицированный подход к тестированию ассоциаций редких вариантов с применением к исследованиям секвенирования всего экзома в режиме «случай-контроль»» . Американский журнал генетики человека . 91 (2): 224–237. дои : 10.1016/j.ajhg.2012.06.007 . ISSN   0002-9297 . ПМК   3415556 . ПМИД   22863193 .
  6. ^ Ли, Сынгын; Абекасис, Гонсалу Р.; Бенке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2014 г.). «Анализ ассоциаций редких вариантов: планы исследования и статистические тесты» . Американский журнал генетики человека . 95 (1): 5–23. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.06.009 . ISSN   0002-9297 . ПМЦ   4085641 . ПМИД   24995866 .
  7. ^ Ву, Майкл С.; Ли, Сынгын; Цай, Тяньси; Ли, Юн; Бенке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2011 г.). «Тестирование ассоциаций редких вариантов для данных секвенирования с помощью теста ассоциации ядра последовательности» . Американский журнал генетики человека . 89 (1): 82–93. дои : 10.1016/j.ajhg.2011.05.029 . ISSN   0002-9297 . ПМК   3135811 . ПМИД   21737059 .
  8. ^ Асимит, Дженнифер Л.; Дэй-Уильямс, Аарон Г.; Моррис, Эндрю П.; Зеггини, Элефтерия (2012). «АРИЭЛ и АМЕЛИЯ: тестирование на накопление редких вариантов с использованием данных секвенирования нового поколения» . Наследственность человека . 73 (2): 84–94. дои : 10.1159/000336982 . ISSN   1423-0062 . ПМЦ   3477640 . ПМИД   22441326 .
  9. ^ Хан, Фанг; Пан, Вэй (июнь 2010 г.). «Адаптирующийся к данным суммарный тест на связь заболеваний с несколькими распространенными или редкими вариантами» . Наследственность человека . 70 (1): 42–54. дои : 10.1159/000288704 . ISSN   0001-5652 . ПМЦ   2912645 . ПМИД   20413981 .
  10. ^ Ли, Сихао; Ли, Жилин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М.; Лю, Яову; Чен, Хан; Сан, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К.; Аслибекян, Стелла; Баллантайн, Кристи М.; Беляк, Лоуренс Ф.; Бланджеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд В.; Брум, Джай Джи; Кономос, Мэтью П.; Корреа, Адольфо; Капплс, Л. Эдриенн; Карран, Джоан Э.; Фридман, Барри И.; Го, Сюцин; Хинди, Джордж; Ирвин, Маргарита Р.; Кардия, Шэрон ЛР; Катиресан, Секар; Хан, Алина Т.; Куперберг, Чарльз Л.; Лори, Кэти С.; Лю, X. Ширли; Махани, Майкл С.; Маничайку, Ани В.; Мартин, Лиза В.; Матиас, Расика А.; МакГарви, Стивен Т.; Митчелл, Брэкстон Д.; Монтассер, Мэй Э.; Мур, Джилл Э.; Моррисон3, Аланна С.; О'Коннелл, Джеффри Р.; Палмер, Николетт Д.; Пампана, Ахил; Перальта, Хуан М.; Пейзер, Патрисия А.; Псати, Брюс М.; Редлайн, Сьюзен; Райс, Кеннет М.; Рич, Стивен С.; Смит, Дженнифер А.; Тивари, Хемант К.; Цай, Майкл Ю.; Васан, Рамачандран С.; Ван, Фэй Фэй; Уикс, Дэниел Э.; Вэн, Чжипин; Уилсон, Джеймс Г.; Янек, Лиза Р.; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed по липидам; Нил, Бенджамин М.; Сюняев Шамиль Р.; Абекасис, Гонсалу Р.; Роттер, Джером И.; Уиллер, Кристен Дж.; Пелосо, Джина М.; Натараджан, Прадип; Линь, Сихун (сентябрь 2020 г.). «Динамическое включение нескольких функциональных аннотаций in silico расширяет возможности анализа ассоциаций редких вариантов в крупных масштабных исследованиях полногеномного секвенирования» . Природная генетика . 52 (9): 969–983. дои : 10.1038/s41588-020-0676-4 . ISSN   1061-4036 . ПМЦ   7483769 . ПМИД   32839606 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  11. ^ Ли, Жилин; Ли, Сихао; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М.; Маргарет, Сунита Сельварадж; Арапоглу, Теодор; Кьюк, Корбин; Лю, Яову; Чен, Хан; Сан, Райан; День, Рунак; Арнетт, Донна К.; Ауэр, Пол Л.; Беляк, Лоуренс Ф.; Бис, Джошуа К.; Блэквелл, Томас В.; Бланджеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд В.; Броуди, Дженнифер А.; Кейд, Брайан Э.; Кономос, Мэтью П.; Корреа, Адольфо; Капплс, Л. Эдриенн; Карран, Джоан Э.; де Врис, Поль С.; Дуггирала, Равиндранат; Франческини, Нора; Фридман, Барри И.; Геринг, Харальд Х.Х.; Го, Сюцин; Кальяни, Рита Р.; Куперберг, Чарльз; Крал, Брайан Г.; Ланге, Лесли А.; Лин, Бриджит; Маничайкул, Ани; Мартин, Лиза В.; Матиас, Расика А.; Мейгс, Джеймс Б.; Митчелл, Брэкстон Д.; Митчелл, Брэкстон Д.; Монтассер, Мэй Э.; Моррисон, Аланна С.; Насери, Таке; О'Коннелл, Джеффри Р.; Палмер, Николетт Д.; Реупена, Муагутутиа Сефуива; Райс, Кеннет М.; Рич, Стивен С.; Смит, Дженнифер А.; Тейлор, Кент Д.; Тауб, Маргарет А.; Васан, Рамачандран С.; Уикс, Дэниел Э.; Уилсон, Джеймс Г.; Янек, Лиза Р.; Чжао, Вэй; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed по липидам; Роттер, Джером И.; Уиллер, Кристен; Натараджан, Прадип; Пелосо, Джина М.; Линь, Сихун (2022). «Система обнаружения некодирующих ассоциаций редких вариантов в крупномасштабных исследованиях полногеномного секвенирования» . Природные методы . 19 (12): 1599–1611. дои : 10.1038/s41592-022-01640-x . ПМЦ   10008172 . ПМИД   36303018 . S2CID   243873361 .
  12. ^ Ли, Сихао; Быстрее, Корбин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М.; Лю, Яову; Чен, Хан; Сельварадж, Маргарет Сунита; Сан, Райан; День, Рунак; Арнетт, Донна К.; Беляк, Лоуренс Ф.; Бис, Джошуа К.; Бланджеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд В.; Броуди, Дженнифер А.; Кейд, Брайан Э.; Корреа, Адольфо; Капплс, Л. Эдриенн; Карран, Джоан Э.; де Врис, Поль С.; Дуггирала, Равиндранат; Фридман, Барри И.; Геринг, Харальд Х.Х.; Го, Сюцин; Хесслер, Джеффри; Кальяни, Рита Р.; Куперберг, Чарльз; Крал, Брайан Г.; Ланге, Лесли А.; Маничайкул, Ани; Мартин, Лиза В.; МакГарви, Стивен Т.; Митчелл, Брэкстон Д.; Монтассер, Мэй Э.; Моррисон, Аланна С.; Насери, Таке; О'Коннелл, Джеффри Р.; Палмер, Николетт Д.; Пейзер, Патрисия А.; Псати, Брюс М.; Раффилд, Лаура М.; Редлайн, Сьюзен; Райнер, Александр П.; Реупена, Муагутутиа Сефуива; Райс, Кеннет М.; Рич, Стивен С.; Ситлани, Коллин М.; Смит, Дженнифер А.; Тейлор, Кент Д.; Васан, Рамачандран С.; Уиллер, Кристен Дж.; Уилсон, Джеймс Г.; Янек, Лиза Р.; Чжао, Вэй; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed по липидам; Роттер, Джером И.; Натараджан, Прадип; Пелосо, Джина М.; Ли, Жилин; Линь, Сихун (январь 2023 г.). «Мощный, масштабируемый и ресурсоэффективный метаанализ ассоциаций редких вариантов в крупных исследованиях полногеномного секвенирования» . Природная генетика . 55 (1): 154–164. дои : 10.1038/s41588-022-01225-6 . ПМЦ   10084891 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]


Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b6b71dc8a0bc688040b5fc0ba3da5dcb__1710019380
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b6/cb/b6b71dc8a0bc688040b5fc0ba3da5dcb.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Rare variant (genetics) - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)