АДМИКСТУОЛС

АДМИКСТУОЛС
Разработчик(и)	Ник Паттерсон , Роберт Майер, Дэвид Райх
Первоначальный выпуск	2012
Репозиторий	github .с /DReichLab /AdmixTools ;
Написано в	С , С++ , Р
Операционная система	Винда, Линукс и т.д.
Тип	Популяционная генетика
Веб-сайт	Укрмаие1 .github .что /admixtools /

ADMIXTOOLS (или AdmixTools ) — пакет программного обеспечения, который в основном используется для анализа примесей в популяционной генетике . и его коллегами как набор автономных программ на языке C Исходная версия была разработана Ником Паттерсоном и опубликована в 2012 году. ^[1]^[2] Переработанная версия ADMIXTOOLS 2 была разработана Робертом Майером и его коллегами как пакет R и опубликована в 2023 году. ^[3]^[4]

Большинство программ ADMIXTOOLS основаны на подгонке демографических моделей к f-статистике , которая рассчитывается на основе частот популяционных аллелей. ^[5]

qpGraph

qpGraph — это программа, входящая в состав ADMIXTOOLS. ^[2] пакет программного обеспечения, разработанный Паттерсоном и др. (2012). qpGraph оценивает графовые модели взаимоотношений популяций с генетической примесью . ^[1] Он оценивает вероятности графов с фиксированной топологией, ^[6]^[7] при настройке параметров графика в соответствии с наблюдаемой f-статистикой. ^[8]

ADMIXTOOLS 2 добавляет функциональность для поиска оптимизированных топологий графов, аналогичную таким программам, как Treemix. ^[9]

Другие инструменты

Сопутствующие статистические инструменты в программном пакете ADMIXTOOLS включают qpAdm , ^[10] qpfst , qpDstat и qpWave . ^[11] qpDstat и qpWave проверяют, образуют ли популяции клады , а qpAdm оценивает пропорции предков. ^[4] qpAdm часто используется вместе с CP/NNLS . ^[12]^[13]

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Паттерсон Н., Мурджани П., Луо Й., Маллик С., Роланд Н., Жан Й., Геншорек Т., Вебстер Т., Райх Д. (ноябрь 2012 г.). «Древняя примесь в истории человечества» . Генетика . 192 (3): 1065–93. дои : 10.1534/genetics.112.145037 . ПМК 3522152 . ПМИД 22960212 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «DReichLab/AdmixTools: Инструменты проверяют наличие примесей и многое другое» . Гитхаб . Проверено 18 мая 2022 г.
^ Майер Р., Флегонтов П., Флегонтова О., Ишылдак У., Чангмай П., Райх Д. (апрель 2023 г.). «О пределах приспособления сложных моделей истории населения к f-статистике» . электронная жизнь . 12 . doi : 10.7554/eLife.85492 . ПМЦ 10310323 . ПМИД 37057893 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Выводы о демографической истории на основе генетических данных» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.
^ «f-статистика» . Проверено 11 июля 2023 г.
^ Моллой, Эрин К; Дурвасула, Арун; Шанкарараман, Шрирам (1 июля 2021 г.). «Улучшение оценки графа примесей посредством ориентации сети максимального правдоподобия» . Биоинформатика . 37 (Дополнение_1). Издательство Оксфордского университета (OUP): i142–i150. doi : 10.1093/биоинформатика/btab267 . ISSN 1367-4803 . ПМЦ 8336447 . ПМИД 34252951 .
^ «Вычислить соответствие графа примеси — qpgraph» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.
^ «Оценка графиков примесей с помощью qpGraph» . Документация CompPopGenWorkshop2019 . Проверено 18 мая 2022 г.
^ «Тримикс» . Проверено 11 июля 2023 г.
^ Харни, Эдаоин; Паттерсон, Ник; Райх, Дэвид; Уэйкли, Джон (08 января 2021 г.). Новембр, Дж (ред.). «Оценка эффективности qpAdm: статистический инструмент для изучения примеси населения» . Генетика . 217 (4). Издательство Оксфордского университета (OUP): iyaa045. doi : 10.1093/genetics/iyaa045 . ISSN 1943-2631 . ПМК 8049561 . ПМИД 33772284 .
^ «Моделирование примесей с помощью qpWave и qpAdm» . Документация CompPopGenWorkshop2019 . Проверено 18 мая 2022 г.
^ Ярве, Мари; и др. (22 июля 2019 г.). «Сдвиги в генетическом ландшафте Западной Евразийской степи, связанные с началом и концом скифского господства» . Современная биология . 29 (14): 2430–2441.e10. дои : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822 .
^ Сааг, Лехти; и др. (22 января 2021 г.). «Изменения генетического происхождения при переходе от каменного века к бронзовому веку на восточноевропейской равнине» . Достижения науки . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . дои : 10.1126/sciadv.abd6535 . ISSN 2375-2548 . ПМЦ 7817100 . ПМИД 33523926 .

Внешние ссылки

AdmixTools на GitHub
AdmixTools 2 на GitHub
Программный пакет qpGraph в Bioconductor 3.8. doi : 10.18129/B9.bioc.qpgraph
admixr — пакет R для воспроизводимого анализа с использованием ADMIXTOOLS

Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[Patterson_2012-1] Перейти обратно: ^а ^б Паттерсон Н., Мурджани П., Луо Й., Маллик С., Роланд Н., Жан Й., Геншорек Т., Вебстер Т., Райх Д. (ноябрь 2012 г.). «Древняя примесь в истории человечества» . Генетика . 192 (3): 1065–93. дои : 10.1534/genetics.112.145037 . ПМК 3522152 . ПМИД 22960212 .

[Patterson_GH-2] Перейти обратно: ^а ^б «DReichLab/AdmixTools: Инструменты проверяют наличие примесей и многое другое» . Гитхаб . Проверено 18 мая 2022 г.

[Maier_2023-3] Майер Р., Флегонтов П., Флегонтова О., Ишылдак У., Чангмай П., Райх Д. (апрель 2023 г.). «О пределах приспособления сложных моделей истории населения к f-статистике» . электронная жизнь . 12 . doi : 10.7554/eLife.85492 . ПМЦ 10310323 . ПМИД 37057893 .

[auto-4] Перейти обратно: ^а ^б «Выводы о демографической истории на основе генетических данных» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.

[5] «f-статистика» . Проверено 11 июля 2023 г.

[6] Моллой, Эрин К; Дурвасула, Арун; Шанкарараман, Шрирам (1 июля 2021 г.). «Улучшение оценки графа примесей посредством ориентации сети максимального правдоподобия» . Биоинформатика . 37 (Дополнение_1). Издательство Оксфордского университета (OUP): i142–i150. doi : 10.1093/биоинформатика/btab267 . ISSN 1367-4803 . ПМЦ 8336447 . ПМИД 34252951 .

[7] «Вычислить соответствие графа примеси — qpgraph» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.

[8] «Оценка графиков примесей с помощью qpGraph» . Документация CompPopGenWorkshop2019 . Проверено 18 мая 2022 г.

[9] «Тримикс» . Проверено 11 июля 2023 г.

[10] Харни, Эдаоин; Паттерсон, Ник; Райх, Дэвид; Уэйкли, Джон (08 января 2021 г.). Новембр, Дж (ред.). «Оценка эффективности qpAdm: статистический инструмент для изучения примеси населения» . Генетика . 217 (4). Издательство Оксфордского университета (OUP): iyaa045. doi : 10.1093/genetics/iyaa045 . ISSN 1943-2631 . ПМК 8049561 . ПМИД 33772284 .

[11] «Моделирование примесей с помощью qpWave и qpAdm» . Документация CompPopGenWorkshop2019 . Проверено 18 мая 2022 г.

[12] Ярве, Мари; и др. (22 июля 2019 г.). «Сдвиги в генетическом ландшафте Западной Евразийской степи, связанные с началом и концом скифского господства» . Современная биология . 29 (14): 2430–2441.e10. дои : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822 .

[13] Сааг, Лехти; и др. (22 января 2021 г.). «Изменения генетического происхождения при переходе от каменного века к бронзовому веку на восточноевропейской равнине» . Достижения науки . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . дои : 10.1126/sciadv.abd6535 . ISSN 2375-2548 . ПМЦ 7817100 . ПМИД 33523926 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]