Секвест
| Оригинальный автор(ы) | Джимми Энг, Эшли МакКормак и Джон Йейтс |
|---|---|
| Операционная система | Винда, Линукс |
| Тип | Идентификация белка |
| Лицензия | запатентованный (алгоритм защищен патентами США 6 017 693 и 5 538 897, а также европейским патентом) |
| Веб-сайт | Термо , Лаборатория Йейтса , UWPR |
Sequest (часто стилизуемый как SEQUEST) — это программа анализа данных тандемной масс-спектрометрии, используемая для идентификации белков. [1] Sequest идентифицирует коллекции тандемных масс-спектров пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белковых последовательностей.
Алгоритм
[ редактировать ]Sequest идентифицирует каждый тандемный масс-спектр индивидуально. Программное обеспечение оценивает белковые последовательности из базы данных, чтобы вычислить список пептидов, которые могут возникнуть в результате каждого из них. Интактная масса пептида известна из масс-спектра, и Sequest использует эту информацию для определения набора последовательностей пептидов-кандидатов, которые можно значимо сравнивать со спектром, включая только те, которые близки к массе наблюдаемого пептидного иона. Для каждого пептида-кандидата Sequest прогнозирует теоретический тандемный масс-спектр, а Sequest сравнивает эти теоретические спектры с наблюдаемым тандемным масс-спектром с помощью перекрестной корреляции . Последовательность-кандидат с наиболее подходящим теоретическим тандемным масс-спектром считается лучшей идентификацией для этого спектра.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Джимми К. Энг, Эшли Л. МакКормак и Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков» . J Am Soc Масс-спектр . 5 (11): 976–989. CiteSeerX 10.1.1.377.3188 . дои : 10.1016/1044-0305(94)80016-2 . ПМИД 24226387 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )