Alkalicoccus
| Alkalicoccus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | Alkalicus Zhao et al. 2017, Emend. Gupta et al. 2020
|
| Разновидность | |
|
Информация на основе LPSN 2021 | |
Alkalicoccus -это род грамположительных бактерий в форме стержней в семейных Bacillaceae из порядок бациллалов . [ 1 ] [ 2 ] Типовым видом этого рода является Alkalicoccus saliphilus. [ 3 ]
Члены Alkalicoccus были ранее видами (за исключением видов типов, Alkalicoccus saliphilus ), принадлежащих к Bacillus , роду, который был признан как демонстрирующий обширную полифильную и филогенетическую гетерогенность из -за расплывчатых критериев [ 4 ] (например, способность формировать эндоспоры в присутствии кислорода) [ 5 ] ранее используется для назначения видов в эту кладу. Многочисленные исследования с использованием сравнительного филогенетического анализа были опубликованы в попытке прояснить эволюционные отношения между видами Bacillus , что привело к созданию многочисленных новых родов, таких как Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicycyclobacillus , Virgibacillus и Evansella . [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 1 ] Кроме того, род Bacillus был ограничен только для включения видов, тесно связанных с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . [ 6 ] [ 1 ]
Название Alkalicoccus получено из префикса «-alkali» (из арабской статьи Al , что переводится как «и арабское существительное , ссылаясь на пепел солоты) и суффикс» -coccus »(от латинского кокка , ссылаясь на сферу). [ 11 ] Вместе Alkalicoccus переводится на кокк, живущий в базовой обстановке.
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Члены этого рода являются аэробными или факультативно анаэробными и встречаются в основном в солевых озерах. Некоторые члены могут производить эндоспоры и являются подвижными. Большинство видов являются умеренно галофильными и толерантными щелочками и требуют NaCl (2–8%, мас./Об.) Для роста. Диапазон температуры для роста составляет 8–45 ° C, с оптимальной температурой роста, как правило, в диапазоне 30–37 ° C. [ 1 ] `
Анализ последовательностей генома у Alkalicoccus идентифицировал девять консервативных сигнатурных инделей (CSIS), которые являются исключительными для этого рода в следующих белках: BIS (5'-нуклеозил) -тетрафосфатаза PRPE , дигидроорусная дегидрогеназа, подключена, домен Duf368, содержащий домен DUF368, пиреналтин, пенсиолл . --связывающий белок , ДНК-полимераза/3'–5 'экзонуклеаза Polx, альфа-глюкозидаза , 1,4-альфа-глюкановый белок Glgb, семейство SDR Oxiduductuctasase и TRNA1 (Val) [аденин (37) -n6] -метилтрансфераза. [ 1 ] Эти молекулярные сигнатуры обеспечивают надежный метод идентификации и дифференцировки для видов Alkalicoccus от других родов Bacillaceae и бактерий.
Таксономия
[ редактировать ]Alkalicoccus , по состоянию на май 2021 года, содержит в общей сложности 6 видов с обоснованно опубликованными именами. [ 3 ] Этот род был идентифицирован как монофилетическая клада и филогенетически не связан с другими видами Bacillus в исследованиях, изучающих таксономические отношения в Bacillus . [ 1 ] Эта схема ветвления также наблюдается в базе данных таксономии генома (GTDB). [ 12 ]
Также обнаружено, что один из необеспеченных опубликованных видов, «Bacillus daqingensis», группируется с другими членами Alkalicoccus в филогенетических деревьях, а также разделяет те же молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSIS). [ 1 ] Тем не менее, его передача не была официально предложена из -за отсутствия информации о напряжении культуры. Дальнейший пересмотр этого рода требуется, поскольку обнаружены и назначены новые геномы и новые виды.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон глин Гупта, Радхей С.; Патель, Судип; Саини, Навнет; Чен, Шу (2020-11-01). "Надежная демаркация 17 различных видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, Phylogenomics и сравнительный геномный анализ: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. Nov. И предложение для полученного рода Bacillus, ограничивающий его только членам Subtilis и Cereus clades. видов " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. doi : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . PMID 33112222 .
- ^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфелло, Майкл; Рейни, Фред А.; Schleifer, Karl-Heinz, Eds. (2005). Bergey's Manual® систематической бактериологии . doi : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .
- ^ Jump up to: а беременный «Род: Alkalicoccus» . lpsn.dsmz.de. Получено 2021-05-30 .
- ^ Эш, Кэрол; Фарроу, Jae; Wallbanks, Салли; Коллинз, MD (2008-06-28). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus выявлена в результате сравнительного анализа последовательностей с малой субъединичной рибосом» . Письма в прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. doi : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
- ^ Логан, На; Berge, O.; Епископ, ах; Бусс, Х.-Дж.; De Vos, P.; Фрице, Д.; Heyndrickx, M.; Kampfer, P.; Rabinovitch, L.; Salkinoja-Salonen, MS; Селдин Л. (2009-06-30). «Предлагаемые минимальные стандарты для описания новых таксонов аэробных бактерий, формирующих эндопор» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (8): 2114–2121. doi : 10.1099/ijs.0.013649-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 19567583 .
- ^ Jump up to: а беременный Патель, Судип; Гупта, Радхей С. (2020-01-01). "Филогеномическая и сравнительная геномная структура для разрешения полифили рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus Gen. Nov., Cytobacillus Gen. Nov., Mesobacillus Gen. Nov., Neobacillus Gen. Nov., Metabacillus. Генерал . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. doi : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . PMID 31617837 .
- ^ Шида, О.; Takagi, H.; Кадоваки, К.; Kogagata, K. (1996-10-01). «Предложение для двух новых родов, Brevibacillus Gen. Nov. Nov. и Aneurinibacillalus Gen. Nov » Международный журнал систематической бактериологии 46 (4): 939–9 Doi : 10.1099/ 00207713-46-4-9 ISSN 0020-7 PMID 8863420
- ^ Wisotzkey, JD; Jurtshuk, P.; Фокс, GE; Deinhard, G.; Poralla, K. (1992-04-01). «Сравнительные анализы последовательности на 16S рРНК (рДНК) бациллускоцицицихиального, ацилцилл -ацилсов и бациллуогептаникуса и предложение о создании нового рода, Gen Alicyclobacillus nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (2): 263–269. doi : 10.1099/00207713-42-2-263 . ISSN 0020-7713 . PMID 1374624 .
- ^ Муаль, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Петр; Кришнамурти, Шринивасан; Dastager, Сайед; Mayilraj, Shanmugam (2016-05-01). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis Comb. Nov. И построено описание рода Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. doi : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . PMID 26907585 .
- ^ Heyndrickx, M.; Lebbe, L.; Kersters, K.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; De Vos, P.; Forsyth, G.; Logan, NA (1999-07-01). «Предложение Virgibacillus proomii sp. Nov. И построено описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. doi : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . PMID 10425765 .
- ^ Чжао, Байсуо; Лу, Вейдонг; Чжан, Шаншан; Лю, Кан; Ян, Янчун; LI, Jun (2017-05-01). «Реклассификация Bacillus saliphilus в качестве alkalicoccus saliphilus gen. Nov., Comb. Nov., И описание Alkalicoccus halolimnae sp. Nov., Умеренно галофильная бактерия, выделенная из Соленого озера» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1557–1563. doi : 10.1099/ijsem.0.001759 . ISSN 1466-5026 . PMID 28032538 .
- ^ "Gtdb - дерево" . gtdb.ecogenomic.org . Получено 2021-05-28 .