Веб -день
Веб -день [ 1 ] это онлайн- инструмент биоинформатики, обеспечивающий олигонуклеотидные последовательности (обычно называемые метки или якоря), которые отсутствуют в указанном геноме . Эти теги могут быть добавлены к генов специфичных для экспериментам для экспериментов с обратной транскриптазной полимеразной цепной реакцией ( RT-PCR ), обходятся по геномной загрязнению ДНК .
Фон
[ редактировать ]ОТ-ПЦР-это метод, используемый для обнаружения даже очень низких мРНК транскриптов . [ 2 ] Чувствительность техники также делает его восприимчивым к загрязнению ДНК. Поскольку ПЦР не может различать кДНК -мишени и загрязнение геномной ДНК, возможны ложные положительные результаты и/или ошибочные количественные результаты. [ 3 ] [ 4 ]
Чтобы преодолеть загрязнение геномной ДНК в транскрипционных исследованиях, обратной матричной специфической полимеразной цепной реакции используется модификация ОТ-ПЦР. Возможность использования тегов, последовательности которых не обнаружены в геноме, еще больше улучшает эксперименты по обратной полимеразной цепной реакции. Использование якоря или метки в 5-футовой области гена-специфического праймера или поли-T-хвоста обеспечивает РНК-специфическую усиление и составляет жизнеспособную стратегию. Такие методы, как RS-PCR [ 5 ] и (точный) ОТ-ПЦР основан на интеграции таких тегов (уникальные последовательности, не присутствующие в геномной ДНК) в 5-дюймовый конец первой кДНК цепи, что позволяет РНК-специфическую амплификацию без потери чувствительности.
Веб -день
[ редактировать ]Эта веб -сервис строится на Tagenerator [ 6 ] Инструмент, но очень быстрый, потому что все теги предварительно сгенерированы и хранятся в базе данных. Это также значительное улучшение, поскольку WebTag учитывает взаимодействие тега с праймерами, которые будут использоваться в эксперименте. Наличие его в качестве веб -сервиса также означает, что молекулярному биологу не нужно загружать и устанавливать программное обеспечение со всеми зависимостями на своем компьютере.
WebTag генерирует теги, которые сочетают в себе отсутствие генома с хорошими свойствами праймирования для экспериментов на основе RT-PCR. Использование таких тегов намеренно не приведет к ПЦР -амплификации геномной ДНК, что позволит исключить амплификацию кДНК, поэтому обходной эффект загрязнения геномной ДНК в образце РНК.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Лопес Пинто, Фернандо; Хокан Свенссон; Питер Линдблад (2007-10-25). «WebTag: новый веб-инструмент, предоставляющий теги/якоря для экспериментов RT-PCR с прокариотами» . BMC Biotechnology . 7 : 73. DOI : 10.1186/1472-6750-7-73 . PMC 2147000 . PMID 17961214 .
- ^ Челли, Джамель; Жан-Клод Каплан; Паскаль Мэйр; Софи Гаутрон; Аксель Кан (1988-06-30). «Транскрипция гена дистрофина в мышцах человека и немошущих тканях». Природа . 333 (6176): 858–860. Bibcode : 1988natur.333..858c . doi : 10.1038/333858a0 . PMID 3290682 . S2CID 4315236 .
- ^ Борст, А.; ATA Box; AC Fluit (2004-03-09). «Ложноположительные результаты и загрязнение в анализах амплификации нуклеиновых кислот: предложения по предотвращению и уничтожению стратегии» . Европейский журнал клинической микробиологии и инфекционных заболеваний . 23 (4): 289–299. doi : 10.1007/s10096-004-1100-1 . PMID 15015033 . S2CID 25894933 .
- ^ Мартель, Фатима; Дирк Грундеманн; Эдгар Шоиг (2002-03-31). «Простой метод устранения ложных положительных результатов в ОТ-ПЦР» . J Biochem Mol Biol . 35 (2): 248–250. doi : 10.5483/bmbrep.2002.35.2.248 . PMID 12297038 .
- ^ Шульдинер, Алан Р.; Аджай Нирула; Джесси Рот (1990). «Шаблон-специфичная полимеразная цепная реакция (RS-PCR): новая стратегия для снижения резко ложных срабатываний» . Ген . 91 (1): 139–142. doi : 10.1016/0378-1119 (90) 90176-r . PMID 1698167 .
- ^ Лопес Пинто, Фернандо; Хокан Свенссон; Питер Линдблад (2006-06-05). «Генерация негеномных последовательностей олигонуклеотидных тегов для специфичной для РНК ПЦР» . BMC Biotechnology . 6 : 31. doi : 10.1186/1472-6750-6-31 . PMC 1526424 . PMID 16820068 .