Семья Дку
| Анаэробный мембранный транспортер c4-дикарбоксилата | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | DcuA_DcuB | ||
| Пфам | PF03605 | ||
| Пфам Клан | CL0182 | ||
| ИнтерПро | ИПР004668 | ||
| TCDB | 2.А.13 | ||
| |||
Семейство поглощения C4-дикарбоксилата или семейство Dcu ( TC# 2.A.13 ) представляет собой семейство трансмембранных переносчиков ионов , обнаруженных у бактерий. Их функция заключается в обмене дикарбоксилатов, таких как аспартат , малат , фумарат и сукцинат .
Структура
[ редактировать ]Предполагается, что многие члены этого семейства будут иметь 11 или 12 трансмембранных областей (TMS); , что один член этого семейства (неохарактеризованный белок симбионта Encarsia pergandiella , Cardinium hertigii , штамм c Eper1; TC# 2.A.13.2.1 однако сообщается ) имеет 10 трансмембранных областей, локализованных как на N-, так и на C-концах. в периплазму . [ 1 ] Для DcuA соблюдается правило «положительного внутри», и два предполагаемых TMS локализуются в цитоплазматической петле между TMS 5 и 6 и в C-концевой периплазматической области. [ 2 ] Полностью секвенированные белки имеют довольно одинаковый размер: от 434 до 446 аминокислотных остатков в длину.
Для членов семейства Dcu кристаллические структуры отсутствуют.
Функция
[ редактировать ]Два белка E. coli , DcuA ( TC# 2.A.13.1.1 ) и DcuB ( TC# 2.A.13.1.2 ), семейства Dcu, участвуют в аспартата , транспорте малата , фумарата и сукцината . , функционируя как антипортеры с любыми двумя из этих субстратов . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Они демонстрируют 36% идентичности при 63% сходстве, и оба транспортируют фумарат в обмен на сукцинат с той же аффинностью (30 мкМ). Поскольку DcuA кодируется в опероне с геном аспартазы, а DcuB кодируется в опероне с геном фумаразы , их физиологические функции могут заключаться в катализе аспартат:фумарата и фумарат:малатного обмена во время анаэробной утилизации аспартата и фумарата . соответственно. [ 6 ] Два транспортера, по-видимому, могут заменять друг друга при определенных физиологических условиях. [ 7 ]
Реакция генерализованного транспорта, катализируемая белками семейства Dcu:
Дикарбоксилат 1 (выход) + Дикарбоксилат 2 (вход) ⇌ Дикарбоксилат 1 (вход) + Дикарбоксилат 2 (выход).
Выражение
[ редактировать ]Белки DcuA и DcuB Escherichia coli имеют очень разные модели экспрессии . [ 8 ] DcuA конститутивно экспрессируется; DcuB сильно индуцируется анаэробно FNR и C4-дикарбоксилатами, в то время как он репрессируется нитратами и подвергается катаболитной репрессии, опосредованной СРБ. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Зинц Э., Сикс С., Унден Г. (декабрь 1996 г.). «Идентификация третьего вторичного носителя (DcuC) для анаэробного транспорта C4-дикарбоксилата в Escherichia coli: роль трех носителей Dcu в поглощении и обмене» . Дж. Бактериол . 178 (24): 7241–7. дои : 10.1128/jb.178.24.7241-7247.1996 . ПМК 178639 . ПМИД 8955408 .
- ^ Голби П., Келли DJ, Гость JR, Эндрюс SC (сентябрь 1998 г.). «Топологический анализ DcuA, анаэробного переносчика C4-дикарбоксилата Escherichia coli» . Дж. Бактериол . 180 (18): 4821–7. дои : 10.1128/JB.180.18.4821-4827.1998 . ПМЦ 107505 . ПМИД 9733683 .
- ^ Сикс С, Эндрюс СК, Робертс Р.Э., Унден Дж., Гест-младший (ноябрь 1993 г.). «Конструкция и свойства мутантов Escherichia coli, дефектных по двум генам, кодирующим гомологичные мембранные белки, предполагаемые роли в анаэробном транспорте C4-дикарбоновой кислоты». Биохим. Соц. Транс . 21 (4): 342С. дои : 10.1042/bst021342s . ПМИД 8131924 .
- ^ Ногради Н., Имре А., Рычлик И., Барроу П.А., Надь Б. (декабрь 2003 г.). «Гены, ответственные за анаэробный метаболизм фумарата и аргинина, участвуют в подавлении роста серовара Salmonella enterica Typhimurium in vitro, не влияя на ингибирование колонизации у кур in vivo». Ветеринар. Микробиол . 97 (3–4): 191–9. дои : 10.1016/j.vetmic.2003.08.011 . ПМИД 14654290 .
- ^ Ульманн Р., Гросс Р., Саймон Дж., Унден Г., Крогер А. (октябрь 2000 г.). «Транспорт C (4)-дикарбоксилатов у Wolinella succinogenes» . Дж. Бактериол . 182 (20): 5757–64. дои : 10.1128/jb.182.20.5757-5764.2000 . ПМК 94697 . ПМИД 11004174 .
- ^ Сикс С, Эндрюс СК, Унден Дж, Гость-младший (ноябрь 1994 г.). «Escherichia coli обладает двумя гомологичными анаэробными мембранными переносчиками C4-дикарбоксилатов (DcuA и DcuB), отличными от аэробной системы транспорта дикарбоксилатов (Dct)» . Дж. Бактериол . 176 (21): 6470–8. дои : 10.1128/jb.176.21.6470-6478.1994 . ЧВК 197000 . ПМИД 7961398 .
- ^ Энгель, П.; Кремер, Р.; Унден, Г. (1 июня 1994 г.). «Транспорт C4-дикарбоксилатов анаэробно выращенной Escherichia coli. Энергетика и механизм обмена, поглощения и оттока» . Европейский журнал биохимии . 222 (2): 605–614. дои : 10.1111/j.1432-1033.1994.tb18903.x . ISSN 0014-2956 . ПМИД 8020497 .
- ^ Jump up to: а б Голби П., Келли DJ, Гость JR, Эндрюс SC (декабрь 1998 г.). «Регуляция транскрипции и организация генов dcuA и dcuB, кодирующих гомологичные анаэробные переносчики C4-дикарбоксилата в Escherichia coli» . Дж. Бактериол . 180 (24): 6586–96. дои : 10.1128/JB.180.24.6586-6596.1998 . ПМЦ 107762 . ПМИД 9852003 .
- ^ Энгель П., Крамер Р., Унден Г. (сентябрь 1992 г.). «Анаэробный транспорт фумарата в Escherichia coli с помощью fnr-зависимой системы поглощения дикарбоксилатов, которая отличается от аэробной системы поглощения дикарбоксилатов» . Дж. Бактериол . 174 (17): 5533–9. дои : 10.1128/jb.174.17.5533-5539.1992 . ПМК 206496 . ПМИД 1512189 .
- ^ Голби П., Дэвис С., Келли DJ, Гость JR, Эндрюс SC (февраль 1999 г.). «Идентификация и характеристика двухкомпонентной сенсорной киназы и системы регулятора ответа (DcuS-DcuR), контролирующей экспрессию генов в ответ на C4-дикарбоксилаты в Escherichia coli» . Дж. Бактериол . 181 (4): 1238–48. дои : 10.1128/JB.181.4.1238-1248.1999 . ПМЦ 93502 . ПМИД 9973351 .
- ^ Зинц Э., Бонгертс Дж., Унден Г. (октябрь 1998 г.). «Фумаратная регуляция экспрессии генов в Escherichia coli с помощью двухкомпонентной регуляторной системы DcuSR (гены dcuSR)» . Дж. Бактериол . 180 (20): 5421–5. дои : 10.1128/JB.180.20.5421–5425.1998 . ПМЦ 107591 . ПМИД 9765574 .
