Базальный Западноафриканский

Базальная западноафриканская линия - гипотетическая линия происхождения. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} этого больше не существует. ^{[ 3 ]}

История

Используя западноафриканцев (например, Эсан из Нигерии , Менде из Сьерра-Леоне , западных гамбийцев ), расхождение группы людей раннего Нового времени или архаичных людей, насчитывающих около 25 000 или от 23 000 до 27 000, от последнего общего предка народа сан а все остальные современные люди, или люди и неандертальцы , произошли примерно между 1 020 000 BP и 360 000 BP. ^{[ 4 ]} Между 124 000 и 0 л.н. 2–19% генов могли проникнуть в предков современных жителей Западной Африки в результате смешения с этой архаичной человеческой популяцией. ^{[ 4 ]} Современные западноафриканцы (например, йоруба из Ибадана , Нигерия, Менде из Сьерра-Леоне) могут иметь больше предков от этой линии в результате своего происхождения от базальных жителей Западной Африки. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} То же исследование также предполагает, что, по крайней мере, часть этой архаической примеси также присутствует у евразийцев/неафриканцев и что событие или события примеси варьируются от 0 до 124 тыс. лет назад, что включает период до миграции из Африки. и до раскола Африки и Евразии (таким образом, частично затронувшего общих предков как африканцев, так и евразийцев/неафриканцев). ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Чен и др. (2020) обнаружили, что африканцы имеют более высокое происхождение от неандертальцев, чем считалось ранее. 2504 африканских образца со всей Африки были проанализированы и проверены на неандертальское происхождение. Во всех африканских образцах были обнаружены доказательства незначительного неандертальского происхождения, но всегда на более низком уровне, чем у евразийцев. ^{[ 9 ]}

Даже до 300 000–200 000 лет назад, когда предки современных сан раньше всех, отделились от других современных людей, группой, которая отделилась от современных людей могли быть базальные жители Западной Африки. ^{[ 10 ]} Тем не менее, базальные жители Западной Африки не разделились до того, как неандертальцы отделились от современных людей. ^{[ 10 ]}

Западноафриканские охотники-собиратели, койсаны и тафоральты

В то время как менее простое моделирование (без базальных жителей Западной Африки) для происхождения собирателей Шум-Лака состояло из древних тафоральтов из иберомаврийской культуры и современных западноафриканцев, среди других типов моделирования , одно смоделировало происхождение собирателей Шум-Лака как 65 % базальных западноафриканских и 35% западноафриканских охотников-собирателей из западной части Центральной Африки . ^{[ 11 ]} отсутствует базальное западноафриканское происхождение Однако у современных охотников-собирателей Камеруна . ^{[ 11 ]}

Народы юга Африки (например, койсаны ), более близкие по происхождению к народам Восточной Африки, более отдалены по происхождению от народов Западной Африки. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Борясь с моделью, которая поддерживает южных африканцев как самую раннюю группу, отделившуюся от современных людей, базальные западноафриканцы как гипотетическую линию поддерживают две равновероятные модели: раннюю базальную группу из Восточной Африки, которая была частью древней генетической линии. структуры в Африке, являются частью современного происхождения современных западноафриканцев (например, йоруба, менде) или смешанного происхождения современных западноафриканцев (например, йоруба, менде) являются результатом ранних мигрирующие базальные группы из разных частей Африки (т. е. Юго-Восточной Африки , Западной Африки ). ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

Помимо сходства с остатками более базовой линии Африки к югу от Сахары (например, базовой линии Западной Африки, общей для народов йоруба и менде), ^{[ 10 ]}^{[ 12 ]} ДНК стран Африки к югу от Сахары у тафоральтов иберомаврийской . культуры может быть лучше всего представлена современными жителями Западной Африки (например, йоруба) ^{[ 12 ]}

Потомки

Народы йоруба и менде происходят от базальных жителей Западной Африки и другого набора предков, родственных восточноафриканцам и неафриканцам, что свидетельствует о миграции из Восточной Африки . ^{[ 10 ]} У народа йоруба меньше предков от базальных жителей Западной Африки, чем у народа менде. ^{[ 10 ]} которые имеют большое происхождение. ^{[ 13 ]} Более конкретно, люди йоруба имеют 9% базального западноафриканского происхождения, а люди менде имеют 13% базального западноафриканского происхождения. ^{[ 3 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Капелли, Кристиан; Монтинаро, Франческо (24 октября 2018 г.). «Генетика и история Южной Африки» . Оксфордская исследовательская энциклопедия истории Африки . Архив исследований Оксфордского университета. п. 7. дои : 10.1093/акр/9780190277734.013.446 . ISBN 978-0-19-027773-4 . S2CID 134983982 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Монтинаро, Франческо; Капелли, Кристиан (2018). «Эволюционная история Южной Африки» . Текущее мнение в области генетики и развития . 53 :160. doi : 10.1016/j.gde.2018.11.003 . ПМИД 30522870 . S2CID 54483869 .
^ Jump up to: ^а ^б Видаль, Жерар Серра (2018). «Понимание демографической истории человека в Африке посредством анализа последовательности всего генома» (PDF) . Университет Помпеу Фабра в Барселоне. п. 162. S2CID 108974583 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Дурвасула, Арун; Шанкарараман, Шрирам (2020). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ISSN 2375-2548 . OCLC 8538353312 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . S2CID 211472946 .
^ Сирак, Кендра А.; Савчук, Элизабет А.; Прендергаст, Мэри Э. (18 мая 2022 г.). «ДНК древнего человека и история населения Африки» (PDF) . Оксфордская исследовательская энциклопедия истории Африки . Издательство Оксфордского университета. стр. 10–11.
^ Дурвасула А., Шанкарараман С. (февраль 2020 г.). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . «Неафриканские популяции (ханьцы в Пекине и жители Юты северного и западноевропейского происхождения) также демонстрируют аналогичные закономерности в CSFS, что позволяет предположить, что компонент архаического происхождения был общим до разделения африканского и неафриканского населения... Одна из интерпретаций недавнего времени интрогрессии, которую мы документируем, заключается в том, что архаические формы сохранялись в Африке до недавнего времени. С другой стороны, архаичная популяция могла интрогрессировать в нее раньше. современная человеческая популяция, которая затем впоследствии скрестилась с предками популяций, которые мы здесь проанализировали. Модели, которые мы исследовали здесь, не являются взаимоисключающими, и вполне вероятно, что история африканских популяций включает генетический вклад от множества расходящихся популяций. , о чем свидетельствует большой эффективный размер популяции, связанный с интрогрессирующей архаической популяцией... Учитывая неопределенность в наших оценках времени интрогрессии, мы задались вопросом, стоит ли совместно анализировать CSFS обоих CEU (Жители штата Юта североевропейского и западноевропейского происхождения) и геномы YRI могут обеспечить дополнительное разрешение. В рамках модели C мы смоделировали интрогрессию до и после разделения между африканскими и неафриканскими популяциями и наблюдали качественные различия между двумя моделями в высокочастотных аллельных интервалах CSFS в африканских и неафриканских популяциях (рис. S40). ). Используя ABC для совместного сопоставления высокочастотных аллелей CSFS в CEU и YRI (определяемых как частота более 50%), мы обнаруживаем, что нижний предел 95% вероятного интервала времени интрогрессии старше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2800 против 2155 поколений BP), что указывает на то, что по крайней мере часть архаичных линий, наблюдаемых в YRI, также является общей с ЦЭУ..."
^ [1] Архивировано 7 декабря 2020 года в дополнительных материалах Wayback Machine для восстановления сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканских популяциях», раздел «S8.2». «Мы смоделировали данные, используя те же априорные данные, что и в разделе S5.2, но вычислили спектр. как для YRI [западноафриканская йоруба], так и для CEU [население европейского происхождения]. Мы обнаружили, что наиболее подходящими параметрами были архаичное время разделения 27 000 поколений назад (95% HPD: 26 000–28 000), доля примеси 0,09 (95% HPD: 0,04-0,17), время примеси 3000 поколений назад (95% HPD) : 2800–3400), а эффективная численность населения 19 700 человек (95% HPD: 19 300–20 200). Мы обнаружили, что нижняя граница времени примеси находится дальше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2155 поколений назад), что дает некоторые доказательства в пользу события, предшествовавшего выходу из Африки. Эта модель предполагает, что многие популяции за пределами Африки также должны содержать гаплотипы, возникшие в результате этого интрогрессионного события, хотя обнаружение затруднено, поскольку многие методы используют несмешанные внешние группы для обнаружения интрогрессивных гаплотипов [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula and Sankararaman , 2019] (5, 53, 22). Также возможно, что некоторые из этих гаплотипов были потеряны во время «узкого места» за пределами Африки».
^ Дурвасула А., Шанкарараман С. (февраль 2020 г.). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 .
^ Чен Л., Вольф А.Б., Фу В., Ли Л., Акей Дж.М. (февраль 2020 г.). «Выявление и интерпретация очевидного неандертальского происхождения у африканских людей» . Клетка . 180 (4): 677–687.e16. дои : 10.1016/j.cell.2020.01.012 . ПМИД 32004458 . S2CID 210955842 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Скоглунд, Понт; и др. (2017). «Реконструкция структуры доисторического населения Африки» . Клетка . 171 (1): 59–71.e21. дои : 10.1016/j.cell.2017.08.049 . ISSN 0092-8674 . OCLC 7144495602 . ПМК 5679310 . ПМИД 28938123 . S2CID 1257429 .
^ Jump up to: ^а ^б Липсон, Марк; и др. (2020). «Древние западноафриканские собиратели в контексте истории населения Африки» . Природа . 577 (7792): 668–669. Бибкод : 2020Natur.577..665L . дои : 10.1038/s41586-020-1929-1 . ISSN 0028-0836 . OCLC 8516105991 . ПМЦ 8386425 . ПМИД 31969706 . S2CID 210862788 .
^ Jump up to: ^а ^б Чон, Чунгвон (2020). «Современные тенденции в изучении древней ДНК: помимо миграции людей в Европе и вокруг нее» . Справочник по изучению мумий: новые рубежи в научных и культурных перспективах . Спрингер Природа. п. 6. дои : 10.1007/978-981-15-1614-6_10-1 . ISBN 978-981-15-1614-6 . OCLC 1182512815 . S2CID 226555687 .
^ Вонкам, Амбруаз; и др. (2022). «Секвенирование экзома семей из Ганы выявляет известные и потенциальные гены нарушения слуха» . Коммуникационная биология . 5 (1): 369. дои : 10.1038/s42003-022-03326-8 . OCLC 9478623435 . ПМК 9019055 . ПМИД 35440622 . S2CID 248264573 .

[Capelli-1] Jump up to: ^а ^б ^с Капелли, Кристиан; Монтинаро, Франческо (24 октября 2018 г.). «Генетика и история Южной Африки» . Оксфордская исследовательская энциклопедия истории Африки . Архив исследований Оксфордского университета. п. 7. дои : 10.1093/акр/9780190277734.013.446 . ISBN 978-0-19-027773-4 . S2CID 134983982 .

[Montinaro-2] Jump up to: ^а ^б ^с Монтинаро, Франческо; Капелли, Кристиан (2018). «Эволюционная история Южной Африки» . Текущее мнение в области генетики и развития . 53 :160. doi : 10.1016/j.gde.2018.11.003 . ПМИД 30522870 . S2CID 54483869 .

[Vidal-3] Jump up to: ^а ^б Видаль, Жерар Серра (2018). «Понимание демографической истории человека в Африке посредством анализа последовательности всего генома» (PDF) . Университет Помпеу Фабра в Барселоне. п. 162. S2CID 108974583 .

[Durvasula-4] Jump up to: ^а ^б ^с Дурвасула, Арун; Шанкарараман, Шрирам (2020). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ISSN 2375-2548 . OCLC 8538353312 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . S2CID 211472946 .

[Sirak-5] Сирак, Кендра А.; Савчук, Элизабет А.; Прендергаст, Мэри Э. (18 мая 2022 г.). «ДНК древнего человека и история населения Африки» (PDF) . Оксфордская исследовательская энциклопедия истории Африки . Издательство Оксфордского университета. стр. 10–11.

[6] Дурвасула А., Шанкарараман С. (февраль 2020 г.). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . «Неафриканские популяции (ханьцы в Пекине и жители Юты северного и западноевропейского происхождения) также демонстрируют аналогичные закономерности в CSFS, что позволяет предположить, что компонент архаического происхождения был общим до разделения африканского и неафриканского населения... Одна из интерпретаций недавнего времени интрогрессии, которую мы документируем, заключается в том, что архаические формы сохранялись в Африке до недавнего времени. С другой стороны, архаичная популяция могла интрогрессировать в нее раньше. современная человеческая популяция, которая затем впоследствии скрестилась с предками популяций, которые мы здесь проанализировали. Модели, которые мы исследовали здесь, не являются взаимоисключающими, и вполне вероятно, что история африканских популяций включает генетический вклад от множества расходящихся популяций. , о чем свидетельствует большой эффективный размер популяции, связанный с интрогрессирующей архаической популяцией... Учитывая неопределенность в наших оценках времени интрогрессии, мы задались вопросом, стоит ли совместно анализировать CSFS обоих CEU (Жители штата Юта североевропейского и западноевропейского происхождения) и геномы YRI могут обеспечить дополнительное разрешение. В рамках модели C мы смоделировали интрогрессию до и после разделения между африканскими и неафриканскими популяциями и наблюдали качественные различия между двумя моделями в высокочастотных аллельных интервалах CSFS в африканских и неафриканских популяциях (рис. S40). ). Используя ABC для совместного сопоставления высокочастотных аллелей CSFS в CEU и YRI (определяемых как частота более 50%), мы обнаруживаем, что нижний предел 95% вероятного интервала времени интрогрессии старше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2800 против 2155 поколений BP), что указывает на то, что по крайней мере часть архаичных линий, наблюдаемых в YRI, также является общей с ЦЭУ..."

[7] [1] Архивировано 7 декабря 2020 года в дополнительных материалах Wayback Machine для восстановления сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканских популяциях», раздел «S8.2». «Мы смоделировали данные, используя те же априорные данные, что и в разделе S5.2, но вычислили спектр. как для YRI [западноафриканская йоруба], так и для CEU [население европейского происхождения]. Мы обнаружили, что наиболее подходящими параметрами были архаичное время разделения 27 000 поколений назад (95% HPD: 26 000–28 000), доля примеси 0,09 (95% HPD: 0,04-0,17), время примеси 3000 поколений назад (95% HPD) : 2800–3400), а эффективная численность населения 19 700 человек (95% HPD: 19 300–20 200). Мы обнаружили, что нижняя граница времени примеси находится дальше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2155 поколений назад), что дает некоторые доказательства в пользу события, предшествовавшего выходу из Африки. Эта модель предполагает, что многие популяции за пределами Африки также должны содержать гаплотипы, возникшие в результате этого интрогрессионного события, хотя обнаружение затруднено, поскольку многие методы используют несмешанные внешние группы для обнаружения интрогрессивных гаплотипов [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula and Sankararaman , 2019] (5, 53, 22). Также возможно, что некоторые из этих гаплотипов были потеряны во время «узкого места» за пределами Африки».

[8] Дурвасула А., Шанкарараман С. (февраль 2020 г.). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 .

[Identifying_and_Interpreting_Appare2-9] Чен Л., Вольф А.Б., Фу В., Ли Л., Акей Дж.М. (февраль 2020 г.). «Выявление и интерпретация очевидного неандертальского происхождения у африканских людей» . Клетка . 180 (4): 677–687.e16. дои : 10.1016/j.cell.2020.01.012 . ПМИД 32004458 . S2CID 210955842 .

[Skoglund-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Скоглунд, Понт; и др. (2017). «Реконструкция структуры доисторического населения Африки» . Клетка . 171 (1): 59–71.e21. дои : 10.1016/j.cell.2017.08.049 . ISSN 0092-8674 . OCLC 7144495602 . ПМК 5679310 . ПМИД 28938123 . S2CID 1257429 .

[Lipson-11] Jump up to: ^а ^б Липсон, Марк; и др. (2020). «Древние западноафриканские собиратели в контексте истории населения Африки» . Природа . 577 (7792): 668–669. Бибкод : 2020Natur.577..665L . дои : 10.1038/s41586-020-1929-1 . ISSN 0028-0836 . OCLC 8516105991 . ПМЦ 8386425 . ПМИД 31969706 . S2CID 210862788 .

[Jeong-12] Jump up to: ^а ^б Чон, Чунгвон (2020). «Современные тенденции в изучении древней ДНК: помимо миграции людей в Европе и вокруг нее» . Справочник по изучению мумий: новые рубежи в научных и культурных перспективах . Спрингер Природа. п. 6. дои : 10.1007/978-981-15-1614-6_10-1 . ISBN 978-981-15-1614-6 . OCLC 1182512815 . S2CID 226555687 .

[Wonkam-13] Вонкам, Амбруаз; и др. (2022). «Секвенирование экзома семей из Ганы выявляет известные и потенциальные гены нарушения слуха» . Коммуникационная биология . 5 (1): 369. дои : 10.1038/s42003-022-03326-8 . OCLC 9478623435 . ПМК 9019055 . ПМИД 35440622 . S2CID 248264573 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]