Консорциум RNAi

Консорциум RNAi , или TRC, представляет собой государственно-частное партнерство , миссией которого является создание библиотек малых шпилечных РНК (shRNA) для 15 000 человеческих и 15 000 мышиных генов . Эти библиотеки должны помочь научному сообществу анализировать функции генов с помощью РНКи . Консорциум базируется на базе Института Броуда Массачусетского технологического института и Гарвардского университета и включает в себя 6 учреждений, связанных с MIT и Гарвардом, а также 5 международных организаций, занимающихся науками о жизни. Проверенные клоны RNAi и целые библиотеки предоставляются как Sigma-Aldrich , так и Open Biosystems.

Выбор шпильки

Набор шпилек-кандидатов отбирается на основе первого Refseq транскрипта каждого гена NCBI . Они должны быть 21-мерными, находиться на расстоянии не менее 25 п.н. от начала кодирующей последовательности и не ближе 150 п.н. от ее конца. Кандидаты оцениваются на основе различных эмпирических правил (полный список см. на веб-сайте Института Броуда [1] ), а затем BLAST сравниваются с двумя транскриптомов наборами шпильки, уникальные для кластера Unigene . Предпочтительны и идентификатор RefSeq NM. Наконец, кандидаты располагаются так, чтобы иметь одну шпильку в 3'-нетранслируемой области и четыре в кодирующей последовательности.

Вектор шпильки

Отобранные шпильки клонируют в вектор pLKO1, который представляет собой многоцелевую плазмиду , которую можно размножать в бактериях , трансфицировать в млекопитающих клеточные линии или использовать для создания лентивирусов . Он содержит гены устойчивости к ампициллину и пуромицину .

Выпускать

Выпуск 1 библиотек лентивирусных shRNA TRC состоит из около 35 000 конструкций shRNA против 5 300 генов человека (25 000 клонов) и 2200 генов мыши (10 000 клонов). Версия 2 библиотеки shRNA человека содержала дополнительные 9500 клонов. Релизы происходят примерно каждый квартал. Завершение создания как мышиных, так и человеческих библиотек запланировано на конец 2006 или начало 2007 года.

Внешние ссылки