КАМЕО3D

Непрерывная автоматизированная оценка модели (CAMEO) — это проект всего сообщества, целью которого является непрерывная оценка точности и надежности серверов прогнозирования структуры белков в полностью автоматизированном режиме. ^[1] CAMEO — это непрерывное и полностью автоматизированное дополнение к эксперименту CASP, проводимому два раза в год . ^[2]

В настоящее время, ^{[ нужны разъяснения ]} CAMEO оценивает прогнозы для прогнозируемых трехмерных белковых структур (3D), прогнозов сайтов связывания лигандов в белках (LB) и инструментов оценки качества модели (QE).

Рабочий процесс

CAMEO выполняет слепую оценку методов прогнозирования структуры белков на основе еженедельных выпусков вновь определенных экспериментальных структур из Банка данных белков (PDB) . Аминокислотные последовательности белковых структур, которые скоро будут выпущены, передаются участвующим веб-серверам. Веб-серверы возвращают свои прогнозы в CAMEO, и прогнозы, полученные до публикации экспериментальных структур, включаются в оценку точности прогнозов. В отличие от эксперимента CASP , сравнение прогнозируемых и справочных данных полностью автоматизировано и, следовательно, требует числовых мер расстояния, устойчивых к относительным перемещениям доменов . ^[3]

История

КАМЕО был разработан ^{[ когда? ]} в рамках портала белковых моделей ^[4] модуль Базы знаний структурной биологии ^[5] в рамках Инициативы по структуре белка . CAMEO разрабатывается группой вычислительной структурной биологии Швейцарского института биоинформатики SIB и Биоцентра Базельского университета . ^{[ нужна ссылка ]}

Ранее проектами с похожими целями были EVA и LiveBench . ^{[ нужна ссылка ]}

См. также

Программное обеспечение для прогнозирования структуры белка

Ссылки

^ Хаас, Дж; Рот, С; Арнольд, К; Кифер, Ф; Шмидт, Т; Бордоли, Л; Шведе, Т. (2013). «Портал моделей белков — комплексный ресурс по структуре белков и информации о моделях» . База данных . 2013 : bat031. дои : 10.1093/база данных/bat031 . ПМЦ 3889916 . ПМИД 23624946 .
^ Моулт, Дж; Фиделис, К; Крыштафович А; Шведе, Т; Трамонтано, А. (февраль 2014 г.). «Критическая оценка методов прогнозирования структуры белков (CASP) - раунд x» . Белки . 82 Приложение 2: 1–6. дои : 10.1002/прот.24452 . ПМЦ 4394854 . ПМИД 24344053 .
^ Мариани, В; Биазини, М; Барбато, А; Шведе, Т. (1 ноября 2013 г.). «lDDT: локальная оценка без суперпозиции для сравнения белковых структур и моделей с использованием тестов на разницу расстояний» . Биоинформатика . 29 (21): 2722–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btt473 . ПМЦ 3799472 . ПМИД 23986568 .
^ Арнольд, К; Кифер, Ф; Копп, Дж; Бэтти, JN; Подвинец, М; Уэстбрук, доктор юридических наук; Берман, HM; Бордоли, Л; Шведе, Т. (март 2009 г.). «Портал белковых моделей» . Журнал структурной и функциональной геномики . 10 (1): 1–8. дои : 10.1007/s10969-008-9048-5 . ПМК 2704613 . ПМИД 19037750 .
^ Габани, MJ; Адамс, PD; Арнольд, К; Бордоли, Л; Картер, LG; Флиппен-Андерсен, Дж; Гиффорд, Л; Хаас, Дж; Куранов А; Маклафлин, Вашингтон; Микаллеф, Д.И.; Минор, Вт; Шах, Р; Шведе, Т; Тао, Ю.П.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Циммерман, М; Берман, Ее Величество (июль 2011 г.). «База знаний по структурной биологии: портал к белковым структурам, последовательностям, функциям и методам» . Журнал структурной и функциональной геномики . 12 (2): 45–54. дои : 10.1007/s10969-011-9106-2 . ПМК 3123456 . ПМИД 21472436 .

Внешние ссылки

[1] Хаас, Дж; Рот, С; Арнольд, К; Кифер, Ф; Шмидт, Т; Бордоли, Л; Шведе, Т. (2013). «Портал моделей белков — комплексный ресурс по структуре белков и информации о моделях» . База данных . 2013 : bat031. дои : 10.1093/база данных/bat031 . ПМЦ 3889916 . ПМИД 23624946 .

[2] Моулт, Дж; Фиделис, К; Крыштафович А; Шведе, Т; Трамонтано, А. (февраль 2014 г.). «Критическая оценка методов прогнозирования структуры белков (CASP) - раунд x» . Белки . 82 Приложение 2: 1–6. дои : 10.1002/прот.24452 . ПМЦ 4394854 . ПМИД 24344053 .

[3] Мариани, В; Биазини, М; Барбато, А; Шведе, Т. (1 ноября 2013 г.). «lDDT: локальная оценка без суперпозиции для сравнения белковых структур и моделей с использованием тестов на разницу расстояний» . Биоинформатика . 29 (21): 2722–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btt473 . ПМЦ 3799472 . ПМИД 23986568 .

[4] Арнольд, К; Кифер, Ф; Копп, Дж; Бэтти, JN; Подвинец, М; Уэстбрук, доктор юридических наук; Берман, HM; Бордоли, Л; Шведе, Т. (март 2009 г.). «Портал белковых моделей» . Журнал структурной и функциональной геномики . 10 (1): 1–8. дои : 10.1007/s10969-008-9048-5 . ПМК 2704613 . ПМИД 19037750 .

[5] Габани, MJ; Адамс, PD; Арнольд, К; Бордоли, Л; Картер, LG; Флиппен-Андерсен, Дж; Гиффорд, Л; Хаас, Дж; Куранов А; Маклафлин, Вашингтон; Микаллеф, Д.И.; Минор, Вт; Шах, Р; Шведе, Т; Тао, Ю.П.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Циммерман, М; Берман, Ее Величество (июль 2011 г.). «База знаний по структурной биологии: портал к белковым структурам, последовательностям, функциям и методам» . Журнал структурной и функциональной геномики . 12 (2): 45–54. дои : 10.1007/s10969-011-9106-2 . ПМК 3123456 . ПМИД 21472436 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]