База данных молекулярных движений

База данных макромолекулярных движений
Оригинальный автор(ы)	Марк Б. Герштейн ; Вернер Г. Кребс
Разработчик(и)	Команда molmovdb.org в Йельском университете
Первоначальный выпуск	1996 год ; 28 лет назад
Тип	биоинформатики база данных , Программное обеспечение как услуга
Веб-сайт	молмовдб .org

База данных макромолекулярных движений — это биоинформационная база данных и инструмент «программное обеспечение как услуга» , который пытаетсяклассифицировать макромолекулярные движения, иногда также известные как конформационные изменения . ^[4]^[5]^[6] Первоначально он был разработан Марком Б. Герштейном , Вернером Кребсом и Натом Эколсом на факультете молекулярной биофизики и биохимии Йельского университета . ^[7]^[8]

Обсуждение

С момента своего появления в конце 1990-х годов рецензируемые статьи в базе данных получили тысячи цитирований. ^[9]^[10] База данных упоминалась в новостных статьях в крупных научных журналах. ^[4]^[6] главы книги, ^[5] и в других местах. ^[7]^[8]

Пользователи могут искать в базе данных определенное движение либо по белка названию , либо по идентификационному номеру банка данных белков . ^[1] Однако обычно пользователи входят в базу данных через Банк данных белков , который часто предоставляет гиперссылку на запись molmovdb для белков, обнаруженных в обеих базах данных.

База данных включает в себя веб-инструмент (сервер Morph), который позволяет неспециалистам анимировать и визуализировать определенные типы конформационных изменений белков посредством создания коротких фильмов. Эта система использует методы молекулярного моделирования для интерполяции структурных изменений между двумя разными конформерами белка и создания набора промежуточных структур. Гиперссылка, указывающая на результаты морфинга, затем отправляется пользователю по электронной почте. ^[3]

Morph Server изначально был в первую очередь исследовательским инструментом, а не общим инструментом молекулярной анимации, и поэтому предлагал лишь ограниченный пользовательский контроль над рендерингом, параметрами анимации, цветом и точкой зрения, а исходные методы иногда требовали изрядного количества процессорного времени для завершения. . ^[11] С момента своего первого появления в 1996 году база данных и связанный с ней морф-сервер подвергались разработке, чтобы попытаться устранить некоторые из этих недостатков. ^[2]^[12] а также добавить новые функции, такие как анализ нормального режима . ^[13] Другие исследовательские центры впоследствии разработали альтернативные системы, такие как MovieMaker . Архивировано 24 января 2016 г. на Wayback Machine из Университета Альберты . ^[11]

Коммерциализация

Поставщик биоинформатики DNASTAR включил морфы из базы данных в свой коммерческий продукт Protean3D. ^[14]^[15] Связь между DNASTAR и авторами базы данных, если таковая имеется, не сразу ясна.

См. также

База данных конформационного разнообразия белков

Примечания

Гу, Дженни; Борн, Филип Э. (март 2009 г.). Структурная биоинформатика (2-е изд.). Уайли-Блэквелл. ISBN 978-0-470-18105-8 .
Фрауэнфельдер, Ганс (10 июня 2010 г.). «Глава 26 о движении белков». Физика белков: введение в биологическую физику и молекулярную биофизику (биологическая и медицинская физика, биомедицинская инженерия) . Спрингер. ISBN 978-1441910431 .
Фрауэнфельдер Х (20 апреля 1989 г.). «Новый взгляд на движение белков». Природа . 338 (6217): 623–4. Бибкод : 1989Natur.338..623F . дои : 10.1038/338623a0 . S2CID 33628943 .
Александров В., Ленерт У., Эколс Н., Милберн Д., Энгельман Д., Герштейн М. (март 2005 г.). «Нормальные режимы прогнозирования движения белков: комплексная оценка базы данных и связанный с ней веб-инструмент» . Белковая наука . 14 (3): 633–43. дои : 10.1110/ps.04882105 . ПМК 2279292 . ПМИД 15722444 .
Александров В., Герштейн М. (январь 2004 г.). «Использование трехмерных скрытых марковских моделей, которые явно представляют пространственные координаты, для моделирования и сравнения белковых структур» . БМК Биоинформатика . 5 :2. дои : 10.1186/1471-2105-5-2 . ПМЦ 344530 . ПМИД 14715091 .
Эколс Н., Милберн Д., Герштейн М. (январь 2003 г.). «MolMovDB: анализ и визуализация конформационных изменений и структурной гибкости» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (1): 478–82. дои : 10.1093/нар/gkg104 . ПМК 165551 . ПМИД 12520056 .
Кребс В.Г., Александров В., Уилсон К.А., Эколс Н., Ю.Х., Герштейн М. (сентябрь 2002 г.). «Анализ нормального режима движения макромолекул в рамках базы данных: разработка концентрации режима как полезной классифицирующей статистики». Белки . 48 (4): 682–95. дои : 10.1002/прот.10168 . ПМИД 12211036 . S2CID 1132091 .

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Герштейн М., Кребс В. (сентябрь 1998 г.). «База данных макромолекулярных движений» . Нуклеиновые кислоты Рез . 26 (18): 4280–90. дои : 10.1093/нар/26.18.4280 . ПМЦ 147832 . ПМИД 9722650 .
^ Jump up to: ^а ^б Флорес, С; Эчолс, Н; Милберн, Д; Хеспенхайде, Б; Китинг, К; Лу, Дж; Уэллс, С; Ю, ЭЗ; Торп, М; Герштейн, М (2006). «База данных макромолекулярных движений: новые функции, добавленные по прошествии десятилетия» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D296–301. дои : 10.1093/nar/gkj046 . ПМК 1347409 . ПМИД 16381870 .
^ Jump up to: ^а ^б Кребс В.Г., Герштейн М. (апрель 2000 г.). «ОБЗОР И РЕЗЮМЕ: Морф-сервер: стандартизированная система для анализа и визуализации движений макромолекул в базе данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (8): 1665–75. дои : 10.1093/нар/28.8.1665 . ПМЦ 102811 . ПМИД 10734184 .
^ Jump up to: ^а ^б «Горячие выборы». Наука . 284 (5416): 871б–871. 07.05.1999. дои : 10.1126/science.284.5416.871b . ISSN 0036-8075 . S2CID 220104660 .
^ Jump up to: ^а ^б Борн П.Е., Хельге В., ред. (2003). Структурная биоинформатика . Хобокен, Нью-Джерси: Вили-Лисс. п. 229 . ISBN 978-0-471-20199-1 . OCLC 50199108 .
^ Jump up to: ^а ^б Борн, ЧП; Мюррей-Раст, Дж; Лейки Дж. Х. (февраль 1999 г.). «Взаимодействие белков и нуклеиновых кислот. Веб-предупреждение о сворачивании и связывании». Современное мнение в области структурной биологии . 9 (1): 9–10. дои : 10.1016/S0959-440X(99)90000-3 .
^ Jump up to: ^а ^б «Морфы» . Протеопеида . Проверено 30 октября 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б Борнер (ред.). Инструменты управления знаниями и визуализации в поддержку открытий (Отчет семинара NSF) (PDF) (Отчет). Семинар Национального научного фонда. п. 5. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 г. Проверено 26 декабря 2015 г.
^ «Марк Герштейн — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 26 декабря 2015 г.
^ «Вернер Г. Кребс — Цитаты Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 26 декабря 2015 г.
^ Jump up to: ^а ^б Маити Р., Ван Домселар Г.Х., Вишарт Д.С. (июль 2005 г.). «MovieMaker: веб-сервер для быстрого рендеринга движений и взаимодействий белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (проблема с веб-сервером): W358–62. дои : 10.1093/nar/gki485 . ПМК 1160245 . ПМИД 15980488 .
^ Александров В., Герштейн М. (январь 2004 г.). «Использование трехмерных скрытых марковских моделей, которые явно представляют пространственные координаты, для моделирования и сравнения белковых структур» . БМК Биоинформатика . 5 :2. дои : 10.1186/1471-2105-5-2 . ПМЦ 344530 . ПМИД 14715091 .
^ Александров В., Ленерт У., Эколс Н., Милберн Д., Энгельман Д., Герштейн М. (март 2005 г.). «Нормальные режимы прогнозирования движения белков: комплексная оценка базы данных и связанный с ней веб-инструмент» . Белковая наука . 14 (3): 633–43. дои : 10.1110/ps.04882105 . ПМК 2279292 . ПМИД 15722444 .
^ «Библиотека движений в документации Protean3D» . www.dnastar.com . Проверено 13 ноября 2015 г.
^ «Обзор Protean3D» . www.dnastar.com . Проверено 13 ноября 2015 г.

Внешние ссылки

[:1998-1] Jump up to: ^а ^б Герштейн М., Кребс В. (сентябрь 1998 г.). «База данных макромолекулярных движений» . Нуклеиновые кислоты Рез . 26 (18): 4280–90. дои : 10.1093/нар/26.18.4280 . ПМЦ 147832 . ПМИД 9722650 .

[updates-2] Jump up to: ^а ^б Флорес, С; Эчолс, Н; Милберн, Д; Хеспенхайде, Б; Китинг, К; Лу, Дж; Уэллс, С; Ю, ЭЗ; Торп, М; Герштейн, М (2006). «База данных макромолекулярных движений: новые функции, добавленные по прошествии десятилетия» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D296–301. дои : 10.1093/nar/gkj046 . ПМК 1347409 . ПМИД 16381870 .

[morph-3] Jump up to: ^а ^б Кребс В.Г., Герштейн М. (апрель 2000 г.). «ОБЗОР И РЕЗЮМЕ: Морф-сервер: стандартизированная система для анализа и визуализации движений макромолекул в базе данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 28 (8): 1665–75. дои : 10.1093/нар/28.8.1665 . ПМЦ 102811 . ПМИД 10734184 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^б «Горячие выборы». Наука . 284 (5416): 871б–871. 07.05.1999. дои : 10.1126/science.284.5416.871b . ISSN 0036-8075 . S2CID 220104660 .

[:3-5] Jump up to: ^а ^б Борн П.Е., Хельге В., ред. (2003). Структурная биоинформатика . Хобокен, Нью-Джерси: Вили-Лисс. п. 229 . ISBN 978-0-471-20199-1 . OCLC 50199108 .

[bourne-6] Jump up to: ^а ^б Борн, ЧП; Мюррей-Раст, Дж; Лейки Дж. Х. (февраль 1999 г.). «Взаимодействие белков и нуклеиновых кислот. Веб-предупреждение о сворачивании и связывании». Современное мнение в области структурной биологии . 9 (1): 9–10. дои : 10.1016/S0959-440X(99)90000-3 .

[:2-7] Jump up to: ^а ^б «Морфы» . Протеопеида . Проверено 30 октября 2015 г.

[:5-8] Jump up to: ^а ^б Борнер (ред.). Инструменты управления знаниями и визуализации в поддержку открытий (Отчет семинара NSF) (PDF) (Отчет). Семинар Национального научного фонда. п. 5. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 г. Проверено 26 декабря 2015 г.

[9] «Марк Герштейн — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 26 декабря 2015 г.

[10] «Вернер Г. Кребс — Цитаты Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 26 декабря 2015 г.

[Maiti-11] Jump up to: ^а ^б Маити Р., Ван Домселар Г.Х., Вишарт Д.С. (июль 2005 г.). «MovieMaker: веб-сервер для быстрого рендеринга движений и взаимодействий белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (проблема с веб-сервером): W358–62. дои : 10.1093/nar/gki485 . ПМК 1160245 . ПМИД 15980488 .

[12] Александров В., Герштейн М. (январь 2004 г.). «Использование трехмерных скрытых марковских моделей, которые явно представляют пространственные координаты, для моделирования и сравнения белковых структур» . БМК Биоинформатика . 5 :2. дои : 10.1186/1471-2105-5-2 . ПМЦ 344530 . ПМИД 14715091 .

[13] Александров В., Ленерт У., Эколс Н., Милберн Д., Энгельман Д., Герштейн М. (март 2005 г.). «Нормальные режимы прогнозирования движения белков: комплексная оценка базы данных и связанный с ней веб-инструмент» . Белковая наука . 14 (3): 633–43. дои : 10.1110/ps.04882105 . ПМК 2279292 . ПМИД 15722444 .

[14] «Библиотека движений в документации Protean3D» . www.dnastar.com . Проверено 13 ноября 2015 г.

[15] «Обзор Protean3D» . www.dnastar.com . Проверено 13 ноября 2015 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]