Лиран Кармель

Лиран Кармель
Лиран Кармель
Лиран Кармель
Рожденный	7 августа 1971 г. ( 53 года)
Национальность	Израильский
Альма-матер	Тель-Авивский университет , Технион – Израильский технологический институт, Научный институт Вейцмана.
Известный	Исследования в области молекулярной эволюции, эволюции человека, молекулярной истории и древней ДНК.
Награды	Премия Массри (2021), кафедра генетики Снайдера Гранадара
	Научная карьера
Поля	Молекулярная эволюция
Учреждения	Еврейский университет Иерусалима
Веб-сайт	Кармелаб .доказательство .и .The

Лиран Кармель (ивр. לירן כרמל, род. 7 августа 1971) — израильский учёный, профессор вычислительной биологии в Институте наук о жизни Александра Зильбермана Еврейского университета в Иерусалиме . Кармель является заведующим кафедрой генетики имени Снайдера в Гранадаре и лауреатом премии Массри 2021 года за исследования в области древней ДНК.

Биография

Кармель родилась и выросла в Израиле. Он учился на степень бакалавра наук . получил степень доктора физики в Академическом Атуде и служил в армии физиком в компании Rafael Advanced Defense Systems Ltd. Во время службы в армии он получил степень магистра наук . степень по квантовой механике в Технионе — Израильском технологическом институте под руководством Ади Манна. После военной службы Кармель защитил докторскую диссертацию . степень по математике и информатике в Институте науки Вейцмана под руководством Дэвида Харела . В своей докторской диссертации Кармель разработала алгоритмы кодирования и оцифровки запахов и возглавляла группу алгоритмов в компании, которая разрабатывала средства компьютеризированной передачи запахов. В 2004 году Кармель отправился в США для прохождения постдокторской диссертации в Национальных институтах здравоохранения (NIH) в Бетесде, штат Мэриленд , где он специализировался на молекулярной эволюции в исследовательской группе Юджина Кунина .

Кармель вернулся в Израиль в 2008 году и основал исследовательскую группу по вычислительной биологии на факультете генетики Института наук о жизни Александра Зильбермана Еврейского университета в Иерусалиме . В 2016 году его пригласили в качестве старшего приглашенного профессора в Университет Нового Южного Уэльса в Сиднее , Австралия, где он провёл год.

Исследовать

Кармель изучает вычислительную молекулярную эволюцию и особенно интересуется эволюцией человека и древней ДНК . Он опубликовал десятки научных работ в этих областях.

В 2014 году вместе с профессором Эраном Мешорером он разработал вычислительную технику для реконструкции полногеномных карт метилирования ДНК (ключевого эпигенетического механизма) по древним последовательностям ДНК. Он применил этот метод к древней ДНК неандертальцев и денисовцев и, таким образом, был первым, кто реконструировал эпигенетические закономерности архаичных людей и идентифицировал гены, которые дифференциально метилированы у архаичных и современных людей. ^{[ 1 ]} В число этих генов входит множество генов, которые экспрессируются в головном мозге и связаны с неврологическими расстройствами, такими как болезнь Альцгеймера , аутизм и шизофрения . Эта работа вошла в десятку лучших открытий 2014 года по версии журнала Archeology . ^{[ 2 ]}

В 2017 году Кармель разработала инструмент, который идентифицирует органы и части тела, преимущественно обогащенные набором генов. ^{[ 3 ]} Этот инструмент помогает понять, как на организм человека влияют изменения уровня экспрессии генов. Объединив этот инструмент со своими исследованиями закономерностей метилирования ДНК у архаичных людей и вместе с профессором Эраном Мешорером, Кармель в 2020 году показал, что анатомия голоса и лица современных людей отличается от анатомии неандертальцев и денисовцев. ^{[ 4 ]} Это указывает на захватывающие эволюционные процессы, произошедшие за последние сотни тысяч лет и повлиявшие на голосовой аппарат современного человека.

известно очень мало Об анатомии денисовца , поскольку его подтвержденные физические останки включают палец, несколько зубов и нижнюю челюсть. ^{[ 5 ]} В 2019 году Кармель разработала вычислительную технику, которая использует реконструированные карты метилирования ДНК у архаичных людей вместе с медицинской информацией о фенотипических эффектах генов, лежащих в основе моногенных заболеваний, для создания анатомического профиля архаичных групп людей. ^{[ 6 ]} Он применил эту технику к древней ДНК денисовской девушки, чтобы создать первый анатомический профиль этих архаичных людей. среди научных прорывов 2019 года Эта работа была выбрана журналом Science . ^{[ 7 ]} выиграл 1-й приз зрительских симпатий за научный прорыв 2019 года, ^{[ 7 ]} и был выбран журналом Science News среди 10 главных новостей года. ^{[ 8 ]}

В 2020 году Кармель опубликовал исследование генетики хананеев . ^{[ 9 ]} В этой работе он секвенировал ДНК десятков хананеев, которые жили в Южном Леванте в эпоху бронзы , в таких местах, как Мегиддо и Хацор . Кармель обнаружил, что хананеи сформировались как смесь местного населения с людьми, прибывшими с северо-востока, из регионов, которые сегодня включают западный Иран и Кавказ , и что этот процесс продолжался сотни лет. Кармель также обнаружил, что различные ханаанские популяции в Южном Леванте принадлежали к одной и той же генетической популяции. В этом исследовании Кармель разработал метод ^{[ 10 ]} который он использовал, чтобы показать, что древнее население бронзового века из Южного Леванта, Кавказа и западного Ирана внесло существенный вклад в генетику современного левантийского населения, такого как еврейские группы и арабоязычные группы.

Награды и почести

Кармель является лауреатом премии Массри 2021 года , которую он выиграл вместе с профессорами Сванте Паабо и Дэвидом Райхом за вклад в область древней ДНК.
Премия Майкла Милкена 2019 года. ^{[ 11 ]}

Ссылки

^ Гохман, Дэвид; Жизнь, Эйтан; Прюфер, Кей; Фрага, Марио Ф.; Рианчо, Хосе А.; Келсо, Джанет; Паабо, Сванте; Мешорер, Эран; Кармель, Лиран (2 мая 2014 г.). «Реконструкция карт метилирования ДНК неандертальца и денисовца» . Наука . 344 (6183): 523–527. Бибкод : 2014Sci...344..523G . дои : 10.1126/science.1250368 . ПМИД 24786081 . S2CID 28665590 .
^ «10 лучших открытий 2014 года» . Журнал археологии .
^ Гохман, Дэвид; Кельман, Гай; Амартели, Адир; Гершон, Гай; Цур, Шира; Кармель, Лиран (21 апреля 2017 г.). «Gene ORGANizer: связывание генов с органами, на которые они влияют» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (П1): И138–П145. дои : 10.1093/нар/gkx302 . ПМК 5570240 . ПМИД 28444223 .
^ Гохман, Дэвид; Ниссим-Рафиния, Малка; Агранат-Тамир, Лилия; Хаусман, Женевьева; Гарсиа-Перес, Ракель; Лизано, Эстер; Чероне, Оливия; Маллик, Свапан; Ньевес-Колон, Мария А.; Ли, Хэн; Алпаслан-Роденберг, Сонгюль; Новак, Марио; Гу, Хунцан; Осинский, Джейсон М.; Феррандо-Берналь, Мануэль; Гелаберт, Пере; Липенде, Идди; Мджунгу, Деус; Кондова, Иванела; Бонтроп, Рональд; Куллмер, Оттмар; Вебер, Герхард; Шахар, Таль; Двир-Гинзберг, Мона; Фаерман, Марина; Куиллен, Эллен Э.; Мейснер, Александр; Лахав, Йонатан; Кандель, Леонид; Либергалл, Меир; Прада, Мария Э.; Видаль, Хулио М.; Гроностайски, Ричард М.; Стоун, Энн К.; Якир, Бенджамин; Лалуэса-Фокс, Карлес; Пинхаси, Рон; Райх, Дэвид; Маркес-Боне, Томас; Мешорер, Эран; Кармель, Лиран (4 марта 2020 г.). «Дифференциальное метилирование ДНК генов голосовой и лицевой анатомии у современных людей» . Природные коммуникации . 11 (1): 1189. Бибкод : 2020NatCo..11.1189G . дои : 10.1038/s41467-020-15020-6 . ПМК 7055320 . ПМИД 32132541 .
^ Чен, Фаху; Велкер, Фридо; Шен, Чуан-Чжоу; Бейли, Шара Э.; Бергманн, Инга; Дэвис, Саймон; Ся, Хуан; Ван, Хуэй; Фишер, Роман; Фридлайн, Сара Э.; Ю, Цай-Луэн; Скиннер, Мэтью М.; Стельцер, Стефани; Донг, Гуанжун; Фу, Цяомэй; Донг, Гуанхуэй; Ван, Цзянь; Чжан, Донджу; Юблин, Жан-Жак (май 2019 г.). «Денисовская нижняя челюсть позднего среднего плейстоцена с Тибетского нагорья» (PDF) . Природа . 569 (7756): 409–412. Бибкод : 2019Natur.569..409C . дои : 10.1038/s41586-019-1139-x . ПМИД 31043746 . S2CID 141503768 .
^ Гохман, Дэвид; Мишол, Надав; Мануэль, Марк де; Хуан, Дэвид де; Шукрун, Джонатан; Мешорер, Эран; Маркес-Боне, Томас; Рак, Йоэль; Кармель, Лиран (19 сентября 2019 г.). «Реконструкция денисовской анатомии с использованием карт метилирования ДНК» . Клетка . 179 (1): 180–192.e10. дои : 10.1016/j.cell.2019.08.035 . ПМИД 31539495 . S2CID 202676502 .
^ Jump up to: ^а ^б «Прорыв года 2019» . Наука .
^ «10 главных историй 2019 года: картина черной дыры, вспышки кори, климатические протесты и многое другое» . Новости науки . 16 декабря 2019 г.
^ Агранат-Тамир, Лилия; Вальдман, Шамам; Мартин, Марио А.С.; Гохман, Дэвид; Мишол, Надав; Эшель, Цилла; Чероне, Оливия; Роланд, Надин; Маллик, Свапан; Адамски, Николь; Лоусон, Энн Мари; Ма, Мэтью; Мишель, Меган; Оппенгеймер, Йонас; Стюардсон, Кристин; Кандилио, Франческа; Китинг, Дениз; Гамарра, Беатрис; Цур, Шей; Новак, Марио; Калишер, Рэйчел; Бешар, Шломит; Эшед, Веред; Кеннетт, Дуглас Дж.; Фаерман, Марина; Яхалом-Мак, Наама; Монж, Джанет М.; Говрин, Иуда; Эрель, Игаль; Якир, Бенджамин; Пинхаси, Рон; Карми, Шай; Финкельштейн, Израиль; Кармель, Иран; Райх, Дэвид (28 мая 2020 г.). «Геномная история Южного Леванта бронзового века» . Клетка . 181 (5): 1146–1157.e11. дои : 10.1016/j.cell.2020.04.024 . ПМЦ 10212583 . ПМИД 32470400 . S2CID 219105441 .
^ Агранат-Тамир, Лилия; Вальдман, Шамам; Розен, Наоми; Якир, Бенджамин; Карми, Шай; Кармель, Лиран (11 декабря 2021 г.). «ЛИНДМИКС: оценка влияния древних примесей на современные популяции». Биоинформатика . 37 (24): 4744–4755. doi : 10.1093/биоинформатика/btab531 . ПМИД 34270685 .
^ «Премия Майкла Милкена выдающимся учителям» Института естественных наук Александра Сильвермана .

Внешние ссылки

[Gokhman_Lavi_Prüfer_et_al_2014-1] Гохман, Дэвид; Жизнь, Эйтан; Прюфер, Кей; Фрага, Марио Ф.; Рианчо, Хосе А.; Келсо, Джанет; Паабо, Сванте; Мешорер, Эран; Кармель, Лиран (2 мая 2014 г.). «Реконструкция карт метилирования ДНК неандертальца и денисовца» . Наука . 344 (6183): 523–527. Бибкод : 2014Sci...344..523G . дои : 10.1126/science.1250368 . ПМИД 24786081 . S2CID 28665590 .

[Top_10_Discoveries_of_2014-2] «10 лучших открытий 2014 года» . Журнал археологии .

[Gokhman_Kelman_Amartely_et_al_2017-3] Гохман, Дэвид; Кельман, Гай; Амартели, Адир; Гершон, Гай; Цур, Шира; Кармель, Лиран (21 апреля 2017 г.). «Gene ORGANizer: связывание генов с органами, на которые они влияют» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (П1): И138–П145. дои : 10.1093/нар/gkx302 . ПМК 5570240 . ПМИД 28444223 .

[Gokhman_Nissim-Rafinia_Agranat-Tamir_et_al_2020-4] Гохман, Дэвид; Ниссим-Рафиния, Малка; Агранат-Тамир, Лилия; Хаусман, Женевьева; Гарсиа-Перес, Ракель; Лизано, Эстер; Чероне, Оливия; Маллик, Свапан; Ньевес-Колон, Мария А.; Ли, Хэн; Алпаслан-Роденберг, Сонгюль; Новак, Марио; Гу, Хунцан; Осинский, Джейсон М.; Феррандо-Берналь, Мануэль; Гелаберт, Пере; Липенде, Идди; Мджунгу, Деус; Кондова, Иванела; Бонтроп, Рональд; Куллмер, Оттмар; Вебер, Герхард; Шахар, Таль; Двир-Гинзберг, Мона; Фаерман, Марина; Куиллен, Эллен Э.; Мейснер, Александр; Лахав, Йонатан; Кандель, Леонид; Либергалл, Меир; Прада, Мария Э.; Видаль, Хулио М.; Гроностайски, Ричард М.; Стоун, Энн К.; Якир, Бенджамин; Лалуэса-Фокс, Карлес; Пинхаси, Рон; Райх, Дэвид; Маркес-Боне, Томас; Мешорер, Эран; Кармель, Лиран (4 марта 2020 г.). «Дифференциальное метилирование ДНК генов голосовой и лицевой анатомии у современных людей» . Природные коммуникации . 11 (1): 1189. Бибкод : 2020NatCo..11.1189G . дои : 10.1038/s41467-020-15020-6 . ПМК 7055320 . ПМИД 32132541 .

[Chen_Welker_Shen_et_al_2019-5] Чен, Фаху; Велкер, Фридо; Шен, Чуан-Чжоу; Бейли, Шара Э.; Бергманн, Инга; Дэвис, Саймон; Ся, Хуан; Ван, Хуэй; Фишер, Роман; Фридлайн, Сара Э.; Ю, Цай-Луэн; Скиннер, Мэтью М.; Стельцер, Стефани; Донг, Гуанжун; Фу, Цяомэй; Донг, Гуанхуэй; Ван, Цзянь; Чжан, Донджу; Юблин, Жан-Жак (май 2019 г.). «Денисовская нижняя челюсть позднего среднего плейстоцена с Тибетского нагорья» (PDF) . Природа . 569 (7756): 409–412. Бибкод : 2019Natur.569..409C . дои : 10.1038/s41586-019-1139-x . ПМИД 31043746 . S2CID 141503768 .

[Gokhman_Mishol_Manuel_et_al_2019-6] Гохман, Дэвид; Мишол, Надав; Мануэль, Марк де; Хуан, Дэвид де; Шукрун, Джонатан; Мешорер, Эран; Маркес-Боне, Томас; Рак, Йоэль; Кармель, Лиран (19 сентября 2019 г.). «Реконструкция денисовской анатомии с использованием карт метилирования ДНК» . Клетка . 179 (1): 180–192.e10. дои : 10.1016/j.cell.2019.08.035 . ПМИД 31539495 . S2CID 202676502 .

[Breakthrough_of_the_Year_2019-7] Jump up to: ^а ^б «Прорыв года 2019» . Наука .

[Top_10_stories_of_2019-8] «10 главных историй 2019 года: картина черной дыры, вспышки кори, климатические протесты и многое другое» . Новости науки . 16 декабря 2019 г.

[Agranat-Tamir_Waldman_Martin_et_al_2020-9] Агранат-Тамир, Лилия; Вальдман, Шамам; Мартин, Марио А.С.; Гохман, Дэвид; Мишол, Надав; Эшель, Цилла; Чероне, Оливия; Роланд, Надин; Маллик, Свапан; Адамски, Николь; Лоусон, Энн Мари; Ма, Мэтью; Мишель, Меган; Оппенгеймер, Йонас; Стюардсон, Кристин; Кандилио, Франческа; Китинг, Дениз; Гамарра, Беатрис; Цур, Шей; Новак, Марио; Калишер, Рэйчел; Бешар, Шломит; Эшед, Веред; Кеннетт, Дуглас Дж.; Фаерман, Марина; Яхалом-Мак, Наама; Монж, Джанет М.; Говрин, Иуда; Эрель, Игаль; Якир, Бенджамин; Пинхаси, Рон; Карми, Шай; Финкельштейн, Израиль; Кармель, Иран; Райх, Дэвид (28 мая 2020 г.). «Геномная история Южного Леванта бронзового века» . Клетка . 181 (5): 1146–1157.e11. дои : 10.1016/j.cell.2020.04.024 . ПМЦ 10212583 . ПМИД 32470400 . S2CID 219105441 .

[Agranat-Tamir_Waldman_Rosen_et_al_2021-10] Агранат-Тамир, Лилия; Вальдман, Шамам; Розен, Наоми; Якир, Бенджамин; Карми, Шай; Кармель, Лиран (11 декабря 2021 г.). «ЛИНДМИКС: оценка влияния древних примесей на современные популяции». Биоинформатика . 37 (24): 4744–4755. doi : 10.1093/биоинформатика/btab531 . ПМИД 34270685 .

[Michael_Milken_Prize-11] «Премия Майкла Милкена выдающимся учителям» Института естественных наук Александра Сильвермана .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ВИАФ
Национальный	Израиль
академики	Ассоциация вычислительной техники ДБЛП Google Академика Проект математической генеалогии ОРЦИД