НейроЛекс

НейроЛекс
Содержание
Описание	Динамический лексикон нейробиологических терминов в семантической вики
Типы данных ; захвачен	Нейронаука
Контакт
Авторы	Мэриэнн Мартон , Стивен Ларсон и другие
Доступ
Веб-сайт	https://scicrunch.org/scicrunch/interlex/dashboard
Разнообразный
Лицензия	; Непортированная лицензия Creative Commons Attribution 3.0

NeuroLex — это словарь концепций нейробиологии, поддерживаемый проектом Neuroscience Information Framework , который финансируется NIH Blueprint for Neuroscience Research. ^[1] Это лексическая часть базы знаний NIF , и NeuroLex призван облегчить обзор литературы и обеспечить согласованность терминологии и ее использования исследователями по темам экспериментальной, клинической и транснациональной нейробиологии, а также генетических и геномных ресурсов. ^[2] Он структурирован как семантическая вики с использованием Semantic MediaWiki .

NIF обеспечивает доступ к ресурсам, имеющим отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к этой области, а также доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем в Интернете . Структура представляет собой перечень баз данных нейробиологии, аннотированных и интегрированных с единой системой биомедицинской терминологии (например, NeuroLex). NIF поддерживает концептуальные запросы в различных масштабах биологической структуры и нескольких уровнях биологических функций.

В рамках NIF предоставляется интерфейс поиска для множества различных источников нейробиологической информации и данных. Чтобы сделать этот поиск более эффективным, NIF создает онтологии, помогающие организовать концепции нейробиологии в иерархии категорий, например, утверждая, что нейрон — это клетка . Это позволит пользователям выполнять более эффективный поиск, а также систематизировать и понимать возвращаемую информацию. Но важным дополнением к этому занятию является четкое определение всех терминов, используемых для описания данных.

Содержание

Первоначальные записи в NeuroLex были созданы на основе онтологий NIFSTD, которые включали в себя более ранний словарь BIRNLex. В настоящее время он содержит концепции, охватывающие общую анатомию, клетки нервной системы , субклеточные структуры, заболевания , функции и методы. NIF полагается на мнение сообщества, чтобы добавлять больше контента и корректировать текущую информацию.

См. также

Примечания и ссылки

^ Исходное содержание этой статьи было адаптировано из проекта NeuroLex, который распространяется по лицензии Creative Commons Attribution License .
^ Ларсон С.Д., Мартон М.Э. (2013). «NeuroLex.org: онлайн-платформа для знаний в области нейробиологии» . Границы нейроинформатики . 7:18 . дои : 10.3389/fninf.2013.00018 . ПМЦ 3757470 . ПМИД 24009581 .

Дальнейшее чтение

НИФ был представлен в специальном выпуске журнала «Нейроинформатика» , вышедшем в сентябре 2008 года:

Баг В.Дж., Асколи Г.А., Грета Дж.С., Гупта А., Феннема-Нотестин С., Лэрд А.Р., Ларсон С.Д., Рубин Д., Шеперд Г.М., Тернер Дж.А., Мартоне М.Е. (сентябрь 2008 г.). «Словари NIFSTD и BIRNLex: построение комплексных онтологий для нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 175–94. дои : 10.1007/s12021-008-9032-z . ПМЦ 2743139 . ПМИД 18975148 . Архивировано из оригинала 12 февраля 2009 года.
Гарднер Д., Акил Х., Асколи Г.А., Боуден Д.М., Баг В., Донохью Д.Э., Голдберг Д.Х., Графштейн Б., Грета Дж.С., Гупта А., Халави М., Кеннеди Д.Н., Маренко Л., Мартон М.Э., Миллер П.Л., Мюллер Х.М., Роберт А. , Шеперд ГМ, Штернберг П.В., Ван Эссен, округ Колумбия, Уильямс Р.В. (сентябрь 2008 г.). «Информационная структура нейробиологии: среда данных и знаний для нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 149–60. дои : 10.1007/s12021-008-9024-z . ПМК 2661130 . ПМИД 18946742 .
Гарднер Д., Голдберг Д.Х., Графштейн Б., Роберт А., Гарднер Е.П. (сентябрь 2008 г.). «Терминология для обнаружения данных нейробиологии: синтаксис нескольких деревьев и семантика, полученная исследователем» . Нейроинформатика . 6 (3): 161–74. дои : 10.1007/s12021-008-9029-7 . ПМК 2663521 . ПМИД 18958630 .
Гупта А., Баг В., Маренко Л., Цянь Х., Кондит С., Рангараджан А., Мюллер Х.М., Миллер П.Л., Сандерс Б., Грета Дж.С., Астахов В., Шепард Г., Штернберг П.В., Мартоне М.Е. (сентябрь 2008 г.). «Федеративный доступ к разнородным информационным ресурсам в Neuroscience Information Framework (NIF)» . Нейроинформатика . 6 (3): 205–17. дои : 10.1007/s12021-008-9033-y . ПМЦ 2689790 . ПМИД 18958629 .
Халави М., Полаварам С., Донохью Д.Э., Гамильтон Дж., Хойт Дж., Смит К.П., Асколи Г.А. (сентябрь 2008 г.). «Внедрение цифровой нейробиологии NeuroMorpho.Org: плотный охват и интеграция с NIF» . Нейроинформатика . 6 (3): 241–52. дои : 10.1007/s12021-008-9030-1 . ПМЦ 2655120 . ПМИД 18949582 .
Маренко Л., Асколи Г.А., Мартоне М.Э., Шепард Г.М., Миллер П.Л. (сентябрь 2008 г.). «Брокер NIF LinkOut: веб-ресурс для облегчения интеграции федеративных данных с использованием идентификаторов NCBI» . Нейроинформатика . 6 (3): 219–27. дои : 10.1007/s12021-008-9025-y . ПМК 2704600 . ПМИД 18975149 .
Маренко Л., Ли Ю., Мартоне М.Э., Штернберг П.В., Шепард Г.М., Миллер П.Л. (сентябрь 2008 г.). «Проблемы разработки пилотного концептуального интерфейса запросов для информационной среды нейроинформатики» . Нейроинформатика . 6 (3): 229–39. дои : 10.1007/s12021-008-9035-9 . ПМЦ 2664632 . ПМИД 18953674 .
Мюллер Х.М., Рангараджан А., Тил Т.К., Штернберг П.В. (сентябрь 2008 г.). «Textpresso для нейробиологии: поиск по полному тексту тысяч научных статей по нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 195–204. дои : 10.1007/s12021-008-9031-0 . ПМК 2666735 . ПМИД 18949581 .

Внешние ссылки

[1] Исходное содержание этой статьи было адаптировано из проекта NeuroLex, который распространяется по лицензии Creative Commons Attribution License .

[2] Ларсон С.Д., Мартон М.Э. (2013). «NeuroLex.org: онлайн-платформа для знаний в области нейробиологии» . Границы нейроинформатики . 7:18 . дои : 10.3389/fninf.2013.00018 . ПМЦ 3757470 . ПМИД 24009581 .

[1]

[2]