Барбара Энгельхардт
Барбара Энгельхардт | |
|---|---|
| Рожденный | Барбара Элизабет Энгельхардт |
| Альма-матер | Стэнфордский университет (бакалавр, магистр) Калифорнийский университет в Беркли (доктор философии) |
| Награды | Премия Овертона (2021) |
| Научная карьера | |
| Поля | Статистическая генетика Байесовская статистика Машинное обучение Статистический вывод Геномика [1] |
| Учреждения | Принстонский университет Чикагский университет Лаборатория реактивного движения |
| Диссертация | Прогнозирование молекулярной функции белка (2007) |
| Докторантура | Майкл И. Джордан [2] |
| Веб-сайт | www |
Барбара Элизабет Энгельхардт — американский ученый-компьютерщик и специалист в области биоинформатики . Работая профессором в Стэнфордском университете , ее работа была сосредоточена на моделях латентных переменных , исследовательском анализе геномных данных и QTL . [1] В 2021 году она была удостоена премии Овертона Международного общества вычислительной биологии .
Образование
[ редактировать ]Энгельхардт получил степень бакалавра наук в области символических систем и степень магистра наук в области компьютерных наук в Стэнфордском университете . она получила докторскую степень В 2008 году в Калифорнийском университете в Беркли под руководством Майкла И. Джордана . [3]
Карьера и исследования
[ редактировать ]Энгельхардт работал научным сотрудником на Чикагского университета кафедре генетики человека вместе с Мэтью Стивенсом с 2008 по 2011 год. [4] Она присоединилась к Университету Дьюка в 2011 году в качестве доцента кафедры биостатистики и биоинформатики. Она присоединилась к Принстонскому университету в качестве доцента в 2014 году и получила повышение до доцента с постоянным сроком пребывания в 2017 году. [5] В августе 2022 года она переехала в Калифорнию, сейчас занимает должность профессора Стэнфордского университета и Гладстонского института науки о данных и биотехнологии . [6] [7]
После окончания Стэнфорда Энгельхардт два года работал в Лаборатории реактивного движения в группе искусственного интеллекта, занимаясь планированием и составлением расписаний автономных космических кораблей. [8] Будучи аспиранткой в Беркли, она разработала статистические модели для аннотирования функций белков и статистические основы для рассуждений об онтологиях . [9] [10] Во время своих постдокторских исследований она разработала модели разреженного факторного анализа структуры населения. [11] и байесовские модели для тестирования ассоциаций. [12]
На своей преподавательской должности большая часть исследований Энгельхардт была сосредоточена на разработке моделей латентных переменных и исследовательском анализе геномных данных. [13] а также статистические модели для тестирования ассоциаций в экспрессии QTL . [14] Будучи членом Консорциума Genotype Tissue Expression (GTEx), ее группа отвечала за открытие и анализ транс-eQTL в GTEx v6. [15] и данные v8. [16]
После пребывания в должности исследования Энгельхардта в области этих моделей латентных переменных расширились и теперь включают секвенирование отдельных клеток с особым акцентом на пространственную транскриптомику. [17] Она также работает над байесовским экспериментальным дизайном с использованием контекстуальных многоруких бандитов и адаптировала эту работу к проблеме новых видов, чтобы использовать сбор данных об отдельных клетках для построения атласа. [18] Ее работа также расширилась до машинного обучения для электронных медицинских записей. [19] [20]
Работа Энгельхардта была опубликована в журнале Quanta Magazine . В 2017 году она выступила с докладом на TEDx под названием «Не что, а почему: машинное обучение для понимания геномики». [21]
Почести и награды
[ редактировать ]Исследование Энгельхардта финансировалось Национальными институтами здравоохранения посредством двух грантов R01 и ряда других механизмов. Энгельхардт был отмечен несколькими наградами, включая стипендию Альфреда П. Слоана в области вычислительной биологии, [22] премия Национального научного фонда « КАРЬЕРА», [23] два Инициативы Чана Цукерберга гранта на создание Атласа клеток человека , [24] и скорый грант за ее недавнюю работу по COVID-19. [25] В 2021 году она была удостоена премии Овертона Международного общества вычислительной биологии . [26]
Постдокторская работа Энгельхардта частично финансировалась за счет гранта NIH NHGRI K99. [27] а ее докторская степень была частично профинансирована за счет стипендии NSF для аспирантов и стипендии Google Аниты Борг в 2005 году. [28] В 2004 году она получила премию Уолтера М. Фитча от SMBE. [29]
Служба и лидерство
[ редактировать ]Энгельхардт входила в совет директоров (2014–2017 гг.) и Старший консультативный совет (с 2017 г. по настоящее время) организации «Женщины в машинном обучении». [30] Она является сопредседателем по вопросам разнообразия и инклюзивности на Международной конференции по машинному обучению (ICML, 2018–2022 гг.). [31] В 2019 году она была членом консультативного комитета НИЗ при директоре рабочей группы по искусственному интеллекту. [32]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Публикации Барбары Энгельхардт, индексируемые Google Scholar
- ^ Барбара Энгельхардт в проекте «Математическая генеалогия»
- ^ «Домашняя страница Майкла И. Джордана» . люди.eecs.berkeley.edu . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Лаборатория Стивенса» . Stephenslab.uchicago.edu . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Одиннадцать женщин-преподавателей, на которых возложены новые обязанности» . Отчет «Женщины в академических кругах» . 08.03.2018 . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Профиль Барбары Элизабет Энгельхардт | Стэнфордские профили» . Profiles.stanford.edu . Проверено 27 августа 2022 г.
- ^ « [электронная почта защищена] » . сайт Gladstone.org . Проверено 27 августа 2022 г.
- ^ «3cs | AIG» . Sensorwebs.jpl.nasa.gov . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ Энгельхардт, Барбара Э.; Джордан, Майкл И.; Мураторе, Кэтрин Э.; Бреннер, Стивен Э. (7 октября 2005 г.). «Прогнозирование молекулярной функции белка с помощью байесовской филогеномики» . PLOS Вычислительная биология . 1 (5): е45. Бибкод : 2005PLSCB...1...45E . дои : 10.1371/journal.pcbi.0010045 . ISSN 1553-7358 . ПМЦ 1246806 . ПМИД 16217548 .
- ^ Энгельхардт, Барбара Э.; Джордан, Майкл И.; Сруджи, Джон Р.; Бреннер, Стивен Э. (1 ноября 2011 г.). «Аннотация филогенетических функций больших и разнообразных семейств белков в масштабе генома» . Геномные исследования . 21 (11): 1969–1980. дои : 10.1101/гр.104687.109 . ISSN 1088-9051 . ПМК 3205580 . ПМИД 21784873 .
- ^ Энгельхардт, Барбара Э.; Стивенс, Мэтью (16 сентября 2010 г.). «Анализ структуры населения: объединяющая структура и новые методы, основанные на анализе разреженных факторов» . ПЛОС Генетика . 6 (9): e1001117. дои : 10.1371/journal.pgen.1001117 . ISSN 1553-7404 . ПМЦ 2940725 . ПМИД 20862358 .
- ^ Мангравит, Лара М.; Энгельхардт, Барбара Э.; Медина, Мариса В.; Смит, Джошуа Д.; Браун, Кристофер Д.; Чесман, Дэниел И.; Мечам, Бригам Х.; Хауи, Брайан; Шим, Хиджон; Найду, Девеш; Фэн, ЦиПин (октябрь 2013 г.). «Статин-зависимый QTL для экспрессии GATM связан с статин-индуцированной миопатией» . Природа . 502 (7471): 377–380. Бибкод : 2013Natur.502..377M . дои : 10.1038/nature12508 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 3933266 . ПМИД 23995691 .
- ^ Гао, Чуан; Макдауэлл, Ян С.; Чжао, Шивэнь; Браун, Кристофер Д.; Энгельхардт, Барбара Э. (28 июля 2016 г.). Чжоу, Сянхун Жасмин (ред.). «Контекстно-специфичные и дифференциальные сети совместной экспрессии генов посредством байесовской бикластеризации» . PLOS Вычислительная биология . 12 (7): e1004791. Бибкод : 2016PLSCB..12E4791G . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004791 . ISSN 1553-7358 . ПМЦ 4965098 . ПМИД 27467526 .
- ^ Думитраску, Бьянка; Дарнелл, Грегори; Эйроль, Жюльен; Энгельхардт, Барбара Э (15 января 2019 г.). Хэнкок, Джон (ред.). «Статистические тесты для выявления эффектов дисперсии в исследованиях количественных признаков» . Биоинформатика . 35 (2): 200–210. doi : 10.1093/биоинформатика/bty565 . ISSN 1367-4803 . ПМК 6330007 . ПМИД 29982387 .
- ^ Аге, Франсуа; Браун, Эндрю А.; Кастель, Стефан Э.; Дэвис, Джо Р.; Он, Юань; Джо, Брайан; Мохаммади, Пейман; Пак, ЁСон; Парсана, Князь; Сегре, Айелле В.; Стробер, Бенджамин Дж. (октябрь 2017 г.). «Генетическое влияние на экспрессию генов в тканях человека» . Природа . 550 (7675): 204–213. Бибкод : 2017Natur.550..204A . дои : 10.1038/nature24277 . ISSN 1476-4687 . ПМК 5776756 . ПМИД 29022597 .
- ^ Консорциум GTEx (11 сентября 2020 г.). «Атлас генетических регуляторных эффектов консорциума GTEx в тканях человека» . Наука . 369 (6509): 1318–1330. Бибкод : 2020Sci...369.1318. . дои : 10.1126/science.aaz1776 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 7737656 . ПМИД 32913098 .
- ^ Верма, Арчит; Энгельхардт, Барбара Э. (21 июля 2020 г.). «Надежный нелинейный низкоразмерный коллектор для данных секвенирования одноклеточной РНК» . БМК Биоинформатика . 21 (1): 324. doi : 10.1186/s12859-020-03625-z . ISSN 1471-2105 . ПМЦ 7374962 . ПМИД 32693778 .
- ^ Камерленги, Федерико; Думитраску, Бьянка; Феррари, Федерико; Энгельхардт, Барбара Э.; Фаваро, Стефано (декабрь 2020 г.). «Непараметрические байесовские многорукие бандиты для планирования одноклеточных экспериментов» . Анналы прикладной статистики . 14 (4): 2003–2019. arXiv : 1910.05355 . дои : 10.1214/20-AOAS1370 . ISSN 1932-6157 . S2CID 204509422 .
- ^ Ченг, Ли-Фан; Думитраску, Бьянка; Дарнелл, Грегори; Чиверс, Кори; Драугелис, Майкл; Ли, Кай; Энгельхардт, Барбара Э. (08 июля 2020 г.). «Разреженные гауссовские процессы с несколькими выходами для онлайн-прогнозирования медицинских временных рядов» . BMC Медицинская информатика и принятие решений . 20 (1): 152. дои : 10.1186/s12911-020-1069-4 . ISSN 1472-6947 . ПМЦ 7341595 . ПМИД 32641134 .
- ^ Ченг, Ли-Фан; Прасад, Ниранджани; Энгельхардт, Барбара Э. (2019). «Оптимальная политика проведения лабораторных исследований пациентов в отделениях интенсивной терапии» . Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу . 24 : 320–331. arXiv : 1808.04679 . ISSN 2335-6936 . ПМК 6417830 . ПМИД 30864333 .
- ^ «Статистический поиск геномной истины» . 27 февраля 2018 г.
- ^ «Проф. Барбара Энгельхардт, получатель исследовательской стипендии Фонда Альфреда П. Слоана | Факультет компьютерных наук Принстонского университета» . www.cs.princeton.edu . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Барбара Энгельхардт получает награду CAREER за исследования многомерных геномных данных | Факультет компьютерных наук Принстонского университета» . www.cs.princeton.edu . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Гранты» . Инициатива Чана Цукерберга . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Быстрые гранты» . fastgrants.org . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Приз Овертона» . www.iscb.org .
- ^ «NHGRI поддерживает семь молодых исследователей в их исследовательской карьере» . Genome.gov . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Объявлены победители стипендии памяти Аниты Борг от Google 2005 года – Анонсы новостей – Новости от Google – Google» . googlepress.blogspot.com . Проверено 11 января 2021 г.
- ^ Общество молекулярной биологии и эволюции. «Премия Уолтера М. Фитча» . www.smbe.org . Архивировано из оригинала 12 августа 2020 г. Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Высший консультативный совет» . Архивировано из оригинала 13 января 2021 г. Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Конференция 2021» . icml.cc. Проверено 11 января 2021 г.
- ^ «Рабочая группа ACD по искусственному интеллекту» . Консультативный комитет НИЗ при директоре . Проверено 11 января 2021 г.
- Живые люди
- Женщины-вычислительные биологи
- Преподаватели Принстонского университета
- Выпускники Калифорнийского университета в Беркли
- Выпускники Стэнфордского университета
- Американские женщины-компьютерщики
- Американские ученые-компьютерщики
- Американские женщины-учёные XXI века
- Слоанские научные сотрудники
- Лауреаты премии Овертона