Атлас клеток человека
| Содержание | |
|---|---|
| Организмы | Человек |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
Атлас клеток человека — это проект, описывающий все клеток типы человеческого тела . Инициатива была объявлена консорциумом после его первой встречи в Лондоне в октябре 2016 года, на которой был учрежден первый этап проекта. [1] [2] На этой встрече Авив Регев и Сара Тейхманн определили цели проекта: [3] который был созван Институтом Броуда , Wellcome Trust Sanger Institute и Wellcome Trust . [4] Регев и Тейхманн возглавляют проект. [5]
Описание
[ редактировать ]Атлас клеток человека каталогизирует клетку на основе нескольких критериев, в частности, типа клетки , ее состояния, ее местоположения в организме, переходов, которым она подвергается, и ее происхождения. [6] Он будет собирать данные существующих исследований и интегрировать их с данными, собранными в будущих исследовательских проектах. [2] Среди данных, которые он будет собирать, — фллюксом , геном , метаболом , протеом и транскриптом . [2]
Целью исследования является классификация 37 триллионов клеток человеческого тела, чтобы определить, какие гены экспрессирует каждая клетка, путем отбора проб клеток из всех частей тела. [7]
Все аспекты проекта будут «доступны для общественности бесплатно», включая программное обеспечение и результаты. [8]
К апрелю 2018 года в проект входило более 480 исследователей, выполняющих 185 проектов. [9]
Финансирование
[ редактировать ]В октябре 2017 года Инициатива Чана Цукерберга объявила о финансировании 38 проектов, связанных с Атласом клеток человека. [10] Среди них был грант неизвестной стоимости, предоставленный Институту Цукермана Медицинского центра Колумбийского университета . [8] Грант под названием «Стратегия картирования спинного мозга человека с разрешением отдельных клеток» будет финансировать исследования по выявлению и каталогизации активности генов во всех клетках спинного мозга . [8] Научно-исследовательский институт трансляционной геномики получил грант на разработку стандарта «обработки и хранения твердых тканей для секвенирования одноклеточной РНК » по сравнению с типичной практикой, основанной на средних показателях секвенирования нескольких клеток. [10] Домашние страницы проекта доступны на веб-сайте Chan Zuckerberg Initiative. [11]
Программу также поддерживают Европейский Союз , Национальные институты здравоохранения США и Фонд Мантона. [7]
Данные
[ редактировать ]В апреле 2018 года был опубликован первый набор данных проекта, представляющий 530 000 клеток иммунной системы, собранных из костного мозга и пуповинной крови . [9]
Исследовательская программа Института иммунобиологии и эпигенетики Макса Планка опубликовала атлас клеток печени с использованием секвенирования одноклеточной РНК на 10 000 нормальных клетках, полученных от девяти доноров. [12]
Данные Tabula Sapiens опубликованы на специальном сайте. [13]
См. также
[ редактировать ]- Список различных типов клеток в организме взрослого человека
- ENCODE - Энциклопедия элементов ДНК (ENCODE)
- Проект «Геном человека»
- Атлас человеческого белка
- Программа биомолекулярного атласа человека
Примечания
[ редактировать ]- ^ Прейдт 2016 .
- ^ Перейти обратно: а б с Ага, 2017 год .
- ^ Образец 2016 г.
- ^ Институт Wellcome Trust Sanger, 2016 .
- ^ Новогродский 2017 .
- ^ Регев , с. 4.
- ^ Перейти обратно: а б Яблоко 2018 .
- ^ Перейти обратно: а б с Сильва 2017 .
- ^ Перейти обратно: а б Дейли 2018 .
- ^ Перейти обратно: а б Большие Медиа 2017 .
- ^ с https://www.czbiohub.org/tabula-projects/
- ^ Айзарани и др. 2019 .
- ^ Джонс Р.К., Карканиас Дж., Краснов М.А., Писко А.О., Квейк С.Р., Зальцман Дж. и др. (Консорциум Tabula Sapiens) (май 2022 г.). «Tabula Sapiens: транскриптомный атлас человека, состоящий из нескольких органов и отдельных клеток» . Наука . 376 (6594): eabl4896. дои : 10.1126/science.abl4896 . ПМЦ 9812260 . ПМИД 35549404 . S2CID 248748505 .
Ссылки
[ редактировать ]- Айзарани, Надим; Савиано, Антонио; Сагар, Лоран Майи; Дюран, Сара; Герман, Йосип С.; Пессо, Патрик; Баумерт, Томас Ф.; Грюн, Доминик (10 июля 2019 г.). «Атлас клеток печени человека выявляет гетерогенность и эпителиальные предшественники» . Природа . 572 (7768): 199–204. дои : 10.1038/s41586-019-1373-2 . ПМК 6687507 . ПМИД 31292543 .
- Эппл, Сэм (22 августа 2018 г.). «Картограф клеток» . Обзор технологий MIT (опубликовано в сентябре 2018 г.).
- Дейли, Джейсон (19 апреля 2018 г.). «Атлас человеческих клеток публикует первый крупный набор данных» . Смитсоновский журнал . Проверено 26 декабря 2019 г.
- Фаривар, Сайрус (30 сентября 2017 г.). «Чтобы лучше понять, как работают все 37 триллионов человеческих клеток, нам нужны новые инструменты» . Арс Техника . Проверено 1 октября 2017 г.
- Новогродский, Анна (5 июля 2017 г.). «Как построить атлас клеток человека» . Природа . 547 (7661): 24–26. Бибкод : 2017Natur.547...24N . дои : 10.1038/547024а . ПМИД 28682347 . S2CID 211067156 .
- Прейдт, Роберт (17 октября 2016 г.). «Ученые планируют нанести на карту каждую клетку человеческого тела» . Новости CBS . Проверено 1 октября 2017 г.
- Регев, Авив. «Атлас клеток человека» (PDF) . Кафедра биологии Массачусетского технологического института. Архивировано из оригинала (PDF) 13 апреля 2021 года . Проверено 1 октября 2017 г.
- Сэмпл, Ян (14 октября 2016 г.). «Проект «Атлас человеческих клеток» направлен на картографирование 35 триллионов клеток человеческого тела» . Хранитель . Проверено 1 октября 2017 г.
- Сильва, Катарина (20 октября 2017 г.). «Исследователи из Колумбии получили финансирование от основателя Facebook на создание атласа клеток спинного мозга» . Новости БАС сегодня . Проверено 20 октября 2017 г.
- Ага, Санг (26 июня 2017 г.). «Атлас клеток человека открывает новое окно в здоровье и болезни» . Научный американец . Проверено 1 октября 2017 г.
- «TGen разрабатывает процедуры обработки для «одноклеточного» секвенирования» . АЗ Биг Медиа. 19 октября 2017 г. Проверено 20 октября 2017 г.
- «Международная инициатива по атласу клеток человека» (пресс-релиз). Wellcome Trust Sanger Institute . 14 октября 2016 г. Проверено 1 октября 2017 г.
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Розенблатт-Розен, О.; Стаббингтон, MJT; Регев, А.; Тайхманн, SA (18 октября 2017 г.). «Атлас клеток человека: от видения к реальности» . Природа . 550 (7677): 451–453. Бибкод : 2017Natur.550..451R . дои : 10.1038/550451a . ПМИД 29072289 . S2CID 205095818 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- Регев А., Тейхманн С.А., Ландер Э.С., Амит И., Бенуа С., Бирни Э. и др. (Участники встречи «Атлас клеток человека») (8 мая 2017 г.). «Атлас клеток человека». bioRxiv 10.1101/121202 .
- Ледфорд, Хайди (23 февраля 2017 г.). «Гонка за составление карты человеческого тела — по одной клетке за раз» . Природа . 542 (7642): 404–405. Бибкод : 2017Natur.542..404L . дои : 10.1038/nature.2017.21508 . ПМИД 28230136 .
- Цепелевич, Джордана (12 июля 2017 г.). «Клеточные атласы открывают границы биологии» . Журнал Кванта . Проверено 1 октября 2017 г.
- «Платформа данных Human Cell Atlas запускается при поддержке CZI» (пресс-релиз). Инициатива Чана Цукерберга . 1 июня 2017 года . Проверено 4 октября 2017 г.
- Регев, Авив (июнь 2017 г.). «Создание переписи клеток человека» . Наутилус . Проверено 4 октября 2017 г.
- Йонг, Эд (14 октября 2016 г.). «Карты Google для человеческого тела» . Атлантика . Проверено 4 октября 2017 г.
