Тиодиктион
| Тиодиктион | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Гаммапротеобактерии |
| Заказ: | Хроматиалы |
| Семья: | Хроматиевые |
| Род: | Тиодиктион Сергей Виноградский 1888 |
| Разновидность | |
| |
Тиодиктион — род грамотрицательных бактерий, относящихся к пурпурным серным бактериям (ПСБ). [ 1 ]
- T. elegans в определенных условиях культивирования образует «сетчатые агрегаты». Облигатно фототрофен и строго анаэробен. [ 2 ]
- T. bacillosum не образует сетчатых агрегатов, а только комки. [ 2 ]
- « Ca. T. Syntropicum» лучше всего растет в микрокислородных условиях и при слабом освещении. [ 3 ] Был только один успешный опыт обогащения « Ca. T. Syntropicum»; " Ca. T. Syntropicum". Штамм Cad16 Т . [ 4 ]
- В 2021 году сообщается, что « Ca.T.intraклеточный » является симбионтом Pseudoblepharisma tenue . Он потерял большую часть своего генома, включая известные гены диссимиляции серы, но оставшаяся последовательность делает его весьма близким к Ca. T. Syntropicum. [ 5 ]
Классификация
[ редактировать ]Тиодиктион принадлежит к семейству Chromatiaceae и классу Gammaproteobacteria. [ 6 ] Известно, что « Ca. T. syntropicum» относится к родам Lamprocystis , Thiocystis и Thiocapsa. [ 1 ] Штамм Cad16 Т ранее был отнесен к роду Lamprocystis отнес его к роду Thiodictyon . , но недавно Peduzzi et al. [ 1 ] [ 4 ] времяпролетную масс-спектрометрию с матричной лазерной десорбцией/ионизацией ( MALDI -TOF MS). Для отделения Cad16 использовали Т от Lamprocystis из-за различий в морфологии/расположении клеток, кареноидных группах и хемолитотрофном росте; все это важные факторы, используемые для рассмотрения Cad16. Т представитель рода Thiodictyon, а не рода Lamprocystis . [ 1 ]
Генетика
[ редактировать ]Была секвенирована 16S рРНК типовых штаммов двух признанных видов. [ 2 ] Полные геномы двух предложенных видов Candidatus были секвенированы. [ 7 ] [ 5 ] GTDB сообщает, что также доступны несколько целых геномов из метагеномных образцов, еще не названных, которые группируются в три дополнительные группы на уровне вида. [ 8 ]
Штамм Cad16 Т
[ редактировать ]Кад16 Т представляет собой новый штамм « Ca. T. syntropicum», выделенный из хемоклина креногенного меромиктического озера. [ 1 ] [ 9 ] Данные последовательности гена 16S рРНК показывают, что Cad16 Т тесно связан с Thiodictyon bacillosum DSM234. Т (сходство последовательностей 99,2%) и Thiodictyon elegans DSM232. Т (98,9% сходство последовательностей). [ 1 ]
Среда
[ редактировать ]Кад16 Т Штамм « Ca. T. syntropicum» был выделен из озера Каданьо . Это озеро является креногенным и меромиктическим , а его слои создают разнообразные экологические ниши, которые поддерживают рост разнообразных и часто новых видов. Озеро Каданьо является эвксиновым оно одновременно бескислородное , то есть на глубине и сульфидное. Его хемоклин, расположенный примерно на глубине 12 м, довольно узкий и имеет высокие концентрации сульфидов, сульфатов, кислорода и света. [ 9 ] С хемоклином также коррелирует максимум мутности, что обусловлено высокими концентрациями анаэробных фототрофных серобактерий. [ 9 ]
Фиксация углерода
[ редактировать ]" Ca. T. Syntropicum". Штамм Cad16 Т обладает способностью фиксировать CO 2 и, как было обнаружено, играет ключевую роль в общей фиксации неорганического углерода, которая произошла в озере Каданьо. [ 9 ] В хемоклине озера Каданьо Cad16 Т и другой изолят из озера, CadA31 (PSB), были двумя наиболее эффективными штаммами, фиксирующими CO 2 , и исследователи обнаружили, что фиксация CO 2 происходит как в светлых, так и в темных условиях. [ 9 ] Однако Кад16 Т скорее всего, внес основной вклад в фиксацию светлого и темного углерода в хемоклине озера, как утверждают Storelli et al. обнаружили, что этот штамм усвоил примерно 25,9% всего гипотетического углерода, зафиксированного в хемоклине. [ 9 ]
Цикл серы
[ редактировать ]Штамм Cad16 Т « Ca. T. syntropicum» является разновидностью PSB. Исследователи обнаружили, что штамм Cad16 Т создает и сохраняет внутриклеточные шарики серы. [ 1 ] Чистые культуры Cad16 Т Было обнаружено, что они используют сульфид и элементарную серу в качестве доноров электронов. [ 1 ]
Кад16 Т известно, что он имеет синтрофические ассоциации и межклеточную агрегацию с Desulfocapsa sp. [ 1 ] Десульфокапса сп. Сульфатредуцирующие и диспропорционирующие серу бактерии, встречающиеся как в смешанных культурах, так и в естественной среде. [ 1 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Педуцци, Сандро (15 января 2012 г.). «Candidatus «Thiodictyon syntropicum», sp. nov., новая пурпурная серная бактерия, выделенная из хемоклина озера Каданьо, образующая агрегаты и специфические ассоциации с Desulfocapsa sp» (PDF) . Систематическая и прикладная микробиология . 35 (3): 289–294. Бибкод : 2012СиАпМ..35..139П . дои : 10.1016/j.syapm.2012.01.001 . PMID 22386960 – через Elsevier.
- ^ Jump up to: а б с Имхофф, Йоханнес Ф. (17 апреля 2015 г.). «Тиодиктион». Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . стр. 1–4. дои : 10.1002/9781118960608.gbm01119 . ISBN 9781118960608 .
- ^ Луедин, Сэмюэл М.; Сторелли, Никола; Данца, Франческо; Роман, Самуэле; Виттвер, Матиас; Потье, Жоэль Ф.; Тонолла, Мауро (05 марта 2019 г.). «Миксотрофный рост в микрокислородных условиях пурпурной серной бактерии «Thiodictyon Syntropicum» » . Границы микробиологии . 10 : 384. дои : 10.3389/fmicb.2019.00384 . ISSN 1664-302X . ПМК 6413534 . ПМИД 30891015 .
- ^ Jump up to: а б Педуцци, Сандро; Тонолла, Мауро; Хан, Диттмар (1 июля 2003 г.). «Выделение и характеристика агрегатообразующих сульфатредуцирующих и пурпурных серобактерий из хемоклина меромиктического озера Каданьо, Швейцария» . ФЭМС Микробиология Экология . 45 (1): 29–37. Бибкод : 2003FEMME..45...29P . дои : 10.1016/S0168-6496(03)00107-7 . ISSN 0168-6496 . ПМИД 19719604 .
- ^ Jump up to: а б Муньос-Гомес, Ю.А.; Крейц, М; Хесс, С. (июнь 2021 г.). «Микробный эукариот с уникальным сочетанием пурпурных бактерий и зеленых водорослей в качестве эндосимбионтов» . Достижения науки . 7 (24). Бибкод : 2021SciA....7.4102M . дои : 10.1126/sciadv.abg4102 . ПМЦ 8195481 . ПМИД 34117067 .
- ^ Луедин, Сэмюэл М.; Сторелли, Никола; Данца, Франческо; Роман, Самуэле; Виттвер, Матиас; Потье, Жоэль Ф.; Тонолла, Мауро (18 сентября 2018 г.). «Аноксигенный фотосинтез и метаболизм темного углерода в микрокислородных условиях у пурпурной серной бактерии «Thiodictyon Syntropicum» новейшего штамма Cad16T» . bioRxiv : 420927. doi : 10.1101/420927 . hdl : 11475/10946 . S2CID 91852022 .
- ^ Луедин, С.М.; Потье, Дж. Ф.; Данза, Ф; Сторелли, Н; Фригаард, Нью-Йорк; Виттвер, М; Тонолла, М (2018). «Полная последовательность генома штамма Cad16 вида Thiodictyon syntropicum sp. nov. Т , фотолитоавтотрофная пурпурная серная бактерия, выделенная из альпийского меромиктического озера Каданьо» Стандарты геномных наук . 13 : 14. doi : 10.1186/s40793-018-0317-z . PMC 5944118. . PMID 29774086 .
- ^ «GTDB — Дерево: g__Thiodictyon» . gtdb.ecogenomic.org .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Сторелли, Никола; Педуцци, Сандро; Саад, Магед М.; Фригаард, Нильс-Ульрик; Перре, Ксавье; Тонолла, Мауро (01 мая 2013 г.). «В ассимиляции CO2 в хемоклине озера Каданьо доминируют несколько типов фототрофных пурпурных серных бактерий» . ФЭМС Микробиология Экология . 84 (2): 421–432. Бибкод : 2013FEMME..84..421S . дои : 10.1111/1574-6941.12074 . ISSN 0168-6496 . ПМИД 23330958 .