База данных ЦИНК
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Химическая база данных |
| Типы данных захвачен | Коммерчески доступные и аннотированные небольшие молекулы для виртуального скрининга. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Калифорнийский университет Сан-Франциско |
| Лаборатория | Ирвин Лаборатория Лаборатория Шойчета |
| Авторы | Джон Ирвин, Брайан Шойчет и актерский состав нескольких |
| Первичное цитирование | ПМИД 26479676 |
| Дата выпуска | 2004 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | ЦИНК |
| Разнообразный | |
| Лицензия | ZINC бесплатен для всех. Распространение значительных подмножеств требует письменного разрешения авторов. |
| Управление версиями | ЦИНК-22 |
| Выпуск данных частота | постоянно обновляется; статические подмножества обновляются ежеквартально или чаще. |
| Политика курирования | постоянно курируемый |
База данных ZINC ( рекурсивная аббревиатура : ZINC не является коммерческой ) представляет собой тщательно подобранную коллекцию коммерчески доступных химических соединений , подготовленную специально для виртуального скрининга . ЦИНК используется исследователями (обычно людьми с образованием биологов или химиков ) в фармацевтических компаниях , биотехнологических компаниях и исследовательских университетах . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]
Объем и доступ
[ редактировать ]ZINC отличается от других химических баз данных , поскольку его целью является представление биологически значимой трехмерной формы молекулы .
Курирование и обновления
[ редактировать ]ZINC регулярно обновляется, его можно загрузить и использовать бесплатно . Он разработан Джоном Ирвином в лаборатории Шойчета на факультете фармацевтической химии Калифорнийского университета в Сан-Франциско .
Версия
[ редактировать ]Последняя версия интерфейса сайта — «ЦИНК-22». База данных постоянно обновляется и по состоянию на 2023 год. [update] утверждается, что он содержит более 37 миллиардов коммерчески доступных молекул. [ 4 ]
Использование
[ редактировать ]База данных обычно используется для интеллектуального анализа молекул — процесса, в котором количественные соотношения структура-активность используются для поиска новых соединений с улучшенной биологической активностью с учетом известной отправной точки, найденной, например, с помощью высокопроизводительного скрининга . [ 5 ] [ 6 ]
См. также
[ редактировать ]- PubChem - база данных малых молекул из химической и биологической литературы, размещенная на сервере NCBI.
- ChEMBL , база данных информации о медицинской химии и биологической активности малых молекул.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Коес, Д.Р.; Камачо, CJ (2012). «ZINCPharmer: Фармакофорный поиск по базе данных ЦИНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 : W409–W414. дои : 10.1093/nar/gks378 . ПМИД 22553363 .
- ^ Дойчинова, Ирини; Атанасова, Марьяна; Валькова, Ива; и др. (2018). «Новые результаты ингибирования ацетилхолинэстеразы, полученные путем скрининга на основе стыковки в базе данных ZINC» . Журнал ингибирования ферментов и медицинской химии . 33 (1): 768–776. дои : 10.1080/14756366.2018.1458031 . ПМК 6010092 . ПМИД 29651876 .
- ^ Олавале, Феми; Ивалойе, Опейеми; Фолорунсо, Ибукун Мэри; Шитяков, Сергей (2023). « in silico Высокопроизводительный скрининг базы данных природных соединений ZINC для идентификации новых ингибиторов гистондеацетилазы». Журнал вычислительной биофизики и химии . 22 (1): 11–30. Бибкод : 2023JCBC...22...11O . дои : 10.1142/S2737416522500466 .
- ^ Тингл, Бенджамин И.; Тан, Хан Г.; Кастанон, Мар; Гутьеррес, Джон Дж.; Хурелбаатар, Мункхзул; Дандарчулуун, Чинзориг; Мороз Юрий С.; Ирвин, Джон Дж. (2023). «ЦИНК-22 — бесплатная многомиллиардная база данных материальных соединений для открытия лигандов» . Журнал химической информации и моделирования . 63 (4): 1166–1176. doi : 10.1021/acs.jcim.2c01253 . ПМЦ 9976280 . ПМИД 36790087 .
- ^ Авале, Махендра; Цзинь, Сиань; Реймонд, Жан-Луи (2015). «Стереоселективный виртуальный скрининг базы данных ZINC с использованием 3D-отпечатков пар атомов» . Журнал хеминформатики . 7 . дои : 10.1186/s13321-014-0051-5 . ПМИД 25750664 .
- ^ Панагиотопулос, Афанасиос А.; Константину, Евангелия; Пиринцос, Стергиос А.; и др. (2023). «Изучение базы данных натуральных продуктов ZINC для конкретных тестостероноподобных антагонистов OXER1». Стероиды . 199 . doi : 10.1016/j.steroids.2023.109309 . ПМИД 37696380 .