Jump to content

Национальный центр интегративной биомедицинской информатики

Национальный центр интегративной биомедицинской информатики (NCIBI) является одним из семи национальных центров биомедицинских вычислений, финансируемых в рамках Национальных институтов здравоохранения (NIH). дорожной карты медицинских исследований [1] [2] Центр базируется на базе Мичиганского университета и является частью Центра вычислительной медицины и биоинформатики . Миссия NCIBI заключается в создании целевой среды знаний для молекулярно-биомедицинских исследований, которая поможет проводить эксперименты и давать новые идеи в результате анализа сложных заболеваний. Он был создан в октябре 2005 года.

Центр разрабатывает вычислительные методы для эффективного доступа и интеграции биологических данных. Проведение биологических проектов (DBP) обеспечивает отправную точку, с которой разрабатывается, запускается и тестируется инструментарий. Текущие DBP включают слияние генов при раке, основных органоспецифичных осложнениях диабета , питании и ожирении , а также сопутствующих заболеваниях, связанных с биполярным расстройством . Помимо тестирования инструментов на функциональность, отдельная группа занимается тестированием удобства использования и взаимодействия с пользователем.

После разработки и проверки инструментов Центр распространяет данные и программное обеспечение по всему университету и более широкому биомедицинскому исследовательскому сообществу. Различные механизмы, такие как обучающие видеоролики, [3] обучающие программы, [4] а демонстрации и презентации на известных научных конференциях используются для обмена данными и программным обеспечением NCIBI на национальном и международном уровне. [5]

Доступные инструменты

[ редактировать ]

Помимо перечисленных ниже инструментов, расширенные данные, содержащиеся во многих базах данных NCIBI, доступны на вкладке «Базы данных» на странице «Попробуйте наши инструменты». [6]

Разведочный анализ

[ редактировать ]
Имя Описание
ConceptGen [7] Инструмент с открытым исходным кодом для тестирования и картирования концепций . Этот веб-инструмент можно использовать как для идентификации наборов биологических генов (называемых концептами), обогащенных дифференциально экспрессируемыми генами (или любого другого списка генов, определяемого пользователем), так и для изучения сетей взаимоотношений между биологическими концепциями из различных биологических источников.
МетСкапе [8] Плагин Cytoscape, используемый для визуализации и анализа метаболомных данных. Он использует данные реконструкции Эдинбургской метаболической сети человека. MetScape облегчает визуализацию сложных сетей и отображает соответствующую информацию о реакциях , ферментах и ​​путях.
Плагин МиМИ [9] Плагин Cytoscape , который представляет собой интерактивный инструмент визуализации с открытым исходным кодом для анализа взаимодействий белков и их биологических эффектов.
Мичиганские молекулярные взаимодействия (MiMI) [10] Веб- для взаимодействия белков, путей и генов инструмент

Поиск концептуальной литературы

[ редактировать ]
Имя Описание
БиоПоиск-2D Инструмент, который отображает содержимое больших коллекций биомедицинских документов в единую динамическую карту.
Gene2Mesh Инструмент автоматического аннотирования, который связывает термины медицинских предметных рубрик (MeSH) с генами, используя медицинской библиотеки. Национальной PubMed базу данных литературы
Метаб2МеШ Инструмент, который использует статистический подход для надежного и автоматического аннотирования метаболитов с помощью понятий, определенных в MeSH, Национальной медицинской библиотеки. контролируемом словаре биомедицинских концепций
МиПоиск [11] Инструмент поиска литературы, который работает с Национального центра биотехнологической информации (NCBI) Entrez для быстрого поиска цитат PubMed и отображения их в порядке соответствия исследовательским интересам.
ПабАнатомия [12] Инструмент исследования литературы, который предоставляет новые способы изучения взаимосвязей между анатомическими структурами, патофизиологическими процессами, уровнями экспрессии генов и белок-белковыми взаимодействиями в контексте литературы Medline и экспериментальных данных.
PubOnto Инструмент исследования литературы, который предоставляет несколько онтологий из открытых биомедицинских онтологий, чтобы помочь исследователям изучать литературу с разных точек зрения.

См. также

[ редактировать ]

Примечания

[ редактировать ]
  1. ^ Общий фонд НИЗ, биоинформатика и вычислительная биология
  2. ^ Национальные центры биомедицинских вычислений, Резюме
  3. ^ Канал NCIBI на YouTube
  4. ^ Виртуальные семинары NCIBI
  5. ^ Презентации NCIBI
  6. ^ Страница NCIBI «Попробуйте наши инструменты»
  7. ^ Сартор, Массачусетс; Махависно, В.; Кешамуни, В.Г.; Кавальколи, Дж.; Райт, З.; Карновский А.; Куик, Р.; Джагадиш, Х.В.; Мирель, Б. (2009). «ConceptGen: инструмент для обогащения набора генов и картирования отношений между наборами генов» . Биоинформатика . 26 (4): 456–63. doi : 10.1093/биоинформатика/btp683 . ПМЦ   2852214 . ПМИД   20007254 .
  8. ^ Гао, Дж.; Тарча, В.Г.; Карновский А.; Мирель, БР; Уэймут, штат Теннесси; Бичер, CW; Кавальколи, доктор медицинских наук; Эти, Б.Д.; Оменн, GS (2010). «Metscape: плагин Cytoscape для визуализации и интерпретации метаболомных данных в контексте метаболических сетей человека» . Биоинформатика . 26 (7): 971–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq048 . ПМК   2844990 . ПМИД   20139469 .
  9. ^ Гао, Дж.; Аде, А.С.; Тарча, В.Г.; Уэймут, штат Теннесси; Мирель, БР; Джагадиш, Х.В.; Штаты, диджей (2008). «Интеграция и аннотирование интерактома с помощью плагина MiMI для цитоскейпа» . Биоинформатика . 25 (1): 137–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btn501 . ПМЦ   2638934 . ПМИД   18812364 .
  10. ^ Тарча, В.Г.; Уэймут, Т.; Аде, А.; Буквич, А.; Гао, Дж.; Махависно, В.; Райт, З.; Чепмен, А.; Джаяпандиан, М. (2009). «Мичиганские молекулярные взаимодействия r2: от взаимодействующих белков к путям» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D642–6. дои : 10.1093/нар/gkn722 . ПМЦ   2686565 . ПМИД   18978014 .
  11. ^ Штаты, диджей; Аде, А.С.; Райт, ЗК; Буквич А.В.; Эти, Б.Д. (2009). «Адаптивный поисковый инструмент MiSearch pubMed» . Биоинформатика . 25 (7): 974–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btn033 . ПМК   2660869 . ПМИД   18326507 .
  12. ^ Сюань, Вэйцзянь; Дай, Маньхонг; Мирель, Барбара; Сонг, Жан; Эти, Брайан; Уотсон, Стэнли Дж; Мэн, Фань (2009). «Исследование Medline на основе открытой биомедицинской онтологии» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 5): S6. дои : 10.1186/1471-2105-10-S5-S6 . ПМК   2679406 . ПМИД   19426463 .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: fdd14391c5bb948dc57fb419e474b948__1701553020
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/fd/48/fdd14391c5bb948dc57fb419e474b948.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
National Center for Integrative Biomedical Informatics - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)