Национальный центр интегративной биомедицинской информатики
 |
Национальный центр интегративной биомедицинской информатики (NCIBI) является одним из семи национальных центров биомедицинских вычислений, финансируемых в рамках Национальных институтов здравоохранения (NIH). дорожной карты медицинских исследований [1] [2] Центр базируется на базе Мичиганского университета и является частью Центра вычислительной медицины и биоинформатики . Миссия NCIBI заключается в создании целевой среды знаний для молекулярно-биомедицинских исследований, которая поможет проводить эксперименты и давать новые идеи в результате анализа сложных заболеваний. Он был создан в октябре 2005 года.
Центр разрабатывает вычислительные методы для эффективного доступа и интеграции биологических данных. Проведение биологических проектов (DBP) обеспечивает отправную точку, с которой разрабатывается, запускается и тестируется инструментарий. Текущие DBP включают слияние генов при раке, основных органоспецифичных осложнениях диабета , питании и ожирении , а также сопутствующих заболеваниях, связанных с биполярным расстройством . Помимо тестирования инструментов на функциональность, отдельная группа занимается тестированием удобства использования и взаимодействия с пользователем.
После разработки и проверки инструментов Центр распространяет данные и программное обеспечение по всему университету и более широкому биомедицинскому исследовательскому сообществу. Различные механизмы, такие как обучающие видеоролики, [3] обучающие программы, [4] а демонстрации и презентации на известных научных конференциях используются для обмена данными и программным обеспечением NCIBI на национальном и международном уровне. [5]
Доступные инструменты
[ редактировать ]Помимо перечисленных ниже инструментов, расширенные данные, содержащиеся во многих базах данных NCIBI, доступны на вкладке «Базы данных» на странице «Попробуйте наши инструменты». [6]
Разведочный анализ
[ редактировать ]| Имя | Описание |
|---|---|
| ConceptGen [7] | Инструмент с открытым исходным кодом для тестирования и картирования концепций . Этот веб-инструмент можно использовать как для идентификации наборов биологических генов (называемых концептами), обогащенных дифференциально экспрессируемыми генами (или любого другого списка генов, определяемого пользователем), так и для изучения сетей взаимоотношений между биологическими концепциями из различных биологических источников. |
| МетСкапе [8] | Плагин Cytoscape, используемый для визуализации и анализа метаболомных данных. Он использует данные реконструкции Эдинбургской метаболической сети человека. MetScape облегчает визуализацию сложных сетей и отображает соответствующую информацию о реакциях , ферментах и путях. |
| Плагин МиМИ [9] | Плагин Cytoscape , который представляет собой интерактивный инструмент визуализации с открытым исходным кодом для анализа взаимодействий белков и их биологических эффектов. |
| Мичиганские молекулярные взаимодействия (MiMI) [10] | Веб- для взаимодействия белков, путей и генов инструмент |
Поиск концептуальной литературы
[ редактировать ]| Имя | Описание |
|---|---|
| БиоПоиск-2D | Инструмент, который отображает содержимое больших коллекций биомедицинских документов в единую динамическую карту. |
| Gene2Mesh | Инструмент автоматического аннотирования, который связывает термины медицинских предметных рубрик (MeSH) с генами, используя медицинской библиотеки. Национальной PubMed базу данных литературы |
| Метаб2МеШ | Инструмент, который использует статистический подход для надежного и автоматического аннотирования метаболитов с помощью понятий, определенных в MeSH, Национальной медицинской библиотеки. контролируемом словаре биомедицинских концепций |
| МиПоиск [11] | Инструмент поиска литературы, который работает с Национального центра биотехнологической информации (NCBI) Entrez для быстрого поиска цитат PubMed и отображения их в порядке соответствия исследовательским интересам. |
| ПабАнатомия [12] | Инструмент исследования литературы, который предоставляет новые способы изучения взаимосвязей между анатомическими структурами, патофизиологическими процессами, уровнями экспрессии генов и белок-белковыми взаимодействиями в контексте литературы Medline и экспериментальных данных. |
| PubOnto | Инструмент исследования литературы, который предоставляет несколько онтологий из открытых биомедицинских онтологий, чтобы помочь исследователям изучать литературу с разных точек зрения. |
См. также
[ редактировать ]Примечания
[ редактировать ]- ^ Общий фонд НИЗ, биоинформатика и вычислительная биология
- ^ Национальные центры биомедицинских вычислений, Резюме
- ^ Канал NCIBI на YouTube
- ^ Виртуальные семинары NCIBI
- ^ Презентации NCIBI
- ^ Страница NCIBI «Попробуйте наши инструменты»
- ^ Сартор, Массачусетс; Махависно, В.; Кешамуни, В.Г.; Кавальколи, Дж.; Райт, З.; Карновский А.; Куик, Р.; Джагадиш, Х.В.; Мирель, Б. (2009). «ConceptGen: инструмент для обогащения набора генов и картирования отношений между наборами генов» . Биоинформатика . 26 (4): 456–63. doi : 10.1093/биоинформатика/btp683 . ПМЦ 2852214 . ПМИД 20007254 .
- ^ Гао, Дж.; Тарча, В.Г.; Карновский А.; Мирель, БР; Уэймут, штат Теннесси; Бичер, CW; Кавальколи, доктор медицинских наук; Эти, Б.Д.; Оменн, GS (2010). «Metscape: плагин Cytoscape для визуализации и интерпретации метаболомных данных в контексте метаболических сетей человека» . Биоинформатика . 26 (7): 971–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq048 . ПМК 2844990 . ПМИД 20139469 .
- ^ Гао, Дж.; Аде, А.С.; Тарча, В.Г.; Уэймут, штат Теннесси; Мирель, БР; Джагадиш, Х.В.; Штаты, диджей (2008). «Интеграция и аннотирование интерактома с помощью плагина MiMI для цитоскейпа» . Биоинформатика . 25 (1): 137–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btn501 . ПМЦ 2638934 . ПМИД 18812364 .
- ^ Тарча, В.Г.; Уэймут, Т.; Аде, А.; Буквич, А.; Гао, Дж.; Махависно, В.; Райт, З.; Чепмен, А.; Джаяпандиан, М. (2009). «Мичиганские молекулярные взаимодействия r2: от взаимодействующих белков к путям» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D642–6. дои : 10.1093/нар/gkn722 . ПМЦ 2686565 . ПМИД 18978014 .
- ^ Штаты, диджей; Аде, А.С.; Райт, ЗК; Буквич А.В.; Эти, Б.Д. (2009). «Адаптивный поисковый инструмент MiSearch pubMed» . Биоинформатика . 25 (7): 974–6. doi : 10.1093/биоинформатика/btn033 . ПМК 2660869 . ПМИД 18326507 .
- ^ Сюань, Вэйцзянь; Дай, Маньхонг; Мирель, Барбара; Сонг, Жан; Эти, Брайан; Уотсон, Стэнли Дж; Мэн, Фань (2009). «Исследование Medline на основе открытой биомедицинской онтологии» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 5): S6. дои : 10.1186/1471-2105-10-S5-S6 . ПМК 2679406 . ПМИД 19426463 .
Ссылки
[ редактировать ]- Шеннон, П.; Маркиэль, А; Озье, О; Балига, Н.С.; Ван, Джей Ти; Рэймидж, Д; Амин, Н; Швиковский, Б; Идекер, Т (2003). «Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия» . Геномные исследования . 13 (11): 2498–504. дои : 10.1101/гр.1239303 . ПМК 403769 . ПМИД 14597658 .