SDD-ВОЗРАСТ
В биохимии и биологии молекулярной - сокращение полуденатурирующего детергента от — Агарозный - гель SDD электрофорез AGE это . Это метод обнаружения и характеристики крупных белковых полимеров , которые стабильны в 2% SDS при комнатной температуре , в отличие от большинства крупных белковых комплексов . Этот метод очень полезен для изучения прионов и амилоидов , для которых характерно образование белковых полимеров. [1] [2] [3] [4] [5] [6] агароза Для геля используется , поскольку устойчивые к SDS полимеры имеют большие размеры (в диапазоне 200-4000+ кДа) и не могут проникать в обычный полиакриламидный гель , который имеет небольшие поры. С другой стороны, агароза имеет большие поры, что позволяет разделять полимеры.
Использование этого метода позволило исследователям понять, что по крайней мере некоторые типы прионных агрегатов существуют в двухуровневой структуре - белковые молекулы, сгруппированные в полимеры, которые очень стабильны и выдерживают обработку 2% SDS при комнатной температуре, и агрегаты, которые пучки полимеров, которые диссоциируют в этих условиях.
Различия в размерах полимеров могут указывать на эффективность фрагментации полимеров in vivo .
История
[ редактировать ]Метод создан в лаборатории молекулярной генетики Российского НИИ кардиологии и опубликован в 2003 г. Крындушкиным с соавт. [1] В исходном методе использовалась буферная система TAE и модифицированная система вакуумного блоттинга для переноса белков на мембрану (первоначально PVDF ). Модифицированная система вакуумного блоттинга на самом деле представляет собой капиллярный перенос с помощью вакуума, поскольку вакуум только помогает жидкости, которая уже прошла через гель и мембрану, покинуть систему.
Вариации
[ редактировать ]Были также использованы другие модификации, например, описанные Багрианцевом и др., [7] с использованием традиционного влажного переноса и буферной системы TGB, а также с использованием полусухого переноса или капиллярного переноса. [8]
DD-AGE, еще один вариант метода, в котором используются условия полной денатурации , включая восстанавливающие агенты, такие как дитиотреитол (DTT), и тепловую денатурацию при 95°C, подходит для анализа термостабильных телец включения полиглутаминовых белков . [9]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Крындушкин Д.С.; Александров И.М.; Тер-Аванесян; Кушниров В.В. (2003). «Агрегаты прионов дрожжей [PSI+] образованы небольшими полимерами Sup35, фрагментированными Hsp104» . Журнал биологической химии . 278 (49): 49636–43. дои : 10.1074/jbc.M307996200 . ПМИД 14507919 .
- ^ Сальникова А.Б.; Крындушкин Д.С.; Смирнов В.Н.; Кушниров В.В.; Тер-Аванесян (2005). «Бессмысленное подавление дрожжевых клеток, сверхпродуцирующих Sup35 (eRF3), вызвано его ненаследственными амилоидами» . Журнал биологической химии . 280 (10): 8808–12. дои : 10.1074/jbc.M410150200 . ПМИД 15618222 .
- ^ Мериин АБ; Чжан Х; Александров И.М.; Сальникова А.Б.; Тер-Аванесян MD; Чернов Ю.О.; Шерман М.Ю. (2007). «Машина эндоцитоза участвует в агрегации белков с расширенными полиглутаминовыми доменами» . Журнал ФАСЭБ . 21 (8): 1915–25. дои : 10.1096/fj.06-6878com . ПМИД 17341688 . S2CID 24922939 .
- ^ Шкундина И.С.; Кушниров В.В.; Туите МФ; Тер-Аванесян (2006). «Роль N-концевых олигопептидных повторов дрожжевого прионного белка Sup35 в размножении и передаче прионных вариантов» . Генетика . 172 (2): 827–35. дои : 10.1534/genetics.105.048660 . ПМЦ 1456247 . ПМИД 16272413 .
- ^ Александров И.М.; Вишневская А.Б.; Тер-Аванесян; Кушниров В.В. (2008). «Появление и распространение амилоидов на основе полиглутамина в дрожжах: остатки тирозина способствуют фрагментации полимера» . Журнал биологической химии . 283 (22): 15185–92. дои : 10.1074/jbc.M802071200 . ПМК 2397454 . ПМИД 18381282 .
- ^ Альберти С; Хафманн Р; Король О; Капила А; Линдквист С. (2009). «Систематическое исследование идентифицирует прионы и освещает особенности последовательности прионогенных белков» . Клетка . 137 (1): 146–58. дои : 10.1016/j.cell.2009.02.044 . ПМЦ 2683788 . ПМИД 19345193 .
- ^ Багрианцев С.Н.; Кушниров В.В.; Либман С.В. (2006). «Анализ амилоидных агрегатов с использованием электрофореза в агарозном геле». Амилоид, прионы и другие белковые агрегаты, часть Б. Методы энзимологии. Том. 412. стр. 33–48. дои : 10.1016/S0076-6879(06)12003-0 . ISBN 9780121828172 . ПМИД 17046650 .
- ^ Хафманн Р; Линдквист С. (2008). «Скрининг агрегации амилоида с помощью электрофореза в полуденатурирующем детергентно-агарозном геле» . Журнал визуализированных экспериментов (17). дои : 10.3791/838 . ПМЦ 2723713 . ПМИД 19066511 .
- ^ Вебер Дж. Дж.; Голла М; Гуаитоли Дж; Ваничаван П; Хайер С.Н.; Хаузер С; Краль АС; Нагель М; Самер С; Ароника Э; Карлсон CR; Шёлс Л; Рисс О; Глекнер CJ; Нгуен Х.П.; Хюбенер-Шмид Дж (2017). «Комбинаторный подход к идентификации сайтов расщепления кальпаина в белке атаксине-3 при болезни Мачадо-Джозефа» . Мозг . 140 (5): 1280–1299. дои : 10.1093/brain/awx039 . ПМИД 28334907 .