ТАЕ-буфер
Буфер ТАЕ представляет собой буферный раствор, содержащий смесь основания Трис , уксусной кислоты и ЭДТА .
В молекулярной биологии он используется в агарозном электрофорезе, обычно для разделения нуклеиновых кислот, таких как ДНК и РНК . [1] Он состоит из трис-ацетатного буфера, обычно с pH 8,3, и ЭДТА , которая связывает двухвалентные катионы. TAE имеет более низкую буферную емкость, чем TBE , и может легко истощаться, но линейная двухцепочечная ДНК в TAE работает быстрее.
Ранее Brody & Kern упростила электрофоретические буферы, заменив буферы TBE и TAE более эффективными и недорогими проводящими средами в гелевых системах. [2]
Использование
[ редактировать ]Буфер TAE (трис-ацетат-ЭДТА) используется как в качестве рабочего буфера, так и в агарозных гелях. [3] его использование в методах денатурирующего градиентного гель-электрофореза для анализа мутаций широкого диапазона. Также было описано [4] ТАЕ использовался в различных концентрациях для изучения подвижности ДНК в растворах с хлоридом натрия и без него . [5] Однако высокие концентрации хлорида натрия (и многих других солей) в образце ДНК замедляют его подвижность. Это может привести к неправильной интерпретации полученного рисунка полос ДНК.
Подготовка
[ редактировать ]Буфер TAE обычно готовят в виде 50-кратного исходного раствора для лабораторного использования. 50-кратный исходный раствор можно приготовить, растворив 242 г основания Трис в воде, добавив 57,1 мл ледяной уксусной кислоты и 100 мл 500 мМ раствора ЭДТА (рН 8,0) и доведя конечный объем до 1 литра. Этот исходный раствор можно разбавить водой в соотношении 49:1, чтобы получить 1× рабочий раствор. Этот 1-кратный раствор будет содержать 40 мМ Трис, 20 мМ уксусной кислоты и 1 мМ ЭДТА.
| Нет. | Имя | За 1 моль | 50-кратное решение | 50× | 1× раствор | 1X |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | База Трис | 121,1 г/л | 2 М | 242,2 г/л | 40 мМ | 4,844 г/л |
| 2 | уксусная кислота | 57,1 мл/л | 1 М | 57,1 мл/л | 20 мМ | 1,21 мл/л |
| 3 | ЭДТА Дигидрат динатриевой соли | 372,24 г/л | 50 мМ | 18,612 г/л | 1 мм | 0,372 г/л |
2 М = 2000 мМ, поэтому 2000 мМ/50 = 40 мМ для 1×.
1М = 1000 мМ, поэтому 1000 мМ/50 = 20 мМ для 1×.
50 мМ/50 = 1 мМ для 1×.
Прежде всего эти ингредиенты следует растворить в 500 мл, затем довести до 1000 мл.
Примечание. Для растворения ЭДТА потребуется больше времени, поэтому при растворении ЭДТА используйте магнитную мешалку (небольшое количество ЭДТА в 3 или 4 раза).
Пошаговый рецепт метода приготовления 50× буфера TAE доступен на сайте протоколы.io. [6]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Огден, Р.К., и Адамс, Д.А., (1987) Электрофорез в агарозном и акриламидном гелях. Methods Enzymol ., 152 :, 61-87.
- ^ Броуди, Дж. Р., Керн, С. Е. (2004) История и принципы проводящих сред для стандартного электрофореза ДНК. Анальная биохимия. 333(1):1-13. два : 10.1016/j.ab.2004.05.054 PMID 15351274 PDF
- ^ Сэмбрук, Фрич и Маниатис (1989) Молекулярное клонирование: Лабораторное руководство , 2-е изд., Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор, Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк, том 3, приложения B.11 и B.23 ISBN 0-87969-309-6
- ^ Хейс, В.М. и др., (1999) Улучшение состава геля и условий электрофореза для анализа мутаций широкого диапазона путем электрофореза в денатурирующем градиентном геле. Nucleic Acids Res ., 27 (20): e29. PMID 10497279
- ^ Стеллваген, Э. и Стеллваген, Северная Каролина (2002) Подвижность ДНК в свободном растворе в буферах трис-ацетат-ЭДТА разных концентраций с добавлением NaCl и без него. Электрофорез , 23 (12): 1935–1941. ПМИД 12116139
- ^ Беле, Анна; Павловский, Алиса (6 апреля 2018 г.). «Рецепт 50-кратного буфера TAE» . doi : 10.17504/protocols.io.gtvbwn6 .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь )