Галоферакс

Галоферакс
	СЭМ- изображение Haloferax mediterranei
Научная классификация
Домен:	Архея
Королевство:	Эвриархеота
Сорт:	Галобактерии
Заказ:	Галоферакалы
Семья:	Галофераковые
Род:	Галоферакс ; Торребланка и др. 1986 год
Типовой вид
	Галоферакс вулканический ; (Муллаханбхай и Ларсен, 1975) Торребланка и др. 1986 год
Разновидность
	Посмотреть текст

Галоферакс (распространенное сокращение: Hfx. ) — род галобактерий отряда Haloferacaceae . ^{[ 2 ]}

Генетический обмен

Клетки H. mediterranei и клетки родственного вида H. volcanii могут подвергаться процессу генетического обмена между двумя клетками, который включает слияние клеток, в результате чего образуется гетеродиплоидная клетка (содержащая две разные хромосомы в одной клетке). ^{[ 3 ]} Хотя этот генетический обмен обычно происходит между двумя клетками одного и того же вида, он также может происходить с более низкой частотой между клетками H. mediterranei и H. volcani . Эти два вида имеют среднюю идентичность нуклеотидных последовательностей 86,6%. ^{[ 3 ]} В ходе этого процесса обмена формируется диплоидная клетка, содержащая полный генетический репертуар обеих родительских клеток, и облегчается генетическая рекомбинация. Впоследствии клетки разделяются, давая начало рекомбинантным клеткам.

Таксономия

По состоянию на 2022 год к роду Haloferax действительно опубликовано 13 видов . ^{[ 1 ]}

Предлагаемые виды

Было предложено несколько видов и новые биномиальные названия, но они официально не опубликованы.

« Haloferax antrum » Enache et al. 2006 , ^{[ 4 ]} « Галоферакс опилио » Enache et al. 2006 , « Haloferax rutilus » Enache et al. 2006 и « Haloferax viridis » Enache et al. 2006 были выделены из соленых озер Румынии и впервые предложены как новый вид в 2006 году. ^{[ 5 ]} Только H. prahovense с тех пор был достоверно опубликован. предложенный ими
« Haloferax berberensis » Kharroub et al. 2005e был выделен в Алжире и предложен как новый вид в 2005 году. ^{[ 6 ]}
Haloferaxlitoreum , Haloferax marinizediminis и Haloferax marinum были впервые опубликованы в 2021 году, но не приняты с 2022 года. ^{[ 7 ]}
Haloferax marisrubri и Haloferax profundi были впервые опубликованы в 2020 году, но не приняты с 2022 года. ^{[ 8 ]}
Haloferax Massilisiensis или Haloferax Massiliense был впервые опубликован в 2016 году, а затем снова в 2018 году как связанный с человеком галофильный архей. По состоянию на 2022 год этот вид не принят. ^{[ 9 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 1 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^{[ 2 ]}

на основе 16S рРНК ДП _06_2022 ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}

Галоферакс

H. namaokaokahaiae McDuff et al. 2017 год

	Х. элонганс

	Х. ларсении

	Х. Средиземноморье

	Х. слизистая оболочка

Х. сульфрифонтис

H. chudinovii Саралов и др. 2014 год

Х. денитрификанты

H. lucentense corrig. Гутьеррес и др. 2004 г.

Х. гиббонсии

Х. Праховенсе

	H. alexandrinus Аскер и Охта 2002 г.

	Х. вулканы

Галоферакс

	H. elongans Allen et al. 2008 год

	H. larsenii Xu et al. 2007 год

	« H.litoreum » Cho et al. 2021 год

	« H. profundi » Чжан и др. 2020 год

	« H. marinizediminis » Cho et al. 2021 год

	« H. marinus » Cho et al. 2021 год

	H. mediterranei (Родригес-Валера и др., 1983) Torreblanca et al. 1987 год

	H. mucosum Allen et al. 2008 год

	Для H. гиббонса Juez et al. 1986 год

	H. prahovense Enache et al. 2007 год

« H. marisrubri » Zhang et al. 2020 год

	« H. Massiliensis » Хелафия и Рауль, 2016 г.

	H. volcanii (Mullakanbhai & Larsen 1975) был описан Torreblanca et al. 1986 год

	H. denitrificans (Tomlinson et al. 1986) Tindall et al. 1989 год

	H.ulfurifontis Elshahed et al. 2004 г.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Ж. П. Эзеби. «Галоферакс» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 октября 2023 г.
^ Jump up to: ^а ^б Сэйерс; и др. «Галоферакс» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 октября 2023 г.
^ Jump up to: ^а ^б Наор А., Лапьер П., Меварех М., Папке Р.Т., Гофна У. (август 2012 г.). «Низкие видовые барьеры у галофильных архей и образование рекомбинантных гибридов» . Курс. Биол . 22 (15): 1444–8. дои : 10.1016/j.cub.2012.05.056 . ПМИД 22748314 .
^ EBA - Европейский архив нуклеотидов , получено 14 июля 2022 г.
^ Браузер таксономии NCBI (Haloferax antrum) , получено 14 июля 2022 г.
^ Браузер таксономии NCBI (Haloferax berberensis) , получено 14 июля 2022 г.
^ «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.
^ «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.
^ «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.
^ «ЛТП» . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Дальнейшее чтение

Орен А., Вентоза А. (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 50 (3): 1405–1407. дои : 10.1099/00207713-50-3-1405 . ПМИД 10843089 .
Торребланка М., Родригес-Валера Ф., Хуэс Г., Вентоса А., Камекура М., Кейтс М. (1986). «Классификация неалкалифильных галобактерий на основе числовой таксономии и состава полярных липидов, а также описание Haloarcula gen. nov. и Haloferax gen.nov». Сист. Прил. Микробиол . 8 (1–2): 89–99. дои : 10.1016/s0723-2020(86)80155-2 .
Гиббонс, штат Невада (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae, сем. Ноябрь». В Р.Е. Бьюкенен; Н. Е. Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминативной бактериологии (8-е изд.). компании Williams & Wilkins Co. Балтимор: ISBN 0-683-01117-0 .

Внешние ссылки

[LPSN-1] Jump up to: ^а ^б ^с Ж. П. Эзеби. «Галоферакс» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 октября 2023 г.

[NCBI-2] Jump up to: ^а ^б Сэйерс; и др. «Галоферакс» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 октября 2023 г.

[pmid22748314-3] Jump up to: ^а ^б Наор А., Лапьер П., Меварех М., Папке Р.Т., Гофна У. (август 2012 г.). «Низкие видовые барьеры у галофильных архей и образование рекомбинантных гибридов» . Курс. Биол . 22 (15): 1444–8. дои : 10.1016/j.cub.2012.05.056 . ПМИД 22748314 .

[ENA_(H.antrum)-4] EBA - Европейский архив нуклеотидов , получено 14 июля 2022 г.

[NCBI_(Enache_2006)-5] Браузер таксономии NCBI (Haloferax antrum) , получено 14 июля 2022 г.

[NCBI_(H.berberensis)-6] Браузер таксономии NCBI (Haloferax berberensis) , получено 14 июля 2022 г.

[LPSN_(Cho_2021)-7] «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.

[LPSN_(H.marisrubri_Zhang_2020)-8] «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.

[LPSN_(H.massiliense_Khelaifa&Raoult_2026)-9] «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.

[10] «ЛТП» . Проверено 10 мая 2023 г.

[11] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 10 мая 2023 г.

[12] «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проверено 10 мая 2023 г.

[about-13] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-14] "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-15] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]