Галоферакалы
| Галоферакалы | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Архея |
| Королевство: | Эвриархеота |
| Сорт: | Галобактерии |
| Заказ: | Галоферакалы Гупта и др. 2015 год |
| Семьи [ 1 ] [ 2 ] | |
Haloferacales — порядок галофильных , хемоорганотрофных или гетеротрофных архей класса Haloarchaea . [ 3 ] Типовой род этого отряда — Haloferax . [ 4 ]
Название Haloferacales происходит от латинского термина Haloferax, обозначающего типовой род отряда, и суффикса «-ales», окончания, используемого для обозначения отряда. В совокупности Haloferacales относится к отряду, номенклатурным типом которого является род Haloferax .
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Члены являются галофилами и могут быть хемоорганотрофами или гетеротрофами и изолированы от среды с высоким содержанием соли, такой как морские солнечные солеварни и Мертвое море . Некоторые члены подвижны и содержат газовые пузырьки. Морфология разнообразна, включая палочки, кокки или плоские квадратные формы. Представители этого отряда оптимально растут при нейтральном pH. Содержание G+C ДНК этого порядка колеблется в пределах 55-66 мол.%. [ 3 ]
Этот отряд можно надежно отличить от других галобактерий по наличию пяти консервативных сигнатурных белков (CSP) и четырех консервативных сигнатурных инделей (CSI), присутствующих в следующих белках: ДНК-гираза B, пролил-т-РНК-синтетаза, ацил-КоА-синтетаза и аспартил. Субъединица B глутамил-тРНК амидотрансферазы. [ 3 ]
Историческая систематика и современная систематика
[ редактировать ]По состоянию на 2021 год Haloferacales включает два семейства: Haloferacaceae и Halorubraceae . [ 4 ] Члены этого отряда были отграничены от класса Halobacteria , ранее представлявшего собой большую филогенетически неродственную группу видов с отчетливыми биохимическими характеристиками и разными экологическими нишами. [ 5 ] [ 6 ] Разнообразный набор морфологических и физиологических характеристик затруднял выяснение эволюционных взаимоотношений внутри класса за пределами родового уровня.
В 2015 году Гупта и др. предложил разделение класса Halobacteria на отряды Halobacteriales , Haloferacales и Natrialbales на основе сравнительного геномного анализа и структуры ветвления различных филогенетических деревьев, построенных на основе нескольких различных наборов данных консервативных белков и последовательностей 16S рРНК. Молекулярные маркеры, особенно консервативные сигнатурные индели , специфичные для этого отряда, также были идентифицированы как свидетельства, подтверждающие разделение, независимое от филогенетических деревьев. [ 3 ] Каждый отряд можно надежно отличить друг от друга и других видов по наличию этих CSI.
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 2 ] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [ 1 ]
| на основе 16S рРНК ДП _06_2022 [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] | 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Сэйерс; и др. «Галофералес» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 17 мая 2023 г.
- ^ Jump up to: а б Ж. П. Эзеби. «Галофералес» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 17 мая 2023 г.
- ^ Jump up to: а б с д Гупта, Рэдхи С.; Наушад, Сохаил; Бейкер, Шеридан (01 марта 2015 г.). «Филогеномный анализ и молекулярные признаки класса Halobacteria и двух его основных клад: предложение о разделении класса Halobacteria на исправленный порядок Halobacteriales и два новых порядка: Haloferacales ord. nov. и Natrialbales ord. nov Haloferacaceae nov . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 65 (Pt_3): 1050–1069. дои : 10.1099/ ijs.0.070136-0 ISSN 1466-5026 .
- ^ Jump up to: а б «Отряд: Галоферакалес» . lpsn.dsmz.de. Проверено 27 июня 2021 г.
- ^ Грант, Уильям Д.; Камекура, Масахиро; МакДженити, Терри Дж.; Вентоза, Антонио (14 сентября 2015 г.). «Класс галобактерий. ноябрь» . Руководство Берджи по систематике архей и бактерий : 1–1. дои : 10.1002/9781118960608.cbm00026 .
- ^ Орен, Аарон (01 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма изменения концепций в систематике прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (2): 263–271. дои : 10.1099/ijs.0.038653-0 . ISSN 1466-5026 .
- ^ «ЛТП» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.