✖


Jump to content

Гало красный

Гало красный
Научная классификация
Домен:
Архея
Королевство:
Эвриархеота
Тип:
Эвриархеота
Сорт:
Галобактерии
Заказ:
Галоферакалы
Семья:
Галорубровые
Род:
Гало красный

МакГенити и Грант, 1996 г. [1]
Типовой вид
Гало красные сахара
(Томлинсон и Хохштейн, 1977 г.) Макгенити и Грант, 1996 г.
Разновидность

Посмотреть текст

Синонимы
  • Halorubrobacterium Kamekura и Dyall-Smith 1996 г. [1]

Halorubrum — род семейства Halorubraceae . Виды Halorubrum обычно галофильны и могут быть найдены в водах с высокой концентрацией соли, таких как Мертвое море или озеро Забуе .

Генетический обмен

[ редактировать ]

Популяция галоархей Halorubrum в естественной среде с высокой концентрацией соли часто обменивалась генетической информацией путем рекомбинации. [2] Эта популяция демонстрировала степень равновесия сцепления, приближающуюся к таковой в сексуальной популяции.

Таксономия

[ редактировать ]

В систематике ​ Halorubrum — род Halobacteriaceae ​ . [3]

Разновидность

[ редактировать ]

Halorubrum ejinorense впервые был выделен из озера Эджинор во Внутренней Монголии , Китай. [4]

Halorubrum lacusprofundi был впервые выделен в 1980-х годах из озера Глубокое в Антарктиде . [5] Его геном , секвенированный в 2008 году, состоит из двух хромосом (одна 2,74 МБ , другая 0,53 МБ) и одной плазмиды (0,43 МБ). [6] Его β-галактозидаза фермент был тщательно изучен, чтобы понять, как белки функционируют в низкотемпературной среде с высоким содержанием соли. [7] [8] Один штамм H. lacusprofundi содержит плазмиду для горизонтального переноса генов , который происходит по механизму, использующему вирусоподобные частицы, заключенные в пузырьки. [9]

Halorubrum sodomense был впервые обнаружен в Мертвом море в 1980 году. Для него требуется более высокая концентрация магния. 2+ ионы для роста, чем родственные галофилы . [10] его Мембрана клеточной поверхности содержит архаэрродопсин-3 (AR3), фоторецепторный белок, который собирает энергию солнечного света для создания движущей силы протонов, которая используется для синтеза АТФ . [11] [12] Мутанты AR3 широко используются в качестве инструментов оптогенетики для нейробиологических исследований. [13]

Halorubrum tibetense был впервые выделен из озера Забуйе в Тибете, Китай. [14]

Halorubrum xinjiangense был впервые выделен из озера Сяо-Эр-Куле в Синьцзяне, Китай. [15]

Предлагаемые виды

Было предложено несколько видов и новые биномиальные названия, но они официально не опубликованы.опубликовано.

  • Halorubrum africanae и Halorubrum Constantinense были выделены в Алжире и предложены как новые виды в 2007 году. [16] и 2005. [17]
  • Halorubrum alimentarium и Halorubrum koreense — предложенные названия неописанных штаммов B43 и B6 , появившихся в публикации 2008 года. [18]
  • Halorubrum halotolerans — это предложенное название неописанного штамма, выделенного из солнечных соляных заводов в Нижней Калифорнии в 2009 году. [19]
  • Halorubrum hochstenium — это предложенное название для полного генома неописанного штамма ATCC 700873 , поступившего в базы данных в 2014 году. [20] [21]
  • Halorubrum jeotgali был выделен из образцов традиционных корейских морепродуктов и предложен в качестве нового вида в 2007 году. [22] Halorubrum cibarium В той же публикации был предложен . Он был снова предложен под названием H. cibi и принят в 2009 году.
  • Halorubrum kribbense и Halorubrum norisence — это предложенные названия невыделенных штаммов микробиома кишечника человека, упомянутые в публикации 2017 года. [23]
  • Halorubrum salipaludis впервые был опубликован в 2021 году. [24]
  • " Гало красная соль "
  • Halorubrum salsamenti был выделен из соленого рассола и предложен как новый вид в 2017 году. [25]
  • Halorubrum sfaxense был выделен в Тунисе и предложен как новый вид в 2017 году. [26]
  • Halorubrum тропический был изолирован в Пуэрто-Рико и предложен как новый вид в 2016 году. [27]

Филогения

[ редактировать ]

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [1] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [3]

на основе 16S рРНК ДП _06_2022 [28] [29] [30] 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 [31] [32] [33]
Гало красный

H. gandharaense Kondô et al. 2015 год

H. luteum Hu et al. 2008 год

H. vacuolatum (Mwatha & Grant 1993) Kamekura et al. 1997 год

H. алкафилум Feng et al. 2005 г.

H. tibetense Fan et al. 2004 г.

H. aquaticum Gutierrez et al. 2011 г.

H. halodurans Corral et al. 2016 год

Х. Сиби Ро и Бэ, 2009 г.

H. glutamatedens Xu et al. 2019 год

H. aethiopicum Gibtan et al. 2018 год

H. Rubrum Qiu et al. 2014 год

H. orientale Castillo et al. 2006 г.

H. trueperi Chen et al. 2017 год

H. lacusprofundi (Franzmann et al. 1989) McGenity & Grant 1996

H. salsamenti Chen et al. 2019 год

H. kocurii Gutierrez et al. 2008 год

H. aidingense Cui et al. 2006 г.

H. yunnanense Chen et al. 2015 год

Х. Депозит Чен и др. 2019 год

Х. Ред Инь и др. 2016 год

H. halophilum Yim et al. 2014 год

H. lipolyticum Cui et al. 2006 г.

H. amylolyticum Sun et al. 2019 год

H. persicum Corral et al. 2015 год

H. saccharovorum (Tomlinson & Hochstein 1977) McGenity & Grant 1996

H. pallidum Chen et al. 2016 год

H. laminariae Han & Cui 2015 г.

H. salinum Чжан и Цуй, 2014 г.

H. distributum (Zvyagintseva & Tarasov 1989) Oren & Ventosa 1996

H. ejinorense Castillo et al. 2007 год

H. tebenquichense Lizama et al. 2002 г.

H. sodomense (Орен, 1983) McGenity & Grant, 1996

H. Californiense Pesenti et al. 2008 год

H. ezzemoulense Kharroub et al. 2006 г.

H. coriense (Камекура и Дьял-Смит, 1996 г.) Орен и Вентоза, 1996 г.

H.trapanicum (Петтер 1931) McGenity & Grant 1996

H. salinarum Han et al. 2022 год

H. xinjiangense Feng et al. 2004 г.

Гало красный

Х. вакуолатум

Х. алкафилум

Х. акватикум

Х. чиби

Х. рубрум

Х. Эфиопский

Х. галодуранс

Х. ламинарии

Х. соль

Х. айдингенс

Х. депозит

Х. красный

Х. лакуспрофунди

« H. salipaludis » Gong et al. 2021 год

Х. галофилум

Х. амилолитикум

Х. соусы

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с Ж. П. Эзеби. «Халорубрум» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 октября 2023 г.
  2. ^ Папке Р.Т., Кениг Дж.Э., Родригес-Валера Ф., Дулиттл В.Ф. (декабрь 2004 г.). «Частая рекомбинация в соленой популяции Halorubrum». Наука . 306 (5703): 1928–9. Бибкод : 2004Sci...306.1928P . дои : 10.1126/science.1103289 . ПМИД   15591201 . S2CID   21595153 .
  3. ^ Jump up to: а б Сэйерс; и др. «Халорубрум» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 октября 2023 г.
  4. ^ Кастильо А.М., Гутьеррес М.К., Камекура М., Сюэ Ю, Ма Ю, Коуэн Д.А., Джонс Б.Е., Грант В.Д., Вентоза А. (2007). «Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., выделенный из озера Эджинор, Внутренняя Монголия, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (11): 2538–2542. дои : 10.1099/ijs.0.65241-0 . ПМИД   17978215 .
  5. ^ Францманн П.Д., Стаклбрандт Э., Сандерсон К., Фолькман Дж.К., Камберон Д.Е., Стивенсон П.Л., Макмикин Т.А., Бертон Х.Р. (1988). « Halobacterium lacusprofundii sp. nov., галофильная бактерия, выделенная из Глубокого озера, Антарктида». Систематическая и прикладная микробиология . 11 (1): 20–27. дои : 10.1016/S0723-2020(88)80044-4 .
  6. ^ Андерсон И.Дж., ДасСарма П., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Дель Рио Т., Тайс Х., Далин Э., Брюс Д.К., Гудвин Л., Питлак С., Симс Д., Бреттин Т.С., Деттер Дж.С., Хан К.С., Лаример Ф., Хаузер Л., Лэнд М., Иванова Н., Ричардсон П., Кавиччиоли Р., ДасСарма С., Вёзе Ч.Р., Кирпидес (2008). «Полная последовательность генома антарктического Halorubrum lacusprofundi штамма ACAM 34» . Стандарты в геномных науках . 11 (1): 70. дои : 10.1186/s40793-016-0194-2 . ПМК   5018182 . ПМИД   27617060 .
  7. ^ Каран Р., Кейпс МД, ДасСарма П., ДасСарма С. (2013). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика полиэкстремофильной β-галактозидазы из антарктической Haloarchaeon Halorubrum lacusprofundi » . БМК Биотехнология . 13 :10.1186/1472-6750-13-3. дои : 10.1186/1472-6750-13-3 . ПМЦ   3556326 . ПМИД   23320757 .
  8. ^ Лэй В.Дж., Каран Р., Ким Дж.М., Печер В.Т., ДасСарма П., ДасСарма С. (2017). «Ключевые аминокислотные остатки, обеспечивающие повышенную активность фермента при низких температурах в антарктической полиэкстремофильной β-галактозидазе» . ПНАС . 114 (47): 12530–35. Бибкод : 2017PNAS..11412530L . дои : 10.1073/pnas.1711542114 . ПМК   5703305 . ПМИД   29109294 .
  9. ^ Эрдманн С., Чичко Б., Чжун Л., Рафтери М.Дж., Кавиччиоли Р. (9 сентября 2017 г.). «Плазмида антарктического галоархея использует специализированные мембранные везикулы для распространения и заражения клеток, не содержащих плазмид». Природная микробиология . 2 (10): 1446–1455. дои : 10.1038/s41564-017-0009-2 . ПМИД   28827601 . S2CID   38729395 .
  10. ^ Орен А (1983). « Halobacterium sodomense sp. nov. Галобактерия Мертвого моря с чрезвычайно высокой потребностью в магнии» . Международный журнал систематической бактериологии . 33 (2): 381–386. дои : 10.1099/00207713-33-2-381 .
  11. ^ Ихара К., Умемура Т., Катагири И., Китадзима-Ихара Т., Сугияма Ю., Кимура Ю., Мукохата Ю. (январь 1999 г.). «Эволюция архейных родопсинов: изменение скорости эволюции за счет дупликации генов и функциональной дифференциации». Журнал молекулярной биологии . 285 (1): 163–74. дои : 10.1006/jmbi.1998.2286 . ПМИД   9878396 .
  12. ^ Бада Хуарес Дж.Ф., судья П.Дж., Адам С., Аксфорд Д., Виналс Дж., Берч Дж., Кван Т.О., Хой К.К., Йен ХИ, Виал А, Милхиет П.Е., Робинсон К.В., Шапиро I, Мораес И., Уоттс А (2021). «Структуры транспортера археродопсина 3 показывают, что нарушение внутренних водных сетей лежит в основе сенсибилизации рецепторов» . Природные коммуникации . 12 (1): 629. Бибкод : 2021NatCo..12..629B . дои : 10.1038/s41467-020-20596-0 . ПМЦ   7840839 . PMID   33504778 .
  13. ^ Флитзанис NC, Бедбрук CN, Чиу Х, Энгквист МК, Сяо С, Чан КЮ, Штернберг П.В., Арнольд Ф.Х., Градинару В (2014). «Варианты архаэрродопсина с усиленной вольточувствительной флуоресценцией в млекопитающих и Caenorhabditis elegans нейронах » . Природные коммуникации . 5 : 4894. Бибкод : 2014NatCo...5.4894F . дои : 10.1038/ncomms5894 . ПМК   4166526 . ПМИД   25222271 .
  14. ^ Фан Х, Сюэ Ю, Ма Ю, Вентоза А, Грант ВД (2004). « Halorubrum tibetense sp. nov., новый галоалкалифильный архей из озера Забуе в Тибете, Китай» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (4): 1213–1216. дои : 10.1099/ijs.0.03032-0 . ПМИД   15280294 .
  15. ^ Фэн Дж., Чжоу П.Дж., Лю С.Дж. (2004). « Halorubrum xinjiangense sp. nov., новый галофил, выделенный из соленых озер Китая» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1789–1791. дои : 10.1099/ijs.0.63209-0 . ПМИД   15388744 .
  16. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum africanae) , получено 14 июля 2022 г.
  17. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum Constantinense) , получено 14 июля 2022 г.
  18. ^ Нам Ён До; Чанг Хо-Вон; Ким Кён Хо; Ро Сон Ун; Ким Мин Су; Юнг Ми-Джа; Ли Си-Ву; Ким Чен Ёль; Юн Юнг-Хун; Пэ Джин Ву (2008). «Бактериальное, архейное и эукариальное разнообразие в кишечнике корейцев». Журнал микробиологии . 46 (5): 491–501. дои : 10.1007/s12275-008-0199-7 . ПМИД   18974948 . S2CID   24070213 .
  19. ^ Сабет С., Диалло Л., Хейс Л., Юнг В., Диллон Дж.Г. (2009). «Характеристика галофилов, выделенных из солнечных соляных электростанций в Нижней Калифорнии, Мексика». Экстремофилы . 13 (4): 643–656. дои : 10.1007/s00792-009-0247-1 . ПМИД   19418017 . S2CID   1040194 .
  20. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum hochstenium ATCC 700873) , получено 14 июля 2022 г.
  21. ^ Страница: «Halorubrum hochstenium 1-13-28» в Интегрированные микробные геномы и микробиомы , получено 14 июля 2022 г.
  22. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum cibarium) , получено 14 июля 2022 г.
  23. ^ Нкамга, Ванесса Демонфорт; Анрисса, Бернар; Дранкур, Мишель (2017). «Археи: важные обитатели пищеварительной микробиоты человека» . Журнал микробиома человека . 3 : 1–8. дои : 10.1016/j.humic.2016.11.005 .
  24. ^ Страница: «Виды: Halorubrum salipaludis» в «ЛПСН - Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре» . Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур . Проверено 14 июля 2022 г.
  25. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum salsamenti) , получено 14 июля 2022 г.
  26. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrum sfaxense) , получено 14 июля 2022 г.
  27. ^ Браузер таксономии NCBI (Halorubrumtropice) , получено 14 июля 2022 г.
  28. ^ «ЛТП» . Проверено 10 мая 2023 г.
  29. ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 10 мая 2023 г.
  30. ^ «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проверено 10 мая 2023 г.
  31. ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  32. ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  33. ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]

Научные журналы

[ редактировать ]

Научные книги

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Halorubrum&oldid=1222790850"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: d8f2458e5f60dc1f91c730d4b5fe7610__1715111340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/d8/10/d8f2458e5f60dc1f91c730d4b5fe7610.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Halorubrum - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)