Галобактерии

Галобактерии
Научная классификация
Домен:	Архея
Королевство:	Эвриархеота
Сорт:	Галобактерии
Заказ:	Галобактерии
Семья:	Галобактерии ; Гиббонс 1974 г.
Роды
	Посмотреть текст
Синонимы
	«Haloarchaeaceae» (так в оригинале) DasSarma и DasSarma 2008 г. ;

Halobacteriaceae — семейство в отряде Halobacteriales и домене Archaea . ^{[ 1 ]} Галобактерии представляют собой большую часть галофильных архей, наряду с представителями двух других метаногенных семейств: Methanosarcinaceae и Methanocalculaceae . ^{[ 2 ]} Семейство состоит из множества разнообразных родов, способных выжить в экстремальных экологических нишах. ^{[ 3 ]} Чаще всего Halobacteriaceae встречаются в гиперсоленых озерах и могут даже переносить участки, загрязненные тяжелыми металлами. ^{[ 4 ]} К ним относятся нейтрофилы , ацидофилы (например, Halarchaeum acidiphilum ), алкафилы (например, Natronobacterium ), и даже были обнаружены психротолерантные виды (например, Hrr. lacusprofundi ). ^{[ 3 ]} Известно, что некоторые представители живут как аэробно, так и анаэробно, и они имеют множество различных морфологий . ^{[ 3 ]} Эти разнообразные морфологии включают палочки у рода Halobacterium , кокки у Halococcus , сплющенные диски или чашечки у Haloferax и другие формы, варьирующиеся от сплющенных треугольников у Haloarcula до квадратов у Haloquadratum и Natronorubrum . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Большинство видов Halobacteriaceae наиболее известны своей высокой солеустойчивостью и красно-розовой пигментацией членов (за счет каротиноидов бактериоруберина). ^{[ 5 ]}), но есть также непигментированные виды и те, которые требуют умеренных солевых условий. ^{[ 3 ]}^{[ 7 ]} Было показано, что некоторые виды Halobacteriaceae проявляют активность по растворению фосфора , которая способствует круговороту фосфора в гиперсоленой среде. ^{[ 8 ]} Такие методы, как анализ 16S рРНК и гибридизация ДНК-ДНК, внесли основной вклад в таксономическую классификацию Halobacteriaceae, отчасти из-за сложности культивирования галофильных архей. ^{[ 7 ]}^{[ 3 ]}^{[ 2 ]}

Обзор

Галобактерии обитают в воде, насыщенной или почти насыщенной солью. Их еще называют галофилами , хотя это название используется и для других организмов, живущих в несколько менее концентрированной соленой воде. Они распространены в большинстве сред, где имеется большое количество соли, влаги и органических материалов. Крупные цветки кажутся красноватыми из-за пигмента бактериородопсина . Этот пигмент используется для поглощения света, который обеспечивает энергию для создания АТФ . Галобактерии также обладают вторым пигментом, галородопсином , который в ответ на фотоны перекачивает ионы хлора, создавая градиент напряжения и помогая в производстве энергии из света. Этот процесс не связан с другими формами фотосинтеза , включающими транспорт электронов, а галобактерии не способны связывать углерод из углекислого газа .

Галобактерии могут существовать в соленой среде, поскольку, хотя они и являются аэробами , у них есть отдельный и отличный способ создания энергии за счет использования энергии света. Части мембран галобактерий имеют пурпурный цвет и содержат пигмент сетчатки . Это позволяет им создавать протонный градиент через мембрану клетки, который можно использовать для создания АТФ для собственных нужд.

У них есть определенные приспособления к жизни в соленой среде. Например, их клеточный механизм адаптирован к высоким концентрациям соли за счет наличия на поверхности заряженных аминокислот, что позволяет клетке удерживать молекулы воды вокруг этих компонентов. Осмотическое давление и эти аминокислоты помогают контролировать количество соли внутри клетки. Однако из-за этих адаптаций, если клетку поместить во влажную, менее соленую среду, она, скорее всего, немедленно лопнет от осмотического давления.

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 9 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^{[ 1 ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}

Галобактерии

Галобактерии 2 *

Халомарина Иноуэ и др. 2011 *

Salinirubellus Hou et al. 2018 *

« Халорариус » Сан и др. 2023 год

	Салелла Дешмук и Орен 2023

	Знак ореола

Халокатена Верма и др. 2020 *

	Галогломус

	Натрономонас Камекура и др. 1997 *

Галобактериевые 3 *

Галосимплекс

Галориенталис

Салинибакулум Хан и Цуй 2020 *

	Салинирусс

	Halovenus Makhdoumi-Kakhki et al. 2012 *

я счастлив

	Галококкоидес

	Халлорхабдус

Галоаркулезные

Галомикробий чжоуи

Галомикробий мукохатаеи

	Галомикроаркула

	Галоаркула [вкл. Галосиккатус ; парафилетический]

Галобактерии *

	Halanaeroarchaeum Сорокин и др. 2016 *

	Halodesulfurarchaeum Сорокин и др. 2017 *

Salarchaeum Shimane et al. 2011 *

Галобактерия Elazari-Volcani 1957 *

	Галоисчисление Минегиши и др. 2015 *

	Halarchaeum Minegishi et al. 2010 *

« Халадаптовые » *

Halorussus Группа видов 2

Halomicrococcus Chen и др. 2020 *

	Галоруссус галофилус

	Халадаптатус Сэвидж и др. 2007 *

Halorussus Cui et al. 2010 *

Халостелла Сонг и др. 2016 {QS-9-68-17} *

	Halalkalicoccus Xue et al. 2005 {"Halalalicoccaceae"} *

	Галококк { Halococcaceae }

Галобактериевые 4 *

	Halorubellus Cui et al. 2014 *

	Haloarchaeobius Makhdoumi-Kakhki et al. 2012 *

	Натроноархеум Шимане и др. 2010 {"Натроноархеевые"} *

	Salinarchaeum {"Salinarchaeaceae"}

Натрий альбовый

	Salinirubrum corrig. Цуй и Цю, 2014 г. *

	Haloferacaceae (в т.ч. Halorubraceae )

Галобактерии

« Халадаптовые » *

	Привет, русский *

	Адаптировано *

Галобактерии *

	Галанаэроархей *

	Галодесульфурархеум *

Салархей *

	Галоисчисление *

	Галархей *

Галобактерия *

Salinarchaeum {"Salinarchaeaceae"}

	Халостелла {QS-9-68-17} *

	Natronoarchaeum {"Натроноархеевые"} *

Натрий альбовый

Галококк { Halococcaceae }

Галоаркулезные

	Халокатена *

	Галомарин *

	Галогломус

	Знак ореола

Натрономон *

Галориенталис

я счастлив

	Галококкоидес

	Халлорхабдус

Галосимплекс

Салинирусс

	Салинибакулум *

	Хэллоуин *

Галомикробий [в т.ч. Галосиккатус ]

	Галомикроаркула

	Галоаркула

	Halalkalicoccus {"Halalkalicoccaceae"} *

	Haloferacaceae (в т.ч. Halorubraceae )

Примечание 1: * парафилетические Halobacteriaceae
Примечание 2: Неназначенные галобактерии.

« Актиноархей » Тан и др. 2023 год
« Галоалкалофилия » Лизама и др. 2000 г.
« Халорариус » Сан и др. 2023 год

См. также

Список родов архей

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Сэйерс; и др. «Галобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 15 августа 2023 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильных архей: современное состояние и будущие проблемы». Экстремофилы . 18 (5): 825–834. дои : 10.1007/s00792-014-0654-9 . ПМИД 25102811 . S2CID 5395569 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма изменения концепций в систематике прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (2): 263–271. дои : 10.1099/ijs.0.038653-0 . ПМИД 22155757 .
^ Наик, Саника; Фуртадо, Ирен (2017). Загрязнение морской среды и микробная очистка . Сингапур: Springer Nature. стр. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Орен, Аарон; Арахал, Дэвид; Вентоза, Антонио (2009). «Уточненные описания родов семейства Halobacteriaceae» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (3): 637–642. дои : 10.1099/ijs.0.008904-0 . ПМИД 19244452 .
^ Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоан; Андраде, Карен; Брокс, Йохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности De novo Haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, обнаруживают изменчивый геномный ландшафт» . Архея . 2015 : 875784. doi : 10.1155/2015/875784 . ПМК 4330952 . ПМИД 25709557 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Вентоза, А.; Маркес, М.; Санчес-Порро, К.; Хаба, Р. (2012). Достижения в понимании биологии галофильных микроорганизмов ([Обновленное ред.]. Ред.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. дои : 10.1007/978-94-007-5539-0_3 . ISBN 978-94-007-5538-3 .
^ Ядав, Аджар Натх; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дэй, Ринку; Пал, Камаль Кришна; Кошик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Галоархеи, наделенные свойством солюбилизации фосфора, участвующим в фосфорном цикле» . Научные отчеты . 5 (1): 12293. Бибкод : 2015NatSR...512293Y . дои : 10.1038/srep12293 . ПМК 4516986 . ПМИД 26216440 .
^ Ж. П. Эзеби. «Галобактерии» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 августа 2023 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Дальнейшее чтение

Научные журналы

Райт, генеральный директор (2006). «Филогенетические взаимоотношения внутри отряда Halobacteriales, выведенные из последовательностей гена 16S рРНК» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 56 (Часть 6): 1223–1227. дои : 10.1099/ijs.0.63776-0 . ПМИД 16738095 .
Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005 г.). «Номенклатурными типами порядков Acholeplasmatales, Halanaerobiales, Halobacteriales, Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomirobiales, Planctomycetales, Prochromales, Sulfolobales, Thermococcales, Thermoproteales и Verrucomicrobiales являются роды Acholeplasma, Halanaerobium, Halobacterium, Methanobacterium, Methanococcus Metha, nomicrobium, Planctomyces, Prochromon, Sulfolobus , Thermococcus, Thermoproteus и Verrucomicrobium соответственно. Мнение 79" . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 55 (Часть 1): 517–518. дои : 10.1099/ijs.0.63548-0 . ПМИД 15653928 .
Юзеби Дж.П., Тиндалл Б.Дж. (2001). «Номенклатурный тип приказов: необходимые исправления согласно правилам 15 и 21а Бактериологического кодекса (редакция 1990 г.), и обозначение соответствующих номенклатурных типов классов и подклассов. Запрос заключения» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 51 (Часть 2): 725–727. дои : 10.1099/00207713-51-2-725 . ПМИД 11321122 .
Орен А., Вентоза А. (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 50 (3): 1405–1407. дои : 10.1099/00207713-50-3-1405 . ПМИД 10843089 .

Научные книги

Грант В.Д., Ларсен Х. (1989). «Группа III. Крайне галофильные археобактерии. Отряд Halobacteriales ord. nov.». В Дж. Т. Стейли, члене парламента Брайанте, Н. Пфенниге, Дж. Г. Холте (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 3 (1-е изд.). Балтимор: The Williams & Wilkins Co. p. 169.
Гиббонс, штат Невада (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae, сем. Ноябрь». В Р.Э. Бьюкенене и Н.Э. Гиббонсе (ред.). Руководство Берджи по детерминативной бактериологии (8-е изд.). Балтимор: The Williams & Wilkins Co.
Блюм П., изд. (2008). Археи: новые модели биологии прокариот . Кайстер Академик Пресс . ISBN 978-1-904455-27-1 . [1] .

Внешние ссылки

Правильные названия таксонов семейства Halobacteriaceae.

[NCBI-1] Перейти обратно: ^а ^б Сэйерс; и др. «Галобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 15 августа 2023 г.

[oren2-2] Перейти обратно: ^а ^б Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильных архей: современное состояние и будущие проблемы». Экстремофилы . 18 (5): 825–834. дои : 10.1007/s00792-014-0654-9 . ПМИД 25102811 . S2CID 5395569 .

[oren1-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма изменения концепций в систематике прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (2): 263–271. дои : 10.1099/ijs.0.038653-0 . ПМИД 22155757 .

[Interactions_of_Haloarchaea_with_Metals-4] Наик, Саника; Фуртадо, Ирен (2017). Загрязнение морской среды и микробная очистка . Сингапур: Springer Nature. стр. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6 .

[Oren_emended_descriptions_of_genera_Halobacteriaceae-5] Перейти обратно: ^а ^б Орен, Аарон; Арахал, Дэвид; Вентоза, Антонио (2009). «Уточненные описания родов семейства Halobacteriaceae» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (3): 637–642. дои : 10.1099/ijs.0.008904-0 . ПМИД 19244452 .

[Tully_De_Novo_sequences_Haloquadratum_walsbyi-6] Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоан; Андраде, Карен; Брокс, Йохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности De novo Haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, обнаруживают изменчивый геномный ландшафт» . Архея . 2015 : 875784. doi : 10.1155/2015/875784 . ПМК 4330952 . ПМИД 25709557 .

[taxonomybook-7] Перейти обратно: ^а ^б Вентоза, А.; Маркес, М.; Санчес-Порро, К.; Хаба, Р. (2012). Достижения в понимании биологии галофильных микроорганизмов ([Обновленное ред.]. Ред.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. дои : 10.1007/978-94-007-5539-0_3 . ISBN 978-94-007-5538-3 .

[PhosphorusCycle-8] Ядав, Аджар Натх; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дэй, Ринку; Пал, Камаль Кришна; Кошик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Галоархеи, наделенные свойством солюбилизации фосфора, участвующим в фосфорном цикле» . Научные отчеты . 5 (1): 12293. Бибкод : 2015NatSR...512293Y . дои : 10.1038/srep12293 . ПМК 4516986 . ПМИД 26216440 .

[LPSN-9] Ж. П. Эзеби. «Галобактерии» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 августа 2023 г.

[LTP-10] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[11] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[12] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-13] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-14] "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-15] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]