Натрономон

Натрономон
Научная классификация
Домен:	Архея
Королевство:	Эвриархеота
Тип:	Эвриархеота
Сорт:	Галобактерии
Заказ:	Галобактерии
Семья:	Галобактерии
Род:	Натрономон ; Камекура и др. 1997 год [ нужна ссылка ]
Типовой вид
	Натрономонас фараона ; (Солиман и Трупер, 1983) Камекура и др. 1997 год
Разновидность
	« Н. водная » ; Н. гомосоненсис ; Н. галофила ; " Н.Марина " ; Н. мулапенсис ; число фараона ; Н. Салина ; № сальсугинис ;

Natronomonas (распространенная аббревиатура Nmn. ) род Halobacteriaceae — . ^{[ 1 ]}

Описание и значение

Natronomonas pharaonis — аэробный , чрезвычайно галоалкалифильный архей , который оптимально растет в 3,5 М хлорида натрия и при pH 8,5, но чувствителен к высоким концентрациям магния .

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 2 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^{[ 1 ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Натрономон

« N. aquatica » Гарсиа-Рольдан и др. 2023 год

	Н. галофила

	Н. гомосоненсис

	Н. мулапенсис

	число фараона

№ сальсугинис

	« Н. Марина » Сан и др. 2023 год

	Н. Салина

Натрономон

	N. halophila Yin et al. 2020 год

	N. gomsonensis Kim et al. 2014 год

Н. Салина Инь и др. 2020 год

N. pharaonis (Soliman & Truper 1983) Kamekura et al. 1997 год

	N. moolapensis Burns et al. 2010 год

	Н. salsuginis Duran-Viseras, Sanchez-Porro & Ventosa 2020

Структура генома

Геном т.п.н. Natronomonas pharaonis состоит из трех кольцевых репликонов, хромосома длиной 2 595 221 п.н., типичная галоархейная плазмида размером 131 т.п.н. и уникальная мультикопийная плазмида размером 23 В его хромосоме высокое содержание G+C (63,4%). обнаружена высокая доля кислых аминокислот (в среднем 19,3%) Также в белках N. pharaonis , что приводит к низким изоэлектрическим точкам (средний pI 4,6). Это считается одной из адаптивных особенностей галоархей, которые, как известно, применяют стратегию всасывания соли (высокие внутренние концентрации соли) для выживания в гиперсоленой среде (Falb et al.). Кроме того, примечательно, что, поскольку у архей отсутствует генетическая кодировка ключевых ферментов гликолитических путей, они не способны утилизировать сахар.

Структура клетки и метаболизм

Natronomonas , как и другие представители Halobacteriaceae, имеет особые физиологические характеристики, поскольку для роста ей необходимы не только высокие концентрации NaCl, но также высокий pH и низкие концентрации Mg2+. Обычно в качестве источника углерода он использует аминокислоты, но серия исследований показала, что археи обладают высокой степенью самообеспеченности питательными веществами. Кроме того, в отличие от других алкалифилов, которые используют натрий Na+ вместо протонов H+ в качестве связывающего иона между дыхательной цепью и АТФ-синтазой, Natronomonas использует в качестве связывающего иона протоны.

Археоны растут в сильнощелочных условиях с pH около 11, что приводит к снижению уровня аммиака в дополнение к низкой доступности ионов металлов. Анализ генома показывает, что в процессе метаболизма азота археи используют три механизма, которые поставляют аммиак, который затем ассимилируется в глутамат: прямое поглощение аммиака, поглощение нитратов и последующее восстановление до аммиака и поглощение мочевины, которая расщепляется уреаза с выделением аммиака. Зеленые стрелки на рисунке представляют переносчики экзогенного источника азота аммиака ( AmtB ), нитрата (NarK) и мочевины (UrtA-E), а синие стрелки представляют ферменты восстановления нитратов (NarB + Nir A) и гидролиза. мочевины (UreA-G). Другие сокращения: GlnA + GlatB = глутамат; 2-ОГ = оксоглутарат; fdx = ферредоксин.

Вполне вероятно, что Natronomonas использует ферредоксин, а не НАДН в качестве донора электронов для всех трех восстановительных превращений. Об этом свидетельствует наличие консервативных ферредоксин-связывающих остатков в белке NirA N. pharaonis и ферредоксин-зависимость нитрат- и нитритредуктаз у галофила Haloferax mediterranei .

Экология

Штаммы N. pharaonis были впервые выделены из сильно соленых содовых озер в Египте и Кении, где значения pH около 11.

См. также

Список родов архей

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Сэйерс; и др. «Натрономонас» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 октября 2023 г.
^ Ж. П. Эзеби. «Натрономонас» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 октября 2023 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "ar53_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Дальнейшее чтение

Научные журналы

Орен А; Вентоза А (2000). «Подкомитет Международного комитета по систематической бактериологии по таксономии Halobacteriaceae. Протоколы заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 50 (3): 1405–1407. дои : 10.1099/00207713-50-3-1405 . ПМИД 10843089 .
Камекура М; Дьял-Смит М.Л.; Упасани В; Всасывание А; и др. (1997). «Разнообразие алкалофильных галобактерий: предложения по переносу Natronobacterium vacuolatum, Natronobacterium magadii и Natronobacterium pharaonis в Halorubrum, Natrialba и Natronomonas gen. nov. соответственно». Межд. Дж. Сист. Бактериол . 47 (3): 853–857. дои : 10.1099/00207713-47-3-853 . ПМИД 9226918 .
Натараджан, Джанани; Шульц, Анита; Курц, Урсула; Шульц, Иоахим Э. (2014). «Биохимическая характеристика тандемного домена HAMP Natronomonas pharaonis как преобразователя внутрибелкового сигнала». Журнал ФЭБС . 281 (14): 3218–3227. дои : 10.1111/февраль 12855 . ПМИД 24863503 .

Научные книги

Гиббонс, штат Невада (1974). «Семейство V. Halobacteriaceae, сем. Ноябрь». В Р.Е. Бьюкенен; Н. Е. Гиббонс (ред.). Руководство Берджи по детерминативной бактериологии (8-е изд.). компании Williams & Wilkins Co. Балтимор: ISBN 978-0-683-01117-3 .

Внешние ссылки

Типовой штамм Natronomonas pharaonis в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию

[NCBI-1] Jump up to: ^а ^б Сэйерс; и др. «Натрономонас» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 октября 2023 г.

[LPSN-2] Ж. П. Эзеби. «Натрономонас» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 октября 2023 г.

[LTP-3] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[4] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[5] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-6] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-7] "ar53_r214.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-8] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]