Halobacteriaceae
| Halobacteriaceae | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Археи |
| Королевство: | Erycharchaet |
| Сорт: | Halobacteria |
| Заказ: | Halobacteriales |
| Семья: | Halobacteriaceae Гиббонс 1974 |
| Роды | |
|
Смотрите текст | |
| Синонимы | |
| |
Halobacteriaceae - это семья в порядке Halobacteriales и доменной археи . [ 1 ] Halobacteriaceae представляют собой большую часть галофильной археи, а также членов в двух других метаногенных семействах, Methanosarcinaceae и Methanocalculaceae . [ 2 ] Семья состоит из многих разнообразных родов, которые могут пережить экстремальные экологические ниши. [ 3 ] Чаще всего Halobacteriaceae обнаруживаются в гиперсолиновых озерах и могут даже переносить участки, загрязненные тяжелыми металлами. [ 4 ] Они включают нейтрофилы , ацидофилы (пример халархейки ицилум ), щелофилы (пример Natronobacterium ), и даже были обнаружены психоротолерантные виды (Ex. Hrr. Lacusprobundi ). [ 3 ] Известно, что некоторые члены живут аэробно, а также анаэробно, и они бывают разных морфологий . [ 3 ] Эти разнообразные морфологии включают в себя стержни в роде Halobacterium , Cocci в Halococcus , сплющенные диски или чашки в Haloferax и другие формы, начиная от сплющенных треугольников в галоркулах до квадратов в Haloquadratum и Natronorubrum . [ 5 ] [ 6 ] Большинство видов Halobacteriaceae наиболее известны своей высокой толерантностью к соле и пигментированным членам Red-Pink (из-за каротиноидов Bacteuberin Carotenoids [ 5 ] ), но есть также непигментированные виды и те, которые требуют умеренных условий соли. [ 3 ] [ 7 ] Было показано, что некоторые виды Halobacteriaceae проявляют фосфору, солюбилизирующую активность, которая способствует циклефосковым циклическим в среде гиперсалины. [ 8 ] Такие методы, как анализ 16S рРНК и гибридизация ДНК-ДНК, являются основными участниками таксономической классификации у Halobacteriaceae, отчасти из-за сложности культивирования галофильной археи. [ 7 ] [ 3 ] [ 2 ]
Обзор
[ редактировать ]Halobacteriaceae обнаруживаются в воде, насыщенной или почти насыщенными солью. Их также называют галофилами , хотя это название также используется для других организмов, которые живут в несколько менее концентрированной соленой воде. Они распространены в большинстве сред, где доступны большое количество соли, влаги и органического материала. Большие цветы кажутся красноватыми, от пигментного бакьеодопсина . Этот пигмент используется для поглощения света, что обеспечивает энергию для создания АТФ . Halobacteria также обладает вторым пигментом, галородопсином , который качает в ионы хлорида в ответ на фотоны, создавая градиент напряжения и помогая в производстве энергии от света. Процесс не связан с другими формами фотосинтеза , включающих электронный транспорт, а Halobacteria не способны к фиксации углерода из углекислого газа .
Halobacteria может существовать в соленых средах, потому что, хотя они являются аэробузами , они имеют отдельный и другой способ создания энергии посредством использования световой энергии. Части мембран Halobacteria обладают пурпурным цветом и содержат пигмент сетчатки . Это позволяет им создавать градиент протона через мембрану ячейки, которую можно использовать для создания АТФ для их собственного использования.
У них есть определенные адаптации, чтобы жить в своей соленой среде. Например, их клеточный механизм адаптирован к высоким концентрациям соли, заряжая аминокислоты на их поверхностях, что позволяет клетке держать свои молекулы воды вокруг этих компонентов. Осмотическое давление и эти аминокислоты помогают контролировать количество соли внутри клетки. Однако из -за этих адаптаций, если ячейка помещается в влажную, менее соленую среду, она, вероятно, немедленно вырвается от осмотического давления.
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен в номенклатуре (LPSN) [ 9 ] и Национальный центр информации о биотехнологии (NCBI). [ 1 ]
| 16S RRNA на основе LTP _08_2023 [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] | 53 маркерные белки на основе GTDB 08-RS214 [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Примечание 1: * Парафилетическая Halobacteriaceae
ПРИМЕЧАНИЕ 2: Незначенные Halobacteriaceae
- " Actinoarchaeum " Tang et al. 2023
- « Хапалькахопалияли » Lizama et al. У вас есть
- " Halorarius " Sun et al. 2023
Смотрите также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный Sayers; и др. "Halobacteriaceae" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2023-08-15 .
- ^ Jump up to: а беременный Орен, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Таксономия галофильной археи: текущий статус и будущие проблемы». Экстремафилы . 18 (5): 825–834. doi : 10.1007/s00792-014-0654-9 . PMID 25102811 . S2CID 5395569 .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и Орен, Аарон (1 февраля 2012 г.). «Таксономия семейства Halobacteriaceae: парадигма для изменения концепций в систематике прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 62 (2): 263–271. doi : 10.1099/ijs.0.038653-0 . PMID 22155757 .
- ^ Найк, Саника; Фуртадо, Ирен (2017). Морское загрязнение и микробное восстановление . Сингапур: Спрингер Природа. С. 143–152. ISBN 978-981-10-1044-6 .
- ^ Jump up to: а беременный Орн, Ахарон; Ара, Давид; Ventosa, Antonio (2009). Полем Международный 59 (3) (3): 637–642. doi : 10.1099/ ijs.008904-0 PMID 19244452 .
- ^ Талли, Бенджамин; Эмерсон, Джоан; Андраде, Карен; Брокс, Джохен; Аллен, Эрик; Банфилд, Джиллиан; Гейдельберг, Карла (16 сентября 2014 г.). «Последовательности de novo of haloquadratum walsbyi из озера Тиррелл, Австралия, раскрывают вариабельный геномный ландшафт» . Археи . 2015 : 875784. DOI : 10.1155/2015/875784 . PMC 4330952 . PMID 25709557 .
- ^ Jump up to: а беременный Ventosa, A.; Marquez, M.; Санчес-Порро, C.; Хаба Р. (2012). Достижения в понимании биологии галофитических микроорганизмов ([обновлено изд.]. Изд.). Дордрехт: Спрингер, Дордрехт. Doi : 10.1007/ 978-94-007-5539-0_3 ISBN 978-94-007-5538-3 .
- ^ Ядав, Аджар Нат; Шарма, Дивья; Гулати, Снеха; Сингх, Сурендер; Дей, Ринку; Приятель, Камаль Кришна; Каушик, Раджив; Саксена, Анил Кумар (28 июля 2015 г.). «Haloarchaea, наделенная атрибутом фосфора солюбилизации, вовлеченным в цикл фосфора» . Научные отчеты . 5 (1): 12293. Bibcode : 2015natsr ... 512293y . doi : 10.1038/srep12293 . PMC 4516986 . PMID 26216440 .
- ^ JP Euzéby. "Halobacteriaceae" . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2023-08-15 .
- ^ "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .
- ^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .
- ^ «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .
- ^ "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
- ^ "AR53_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
- ^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]Научные журналы
[ редактировать ]- Райт, A-DG (2006). «Филогенетические отношения в порядке Halobacteriales, выведенные из последовательностей генов 16S рРНК» . Инт. J. Syst. Эвол. Микробиол . 56 (Pt 6): 1223–1227. doi : 10.1099/ijs.0.63776-0 . PMID 16738095 .
- Судебный Комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005). "Номенлатурные типы порядков ачелеплазматалов, халанаеробиал, галобактериалов, метанобактериалов, метанококков, метаномикробинов, плантомицеталей, прохлоралов, сульфолобалов, термококкалов, термопротеатов и верукразома. HalanaErobium, Halobacterium, Methanobacterium, Methanococcus, Methanomcrobium, Planctomyces, Prochloron, Sulfolobus, Thermococcus, Thermopreteus и Verrucomicrobium, соответственно . Инт. J. Syst. Эвол. Микробиол . 55 (Pt 1): 517–518. doi : 10.1099/ijs.0.63548-0 . PMID 15653928 .
- Euzeby JP, Tindall BJ (2001). «Номенлатуральный тип заказов: исправления, необходимые в соответствии с правилами 15 и 21а бактериологического кодекса (пересмотр 1990 года), и определение соответствующих номенклатурных типов классов и подклассов. Запрос на мнение» . Инт. J. Syst. Эвол. Микробиол . 51 (Pt 2): 725–727. doi : 10.1099/00207713-51-2-725 . PMID 11321122 .
- Орен А., Вентоса А (2000). «Международный комитет по систематической бактериологии подкомитет по таксономии Halobacteriaceae. Протокол заседаний, 16 августа 1999 г., Сидней, Австралия» . Инт. J. Syst. Эвол. Микробиол . 50 (3): 1405–1407. doi : 10.1099/00207713-50-3-1405 . PMID 10843089 .
Научные книги
[ редактировать ]- Грант В.Д., Ларсен Х (1989). «Группа III. Чрезвычайно галофильные археобактерии. Закажите Halobacteriales ord. Nov.». В JT Staley, MP Bryant, N Pfennig, JG Holt (Eds.). Руководство по систематической бактериологии Берджи, том 3 (1 -е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co. p. 169
- Gibbons, NE (1974). «Семья В. Halobacteriaceae Fam. Nov.». В Re Buchanan и Ne Gibbons (ред.). Руководство Берджи по определению бактериологии (8 -е изд.). Балтимор: Williams & Wilkins Co.
- Blum P, ed. (2008). Archaea: новые модели прокариотической биологии . Caister Academic Press . ISBN 978-1-904455-27-1 . [1] .