Hfq-связывающая мРНК
| isrA Hfq-связывающая РНК | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура РНК, связывающей isrA Hfq | |
| Идентификаторы | |
| Символ | isrA |
| Рфам | RF01385 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | гены , мРНК |
| Домен(ы) | Энтеробактерии |
| PDB Структуры | ПДБе |
РНК , связывающая Hfq, представляет собой РНК , которая связывает бактериальный РНК-связывающий белок, называемый Hfq . Охарактеризован ряд бактериальных малых РНК, которые, как было показано, связываются с Hfq (см. список).Многие из этих РНК имеют сходную структуру, состоящую из трех стебельковых петель . [1] Несколько исследований расширили этот список и экспериментально подтвердили в общей сложности 64 мРНК, связывающие Hfq, у Salmonella Typhimurium . [2] [3] [4] В ходе широкотранскриптомного исследования Hfq сайтов связывания у Salmonella было картировано 126 сайтов связывания Hfq в мРНК. [5] Геномный SELEX был использован, чтобы показать, что Hfq-связывающие РНК обогащены мотивом последовательности 5'-AAYAAYAA-3'. [6] Полногеномное исследование выявило 40 кандидатов на Hfq-зависимые мРНК у растительного патогена Erwinia amylovora . 12 из них были подтверждены Нозерн-блоттингом. [7]
Бактериальные мРНК, связывающие Hfq
[ редактировать ]- ДикФ РНК
- ДсРА РНК
- FnrS РНК
- GadY РНК
- GcvB РНК
- IsrJ РНК [4]
- MicA РНК/SraD РНК
- МикС РНК
- МикФ РНК
- РНК OmrA / РНК OmrB / РНК RygA / РНК RygB / РНК SraE
- ОксиS РНК
- QrrРНК
- РМА РНК
- RprA РНК
- РыбБ РНК
- RydC РНК
- Ржаная РНК
- ЦиаР РНК
- РожьФ
- РыхБ РНК
- SgrS РНК
- Пятно 42 РНК
- СраХ РНК
- СраДж РНК
- SroB РНК / MicM РНК / RybC
- СРОК РНК
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чжан А., Вассарман К.М., Розенов С., Тьяден Б.С., Сторц Г., Готтесман С. (2003). «Глобальный анализ малых РНК и мРНК-мишеней Hfq» . Мол. Микробиол . 50 (4): 1111–1124. дои : 10.1046/j.1365-2958.2003.03734.x . ПМИД 14622403 . S2CID 40056275 .
- ^ Пфайффер В., Ситтка А., Томер Р., Тедин К., Бринкманн В., Фогель Дж. (декабрь 2007 г.). «Небольшая некодирующая РНК островка гена инвазии (SPI-1) подавляет синтез белка внешней мембраны из основного генома сальмонеллы». Молекулярная микробиология . 66 (5): 1174–1191. дои : 10.1111/j.1365-2958.2007.05991.x . ПМИД 17971080 .
- ^ Ситтка А., Луккини С., Папенфорт К. и др. (2008). Буркхолдер В.Ф. (ред.). «Анализ глубокого секвенирования малых некодирующих РНК и мРНК-мишеней глобального посттранскрипционного регулятора, Hfq» . ПЛОС Генетика . 4 (8): e1000163. дои : 10.1371/journal.pgen.1000163 . ПМК 2515195 . ПМИД 18725932 .
- ^ Перейти обратно: а б Падалон-Браух Г., Хершберг Р., Эльграбли-Вайс М. и др. (апрель 2008 г.). «Маленькие РНК, закодированные в генетических островках Salmonella typhimurium, демонстрируют индуцированную хозяином экспрессию и играют роль в вирулентности» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (6): 1913–1927. дои : 10.1093/нар/gkn050 . ПМК 2330248 . ПМИД 18267966 .
- ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бакофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные закономерности распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивки in vivo» . ЭМБО Дж . 35 (9): 991–1011. дои : 10.15252/embj.201593360 . ПМК 5207318 . ПМИД 27044921 .
- ^ Лоренц С., Гезелл Т., Циммерманн Б., Шеберл Ю., Билусич И., Райкович Л., Вальдсих С., фон Хезелер А., Шредер Р. (2010). «Геномный SELEX для Hfq-связывающих РНК идентифицирует геномные аптамеры преимущественно в антисмысловых транскриптах» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (11): 3794–3808. дои : 10.1093/нар/gkq032 . ПМЦ 2887942 . ПМИД 20348540 .
- ^ Цзэн, Цюань; Сундин, Джордж В. (1 января 2014 г.). «Полногеномная идентификация малых РНК, регулируемых Hfq, у возбудителя бактериального ожога Erwinia amylovora обнаружила малые РНК с регуляторной функцией вирулентности» . БМК Геномика . 15 (1): 414. дои : 10.1186/1471-2164-15-414 . ISSN 1471-2164 . ПМК 4070566 . ПМИД 24885615 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Де Лэй, Н.; Шу, диджей; Готтесман, С. (2013). «Негативная регуляция на основе малых РНК бактерий: Hfq и его сообщники» . Журнал биологической химии . 288 (12): 7996–8003. дои : 10.1074/jbc.R112.441386 . ПМЦ 3605619 . ПМИД 23362267 .
- Пэн, Ю.; Сопер, Ти Джей; Вудсон, SA (2013). «Позиционные эффекты мотивов AAN в регуляции rpoS с помощью sRNA и Hfq» . Журнал молекулярной биологии . 426 (2): 275–285. дои : 10.1016/j.jmb.2013.08.026 . ПМЦ 3947347 . ПМИД 24051417 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Галерея изображений вторичной структуры | |
|---|---|
|
 | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |