Клип4
| Клип4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identifiers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Aliases | CLIP4, RSNL2, CAP-Gly domain containing linker protein family member 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External IDs | MGI: 1919100; HomoloGene: 11662; GeneCards: CLIP4; OMA:CLIP4 - orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Домен CAP-Gly, содержащий член семейства белка линкера, является белком, который у людей кодируется геном CLIP4. [ 6 ] С точки зрения консервативных доменов, ген CLIP4 содержит в основном повторения анкирина и одноименные домены Cap-Gly. [ 6 ] Структура белка Clip4 в основном состоит из катушки, а альфа -спирали доминируют в остальной части белка. [ 7 ] Экспрессия мРНК CLIP4 происходит в основном в коре надпочечников и атриовентрикулярном узле. [ 8 ] Литература, охватывающая консервативные домены и паралоги CLIP4, указывает на регуляцию микротрубочек как возможную функцию CLIP4.
Ген
[ редактировать ]Человеческий ген Clip4, также известный как Restin-подобный белок 2 (RSNL2), [ 9 ] расположен на плюс -нити короткой (P) руки хромосомы 2 в области 2, полоса 3 [ 9 ] От пары оснований 29 096 676 до пары оснований 29 189 643. Clip4 составляет 92 968 пар оснований в длину и состоит из 23 экзонов. [ 9 ]
Транскрипт
[ редактировать ]Варианты стенограммы
[ редактировать ]| Transcript | mRNA size (nucleotides) |
| CLIP4 transcript variant 1[10] | 4299 |
| CLIP4 transcript variant 2[11] | 4295 |
| CLIP4 transcript variant 3[12] | 2353 |
Protein
[edit]The human CLIP4 protein is 705 amino acids in length and is composed of two main types of conserved domains: Two CAP-Gly domains and numerous ankyrin repeats.[9] The secondary structure of CLIP4 consists largely of random coil, with alpha helices as the second-most abundant structure and beta sheets as the third-most abundant structure.[7]
The isoelectronic point of the unprocessed CLIP4 protein is slightly basic (8.62 pI), meaning there is a slight excess of basic amino acids compared to acidic amino acids.[13] The molecular weight is about 65 kD.[13] The most abundant amino acid in CLIP4 is Serine, which makes up 10.7% of the protein.[14] Aligned matching blocks of separated, tandem, and periodic repeats are found between positions 340-345 and 542-547, as well as 447-547 and 564-568.[14] The unusual 9-figure periodic element of a singular Lysine followed by eight other amino acids occurs five times within the protein when compared to the swp23s.q dataset.[14] Another unusual phenomenon is a 7-figure periodic element of a negatively charged amino acid followed by six other hydrophobic amino acids, which occurs six times within the protein when compared to the swp23s.q dataset.[14] There are two instances of Serine spacing and two instances of Phenylalanine spacing that comprise unusually large distances when compared to the swp23s.q dataset.[14]
Protein isoforms
[edit]| Isoform | Protein size (amino acids) |
| CLIP4 isoform 1[15] | 705 |
| CLIP4 isoform 2[16] | 599 |
Expression
[edit]CLIP4 RNA expression is consistently measured to a high degree in the thyroid.[6] Additionally, high degrees of transcription occur in the adrenal cortex and atrioventricular node.[8] The Human Protein Atlas points toward high RNA expression values in the muscle tissues, as well as some in the skin, endocrine tissues, and proximal digestive tract.[17] Greatest protein expression values appeared in the muscle tissues as well, in addition to some in the lung, gastrointestinal tract, liver & gallbladder, and bone marrow & lymphoid tissues.[17]
CLIP4 protein expression seems to be highly expressed during Ada3 deficiency.[18] There also exists a higher trend towards higher CLIP4 expression in the absence of U28.[18]
Regulation
[edit]Gene
[edit]Common transcription factor binding sites
[edit]These transcription factors were chosen and organized based on proximity to the promoter and matrix similarity.[19]
| Transcription Factor | Detailed Matrix Info | Anchor Base | Matrix Similarity | Sequence |
|---|---|---|---|---|
| NOLF | Early B-cell factor 1
|
17 |
0.98 | taagagTCCCcagggcagaaaca
|
| PAX2 | Zebrafish PAX2 paired domain protein
|
18 | 0.8 | aagagtccccagggcagAAACaa
|
| AP2F | Transcription factor AP-2, alpha
|
16 | 0.98 | ctgcCCTGgggactc
|
| AP2F | Transcription factor AP-2, beta
|
16 | 0.899 | gagTCCCcagggcag
|
| SORY | SRY (sex-determining region Y) box 9, dimeric binding sites
|
35 | 0.768 | aAACAaaatccagtgagggagag
|
| HNF6 | CUT-homeodomain transcription factor Onecut-2
|
32 | 0.827 | aaacaaAATCcagtgag
|
| PAX5 | B-cell-specific activator protein
|
40 | 0.815 | acaaaaTCCAgtgagggagagatgcaggg
|
| ZF16 | PR/SET domain 15
|
36 | 0.852 | aaatccagtgaGGGA
|
| SORY | HMGI(Y) high-mobility-group protein I (Y), architectural transcription factor organizing the framework of a nuclear protein-DNA transcriptional complex
|
78 | 0.945 | tggaAATTttctaccttaggagc
|
| NFAT | Nuclear factor of activated T-cells 5
|
83 | 0.955 | ttttGGAAattttctacct
|
| NFAT | Nuclear factor of activated T-cells 5
|
83 | 0.871 | aggtAGAAaatttccaaaa
|
| CEBP | CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), epsilon
|
89 | 0.975 | agccttttGGAAatt
|
| CAAT | Cellular and viral CCAAT box
|
110 | 0.91 | gcagCCATttaatct
|
| CAAT | Avian C-type LTR CCAAT box
|
165 | 0.875 | cccaCCAAgcagtgg
|
| CEBP | CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), gamma
|
650 | 0.866 | ctaaTTGCtcaacgt
|
| CEBP | CCAAT/enhancer binding protein alpha
|
651 | 0.971 | cacgttgaGCAAtta
|
| VTBP | Mammalian C-type LTR TATA box
|
680 | 0.903 | tgctgTAAAaggcctaa
|
| TF2B | Transcription factor II B (TFIIB) recognition element
|
983 | 1 | ccgCGCC
|
| TF2B | Transcription factor II B (TFIIB) recognition element
|
1157 | 1 | ccgCGCC
|
| TF2B | Transcription factor II B (TFIIB) recognition element
|
1228 | 1 | ccgCGCC
|
Transcriptional
[edit]The human CLIP4 mRNA sequence has 12 stem-loop structures in its 5' UTR and 13 stem-loop structures in its 3' UTR. Of those secondary structures, there are 12 conserved stem-loop secondary structures in the 5'UTR as well as 1 conserved stem-loop secondary structure in the 3' UTR.[20]
Protein
[edit]The human CLIP4 protein is localized within the cellular nuclear membrane.[21] CLIP4 does not have a signal peptide due to its intracellular localization.[22] It also does not have N-linked glycosylation sites for that same reason.[23] CLIP4 is not cleaved.[24] However, numerous O-linked glycosylation sites are present.[25] A high density of phosphorylation sites are present in the 400-599 amino acid positions on the CLIP4 protein, although many are also present throughout the rest of the protein.[26]
Function
[edit]CAP-Gly domains are often associated with microtubule regulation.[27] In addition, ankyrin repeats are known to mediate protein-protein interactions.[28] Furthermore, CLIP1, a paralog of CLIP4 in humans, is known to bind to microtubules and regulate the microtubule cytoskeleton.[29] The CLIP4 protein is also predicted to interact with various microtubule-associated proteins.[30] As a result, it is likely that the CLIP4 protein, although uncharacterized, is associated with microtubule regulation.
Interacting Proteins
[edit]The CLIP4 protein is predicted to interact with many proteins associated with microtubules; namely, MAPRE1, MAPRE2, and MAPRE3. It is also predicted to interact with CKAP5 and DCTN1, a cytoskeleton-associated protein and dynactin-associated protein respectively.[30]
Clinical significance
[edit]Importance in various cancers
[edit]CLIP4 activity is correlated with the spread of renal cell carcinomas (RCCs) within the host and could therefore be a potential biomarker for RCC metastasis in cancer patients.[31] Additionally, measurement of promotor methylation levels of CLIP4 using a Global Methylation DNA Index reveals that higher methylation of CLIP4 is associated with an increase in severity of gastritis to possibly gastric cancer.[32] This indicates that CLIP4 could be used for early detection of gastric cancer.[33] A similar finding was also documented for prostate cancer, in which CLIP4 was found to be hypermethylated in patients with prostate cancer.[34]
Importance in other diseases
[edit]The presence of CLIP4 was found to be highly increased in samples with predicted severe fibrosis as a result of Chronic Hepatitis C virus (HCV).[35] Additionally, the presence of CLIP4 as a novel self-antigen in Systemic Lupus Arythematosus points to it having a potential role in the disease mechanism.[36]
Homology
[edit]CLIP4 orthologs
[edit]These orthologs were chosen and organized based on estimated date of divergence from the human protein as well as the global sequence identity.[37]
| Binomial Nomenclature | Common Name | Taxonomic Group | Estimated DoD from Human (MYA) | Accession Number | Sequence Length (AA) | Global Sequence Identity to Human Protein (%) | Global Sequence Similarity to Human Protein (%) |
| Homo sapiens (Hsa) | Human | Primate | 0 | AAP97312 | 601 | 100 | 100 |
| Aotus nancymaae (Ana) | Ma's night monkey | Primate | 43.2 | XP_012330895 | 704 | 83.5 | 83.7 |
| Sorex araneus (Sar) | Common shrew | Eulipotyphla | 96 | XP_004620056 | 707 | 74 | 78.5 |
| Antrostomus carolinensis (Aca) | Chuck-will's-widow | Aves | 312 | XP_028942997 | 702 | 66.5 | 75.4 |
| Gekko japonicus (Gja) | Schlegel's Japanese gecko | Reptilia | 312 | XP_015270366 | 702 | 63.8 | 73.1 |
| Rhinatrema bivittatum (Rbi) | Two-lined caecilian | Amphibians | 351.8 | XP_029448862 | 707 | 59.5 | 70.5 |
| Callorhinchus milii (901) | Слонская акула | Хондрихти | 473 | XP_007895016 | 715 | 52.5 | 65.6 |
| Branchiostoma floridae (BFL) | Флорида Ланселет | Leptocardii | 684 | XP_002606824 | 481 | 40.4 | 52.8 |
| Saccoglossus Kowalevskii (Sko) | Черезерский червь | Enteropneusta | 684 | XP_006822686 | 648 | 35.7 | 47.5 |
| Ixodes Scapular (ISC) | Черноногий тик | Арахнид | 797 | XP_029831090 | 527 | 38.9 | 53 |
| Limulus polyphemus (LPO) | Атлантическая подкова краб | Арахнид | 797 | XP_013786376 | 462 | 38 | 51.6 |
| Гигантский Лотин (LGI) | Сова Лимпет | Гастропод | 797 | XP_009046843 | 669 | 36.3 | 49.3 |
| Mizuhopecten yessoensis (много) | Yesso Scallop | Бивальвия | 797 | XP_021359747 | 633 | 35.4 | 47.2 |
| Parasteatoda tepidariorum (PTE) | Общий дом паука | Арахнид | 797 | XP_015914966 | 616 | 34.7 | 47.6 |
| Aplysia californica (ACA) | Калифорнийский морской зайца | Гастропод | 797 | XP_012945346 | 653 | 33.7 | 45.7 |
| Crassostrea virginica (106) | Восточная устрица | Бивальвия | 797 | XP_022315879 | 646 | 32.7 | 45.1 |
| Распределение крапива (TU) | Двухложная паука | Арахнид | 797 | XP_015790536 | 652 | 31.9 | 43.5 |
| Centruroides Sculpturatus (CSC) | Кора Скорпион | Арахнид | 797 | XP_023229484 | 605 | 30.6 | 43.4 |
| Penaeus vannamei (PVA) | Тихоокеанские белые креветки | Малакостраканы | 797 | XP_027206746 | 681 | 22.9 | 34 |
| Monosiga Brevicollis (MBR) | Choanoflagellate | Choanoflagellatea | 1023 | XP_001748580 | 576 | 25.3 | 40.8 |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ "Phyrerisk" . Phyrerisk.bc.ic.ac.uk . Получено 2020-05-03 .
- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000115295 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000024059 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Jump up to: а беременный в "Clip4 Cap -Gly Domain, содержащий член семейства линкера белка 4 [Homo sapiens (Human)] - ген - NCBI" . ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-05-01 .
- ^ Jump up to: а беременный «CFSSP: CHOU & FASMAN Сервер прогнозирования структуры» . biogem.org . Получено 2020-05-03 .
- ^ Jump up to: а беременный «BioGPS - ваша система портала гена» . biogps.org . Получено 2020-05-01 .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый "Clip4 Ген - GeneCards | Clip4 белок | антитела Clip4" . genecards.org . Получено 2020-05-01 .
- ^ «Домен Homo Sapiens Cap-Gly, содержащий член семейства белка линкера 4 (CLIP4), вариант транскрипта 1, мРНК» . 2020-04-25.
{{cite journal}}: CITE Journal требует|journal=( помощь ) - ^ «Домен Homo Sapiens Cap-Gly, содержащий член семейства белка линкера 4 (CLIP4), вариант транскрипта 2, мРНК» . 2020-04-25.
{{cite journal}}: CITE Journal требует|journal=( помощь ) - ^ "Homo Sapiens Cap-Gly Domain, содержащий линкер-белок, член семейства 4 (CLIP4), вариант транскрипта 3, мРНК" . 2020-04-25.
{{cite journal}}: CITE Journal требует|journal=( помощь ) - ^ Jump up to: а беременный «Expasy - вычислить инструмент PI/MW» . web.expasy.org . Получено 2020-05-03 .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . ebi.ac.uk. Получено 2020-05-03 .
- ^ «Кэп -гли -домен, содержащий линкеровский белок 4 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-05-03 .
- ^ «Кэп -гли -домен, содержащий линкеровский белок 4 изоформа 2 [homo sapiens] - белок - NCBI» . ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-05-03 .
- ^ Jump up to: а беременный «Сводка экспрессии белка клипа4 - атлас белка человека» . Proteinatlas.org . Получено 2020-05-01 .
- ^ Jump up to: а беременный "Clip4 - Geo Profiles - NCBI" . ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-05-01 .
- ^ «Последовательность утилит» . bioline.com . Получено 2020-05-01 .
- ^ «РНК -вторичная прогнозирование структуры» . genebee.msu.su . Архивировано из оригинала 2021-09-17 . Получено 2020-05-01 .
- ^ «Псиарт II прогноз» . psort.hgc.jp . Получено 2020-05-03 .
- ^ "SignalP-5.0" . CBS.DTU.DK. Получено 2020-05-03 .
- ^ "Netnglyc 1.0 Server" . CBS.DTU.DK. Получено 2020-05-03 .
- ^ "SPER 1.0 Server" . CBS.DTU.DK. Получено 2020-05-03 .
- ^ "Netoglyc 4.0 Server" . CBS.DTU.DK. Получено 2020-05-03 .
- ^ "Netphos 3.1 Server" . CBS.DTU.DK. Получено 2020-05-03 .
- ^ Weisbrich A, Honnappa S, Jaussi R, Ohhrimenko O, Frey D, Jelesarov I, et al. (Октябрь 2007 г.). «Структурно-функциональная связь доменов CAP-Gly» . Природа структурная и молекулярная биология . 14 (10): 959–67. doi : 10.1038/nsmb1291 . PMID 17828277 . S2CID 37088265 .
- ^ Li J, Mahajan A, Tsai MD (декабрь 2006 г.). «Повторение анкирина: уникальный мотив, опосредующий белковой взаимодействие». Биохимия . 45 (51): 15168–78. doi : 10.1021/bi062188q . PMID 17176038 .
- ^ "Uniprotkb - P30622 (clip1_human)" . Uniprot . Архивировано из оригинала 2010-12-16 . Получено 3 мая 2020 года .
- ^ Jump up to: а беременный "Clip4 белок (человек) - сеть взаимодействия строк" . String-db.org . Получено 2020-05-03 .
- ^ «Clip4 - домен, содержащий домен линкера, белок 4 - Homo Sapiens (Human) - Clip4 Gene & Protein» . Uniprot.org . Получено 2020-05-01 .
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C, et al. (Июнь 2017 г.). «Раннее обнаружение рака желудка с использованием глобального метилирования ДНК в масштабах генома и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC в эндоскопических биопсиях» . Oncotarget . 8 (24): 38501–38516. doi : 10.18632/oncotarget.16258 . PMC 5503549 . PMID 28418867 .
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C, et al. (Июнь 2017 г.). «Раннее обнаружение рака желудка с использованием глобального метилирования ДНК в масштабах генома и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC в эндоскопических биопсиях» . Oncotarget . 8 (24): 38501–38516. doi : 10.18632/oncotarget.16258 . PMC 5503549 . PMID 28418867 .
- ^ Крон К., Пете В., Бриолл Л., Садикович Б., Озцелик Х., Сандерджи А. и др. (2009-03-13). «Открытие новых гиперметилированных генов при раке предстательной железы с использованием микрочипов геномного острова CPG» . Plos один . 4 (3): E4830. Bibcode : 2009ploso ... 4.4830K . doi : 10.1371/journal.pone.0004830 . PMC 2653233 . PMID 19283074 .
- ^ Gehrau R, Mas V, Archer K, Maluf D (2012-06-06). «Биомаркеры дифференцировки заболевания: рецидив ВГС в сравнении с острым клеточным отторжением» . Фиброгенез и восстановление тканей . 5 (Suppl 1): S11. doi : 10.1186/1755-1536-5-S1-S11 . PMC 3368799 . PMID 23259646 .
- ^ "Барбара Дема" . Discovery Medicine .
- ^ «Нуклеотидный взрыв: поиск нуклеотидных баз данных с использованием нуклеотидного запроса» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-05-03 .