Александр МакКерелл
 |
Александр МакКерелл | |
|---|---|
| Национальность | Американский |
| Заголовок | Гроллман-Глик, профессор фармацевтических наук |
| Академическое образование | |
| Альма-матер | Роуэнский колледж Южного Джерси Гавайский университет в Маноа Университет Рутгерса |
| Докторантура | Регина Петрушко |
| Другие советники | Рудольф Риглер Мартин Карплюс |
| Академическая работа | |
| Дисциплина | Биохимия Биофизика |
| Учреждения | Университет Мэриленда, Балтимор |
| Веб-сайт | https://mackerell.umaryland.edu |
Александр Д. МакКерелл-младший — американский биофизик, имени Гролмана-Глика профессор фармацевтических наук в Университете Мэриленда в Балтиморе (UMB) и директор Центра компьютерного дизайна лекарств (CADD) в UMB. Он также является соучредителем и главным научным директором технологической компании SilcsBio, занимающейся разработкой лекарств. [ 1 ] В 2022 году МакКерелл был удостоен престижной премии Американского химического общества за использование компьютеров в химических и фармацевтических исследованиях. [ 2 ] [ 3 ]
Образование и ранняя карьера
[ редактировать ]Александр Д. МакКерелл-младший начал свое высшее образование в колледже Роуэн в Южном Джерси , затем в колледже округа Глостер. [ 4 ] Он получил степень младшего специалиста по биологии в 1979 году, а затем степень бакалавра химии в Гавайском университете в Маноа в 1981 году. [ 4 ] [ нужна ссылка ] МакКерелл вернулся в Нью-Джерси и поступил в Университет Рутгерса, чтобы работать над докторской диссертацией под руководством биохимика Регины Петрушко, которую он защитил в 1985 году. [ 4 ] [ нужна ссылка ] МакКерелл в течение двух лет учился в Каролинском институте под руководством Рудольфа Риглера, а затем вернулся в США, где работал над разработкой CHARMM белка силового поля под руководством Мартина Карплюса в Гарвардском университете . [ 5 ] МакКерелл проработал один год приглашенным доцентом в Суортмор -колледже в 1992-93 годах, прежде чем принять должность в Университете Мэриленда, Балтимор, на факультете фармацевтических наук. [ 6 ]
Исследовать
[ редактировать ]Исследовательский вклад МакКерелла был в основном в области вычислительной биофизики с использованием методов моделирования и симуляции, таких как молекулярная динамика или Монте-Карло, для изучения структуры, функции и динамики биологических макромолекул, таких как белки, нуклеиновые кислоты и липиды. МакКерелл был ведущим разработчиком широко используемого CHARMM полноатомного аддитивного силового поля , особенно в области параметризации , расширив его в начале 1990-х годов от белков в воде до липидов . [ 7 ] нуклеиновые кислоты , [ 8 ] углеводы [ 9 ] и органические малые молекулы. [ 10 ] Наряду с лабораторией Бенуа Ру лаборатория МакКерелла руководила разработкой CHARMM на основе силового поля Друде поляризуемого . [ 11 ] целью которого является устранение ключевого ограничения аддитивных силовых полей, а именно того, что каждый атом получает один фиксированный частичный заряд независимо от локального окружения. Группа разработала или внесла свой вклад в разработку онлайн-инструментов, которые сделают академические исследования более простыми и доступными. К ним относятся CGenFF, [ 12 ] [ 13 ] ФФПарам [ 14 ] и ДГенФФ [ 15 ] для автоматического создания параметров силового поля для новых малых молекул (таких как молекулы, подобные лекарствам) и веб-сервера CHARMM-GUI [ 16 ] используется для генерации входных данных для различных симуляций. Помимо разработки силового поля, группа МакКерелла также внесла свой вклад в компьютерный дизайн лекарств при разработке Гранд-канонического Монте-Карло / Молекулярной динамики . метода отбора проб [ 17 ] после чего идентификация сайта по конкурентному насыщению лигандами (SILCS) [ 18 ] основана технология. В 2008 году он был назначен первым имени Гролмана-Глика профессором фармацевтических наук в UMB . [ 19 ] [ 20 ] В 2022 году Американское химическое общество наградило МакКерелла премией за компьютеры в химических и фармацевтических исследованиях. [ 21 ]
МакКерелл является редактором журнала вычислительной химии. [ 22 ] PLOS Вычислительная биология , [ 23 ] и белки: структура, функции и биоинформатика . [ 24 ]
Награды и почести
[ редактировать ]- Химик года Мэриленда 2006: Мэрилендское отделение Американского химического общества [ 25 ]
- Исследователь года, Университет Мэриленда, Балтимор , 2012 г. [ 26 ]
- 16-я ежегодная лекция Гудмана, Орегонский университет здравоохранения и науки , 2013 г. [ 27 ]
- Премия Международного общества квантовой биологии и фармакологии (ISQBP) в области вычислительной биологии, 2020 г. [ 28 ]
- Премия Американского химического общества за использование компьютеров в химических и фармацевтических исследованиях, 2022 г. [ 21 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ фа-админ (14 декабря 2022 г.). «Алекс МакКерелл, доктор философии, соучредитель SilcsBio и директор по безопасности, соруководитель исследования по использованию технологии SILCS для улучшения лечения заболеваний легких - SilcsBio | Компьютерный дизайн лекарств» . СилксБио . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Получатели 2022 года» . АКС . Проверено 2 декабря 2023 г.
- ^ «Центр новостей » МакКерелл удостоен награды Американского химического общества» . Проверено 10 июля 2024 г.
- ^ Jump up to: а б с МакКерелл, Алекс (7 февраля 2024 г.). «Биографическая справка Александра Д. Маккерелла-младшего» (PDF) . Сайт лаборатории МакКерелла . Проверено 7 февраля 2024 г.
- ^ МакКерелл, AD; Башфорд, Д.; Беллотт, М.; Данбрек, РЛ; Эвансек, доктор медицинских наук; Филд, MJ; Фишер, С.; Гао, Дж.; Го, Х.; Имеет.; Джозеф-Маккарти, Д.; Кучнир Л.; Кучера, К.; Лау, ФТК; Маттос, К.; Михник, С.; Нго, Т.; Нгуен, DT; Продхом, Б.; Райхер, МЫ; Ру, Б.; Шленкрич, М.; Смит, Дж. К.; Стоут, Р.; Штрауб, Дж.; Ватанабэ, М.; Виоркевич-Кучера, Ю.; Инь, Д.; Карплюс, М. (1998). «Полноатомный эмпирический потенциал для молекулярного моделирования и исследования динамики белков» . Журнал физической химии Б. 102 (18): 3586–3616. дои : 10.1021/jp973084f . ПМИД 24889800 .
- ^ «Алекс МакКерелл» . факультет.rx.umaryland.edu . Проверено 4 января 2024 г.
- ^ Клауда, Джеффри Б.; Венейбл, Ричард М.; Фрейтес, Дж. Альфредо; О'Коннор, Джозеф В.; Тобиас, Дуглас Дж.; Мондрагон-Рамирес, Карлос; Воробьев Игорь; МакКерелл, Александр Д.; Пастор Ричард В. (17 июня 2010 г.). «Обновление полноатомного аддитивного силового поля CHARMM для липидов: проверка шести типов липидов» . Журнал физической химии Б. 114 (23): 7830–7843. дои : 10.1021/jp101759q . ISSN 1520-6106 . ПМК 2922408 . ПМИД 20496934 .
- ^ МакКерелл, Александр Д.; Банавали, Нилеш; Фолоппе, Николя (2000). «Развитие и современное состояние силового поля CHARMM для нуклеиновых кислот» . Биополимеры . 56 (4): 257–265. doi : 10.1002/1097-0282(2000)56:4<257::AID-BIP10029>3.0.CO;2-W . ISSN 0006-3525 . ПМИД 11754339 . S2CID 19502363 .
- ^ Гувенч, Ольгун; Маллайосюла, Сайрам С.; Раман, Э. Прабху; Хэтчер, Элизабет; Ваноммеслаге, Кенно; Фостер, Тереза Дж.; Джеймисон, Фрэнсис В.; МакКерелл, Александр Д. (11 октября 2011 г.). «Аддитивное полноатомное силовое поле CHARMM для производных углеводов и его применение в моделировании полисахаридов и углевод-белков» . Журнал химической теории и вычислений . 7 (10): 3162–3180. дои : 10.1021/ct200328p . ISSN 1549-9618 . ПМК 3224046 . ПМИД 22125473 .
- ^ Ваноммеслаге, К.; Хэтчер, Э.; Ачарья, К.; Кунду, С.; Чжун, С.; Шим, Дж.; Дариан, Э.; Гувенч, О.; Лопес, П.; Воробьев И.; Маккерелл, AD (март 2010 г.). «Общее силовое поле CHARMM: силовое поле для молекул, подобных лекарствам, совместимое с полноатомными аддитивными биологическими силовыми полями CHARMM» . Журнал вычислительной химии . 31 (4): 671–690. дои : 10.1002/jcc.21367 . ISSN 0192-8651 . ПМЦ 2888302 . ПМИД 19575467 .
- ^ «Простая поляризуемая модель воды на основе классических осцилляторов Друде» . pubs.aip.org . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ Ваноммеслаге, К.; МакКерелл, AD (21 декабря 2012 г.). «Автоматизация общего силового поля CHARMM (CGenFF) I: восприятие связи и типизация атомов» . Журнал химической информации и моделирования . 52 (12): 3144–3154. дои : 10.1021/ci300363c . ISSN 1549-9596 . ПМЦ 3528824 . ПМИД 23146088 .
- ^ Ваноммеслаге, К.; Раман, Э. Прабху; МакКерелл, AD (21 декабря 2012 г.). «Автоматизация общего силового поля CHARMM (CGenFF) II: назначение связанных параметров и частичных атомных зарядов» . Журнал химической информации и моделирования . 52 (12): 3155–3168. дои : 10.1021/ci3003649 . ISSN 1549-9596 . ПМЦ 3528813 . ПМИД 23145473 .
- ^ Кумар, Анмол; Йолюк, Озге; МакКерелл, Александр Д. (05 апреля 2020 г.). «FFParam: автономный пакет для добавки CHARMM и параметризации поля поляризуемых сил Друде малых молекул» . Журнал вычислительной химии . 41 (9): 958–970. дои : 10.1002/jcc.26138 . ISSN 0192-8651 . ПМЦ 7323454 . ПМИД 31886576 .
- ^ Кумар, Анмол; Панди, Пунам; Чаттерджи, Паял; МакКерелл, Александр Д. (08 марта 2022 г.). «Модель глубокой нейронной сети для прогнозирования электростатических параметров в силовом поле поляризуемого классического осциллятора Друде» . Журнал химической теории и вычислений . 18 (3): 1711–1725. дои : 10.1021/acs.jctc.1c01166 . ISSN 1549-9618 . ПМЦ 8904317 . ПМИД 35148088 .
- ^ Джо, Сунхван; Ченг, Си; Ли, Джумин; Ким, Сонхун; Пак, Сан-Джун; Патель, Дилон С.; Бивен, Эндрю Х.; Ли, Кю Иль; Руй, Хуан; Пак, Сухён; Ли, Хуэй Сунь; Ру, Бенуа; МакКерелл, Александр Д.; Клауда, Джеффри Б.; Ци, Ифэй (05.06.2017). «CHARMM-GUI 10 лет биомолекулярному моделированию и симуляции» . Журнал вычислительной химии . 38 (15): 1114–1124. дои : 10.1002/jcc.24660 . ISSN 0192-8651 . ПМЦ 5403596 . ПМИД 27862047 .
- ^ Гувенч, Ольгун; Младший, Александр Д. МакКерелл (10 июля 2009 г.). «Вычислительная идентификация сайта связывания на основе фрагментов путем конкурентного насыщения лигандами» . PLOS Вычислительная биология . 5 (7): e1000435. Бибкод : 2009PLSCB...5E0435G . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000435 . ISSN 1553-7358 . ПМК 2700966 . ПМИД 19593374 .
- ^ «SilcsBio - SilcsBio | Компьютерный дизайн лекарств» . СилксБио . 18 мая 2021 г. Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Центр новостей » Назван первый профессор Гроллмана-Глика» . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Наделенные стулья» . www.pharmacy.umaryland.edu . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ Jump up to: а б «Получатели 2022 года» . АКС . Проверено 2 декабря 2023 г.
- ^ «Редакция» . Журнал вычислительной химии . Проверено 3 декабря 2023 г.
- ^ «PLOS Вычислительная биология» . Journals.plos.org . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Редакция» . Белки: структура, функции и биоинформатика .
- ^ «Центр новостей» МакКерелл выбран «Химиком года в Мэриленде 2006 года » . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Информационный центр » Исследователь года 2012» . Проверено 03 декабря 2023 г.
- ^ «Лекция Гудмана» . Орегонский университет здоровья и безопасности . Проверено 2 декабря 2023 г.
- ^ «НАГРАДЫ» . ИСКБП . Проверено 2 декабря 2023 г.