Mettl26

Mettl26
Идентификаторы
Псевдонимы	Mettl26 , C16ORF13, JFP2, хромосома 16 рамка открытого считывания 13, метилтрансфераза, как 26
Внешние идентификаторы	MGI : 1915597 ; Гомологен : 16917 ; GeneCards : Mettl26 ; OMA : Mettl26 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	636,366 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 17 (mouse)
End	26,096,143 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	apex of heart; ; cingulate gyrus; ; anterior cingulate cortex; ; Brodmann area 9; ; right frontal lobe; ; amygdala; ; putamen; ; nucleus accumbens; ; prefrontal cortex; ; caudate nucleus;
	Top expressed in
	right kidney; ; proximal tubule; ; human kidney; ; left lobe of liver; ; otolith organ; ; utricle; ; adrenal gland; ; facial motor nucleus; ; islet of Langerhans; ; yolk sac;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	84326
	68347
	ENSG00000130731
	ENSMUSG00000025731
	Q96S19
	Q9DCS2
showNM_001040160 ; NM_001040161 ; NM_001040162 ; NM_001040163 ; NM_001040164 ;
	NM_001040165; NM_001040166; NM_001288710; NM_032366
	NM_026686
showNP_001035250 ; NP_001035251 ; NP_001035252 ; NP_001035255 ; NP_001275639 ;
	NP_115742
	NP_080962
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

METTL26 , ранее обозначенный C16ORF13 , является кодирующим белком геном метилтрансферазы, такой как 26, также известный как JFP2 . ^{[ 5 ]} Хотя функция этого гена неизвестна, различные данные показали, что они экспрессируются на высоких уровнях в различных раковых тканях. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Недоэкспрессия этого гена также была связана с последствиями заболевания у людей. ^{[ 8 ]}

Ген

Разбивка экзона варианта транскрипта C16ORF13 1. Домен Adomet-MTASE также включен в диаграмму.

Mettl26 расположен на коротком руке хромосомы 16 у людей, в тринадцатой раме открытого считывания . ^{[ 9 ]} Существует пять вариантов транскрипта этого гена, названные 1, 2, 3, 4 и 7. Самый длинный транскрипт кДНК (вариант транскрипта 1) содержит 854 пары оснований. ^{[ 10 ]} Этот транскрипт состоит из шести экзонов, которые способствуют основному суперсемейству, включенному в белок, метилтрансферазы суперсемейства. ^{[ 11 ]} Основная транскрипция этого гена составляет 1 919 пар оснований длиной. ^{[ 12 ]}

Виды распределение

График DOT показывает сходство последовательности на 5 'и 3' концах человеческого гена и его ортолога шимпанзе.

Используя программу Dotlet, был построен точечный график, сравнивая ген человека с его ортологом шимпанзе.

График указывает на сохранение последовательности в начале и в конце гена, что указывает на сохранение и сходство в 5 'и 3' нетранслируемых областях .

Это сходство последовательности в 5 'UTR и 3' UTR не распространяется на прошлые виды млекопитающих и почти не показывает сходства на точечном графике человеческого гена с отдаленно связанными видами, такими как Xenopus tropicalis .

Выравнивание множественных последовательностей, проведенное с использованием Workbench Biology SDSC Biology ^{[ 13 ]} Выявляет мало сходства последовательностей среди видов, более отдаленных, чем приматы в верхней области гена. Благодаря началу места транскрипции в гене C16ORF13 человека существует высокое сохранение среди приматов, в которых были доступны данные выше по течению, в частности, ортологи генов человека, орангутан и резус C16ORF13. Высокая сходство последовательности среди приматов очевидна во всей области промотора, 5 'UTR и гена C16ORF13.

На графике ниже показаны выбранные ортологи генов для варианта транскрипта C16ORF13. Эти данные собираются из BLAST NCBI. ^{[ 14 ]}

Разновидность	Организм общее название	Ген Общее название	NCBI вступление в действие	Идентичность последовательности	Ожидаемое значение	Длина последовательности (BP)	Время с тех пор, как расстается с людьми, mya (данные с timetree.org )
Homo Sapiens	Человек	C16ORF13	NM_032366.3	100%	0	854	0
Пан троглодиты	Шимпанзе	Loc467858	NM_032366.3	98%	0	784	6.4
Дом собаки	Собака	C6H16ORF13	XM_547214.3	88%	0	865	94.4
Homo Sapiens	Мышь	0610011F06RIK	NM_026686.2	86%	0	825	92.4
Xenopus (Silurana) Tropicalis	Западная когтяная лягушка	C16ORF13	NM_001039734.1	Поиск взрыва не нашел значительного сходства	Поиск взрыва не нашел значительного сходства	993	371.2

Распределение тканей

Профиль экспрессии человека из NCBI Unigene предполагает, что этот ген имеет широко распространенную экспрессию во многих различных тканях в организме. ^{[ 15 ]} Этот профиль экспрессии предполагает, что этот ген является «геном домашнего хозяйства», который оказывает важное влияние во всех клетках, независимо от ткани. Самые высокие уровни экспрессии, по -видимому, находятся в надпочечниках, легких и паращитовидной железе. ^{[ 15 ]} Есть много дополнительных сайтов, кроме этих самых высоких трех, где ген экспрессируется на высоких уровнях. Похоже, в тех немногих тканях нет реального сходства, где ген не экспрессируется. Эти данные о экспрессии, по -видимому, не дают никаких подсказок в конкретной функции, за исключением того, что ген участвует в функции «домашнего хозяйства» почти всех клеток.

Джин район

Приблизительное местоположение гена C16ORF13 на хромосоме 16

Основное окно C16ORF13

Ген C16ORF13 расположен в конце хромосомы 16, потенциально подверженным делеционным мутациям.

Окружающие гены гена C16ORF13 включают гипотетический белок LOC100287175 и LOC100138285 Правый и Rab40c и wfikkn1 слева. Этот ген расположен на минус LOC100138285. Другие окружающие гены ориентированы противоположным способом на плюс. Ген Соседство представлено в схеме ниже, родом из гена NCBI.

Белок

Белок, который этот ген кодирует, известен как UPF0585, где UPF сигнализирует о неизвестной функции белка. Существует пять изоформ этого белка, соответствующие пять вариантов сплайсинга гена. ^{[ 16 ]} Изоформы названы A, B, C, D и G ^{[ 16 ]} Как упомянуто выше, консервативный домен, обнаруженный в поиске взрыва этой аминокислотной последовательности, представляет собой суперсемейство метилтрансферазы .

Сохранение

Выравнивание множественных последовательностей, проводимое с использованием белковых инструментов в Workbench Biology SDSC ^{[ 13 ]} Выявляет некоторое сходство последовательностей среди отдаленно родственных ортологов белка, вплоть до археи, в области, известной для кодирования домена метилтрансферазы. Метутилтрансфераза суперсемейство белка кажется более высококонсервативной среди многих из более близко связанных ортологичных белков в разнообразных видах.

Виды распределение

C16ORF13 имеет гомологи во многих видах, в том числе отдаленные ортологи в грибах и растениях. ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]} Нет известных паралогов этого белка ^{[ 19 ]}^{[ 20 ]} Этот ген и его белок очень высоко консервативны у приматов и млекопитающих, особенно в функциональной метилтрансферазной домене.

На графике ниже показаны выбранные белковые ортологи для варианта транскрипта C16ORF13. Эти данные собираются из Blast NCBI .

Разновидность	Организм общее название	Белок общее название	NCBI вступление в действие	Идентичность последовательности	Ожидаемое значение	Длина последовательности (AA)	Время с тех пор, как расстается с людьми, mya (данные с timetree.org )
Homo Sapiens	Человек	UPF0585, изоформа а	NP_115742.3	100%	0	204	0
Пан троглодиты	Шимпанзе	Loc467858	XP_001154838.1	98%	1e-150	204	6.4
Дом собаки	Собака	Loc490093	XP_547214.3	91%	4e-141	204	94.4
Homo Sapiens	Мышь	0610011F06RIK	NP_080962.1	87%	5e-134	204	92.4
Xenopus (Silurana) Tropicalis	Западная когтяная лягушка	UPF0585 белок C16ORF13 гомолог	NP_001034823.2	58%	1E-82	203	371.2

Прогнозируемые свойства

Прогнозируемая вторичная структура белка на основе результатов, полученных с использованием программ COFA, GOR4 и PEEL на Workbench Biology SDSC. Наиболее уверенные области (те, которые появились в нескольких программах), в дополнение к выделению. Чутки в последовательностях представляют сайты сплайсинга экзонов.

Вторичная структура белка может быть предсказана с использованием алгоритмов для прогнозирования возникновения альфа -спиралей и бета -листов внутри белка. Анализ структуры белка проводился с использованием алгоритмов ChofA, GOR4 и Пеле в Workbench Biology SDSC. ^{[ 21 ]} Анализы были объединены и включены в соседнюю диаграмму. Были включены только структуры, которые появились в нескольких выводах.

Взаимодействия

Есть несколько известных взаимодействий для этого белка. Взаимодействия не обнаружено в базе данных GeneCards ^{[ 9 ]} или в базе данных Mint. ^{[ 22 ]} Поиск строки привел к двум результатам генов. ^{[ 23 ]} Эти два взаимодействия генов, однако, оба находятся в категории доказательств района генов, что не обязательно предполагает, что эти гены взаимодействуют каким -либо значимым образом или даже экспрессируются одновременно. В настоящее время нет убедительных доказательств для взаимодействия с этим белком.

Связь с болезнью

Данные экспериментов с микрочипами связаны с экспрессией этого гена с раком в различных тканях, особенно раке молочной железы и желудка. Кроме того, при экспрессии этого гена также связано с заболеванием, особенно заболеванием соединительной ткани, пищевыми и метаболическими расстройствами, а также расстройствами пищеварительных островов. База данных Workbench CanSAR выявляет данные микрочипа, которые могут связать или под экспрессией гена C16ORF13 с различными карциномами ^{[ 24 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000130731 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000025731 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «C16ORF13 - белок UPF0585 C16ORF13 - белок человека (идентификаторы)» . NextProt.org . Получено 2012-05-18 .
^ «База данных рака молочной железы» . Itb.cnr.it. Получено 2012-05-18 .
^ О Дж., Ян Джо, Хан Ю, Ким М.Р., Бюн С.С., Чон Й.Дж., Ким Дж. М., Сонг К.С., Нох С.М., Ким С., Ю Х.С., Ким Ю.С., Ким Н.С. (декабрь 2005 г.). «Анализ транскриптома рака желудка человека». Мамм. Геном . 16 (12): 942–54. doi : 10.1007/s00335-005-0075-2 . PMID 16341674 . S2CID 69278 .
^ «C16ORF13 Атлас болезни» . NextBio . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .
^ "Homo Sapiens Chromosome 16 Рамка открытой считывания 13 (C16ORF13), транскрип - нуклеотид - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .
^ "Homo Sapiens Chromosome 16 Рамка открытой считывания 13 (C16ORF13), транскрип - нуклеотид - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .
^ «Homo Sapiens Chromosome 16, GRCH37.P5 Первичная сборка - нуклеотид - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «SDSC Biology Workbench» . Workbench.sdsc.edu . Получено 2012-05-18 .
^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} "EST Profile - Hs.239500" . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «C16ORF13 Хромосома 16 Рамка открытого считывания 13 [Homo Sapiens] - Gene - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2012-05-18 .
^ Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .
^ «Броузер генома Ensembl 67: Homo sapiens - ортологи - ген: C16orf13 (Ensg00000130731)» . Useast.ensembl.org . Получено 2012-05-18 .
^ Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .
^ «Бруузер генома Ensembl 67: Homo sapiens - Сравнительная геномика - ген: C16orf13 (Ensg00000130731)» . Useast.ensembl.org . Получено 2012-05-18 .
^ Чоу Пи; Fasman GD (2006). «Достижения в области фермеров и связанных с ними областей молекулярной биологии» . Достижения в области фермеров - и связанных с ними областей молекулярной биологии. С. 45–148. doi : 10.1002/9780470122921.CH2 . ISBN 9780470122921 Полем PMID 364941 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}
^ "Гомоминная база данных" . Mint.bio.uniroma2.it . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}
^ «Строка: функциональные сети ассоциации белков» . String-db.org . Получено 2012-05-18 .
^ «Ген Q96S19 | Белок Mettl26 - экспрессия гена | Cansar Black» .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000130731 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000025731 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[NextProt-5] «C16ORF13 - белок UPF0585 C16ORF13 - белок человека (идентификаторы)» . NextProt.org . Получено 2012-05-18 .

[Genes-to-Systems_Breast_Cancer_Database._Gene:_C16orf13-6] «База данных рака молочной железы» . Itb.cnr.it. Получено 2012-05-18 .

[pmid16341674-7] О Дж., Ян Джо, Хан Ю, Ким М.Р., Бюн С.С., Чон Й.Дж., Ким Дж. М., Сонг К.С., Нох С.М., Ким С., Ю Х.С., Ким Ю.С., Ким Н.С. (декабрь 2005 г.). «Анализ транскриптома рака желудка человека». Мамм. Геном . 16 (12): 942–54. doi : 10.1007/s00335-005-0075-2 . PMID 16341674 . S2CID 69278 .

[NextBio_Research._Disease_Atlas_for_C16orf13-8] «C16ORF13 Атлас болезни» . NextBio . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}

[GeneCards._C16orf13.-9] Jump up to: ^а ^{беременный} Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .

[NCBI_Nucleotide._C16orf13,_transcript_variant1,_mRNA-10] "Homo Sapiens Chromosome 16 Рамка открытой считывания 13 (C16ORF13), транскрип - нуклеотид - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .

[NCBI_Nucleotide._C16orf13,_transcript_variant1,_mRNA_2-11] "Homo Sapiens Chromosome 16 Рамка открытой считывания 13 (C16ORF13), транскрип - нуклеотид - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .

[NCBI._Homo_sapiens_chromosome_16,_GRCh37.p5_Primary_Assembly-12] «Homo Sapiens Chromosome 16, GRCH37.P5 Первичная сборка - нуклеотид - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 2012-04-04 . Получено 2012-05-18 .

[SDSC_Biology_Workbench-13] Jump up to: ^а ^{беременный} «SDSC Biology Workbench» . Workbench.sdsc.edu . Получено 2012-05-18 .

[14] «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» .

[ncbi-15] Jump up to: ^а ^{беременный} "EST Profile - Hs.239500" . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}

[NCBI_Gene.-16] Jump up to: ^а ^{беременный} «C16ORF13 Хромосома 16 Рамка открытого считывания 13 [Homo Sapiens] - Gene - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2012-05-18 .

[GeneCards._C16orf13_Orthologs-17] Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .

[18] «Броузер генома Ensembl 67: Homo sapiens - ортологи - ген: C16orf13 (Ensg00000130731)» . Useast.ensembl.org . Получено 2012-05-18 .

[19] Genecards Human Batabase. "C16ORF13 Ген - GeneCards | CP013 белок | CP013 антитела" . Генекарты . Получено 2012-05-18 .

[20] «Бруузер генома Ensembl 67: Homo sapiens - Сравнительная геномика - ген: C16orf13 (Ensg00000130731)» . Useast.ensembl.org . Получено 2012-05-18 .

[Chou_Fasman_1978-21] Чоу Пи; Fasman GD (2006). «Достижения в области фермеров и связанных с ними областей молекулярной биологии» . Достижения в области фермеров - и связанных с ними областей молекулярной биологии. С. 45–148. doi : 10.1002/9780470122921.CH2 . ISBN 9780470122921 Полем PMID 364941 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}

[22] "Гомоминная база данных" . Mint.bio.uniroma2.it . Получено 2012-05-18 . ^{[ Постоянная мертвая ссылка ]}

[23] «Строка: функциональные сети ассоциации белков» . String-db.org . Получено 2012-05-18 .

[24] «Ген Q96S19 | Белок Mettl26 - экспрессия гена | Cansar Black» .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]