Палеовирусология
Палеовирусология – это изучение вирусов, существовавших в прошлом, но ныне вымерших. В целом вирусы не могут оставлять после себя физические окаменелости. [1] поэтому для реконструкции прошлого используются косвенные данные. Например, вирусы могут вызывать эволюцию своих хозяев, и признаки этой эволюции можно найти и интерпретировать в наши дни. [2] Кроме того, некоторые вирусные генетические фрагменты, которые были интегрированы в зародышевые клетки древнего организма, дошли до нашего времени в виде вирусных окаменелостей . [2] или эндогенные вирусные элементы (EVE). [3] EVE, возникающие в результате интеграции ретровирусов, известны как эндогенные ретровирусы или ERV. [4] и большинство вирусных окаменелостей представляют собой ERV. Они могут сохранять генетический код, произошедший миллионы лет назад (отсюда и терминология «ископаемого»), хотя никто не обнаружил вирус в минеральных окаменелостях . [2] Самые удивительные вирусные окаменелости происходят из неретровирусных ДНК- и РНК-вирусов .
Терминология
[ редактировать ]Хотя формальной системы классификации EVE не существует, они классифицируются в соответствии с таксономией их вирусного происхождения. Действительно, все известные типы вирусных геномов и стратегии репликации, определенные Балтиморской классификацией , были обнаружены в геномной летописи окаменелостей. [5] [6] Для описания различных типов вирусных окаменелостей были обозначены аббревиатуры.
- ЕВА: Эндогенный вирусный элемент
- ERV: Эндогенный ретровирус.
- HERV: эндогенный ретровирус человека
- NIRV: Вирусные окаменелости, происходящие из неретровирусных РНК-вирусов, получили название неретровирусных интегрированных РНК-вирусов или NIRV. [7] [8] В отличие от других типов вирусных окаменелостей, формирование NIRV требует заимствования механизма интеграции, который кодируется геномом хозяина или коинфицирующим ретровирусом. [9]
Другие вирусные окаменелости происходят от ДНК-вирусов, таких как гепаднавирусы (группа, включающая гепатит В ). [10]
Воскресение
[ редактировать ]Сообщалось об успешных попытках «воскресить» вымершие вирусы из окаменелостей ДНК. [11] Кроме того, Pithovirus sibericum возрастом 30 000 лет, был возрожден из ледяного керна взятого из вечной мерзлоты в Сибири , Россия. [12] [13]
См. также
[ редактировать ]- Древняя ДНК
- Эндогенный ретровирус
- Проект «Геном человека»
- Инсерционный мутагенез
- Радужный вирус беспозвоночных 31
- Микропалеонтология
- Палеобиология
- Палеогенетика
- Вирусный эукариогенез
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Лейдлер-младший; Стедман, К.М. (2010). «Силикатизация вируса в условиях, моделирующих горячие источники» . Астробиология . 10 (6): 569–576. Бибкод : 2010AsBio..10..569L . дои : 10.1089/ast.2010.0463 . ПМИД 20735248 . S2CID 7274625 .
- ^ Перейти обратно: а б с Эмерман, М.; Малик, HS (2010). «Палеовирусология – современные последствия древних вирусов» . ПЛОС Биология . 8 (2): e1000301. дои : 10.1371/journal.pbio.1000301 . ПМК 2817711 . ПМИД 20161719 .
- ^ Кацуракис, Арис; Гиффорд, Роберт Дж. (18 ноября 2010 г.). «Эндогенные вирусные элементы в геномах животных» . ПЛОС Генетика . 6 (11): e1001191. дои : 10.1371/journal.pgen.1001191 . ПМЦ 2987831 . ПМИД 21124940 .
- ^ Вайс, РА (3 октября 2006 г.). «Открытие эндогенных ретровирусов» . Ретровирусология . 3:67 . дои : 10.1186/1742-4690-3-67 . ПМК 1617120 . ПМИД 17018135 .
- ^ Пакорн Айевсакун, Арис Кацуракис (2015). «Эндогенные вирусы: связь недавней и древней вирусной эволюции» . Дж. Вирол . 479–480: 26–37. дои : 10.1016/j.virol.2015.02.011 . ПМИД 25771486 .
- ^ Арис Кацуракис, Роберт Дж. Гиффорд (2010). «Эндогенные вирусные элементы в геномах животных» . ПЛОС Генет . 6 (11): e1001191. дои : 10.1371/journal.pgen.1001191 . ПМЦ 2987831 . ПМИД 21124940 .
- ^ Тейлор, диджей; Дж. Брюэнн (2009). «Эволюция новых грибковых генов из неретровирусных РНК-вирусов» . БМК Биология . 7:88 . дои : 10.1186/1741-7007-7-88 . ПМК 2805616 . ПМИД 20021636 .
- ^ Кунин, Э. (2010). «Укрощение проницательных: новые эукариотические гены из РНК-вирусов» . БМК Биология . 8 :2. дои : 10.1186/1741-7007-8-2 . ПМК 2823675 . ПМИД 20067611 .
- ^ Лида, Ацуо (2020). «Наследственная эндогенизация РНК-вируса у млекопитающих» (PDF) . биоRxiv . дои : 10.1101/2020.01.19.911933 .
- ^ «Древний «ископаемый» вирус показывает, что инфекции миллионы лет» , Кэтрин Хармон, Scientific American , 29 сентября 2010 г.
- ^ «Как воскресить вымерший ретровирус» , Scientific American , 2 ноября 2006 г.
- ^ Йонг, Эд (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус воскрес из 69 000-летнего льда». Природа . дои : 10.1038/nature.2014.14801 . S2CID 87146458 .
- ^ Морель, Ребекка (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус возрастом 30 000 лет «возвращается к жизни» » . Новости Би-би-си .