Альфапитовирус
| Альфапитовирус | |
|---|---|
| |
| Альфапитовирус сибирский | |
Классификация вирусов 
| |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Вариднавирия |
| Королевство: | Бэмфордвире |
| Тип: | Нуклеоцитовирикота |
| Сорт: | Мегавирицеты |
| Заказ: | Пимасковирасы |
| Семья: | Питовирусиды |
| Род: | Альфапитовирус |
| Разновидность [ 1 ] | |
Альфапитовирус , впервые описанный в статье 2014 года, представляет собой род гигантского вируса, известного из двух видов, Alphapithovirus sibericum , который заражает амеб. [ 2 ] [ 3 ] и Alphapithovirus Massiliense . [ 4 ] Это вирус на основе ДНК , принадлежащий к нуклеоцитоплазматических больших ДНК-вирусов кладе . возрастом 30 000 лет, Открытие 2014 года было сделано, когда жизнеспособный образец был найден в ледяном керне добытом из вечной мерзлоты в Сибири , Россия.
Описание
[ редактировать ]Для описания нового вида было выбрано название рода Alphapithovirus , отсылка к большим контейнерам для хранения в древней Греции, известным как пифои . Образец альфапитовируса имеет длину примерно 1,5 мкм (1500 нм ) и диаметр 0,5 мкм (500 нм), что делает его самым крупным вирусом, когда-либо обнаруженным. По размеру он на 50% больше, чем Pandoraviridae , предыдущие крупнейшие известные вирусы. [ 5 ] и крупнее, чем , самая маленькая эукариотическая клетка, хотя Пандоравирус имеет самый большой вирусный геном, содержащий от 1,9 до 2,5 мегабаз ДНК Ostreococcus . [ 6 ]
Альфапитовирус имеет толстую овальную стенку с отверстием на одном конце. Внутренне его структура напоминает соты . [ 2 ]
Геном гораздо меньше , альфапитовируса , что больше, чем у типичного вируса, но содержит 467 различных генов чем 2556 предполагаемых последовательностей, кодирующих белок, обнаруженных у пандоравируса . [ 5 ] Таким образом, его геном упакован гораздо менее плотно, чем у любого другого известного вируса. Две трети его белков не похожи на белки других вирусов. Несмотря на физическое сходство с Пандоравирусом , последовательность генома Альфапитовируса показывает, что он едва связан с этим вирусом, но больше напоминает представителей Marseilleviridae , Megaviridae и Iridoviridae . [ 7 ] Все эти семейства содержат крупные икосаэдрические вирусы с ДНК-геномами. Геном альфапитовируса имеет 36% содержания GC , как и у мегавирусов , в отличие от более чем 61% у пандоравирусов. [ 8 ]
Репликация
[ редактировать ]Геном альфапитовируса представляет собой одну кольцевую двухцепочечную ДНК-хромосому ( дцДНК ) длиной около 610 000 пар оснований (п.н.), кодирующую примерно 467 открытых рамок считывания (ORF), которые транслируются в 467 различных белков. [ 9 ] Геном кодирует все белки, необходимые для производства мРНК ; эти белки присутствуют в очищенных вирионах. [ 7 ] Таким образом, альфапитовирус хозяина проходит весь цикл репликации в цитоплазме , а не при более типичном методе захвата ядра хозяина. [ 2 ] [ 7 ] [ 10 ]
Открытие
[ редактировать ]Alphapithovirus sibericum возрастом 30 000 лет Сибири был обнаружен в образце вечной мерзлоты Шанталь Абергель и Жан-Мишель Клавери из Университета Экс-Марсель . [ 2 ] [ 11 ] Вирус был обнаружен на глубине 30 м (100 футов) под поверхностью отложений позднего плейстоцена . [ 3 ] [ 7 ] Это было обнаружено, когда образцы берегов реки, собранные в 2000 году, подверглись воздействию амеб . [ 12 ] Амебы начали умирать, и при обследовании было обнаружено, что они содержат гигантские образцы вируса. Авторы заявили, что идея исследовать образцы вечной мерзлоты на наличие новых вирусов у них возникла после того, как они прочитали об эксперименте, в ходе которого двумя годами ранее было возрождено семя Silene stenophylla того же возраста . [ 2 ] Результаты исследования альфапитовируса были опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences в марте 2014 года. [ 5 ] [ 8 ]
Хотя вирус безвреден для человека, его жизнеспособность после тысячелетней заморозки вызвала опасения, что глобальное изменение климата и буровые работы в тундре могут привести к обнаружению ранее не обнаруженных и потенциально патогенных вирусов. [ 5 ] Однако другие ученые оспаривают, что этот сценарий представляет реальную угрозу. [ 2 ]
Современный вид этого рода, Alphapithovirus Massiliense , был выделен в 2016 году. Основные особенности, такие как порядок ORF и гены-сироты (ORFans), хорошо консервативны между двумя известными видами. [ 4 ]
Эволюция
[ редактировать ]Скорость мутации генома оценивается в 2,23 × 10 −6 замены/место/год. [ 13 ] Авторы предположили, что два известных альфапитовируса разошлись около двухсот тысяч лет назад.
См. также
[ редактировать ]
- ДНК-вирус
- Крупнейшие организмы
- Список самых долгоживущих организмов
- Список вирусов
- Микробиология
- Вирусология
- Классификация вирусов
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2023 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 17 августа 2024 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Йонг, Эд (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус воскрес из 69 000-летнего льда». Природа . дои : 10.1038/nature.2014.14801 . S2CID 87146458 .
- ^ Перейти обратно: а б Морель, Ребекка (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус возрастом 30 000 лет «возвращается к жизни» » . Новости Би-би-си .
- ^ Перейти обратно: а б Левассер А., Андреани Дж., Делерс Дж., Бу Халил Дж., Роберт С., Ла Скола Б., Рауль Д. (июль 2016 г.). «Сравнение современного и ископаемого питовируса показывает его генетическую консервацию и эволюцию» . Геном Биол Эвол . 8 (8): 2333–9. дои : 10.1093/gbe/evw153 . ПМК 5010891 . ПМИД 27389688 .
- ^ Перейти обратно: а б с д Сиручек, Стефан (3 марта 2014 г.). «Древний «гигантский вирус» возродился из вечной мерзлоты Сибири» . Нэшнл Географик . Архивировано из оригинала 4 марта 2014 года.
- ^ Брамфил, Джефф (18 июля 2013 г.). «Самый большой в мире вирус может иметь древние корни» . Национальное общественное радио .
- ^ Перейти обратно: а б с д Раканиелло, Винсент (4 марта 2014 г.). «Питовирус: больше, чем Пандоравирус, с меньшим геномом» . Блог вирусологии .
- ^ Перейти обратно: а б Лежандр, М.; Бартоли, Дж.; Шмакова Л.; Джуди, С.; Лабади, К.; Адрайт, А.; Лескот, М.; Пуаро, О.; Берто, Л.; Брюли, К.; Коут, Ю.; Ривкина Е.; Абергель, К.; Клавери, Ж.-М. (март 2014 г.). «Тридцатитысячелетний дальний родственник гигантских икосаэдрических ДНК-вирусов с морфологией пандоравируса» . Учеб. Натл. акад. наук. США 111 (11): 4274–9. Бибкод : 2014PNAS..111.4274L . дои : 10.1073/pnas.1320670111 . ПМЦ 3964051 . ПМИД 24591590 .
- ^ «Питовирус сибирский» . Швейцарский институт биоинформатики (SIB) . Проверено 10 марта 2014 г.
- ^ Коглан, Энди (3 марта 2014 г.). «Самый крупный вирус, возрожденный из вечной мерзлоты каменного века» . НовыйУченый . Архивировано из оригинала 5 марта 2014 года.
- ^ Паппас, Стефани (16 сентября 2015 г.). «Замороженный гигантский вирус все еще заразен спустя 30 000 лет» . Yahoo Новости . Проверено 20 сентября 2015 г.
- ^ Циммер, Карл (3 марта 2014 г.). «Из сибирских льдов возродился вирус» . Нью-Йорк Таймс .
- ^ Дюшен, С; Холмс, ЕС (2018). «Оценка скорости эволюции гигантских вирусов с использованием древних геномов» . Вирус Эвол . 4 (1): вей006. дои : 10.1093/ve/vey006 . ПМЦ 5829572 . ПМИД 29511572 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Вирусная зона : Питовирус
- « Питовирус сибирский » . Браузер таксономии NCBI . 1450746.
