✖


Jump to content

Эндогенный ретровирус

(Перенаправлено с Эндогенные ретровирусы )
«ХЕРВ» перенаправляется сюда. Чтобы узнать о других значениях, см. Herv (значения) .
Дендрограмма различных классов эндогенных ретровирусов

Эндогенные ретровирусы ( ЭРВ ) представляют собой эндогенные вирусные элементы в геноме и могут быть получены из , которые очень похожи на ретровирусы них . Они широко распространены в геномах челюстных позвоночных и составляют до 5–8% генома человека (нижние оценки ~1%). [1] [2]

ERV представляют собой вертикально наследуемую провирусную последовательность и подкласс типа гена, называемого транспозоном , который обычно может быть упакован и перемещен внутри генома, играя жизненно важную роль в экспрессии генов и регуляции . [3] [4] Однако ERV лишены большинства функций транспозонов, обычно не заразны и часто представляют собой дефектные геномные остатки цикла репликации ретровирусов. [5] [6] Их выделяют как зародышевой линии провируса ретроэлементы благодаря их интеграции и обратной транскрипции в ядерный геном клетки-хозяина.

Исследователи предположили, что ретровирусы произошли от типа транспозона, называемого ретротранспозоном , элемента класса I; [7] эти гены могут мутировать и вместо перемещения в другое место генома могут стать экзогенными или патогенными. Это означает, что не все ERV могли возникнуть в результате вставки ретровируса, но некоторые из них могли быть источником генетической информации в ретровирусах, на которые они похожи. [8] Когда происходит интеграция вирусной ДНК в зародышевую линию, это может привести к образованию ERV, который позже может закрепиться в генофонде популяции хозяина. [1] [9]

Формирование

[ редактировать ]

Цикл репликации ретровируса включает в себя вставку («интеграцию») ДНК-копии вирусного генома в ядерный геном клетки хозяина - . Большинство ретровирусов инфицируют соматические клетки , но иногда заражение и зародышевых может произойти клеток (клеток, которые производят яйцеклетки и сперматозоиды). В редких случаях интеграция ретровирусов может происходить в зародышевой клетке, которая в дальнейшем развивается в жизнеспособный организм. Этот организм будет нести встроенный ретровирусный геном как неотъемлемую часть своего собственного генома — «эндогенный» ретровирус (ERV), который может быть унаследован его потомством как новый аллель . Многие ERV сохраняются в геноме своих хозяев на протяжении миллионов лет. Однако большинство из них приобрели инактивирующие мутации хозяина во время репликации ДНК и больше не способны продуцировать вирус. ERV также можно частично удалить из генома с помощью процесса, известного как рекомбинационная делеция, при котором рекомбинация между идентичными последовательностями, фланкирующими вновь интегрированные ретровирусы, приводит к удалению внутренней, белково -кодирующие участки вирусного генома.

Общий геном ретровируса состоит из трех генов, жизненно важных для инвазии, репликации, ухода и распространения вирусного генома. Эти три гена: gag (кодирует структурные белки вирусного ядра), pol (кодирует обратную транскриптазу , интегразу и протеазу ) и env (кодирует белки оболочки внешней оболочки вируса). Эти вирусные белки кодируются как полипротеины . Для осуществления своего жизненного цикла ретровирус в значительной степени полагается на механизм клетки-хозяина. Протеаза разрушает пептидные связи вирусных полипротеинов, делая отдельные белки функциональными. Функция обратной транскриптазы заключается в синтезе вирусной ДНК из вирусной РНК в цитоплазме клетки-хозяина до того, как она попадет в ядро. Интеграза направляет интеграцию вирусной ДНК в геном хозяина. [9] [10]

Со временем геном ERV не только приобретает точковые мутации, но также перемешивается и рекомбинируется с другими ERV. [11] ERV с разрушенной последовательностью env становятся более склонными к распространению. [12]

Роль в геномной эволюции

[ редактировать ]
Схема, показывающая интеграцию вирусной ДНК в геном хозяина

Эндогенные ретровирусы могут играть активную роль в формировании геномов. Большинство исследований в этой области были сосредоточены на геномах человека и высших приматов, однако углубленно изучались и другие позвоночные, например, мыши и овцы. [13] [14] [15] [16] Последовательности длинных концевых повторов ( LTR ), которые фланкируют геномы ERV, часто действуют как альтернативные промоторы и энхансеры , часто внося вклад в транскриптом , создавая тканеспецифичные варианты. Кроме того, сами ретровирусные белки были использованы для выполнения новых функций хозяина, особенно в области репродукции и развития. Рекомбинация между гомологичными ретровирусными последовательностями также способствовала перетасовке генов и возникновению генетических вариаций. Более того, в случае потенциально антагонистических эффектов ретровирусных последовательностей гены-репрессоры эволюционировали для борьбы с ними.

Около 90% эндогенных ретровирусов представляют собой одиночные LTR, лишенные всех открытых рамок считывания (ORF). Было показано, что отдельные LTR и LTR, связанные с полными ретровирусными последовательностями, действуют как транскрипционные элементы на генах хозяина. Диапазон их действия в основном заключается в вставке в 5'- UTR генов, кодирующих белок; однако известно, что они действуют на гены на до 70–100 т.п.н. расстоянии [13] [17] [18] [19] Большинство этих элементов встраиваются в сенсорном направлении в соответствующие им гены, но имеются доказательства [20] LTRs действуют в антисмысловом направлении и служат двунаправленным промотором для соседних генов. [21] [22] В некоторых случаях LTR действует как основной промотор гена.

Например, у человека AMY1C имеет полную последовательность ERV в своей промоторной области; связанный с ним LTR обеспечивает специфическую экспрессию пищеварительного фермента амилазы в слюне . [23] Кроме того, первичный промотор желчной кислоты-КоА:аминокислотной N-ацилтрансферазы (ВААТ), который кодирует фермент, который является неотъемлемой частью метаболизма желчи, имеет LTR-происхождение. [18] [24]

Вставка одиночного LTR ERV-9 могла создать функциональную открытую рамку считывания, вызывая возрождение гена ГТФазы, связанного с иммунитетом человека (IRGM). [25] Также было показано, что вставки ERV генерируют альтернативные сайты сплайсинга либо путем прямой интеграции в ген, как в случае с рецептором гормона лептина человека, либо за счет экспрессии вышестоящего LTR, как в случае с белком, подобным фосфолипазе А-2. [26]

Однако большую часть времени LTR функционирует как один из многих альтернативных промоторов, часто обеспечивая тканеспецифическую экспрессию, связанную с репродукцией и развитием. Фактически, 64% известных вариантов транскрипции, стимулируемых LTR, экспрессируются в репродуктивных тканях. [27] Например, ген CYP19 кодирует ароматазу P450, важный фермент синтеза эстрогена, который обычно экспрессируется в мозге и репродуктивных органах большинства млекопитающих. [18] Однако у приматов транскрипционный вариант, стимулируемый LTR, обеспечивает экспрессию плаценты и отвечает за контроль уровня эстрогена во время беременности. [18] Более того, белок, ингибирующий апоптоз нейронов (NAIP), обычно широко распространенный, имеет LTR семейства HERV-P, действующий как промотор, обеспечивающий экспрессию в семенниках и простате. [28] Другие белки, такие как синтаза оксида азота 3 ( NOS3 ), рецептор интерлейкина-2 ( IL2RB ) и другой медиатор синтеза эстрогена, HSD17B1 , также альтернативно регулируются LTR, которые обеспечивают плацентарную экспрессию, но их конкретные функции еще не известны. . [24] [29] Считается, что высокая степень репродуктивной экспрессии является последствием метода, с помощью которого они были эндогенизированы; однако это также может быть связано с отсутствием метилирования ДНК в тканях зародышевой линии. [24]

Наиболее охарактеризованный пример экспрессии плацентарного белка происходит не из-за альтернативно промотанного гена-хозяина, а из-за полной коопции ретровирусного белка. Ретровирусные слитые белки env, которые играют роль во входе вириона в клетку-хозяина, оказали важное влияние на развитие плаценты млекопитающих . У млекопитающих интактные белки env, называемые синцитинами, отвечают за образование и функционирование синцитиотрофобластов . [15] Эти многоядерные клетки в основном отвечают за поддержание обмена питательных веществ и отделение плода от иммунной системы матери. [15] Было высказано предположение, что отбор и фиксация этих белков для выполнения этой функции сыграли решающую роль в эволюции живорождения . [30]

Кроме того, вставка ERV и соответствующих им LTR потенциально может индуцировать хромосомную перестройку вследствие рекомбинации между вирусными последовательностями в межхромосомных локусах. Было показано, что эти перестройки вызывают дупликации и делеции генов, которые в значительной степени способствуют пластичности генома и резко меняют динамику функции генов. [31] Более того, ретроэлементы в целом широко распространены в быстро развивающихся, специфичных для млекопитающих семействах генов, функция которых в значительной степени связана с реакцией на стресс и внешние раздражители. [18] В частности, как класса I , так и гены MHC класса II человека имеют высокую плотность элементов HERV по сравнению с другими семействами мультилокусных генов. [26] Было показано, что HERV способствуют образованию широко дублированных блоков дупликонов, составляющих семейство генов HLA класса 1. [32] Точнее, HERVs преимущественно занимают области внутри и между точками разрыва между этими блоками, указывая тем самым, что значительные события дупликации и делеции, обычно связанные с неравным кроссинговером, облегчают их формирование. [33] Генерация этих блоков, унаследованных как иммуногаплотипы, действует как защитный полиморфизм против широкого спектра антигенов, которые могли дать человеку преимущество перед другими приматами. [32]

особенность плаценты Было высказано предположение, что как очень эволюционно различных органов у разных видов является результатом кооптации энхансеров ERV. Регуляторные мутации, а не мутации в генах, которые кодируют гормоны и факторы роста , подтверждают известную эволюцию морфологии плаценты, тем более что большинство генов гормонов и факторов роста экспрессируются в ответ на беременность, а не во время развития плаценты. Исследователи изучили регуляторный ландшафт развития плаценты у крыс и мышей, двух близкородственных видов. Это было сделано путем картирования всех регуляторных элементов трофобласта стволовых клеток крысы (TSC) и сравнения их с их ортологами в TSC мыши. TSC наблюдались, поскольку они отражают начальные клетки, которые развиваются в плаценте плода. Несмотря на их ощутимое сходство, энхансерные и репрессированные регионы были в основном видоспецифичными. Однако большинство последовательностей промоторов были консервативны у мышей и крыс. В заключение своего исследования исследователи предположили, что ERV влияют на видоспецифическую эволюцию плаценты посредством опосредования роста плаценты. иммуносупрессия и слияние клеток . [34]

Другим примером того, как ERV использует клеточные механизмы, является р53 , ген-супрессор опухоли (TSG). Повреждение ДНК и клеточный стресс индуцируют путь р53, что приводит к апоптозу клеток . Используя иммунопреципитацию хроматина с секвенированием, тридцать процентов всех сайтов связывания p53 были расположены в копиях нескольких специфичных для приматов семейств ERV. Исследование показало, что это приносит пользу ретровирусам, поскольку механизм р53 обеспечивает быструю индукцию транскрипции, что приводит к выходу вирусной РНК из клетки-хозяина. [7]

Наконец, вставка ERV или элементов ERV в генные области ДНК хозяина или сверхэкспрессия их транскрипционных вариантов имеет гораздо более высокий потенциал для оказания вредных эффектов, чем положительных. Их появление в геноме создало коэволюционную динамику, которая привела к распространению дупликации и расширению генов-репрессоров. Наиболее ярким примером этого является быстрая дупликация и пролиферация тандемных генов цинковых пальцев в геномах млекопитающих. Гены цинковых пальцев, особенно те, которые включают домен KRAB , существуют в большом количестве копий в геномах позвоночных, и их диапазон функций ограничен транскрипционными ролями. [35] Однако на млекопитающих было показано, что диверсификация этих генов произошла из-за множественных событий дупликации и фиксации в ответ на новые ретровирусные последовательности или их эндогенные копии, подавляющие их транскрипцию. [19]

Роль в болезни

[ редактировать ]

Большинство ERV, встречающихся в геномах позвоночных, являются древними, инактивированы мутациями и достигли генетической фиксации в видах-хозяевах. По этим причинам крайне маловероятно, что они окажут негативное воздействие на своих хозяев, за исключением исключительных обстоятельств. , становится ясно Тем не менее, из исследований на птицах и млекопитающих, не относящихся к человеку, включая мышей, кошек и коал , что более молодые (т.е. недавно появившиеся) ERV могут быть связаны с заболеваниями. [36] Количество активных ERV в геноме млекопитающих отрицательно связано с размером их тела, что указывает на вклад в парадокс Пето через патогенез рака. [37] Это побудило исследователей предположить роль ERV в некоторых формах рака человека и аутоиммунных заболеваниях , хотя убедительных доказательств недостаточно. [38] [39] [40] [41]

Неврологические расстройства

[ редактировать ]

Предполагается, что у людей ERV участвуют в развитии рассеянного склероза (РС). Сообщалось о специфической ассоциации между рассеянным склерозом и геном ERVWE1 , или «синцитином», который происходит от вставки ERV, а также о наличии «ретровируса, ассоциированного с рассеянным склерозом» (MSRV), у пациентов с этим заболеванием. [42] [43] Человеческие ERV (HERV) также участвуют в развитии БАС. [44] и зависимость. [45] [46] [47]

В 2004 году сообщалось, что антитела к HERV чаще обнаруживаются в сыворотке крови людей , больных шизофренией . Кроме того, спинномозговая жидкость людей с недавним началом шизофрении содержала уровни ретровирусного маркера, обратной транскриптазы , в четыре раза выше, чем у контрольных субъектов. [48] Исследователи продолжают рассматривать возможную связь между HERV и шизофренией, а также дополнительную возможность инфекции, вызывающей шизофрению . [49]

Иммунитет

[ редактировать ]

Было обнаружено, что ERV связаны с болезнями не только через болезнетворные связи, но и через иммунитет. Частота ERV в длинных концевых повторах (LTR), вероятно, коррелирует с адаптацией вируса к использованию сигнальных путей иммунитета, которые способствуют транскрипции и репликации вируса. Исследование, проведенное в 2016 году, изучало пользу древней вирусной ДНК, интегрированной в организм хозяина через сети регуляции генов, индуцированные интерферонами , ветвью врожденного иммунитета. [50] Эти цитокины первыми реагируют на вирусную инфекцию, а также играют важную роль в иммунонадзоре за злокачественными клетками. [51] Предполагается, что ERV будут действовать как цис-регуляторные элементы, но большая часть адаптивных последствий этого для определенных физиологических функций до сих пор неизвестна. Имеются данные, подтверждающие общую роль ERV в регуляции реакции человеческого интерферона, особенно на гамма-интерферон (IFNG). Например, было обнаружено, что стимулируемые интерфероном гены значительно обогащены ERV, связанными с преобразователем сигнала и активатором транскрипции 1 (STAT1) и/или регуляторным фактором интерферона (IRF1) в CD14+ . макрофагах [1]

HERV также играют различные роли в формировании реакции врожденного иммунитета человека : некоторые последовательности активируют систему, а другие подавляют ее. Они также могут защищать от экзогенных ретровирусных инфекций: вирусоподобные транскрипты могут активировать рецепторы распознавания образов , а белки могут мешать активным ретровирусам. Показано, что кляп-белок из HERV-K (HML2) смешивается с кляпом ВИЧ, в результате нарушая образование капсида ВИЧ. [52]

Генная регуляция

[ редактировать ]

Другая предложенная идея заключалась в том, что ERV из одного и того же семейства играют роль в привлечении нескольких генов в одну и ту же сеть регуляции. Было обнаружено, что элементы MER41 обеспечивают дополнительное избыточное регуляторное усиление генов, расположенных вблизи сайтов связывания STAT1. [1]

Роль в медицине

[ редактировать ]

Эндогенный ретровирус свиней

[ редактировать ]
См. Также: Ксенотрансплантация § Эндогенные ретровирусы свиней.

Для человека эндогенные ретровирусы свиней (PERV) представляют опасность при использовании тканей и органов свиньи при ксенотрансплантации — трансплантации живых клеток, тканей и органов из организма одного вида в организм другого вида. Хотя свиньи, как правило, являются наиболее подходящими донорами для лечения заболеваний органов человека по практическим, финансовым, безопасным и этическим причинам, [50] Раньше PERV нельзя было удалить из свиней из-за их вирусной способности интегрироваться в геном хозяина и передаваться потомству, пока в 2017 году одна лаборатория с помощью CRISPR-Cas9 не удалила все 62 ретровируса из генома свиньи. [53] Последствия межвидовой передачи остаются неизученными и имеют опасный потенциал. [54]

Исследователи указали, что заражение тканей человека PERV вполне возможно, особенно у людей с ослабленным иммунитетом. Состояние иммуносупрессии потенциально может обеспечить более быструю и стойкую репликацию вирусной ДНК, и впоследствии будет легче адаптироваться к передаче вируса от человека к человеку. Хотя известные инфекционные патогены, присутствующие в донорском органе/ткани, можно устранить путем разведения стад, свободных от патогенов, у донора могут присутствовать неизвестные ретровирусы. Эти ретровирусы часто протекают у донора латентно и бессимптомно, но могут стать активными у реципиента. Некоторые примеры эндогенных вирусов, которые могут инфицировать и размножаться в клетках человека, принадлежат павианам (BaEV), кошкам (RD114) и мышам. [50]

Существует три разных класса PERV: PERV-A, PERV-B и PERV-C. PERV-A и PERV-B политропны и могут инфицировать клетки человека in vitro, тогда как PERV-C экотропен и не реплицируется на клетках человека. Основные различия между классами заключаются в рецептор-связывающем домене белка env и длинных концевых повторах (LTR), которые влияют на репликацию каждого класса. PERV-A и PERV-B отображают LTR, которые имеют повторы в регионе U3 . Однако PERV-A и PERV-C демонстрируют повторяющиеся LTR. Исследователи обнаружили, что PERV в культуре активно адаптируются к повторяющейся структуре своего LTR, чтобы обеспечить наилучшую производительность репликации, которую может обеспечить клетка-хозяин. В конце своего исследования исследователи пришли к выводу, что бесповторный PERV LTR произошел от LTR, содержащего повторы. Вероятно, это произошло в результате инсерционной мутации и было доказано с помощью данных по LTR и env /Env. Считается, что образование бесповторяющихся LTR может отражать процесс адаптации вируса, изменяющий образ жизни от экзогенного к эндогенному. [55]

В ходе клинического исследования, проведенного в 1999 году, были отобраны 160 пациентов, которых лечили различными живыми тканями свиней, и не было выявлено никаких признаков стойкой инфекции PERV у 97% пациентов, у которых было доступно достаточное количество ДНК для ПЦР для амплификации последовательностей PERV. Однако в этом исследовании говорится, что ретроспективные исследования ограничены для выявления истинной частоты инфекции или связанных с ней клинических симптомов. Было предложено использовать тщательно контролируемые проспективные исследования, которые обеспечат более полную и подробную оценку возможной межвидовой передачи PERV и сравнение PERV. [56]

Эндогенные ретровирусы человека

[ редактировать ]
«ХЕРВ» перенаправляется сюда. Чтобы узнать о других значениях, см. Herv (значения) .

Эндогенные ретровирусы человека (HERV) составляют значительную часть генома человека , при этом около 98 000 элементов и фрагментов ERV составляют 5–8%. [1] Согласно исследованию, опубликованному в 2005 г., не было идентифицировано ни одного HERV, способного к репликации; все они оказались дефектными и содержали крупные делеции или бессмысленные мутации (не относится к HERV-K). Это связано с тем, что большинство HERV представляют собой просто следы оригинальных вирусов, впервые интегрировавшихся миллионы лет назад. Анализ интеграции HERV продолжается в рамках проекта «100 000 геномов» . [57]

Исследование 2023 года показало, что HERV может пробуждаться из спящего состояния и способствовать старению , которое можно блокировать нейтрализующими антителами . [58] [59]

Эндогенные ретровирусы человека были первоначально обнаружены при скрининге геномных библиотек человека в условиях низкой строгости с использованием либо зондов из ретровирусов животных, либо с использованием олигонуклеотидов , сходных с последовательностями вируса. [1]

Классификация

[ редактировать ]

HERV классифицируются на основе их гомологии с ретровирусами животных. Семейства, относящиеся к классу I , по последовательности сходны с гаммаретровирусами млекопитающих (тип C) и эпсилонретровирусами (тип E). Семейства, принадлежащие к классу II, гомологичны бетаретровирусам млекопитающих (тип B) и дельтаретровирусам (тип D). Семейства, относящиеся к классу III, подобны пенистым вирусам . Для всех классов, если гомологии в генах gag , pol и env кажутся хорошо консервативными , они группируются в суперсемейство . Известно, что существует больше семей класса I. [1] [11] Сами семейства названы менее единообразно: смесь названий основана на экзогенном ретровирусе, праймирующей тРНК ( HERV-W , HERV-K ) или каком-либо соседнем гене (HERV-ADP), номере клона (HERV-K). S71) или какой-либо аминокислотный мотив (HERV-FRD). Предлагаемая номенклатура направлена ​​на устранение иногда парафилетических стандартов. [6]

Источник

[ редактировать ]

На каком-то этапе эволюции человека экзогенные предшественники HERV внедрились в клетки зародышевой линии и затем реплицировались вместе с генами хозяина, используя клеточные механизмы хозяина. Из-за своей отличной геномной структуры HERV подвергались множеству раундов амплификации и транспозиции, что привело к более широкому распространению ретровирусной ДНК. [1]

Тем не менее, одно семейство вирусов стало активным с момента расхождения человека и шимпанзе . Это семейство, названное HERV-K (HML2), составляет менее 1% элементов HERV, но является одним из наиболее изученных. Есть признаки того, что он был активен даже в последние несколько сотен тысяч лет, например, некоторые люди несут больше копий HML2, чем другие. [60] Традиционно оценка возраста HERV осуществляется путем сравнения 5'- и 3'- LTR HERV; однако этот метод актуален только для полноразмерных HERV. Последний метод, называемый перекрестным датированием, [61] использует вариации в пределах одного LTR для оценки возраста инсерций HERV. Этот метод более точен для оценки возраста HERV и может использоваться для любых инсерций HERV. Поперечное датирование использовалось, чтобы предположить, что два члена HERV-K (HML2), HERV-K106 и HERV-K116, были активны в течение последних 800 000 лет и что HERV-K106 мог заразить современных людей 150 000 лет назад. [62] Однако отсутствие известных инфекционных членов семейства HERV-K (HML2) и отсутствие элементов с полным кодирующим потенциалом в опубликованной последовательности генома человека позволяют предположить, что в настоящее время это семейство вряд ли будет активным. В 2006 и 2007 годах исследователи, работавшие независимо во Франции и США, воссоздали функциональные версии HERV-K (HML2). [63] [64]

Экспрессия белков HERV

[ редактировать ]

Экспрессия HERV-K, биологически активного семейства HERV, производит белки, обнаруженные в плаценте. Кроме того, экспрессия генов оболочки HERV-W ( ERVW-1, архивировано 19 сентября 2013 г. на Wayback Machine ) и HERV-FRD ( ERVFRD-1, архивировано 26 октября 2012 г., архивировано на Wayback Machine ) приводит к образованию синцитинов, которые важен для образования клеточного слоя синцитиотрофобласта во время плацентогенеза путем индукции межклеточного слияния. [65] Комитет по номенклатуре генов HUGO (HGNC) утверждает символы генов для транскрибируемых человеческих ERV. [66]

Функциональное воздействие

[ редактировать ]

MER41.AIM2 представляет собой HERV, который регулирует транскрипцию AIM2 (отсутствует в меланоме 2), который кодирует сенсор чужеродной цитозольной ДНК. Он действует как сайт связывания для AIM2, а это означает, что он необходим для транскрипции AIM2. Исследователи показали это, удалив MER41.AIM2 в клетках HeLa с помощью CRISPR/Cas9, что привело к неопределяемому уровню транскрипта AIM2 в модифицированных клетках HeLa. Контрольные клетки, которые все еще содержали MER41.AIM2 ERV, имели нормальное количество транскрипта AIM2. Что касается иммунитета, исследователи пришли к выводу, что MER41.AIM2 необходим для воспалительной реакции на инфекцию. [67]

Активация экзогенными вирусами

[ редактировать ]

Значительное количество данных указывает на то, что HERV могут быть реактивированы вирусными инфекциями, такими как:

1) ретровирусы – вирус иммунодефицита человека типа 1 ( ВИЧ-1 ), Т-лимфотропный вирус человека типа 1 (HTLV-1);

2) РНК-вирусы – вирус гриппа А , вирус гепатита С (ВГС), коронавирус-2 тяжелого острого респираторного синдрома ( SARSCoV-2 );

3) ДНК-вирусы – вирус простого герпеса типа 1 (ВПГ-1), вирус Эпштейна-Барра (ЭБВ), цитомегаловирус человека (ЦМВ), герпесвирус, ассоциированный с саркомой Капоши (КСВВ). [68]

Несколько исследований показали, что EBV способен трансактивировать экспрессию обычно неактивного белка Env HERV-K18, например, взаимодействуя с покоящимися B-клетками через рецептор CD21 . Дальнейшие исследования показали, что механизм трансактивации зависит от экспрессии основного трансактиватора позднего гена EBV, EBNA-2 . Углубленный анализ завершил картину, идентифицировав латентный мембранный белок EBV LMP-2A как сильного кандидата на трансактивацию HERV-K18. Сообщалось также, что HERV-K18 обладает суперантигенной активностью (т.е. активацией поликлональных Т- и В-клеток независимо от специфичности их антигенного рецептора). [69]

Также было показано, что in vitro связывание белка gp350 EBV вызывало активацию env MSRV и синцитина-1 в В-клетках, моноцитах, макрофагах и в астроцитах - клетках, которые участвуют в патогенезе рассеянного склероза . [70] Моноциты, особенно после их дифференцировки в макрофаги, оказались наиболее чувствительными к EBVgp350, экспрессируя даже более высокие уровни HERV-W env, чем В-клетки. Этот вывод согласуется с данными другого исследования, которое продемонстрировало, что при инфекционном мононуклеозе EBV способствует наиболее сильной активации экспрессии HERV-W/MSRV в моноцитах по сравнению с другими типами клеток крови. [71]

Иммунный ответ на HERV

[ редактировать ]

Несмотря на то, что ERV были интегрированы в геномы позвоночных на протяжении миллионов лет, они представляют собой промежуточную стадию между экзогенными вирусами и геномом хозяина; Предполагается, что иммунологическая толерантность к белкам и пептидам, происходящим из HERV, несовершенна из-за эпигенетического подавления HERV в тимусе и костном мозге, что предотвращает удаление всех HERV-специфичных Т- и В-клеток. [72] Доказательством этого является то, что иммунизация приматов, не являющихся человеком, антигенами, полученными из ERV, привела к устойчивому полифункциональному цитотоксическому Т-клеточному ответу, а также к высоким титрам антител. По данным филогенетических исследований, среди 30 семейств HERV, существующих в геноме человека, HERV-K (HML-2), интегрировавшиеся в последнее время. наиболее интактными и биологически активными формами являются элементы [69] Было обнаружено, что HERV-K env и HERV-H env , считающиеся новым классом опухолеассоциированных антигенов, способствуют сильным цитотоксическим Т-клеточным ответам у пациентов с различными типами рака. [72] [73] [74]

На уровне врожденного иммунного восприятия нуклеиновых кислот одноцепочечная РНК ( оцРНК ) и двухцепочечная РНК ( дцРНК ), полученные из эндогенных ретровирусов, распознаются рецепторами распознавания образов (PRR).

ОцРНК могут восприниматься Toll-подобными рецепторами TLR-7 и TLR-8 , что приводит к секреции IFN-α стимулированными дендритными клетками (ДК) и макрофагами , что наблюдалось для оцРНК, полученных из ВИЧ-1 . [75]

ДцРНК могут быть одним из наиболее иммуногенных молекулярных паттернов нуклеиновых кислот, ассоциированных с патогенами (PAMP), поскольку они не обнаруживаются в клетках в нормальном состоянии. ДцРНК, полученная из HERV, может распознаваться TLR-3 , RIG-I и MDA5 ; Известно, что RIG-I и MDA5 индуцируют IFN типа I. ответ [75] [76]

При ретротранскрипции в ДНК ретровирусы могут распознаваться по пути циклического GMP-AMP-стимулятора синтазы генов интерферона (cGAS-STING) , что приводит к активации ядерного фактора каппа B (NF-kB) и регуляторного фактора 3 IFN (IRF3). , что, в свою очередь, вызывает реакцию IFN типа I. DsDNA также может восприниматься ДНК-зависимым активатором факторов регуляции IFN (DAI); Гибриды ДНК:РНК могут распознаваться TLR-9. [75]

Распознавание нуклеиновых кислот посредством PRR обеспечивает очень эффективную стратегию борьбы с вирусными инфекциями, в то же время подвергая хозяина риску из-за возможности распознавания собственных нуклеиновых кислот и стимулирования аутоиммунитета. [75] Неудивительно, что HERV связаны с различными аутоиммунными и воспалительными заболеваниями, такими как рассеянный склероз , боковой амиотрофический склероз (БАС) , системная красная волчанка (СКВ) , ревматоидный артрит (РА) , синдром Шегрена (СС) . [69]

На белковом уровне показано прямое взаимодействие между TLR и некоторыми белками HERV. Например, было обнаружено, что поверхностная единица Env HERV-W (также известная как env ретровирусного элемента, ассоциированного с рассеянным склерозом (MSRV)) связывается с TLR4 и CD14 , стимулируя выработку провоспалительных цитокинов, включая IL-1β , IL-1. 6 и TNFα . HERV-W Env может запускать процесс созревания дендритных клеток человека , наделяя их способностью поддерживать Th1 -подобный тип дифференцировки Th-клеток. [77]

Иммунологические исследования показали некоторые доказательства иммунного ответа Т-клеток против HERV у ВИЧ-инфицированных людей. [78] Гипотеза о том, что ВИЧ индуцирует экспрессию HERV в ВИЧ-инфицированных клетках, привела к предположению, что вакцина, нацеленная на антигены HERV, может специфически уничтожать ВИЧ-инфицированные клетки. Потенциальное преимущество этого нового подхода заключается в том, что, используя антигены HERV в качестве суррогатных маркеров ВИЧ-инфицированных клеток, он может обойти трудности, присущие прямому нацеливанию на заведомо разнообразные и быстро мутирующие антигены ВИЧ. [78]

Методы характеристики ERV

[ редактировать ]

Полногеномное секвенирование

[ редактировать ]

китайского происхождения ERV (PERV) Пример: Изолят мини-свиньи , PERV-A-BM, был полностью секвенирован вместе с различными породами и клеточными линиями, чтобы понять его генетическую вариацию и эволюцию. Наблюдаемое количество нуклеотидных замен и среди различных последовательностей генома помогло исследователям определить приблизительный возраст интеграции PERV-A-BM в геном хозяина, который, как выяснилось, имел эволюционный возраст раньше, чем изоляты европейских свиней. [54]

Иммунопреципитация хроматина с секвенированием (ChIP-seq)

[ редактировать ]

Этот метод используется для поиска меток гистонов, указывающих на промоторы и энхансеры, которые являются сайтами связывания белков ДНК, а также репрессированные области и триметилирование. [34] Было показано, что метилирование ДНК жизненно важно для поддержания молчания ERV в соматических клетках мышей, в то время как метки гистонов жизненно важны для той же цели в эмбриональных стволовых клетках (ЭСК) и раннем эмбриогенезе. [7]

Приложения

[ редактировать ]

Построение филогении

[ редактировать ]

Поскольку большинство HERV не имеют функции, избирательно нейтральны и очень распространены в геномах приматов, они легко служат филогенетическими маркерами для анализа сцепления. Их можно использовать путем сравнения полиморфизмов сайтов интеграции или эволюционирующих провирусных нуклеотидных последовательностей ортологов. Чтобы оценить, когда произошла интеграция, исследователи использовали расстояния от каждого филогенетического дерева, чтобы определить скорость молекулярной эволюции в каждом конкретном локусе. Полезно также то, что ERV богаты геномами многих видов (т.е. растений, насекомых, моллюсков, рыб, грызунов, домашних животных и домашнего скота), поскольку его применение можно использовать для ответа на множество филогенетических вопросов. [9]

Определение возраста провируса и моментов времени событий разделения видов.

[ редактировать ]

Это достигается путем сравнения различных HERV из разных периодов эволюции. Например, это исследование было проведено для различных гоминоидов, от человека до человекообразных обезьян. Это сложно сделать с PERV из-за большого разнообразия. [55]

Дальнейшие исследования

[ редактировать ]

Эпигенетическая изменчивость

[ редактировать ]

Исследователи могли бы проанализировать отдельные эпигеномы и транскриптомы, чтобы изучить реактивацию спящих мобильных элементов посредством эпигенетического высвобождения и их потенциальную связь с болезнями человека, а также изучить особенности сетей регуляции генов. [7]

Иммунологические проблемы ксенотрансплантации

[ редактировать ]

Мало что известно об эффективном способе преодоления сверхострого отторжения (HAR), который следует за активацией комплемента, инициируемой ксенореактивными антителами, распознающими галактозил-альфа1-3галатозил (альфа-Gal) антигены на донорском эпителии. [50]

Факторы риска HERV в генной терапии

[ редактировать ]

Поскольку ретровирусы способны рекомбинировать друг с другом и с другими эндогенными последовательностями ДНК, для генной терапии было бы полезно изучить потенциальные риски, которые могут вызвать HERV, если таковые имеются. Кроме того, этой способностью HERV к рекомбинации можно манипулировать для сайт-направленной интеграции путем включения последовательностей HERV в ретровирусные векторы. [1]

Экспрессия гена HERV

[ редактировать ]

Исследователи полагают, что РНК и белки, кодируемые генами HERV, следует продолжать изучать на предмет предполагаемой функции в физиологии клеток и в патологических состояниях. Это имело бы смысл изучить для более глубокого определения биологической значимости синтезируемых белков. [1]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Белшоу Р., Перейра В., Кацуракис А., Талбот Дж., Пейс Дж., Берт А., Тристем М. (апрель 2004 г.). «Длительное реинфицирование генома человека эндогенными ретровирусами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (14): 4894–4899. Бибкод : 2004PNAS..101.4894B . дои : 10.1073/pnas.0307800101 . ПМЦ   387345 . ПМИД   15044706 .
  2. ^ Нельсон П.Н., Хули П., Роден Д., Давари Эджтехади Х., Райлэнс П., Уоррен П. и др. (октябрь 2004 г.). «Человеческие эндогенные ретровирусы: мобильные элементы с потенциалом?» . Клиническая и экспериментальная иммунология . 138 (1): 1–9. дои : 10.1111/j.1365-2249.2004.02592.x . ПМК   1809191 . ПМИД   15373898 .
  3. ^ Ходосевич К., Лебедев Ю., Свердлов Е. (октябрь 2002 г.). «Эндогенные ретровирусы и эволюция человека» . Сравнительная и функциональная геномика . 3 (6): 494–498. дои : 10.1002/cfg.216 . ПМЦ   2448423 . ПМИД   18629260 .
  4. ^ Ким Ф.Дж., Баттини Дж.Л., Манель Н., Ситбон М. (январь 2004 г.). «Появление ретровирусов позвоночных и захват оболочки» . Вирусология . 318 (1): 183–191. дои : 10.1016/j.virol.2003.09.026 . ПМИД   14972546 .
  5. ^ Стой Дж. П., Буке Дж. Д. (1997). «Ретротранспозоны, эндогенные ретровирусы и эволюция ретроэлементов» . Ретровирусы . Колд-Спринг-Харбор (Нью-Йорк): Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор. п. 343. ИСБН  9780879695712 . ПМИД   21433351 . НБК19468 . Проверено 22 февраля 2021 г.
  6. ^ Jump up to: а б Гиффорд Р.Дж., Бломберг Дж., Коффин Дж.М., Фан Х., Хайдманн Т., Майер Дж. и др. (август 2018 г.). «Номенклатура локусов эндогенных ретровирусов (ERV)» . Ретровирусология . 15 (1): 59. дои : 10.1186/s12977-018-0442-1 . ПМК   6114882 . ПМИД   30153831 .
  7. ^ Jump up to: а б с д Реболло Р., Романиш М.Т., Магер Д.Л. (1 января 2012 г.). «Мобильные элементы: обильный и естественный источник регуляторных последовательностей для генов хозяина». Ежегодный обзор генетики . 46 (1): 21–42. doi : 10.1146/annurev-genet-110711-155621 . ПМИД   22905872 .
  8. ^ Коттон, Дж. (2001). «Ретровирусы из ретротранспозонов» . Геномная биология . 2 (2): 6. doi : 10.1186/gb-2001-2-2-reports0006 . Похоже, что переход от невирусного ретротранспозона к ретровирусу происходил независимо по крайней мере восемь раз, и источник гена оболочки, ответственного за инфекционную способность, теперь можно связать с вирусом, по крайней мере, в четырех из этих случаев. Это говорит о том , что потенциально любой ретротранспозон LTR может стать вирусом за счет приобретения существующих вирусных генов.
  9. ^ Jump up to: а б с Джонсон В.Е., Гроб Дж.М. (август 1999 г.). «Построение филогении приматов на основе последовательностей древних ретровирусов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (18): 10254–10260. Бибкод : 1999PNAS...9610254J . дои : 10.1073/pnas.96.18.10254 . ЧВК   17875 . ПМИД   10468595 .
  10. ^ Фудзивара Т., Мизуучи К. (август 1988 г.). «Интеграция ретровирусной ДНК: структура промежуточного продукта интеграции». Клетка . 54 (4): 497–504. дои : 10.1016/0092-8674(88)90071-2 . ПМИД   3401925 . S2CID   37801365 .
  11. ^ Jump up to: а б Варджиу Л., Родригес-Томе П., Спербер Г.О., Кадедду М., Гранди Н., Бликстад В. и др. (январь 2016 г.). «Классификация и характеристика эндогенных ретровирусов человека; распространены мозаичные формы» . Ретровирусология . 13 :7. дои : 10.1186/s12977-015-0232-y . ПМЦ   4724089 . ПМИД   26800882 .
  12. ^ Магиоркинис Дж., Гиффорд Р.Дж., Кацуракис А., Де Рантер Дж., Белшоу Р. (май 2012 г.). «Эндогенные ретровирусы без Env являются геномными суперраспространителями» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (19): 7385–7390. дои : 10.1073/pnas.1200913109 . ПМЦ   3358877 . ПМИД   22529376 .
  13. ^ Jump up to: а б Ли Дж., Акаги К., Ху Ю., Триветт А.Л., Хлиниалюк С.Дж., Свинг Д.А. и др. (май 2012 г.). «Мышиные эндогенные ретровирусы могут вызывать преждевременное прекращение транскрипции на расстоянии» . Геномные исследования . 22 (5): 870–884. дои : 10.1101/гр.130740.111 . ПМЦ   3337433 . ПМИД   22367191 .
  14. ^ Спенсер Т.Э., Пальмарини М. (2012). «Эндогенные ретровирусы овец: модельная система для понимания физиологической адаптации к развивающемуся геному жвачных» . Журнал воспроизводства и развития . 58 (1): 33–37. дои : 10.1262/jrd.2011-026 . ПМИД   22450282 .
  15. ^ Jump up to: а б с Блэк С.Г., Арно Ф., Пальмарини М., Спенсер Т.Е. (октябрь 2010 г.). «Эндогенные ретровирусы в дифференцировке трофобласта и развитии плаценты» . Американский журнал репродуктивной иммунологии . 64 (4): 255–264. дои : 10.1111/j.1600-0897.2010.00860.x . ПМК   4198168 . ПМИД   20528833 .
  16. ^ Райан Ф.П. (декабрь 2004 г.). «Эндогенные ретровирусы человека в здоровье и болезни: симбиотическая перспектива» . Журнал Королевского медицинского общества . 97 (12): 560–565. дои : 10.1177/014107680409701202 . ПМЦ   1079666 . ПМИД   15574851 .
  17. ^ Пи В., Чжу X, Ву М., Ван Ю., Фулзеле С., Эроглу А. и др. (июль 2010 г.). «Дальнодействующая функция межгенного ретротранспозона» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (29): 12992–12997. Бибкод : 2010PNAS..10712992P . дои : 10.1073/pnas.1004139107 . ПМК   2919959 . ПМИД   20615953 .
  18. ^ Jump up to: а б с д и ван де Лагемаат Л.Н., Лэндри Дж.Р., Магер Д.Л., Медстранд П. (октябрь 2003 г.). «Мобильные элементы у млекопитающих способствуют регуляторной вариации и диверсификации генов со специализированными функциями». Тенденции в генетике . 19 (10): 530–536. дои : 10.1016/j.tig.2003.08.004 . ПМИД   14550626 .
  19. ^ Jump up to: а б Ковальская Е, Буздин А, Гогвадзе Е, Виноградова Т, Свердлов Е (март 2006 г.). «Функциональные сайты начала транскрипции эндогенных ретровирусов человека LTR расположены между областями R и U5» . Вирусология . 346 (2): 373–378. дои : 10.1016/j.virol.2005.11.007 . ПМИД   16337666 .
  20. ^ Хата К., Окано М., Лей Х., Ли Э ​​(апрель 2002 г.). «Dnmt3L сотрудничает с семейством Dnmt3 ДНК-метилтрансфераз de novo для установления материнских отпечатков у мышей». Разработка . 129 (8): 1983–1993. дои : 10.1242/dev.129.8.1983 . ПМИД   11934864 .
  21. ^ Данн К.А., Романиш М.Т., Гутьеррес Л.Е., ван де Лагемаат Л.Н., Магер Д.Л. (февраль 2006 г.). «Транскрипция двух человеческих генов с двунаправленного эндогенного промотора ретровируса». Джин . 366 (2): 335–342. дои : 10.1016/j.gene.2005.09.003 . ПМИД   16288839 .
  22. ^ Гогвадзе Е, Стукачева Е, Буздин А, Свердлов Е (июнь 2009 г.). «Человеческая модуляция транскрипционной активности, обеспечиваемая эндогенными ретровирусными вставками» . Журнал вирусологии . 83 (12): 6098–6105. дои : 10.1128/JVI.00123-09 . ПМЦ   2687385 . ПМИД   19339349 .
  23. ^ Тинг К.Н., Розенберг, член парламента, Сноу К.М., Самуэльсон Л.К., Мейслер М.Х. (август 1992 г.). «Эндогенные ретровирусные последовательности необходимы для тканеспецифической экспрессии гена амилазы слюны человека» . Гены и развитие . 6 (8): 1457–1465. дои : 10.1101/gad.6.8.1457 . ПМИД   1379564 .
  24. ^ Jump up to: а б с Коэн С.Дж., Лок В.М., Магер Д.Л. (декабрь 2009 г.). «Эндогенные ретровирусные LTR как промоторы генов человека: критическая оценка». Джин . 448 (2): 105–114. дои : 10.1016/j.gene.2009.06.020 . ПМИД   19577618 .
  25. ^ Бекпен С., Маркес-Боне Т., Алкан С., Антоначчи Ф., Леогранде М.Б., Вентура М. и др. (март 2009 г.). «Смерть и воскресение человеческого гена IRGM» . ПЛОС Генетика . 5 (3): e1000403. дои : 10.1371/journal.pgen.1000403 . ПМК   2644816 . ПМИД   19266026 .
  26. ^ Jump up to: а б Джерн П., Гроб Дж. М. (2008). «Влияние ретровирусов на функцию генома хозяина». Ежегодный обзор генетики . 42 : 709–732. дои : 10.1146/annurev.genet.42.110807.091501 . ПМИД   18694346 .
  27. ^ Оливер К.Р., Грин В.К. (май 2011 г.). «Мобильная ДНК и гипотеза TE-Thrust: подтверждающие данные от приматов» . Мобильная ДНК . 2 (1): 8. дои : 10.1186/1759-8753-2-8 . ПМК   3123540 . ПМИД   21627776 .
  28. ^ Романиш М.Т., Лок В.М., ван де Лагемаат Л.Н., Данн К.А., Магер Д.Л. (январь 2007 г.). «Повторное привлечение ретротранспозонов LTR в качестве промоторов антиапоптотическим локусом NAIP во время эволюции млекопитающих» . ПЛОС Генетика . 3 (1): е10. дои : 10.1371/journal.pgen.0030010 . ПМЦ   1781489 . ПМИД   17222062 .
  29. ^ Ха JW, Ха HS, Ким DS, Ким HS (июль 2008 г.). «Ограниченная плацентой экспрессия NOS3, происходящего из LTR». Плацента . 29 (7): 602–608. дои : 10.1016/j.placenta.2008.04.002 . ПМИД   18474398 .
  30. ^ Вильярреал LP, Вильярреал LP (февраль 1997 г.). «О вирусах, сексе и материнстве» . Журнал вирусологии . 71 (2): 859–865. doi : 10.1128/JVI.71.2.859-865.1997 . ЧВК   191132 . ПМИД   8995601 .
  31. ^ Хьюз Дж. Ф., Гроб Дж. М. (декабрь 2001 г.). «Доказательства геномных перестроек, опосредованных эндогенными ретровирусами человека в ходе эволюции приматов». Природная генетика . 29 (4): 487–489. дои : 10.1038/ng775 . ПМИД   11704760 . S2CID   20262212 .
  32. ^ Jump up to: а б Докинз Р., Лилаюват С., Гаудиери С., Тэй Дж., Хуэй Дж., Кэттли С. и др. (февраль 1999 г.). «Геномика главного комплекса гистосовместимости: гаплотипы, дупликация, ретровирусы и болезни». Иммунологические обзоры . 167 : 275–304. дои : 10.1111/j.1600-065X.1999.tb01399.x . ПМИД   10319268 . S2CID   9924684 .
  33. ^ Доксиадис Г.Г., де Гроот Н., Бонтроп Р.Э. (июль 2008 г.). «Влияние эндогенных интронных ретровирусов на разнообразие и стабильность главного комплекса гистосовместимости класса II» . Журнал вирусологии . 82 (13): 6667–6677. дои : 10.1128/JVI.00097-08 . ПМК   2447082 . ПМИД   18448532 .
  34. ^ Jump up to: а б Чуонг Э.Б., Руми М.А., Соарес М.Дж., Бейкер Дж.К. (март 2013 г.). «Эндогенные ретровирусы функционируют в плаценте как видоспецифичные энхансерные элементы» . Природная генетика . 45 (3): 325–329. дои : 10.1038/ng.2553 . ПМЦ   3789077 . ПМИД   23396136 .
  35. ^ Томас Дж. Х., Шнайдер С. (ноябрь 2011 г.). «Коэволюция ретроэлементов и тандемных генов цинковых пальцев» . Геномные исследования . 21 (11): 1800–1812. дои : 10.1101/гр.121749.111 . ПМК   3205565 . ПМИД   21784874 .
  36. ^ МакИвен Г.К., Алькесар-Планас Д.Э., Даярам А., Джиллетт А., Тарлинтон Р., Монган Н. и др. (февраль 2021 г.). «Интеграция ретровирусов способствует повышению уровня рака у хозяина во время инвазии зародышевой линии» . Природные коммуникации . 12 (1): 1316. Бибкод : 2021NatCo..12.1316M . дои : 10.1038/s41467-021-21612-7 . ПМЦ   7910482 . ПМИД   33637755 .
  37. ^ Кацуракис А., Магиоркинис Г., Лим А.Г., Гупта С., Белшоу Р., Гиффорд Р. (июль 2014 г.). «Больший размер тела млекопитающих приводит к снижению ретровирусной активности» . ПЛОС Патогены . 10 (7): e1004214. дои : 10.1371/journal.ppat.1004214 . ПМК   4102558 . ПМИД   25033295 .
  38. ^ Баннерт Н., Курт Р. (октябрь 2004 г.). «Ретроэлементы и геном человека: новые взгляды на старую связь» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (Приложение 2): 14572–14579. Бибкод : 2004PNAS..10114572B . дои : 10.1073/pnas.0404838101 . ПМК   521986 . ПМИД   15310846 .
  39. ^ Нельсон П.Н., Карнеги П.Р., Мартин Дж., Давари Эджтехади Х., Хули П., Роден Д. и др. (февраль 2003 г.). «Демистифицированы. Эндогенные ретровирусы человека» . Молекулярная патология . 56 (1): 11–18. дои : 10.1136/mp.56.1.11 . ПМЦ   1187282 . ПМИД   12560456 .
  40. ^ Сингх С.К. (июнь 2007 г.). «Эндогенные ретровирусы: подозреваемые в мире болезней». Будущая микробиология . 2 (3): 269–275. дои : 10.2217/17460913.2.3.269 . ПМИД   17661701 .
  41. ^ Магиоркинис Г., Белшоу Р., Кацуракис А. (сентябрь 2013 г.). « Туда и обратно»: пересмотр патофизиологической роли эндогенных ретровирусов человека в постгеномную эпоху» . Философские труды Лондонского королевского общества. Серия Б, Биологические науки . 368 (1626): 20120504. doi : 10.1098/rstb.2012.0504 . ПМЦ   3758188 . ПМИД   23938753 .
  42. ^ Мамели Г., Астон В., Арру Г., Маркони С., Ловато Л., Серра С. и др. (январь 2007 г.). «Мозг и мононуклеарные клетки периферической крови пациентов с рассеянным склерозом (РС) гиперэкспрессируют ассоциированный с рассеянным склерозом ретровирус/эндогенный ретровирус HERV-W, но не вирус герпеса человека 6» . Журнал общей вирусологии . 88 (Часть 1): 264–274. дои : 10.1099/vir.0.81890-0 . ПМИД   17170460 .
  43. ^ Серра С., Мамели Г., Арру Г., Сотгиу С., Розати Г., Долей А. (декабрь 2003 г.). «Модуляция in vitro ретровируса, связанного с рассеянным склерозом (РС), с помощью цитокинов: значение для патогенеза рассеянного склероза». Журнал нейровирусологии . 9 (6): 637–643. дои : 10.1080/714044485 . ПМИД   14602576 .
  44. ^ «Реактивированный вирус может способствовать развитию БАС» . 23 января 2016 г.
  45. ^ Карамитрос Т., Херст Т., Марчи Э., Карамичали Э., Георгопулу У., Ментис А. и др. (октябрь 2018 г.). «Интеграция человеческого эндогенного ретровируса-K HML-2 в RASGRF2 связана с внутривенным злоупотреблением наркотиками и модулирует транскрипцию в модели клеточной линии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 115 (41): 10434–10439. Бибкод : 2018PNAS..11510434K . дои : 10.1073/pnas.1811940115 . ПМК   6187174 . ПМИД   30249655 .
  46. ^ Роб Пичета (25 сентября 2018 г.). «Зависимость может быть вызвана древним ретровирусом, говорится в исследовании» . CNN . Проверено 13 октября 2019 г.
  47. ^ «Древний вирус может способствовать развитию зависимости у современных людей» . Экономист . 2018-10-02. ISSN   0013-0613 . Проверено 13 октября 2019 г.
  48. ^ Ёлкен Р. (июнь 2004 г.). «Вирусы и шизофрения: в центре внимания вирус простого герпеса» . Герпес . 11 (Приложение 2): 83А–88А. ПМИД   15319094 .
  49. ^ Фокс Д. (2010). «Вирус безумия» . Обнаружить . Проверено 17 февраля 2011 г.
  50. ^ Jump up to: а б с д Пейшенс С., Такеучи Ю., Вайс Р.А. (март 1997 г.). «Заражение клеток человека эндогенным ретровирусом свиней». Природная медицина . 3 (3): 282–286. дои : 10.1038/nm0397-282 . ПМИД   9055854 . S2CID   33977939 .
  51. ^ Платаниас LC (май 2005 г.). «Механизмы передачи сигналов, опосредованных интерфероном типа I и типа II» . Обзоры природы. Иммунология . 5 (5): 375–386. дои : 10.1038/nri1604 . ПМИД   15864272 .
  52. ^ Гранди Н., Трамонтано Э (2018). «Эндогенные ретровирусы человека — это древние приобретенные элементы, все еще формирующие врожденные иммунные реакции» . Границы в иммунологии . 9 : 2039. дои : 10.3389/fimmu.2018.02039 . ПМК   6139349 . ПМИД   30250470 .
  53. ^ Ню Д., Вэй Х.Дж., Лин Л., Джордж Х., Ван Т., Ли И.Х. и др. (сентябрь 2017 г.). «Инактивация эндогенного ретровируса свиней у свиней с помощью CRISPR-Cas9» . Наука . 357 (6357): 1303–1307. Бибкод : 2017Sci...357.1303N . дои : 10.1126/science.aan4187 . ПМЦ   5813284 . ПМИД   28798043 .
  54. ^ Jump up to: а б Тан Х.Б., Оуян К., Рао ГБ, Ма Л., Чжун Х., Бай А. и др. (01.01.2016). «Характеристика полных последовательностей генома эндогенного ретровируса свиньи, выделенного из китайской мини-свиньи Бама, показывает более раннее время эволюции, чем изолятов от европейских мини-свиней». Процедура трансплантации . 48 (1): 222–228. doi : 10.1016/j.transproceed.2015.12.005 . ПМИД   26915872 .
  55. ^ Jump up to: а б Тёньес Р.Р., Ниберт М. (ноябрь 2003 г.). «Относительный возраст провирусных последовательностей эндогенных ретровирусов свиней в Sus scrofa на основе гипотезы молекулярных часов» . Журнал вирусологии . 77 (22): 12363–12368. doi : 10.1128/JVI.77.22.12363-12368.2003 . ПМК   254287 . ПМИД   14581574 .
  56. ^ Паради К., Лэнгфорд Дж., Лонг З., Хенейн В., Сандстрем П., Свитцер В.М. и др. (август 1999 г.). «Поиск межвидовой передачи эндогенного ретровируса свиней у пациентов, получавших живые ткани свиньи. Исследовательская группа XEN 111». Наука . 285 (5431): 1236–1241. дои : 10.1126/science.285.5431.1236 . ПМИД   10455044 .
  57. ^ «Геномика Англии › Интегрированные патогены и мобильные элементы, домен GeCIP» . Архивировано из оригинала 13 октября 2019 г. Проверено 13 октября 2019 г.
  58. ^ «Старение и ретровирусы» . Наука . Архивировано из оригинала 17 февраля 2023 года . Проверено 17 февраля 2023 г.
  59. ^ Лю, Цзюньпэн; Жэнь, Цзе; Сунь, Лян, Ган; Чжан, Цзи, Цяньчжао; Цяорань, Чжэцзюнь; Ли, Эстебан, Консепсьон Родригес; Цай, Юшэн; Чжэн, Юн Э.; Чжан, Вэйци; Цюй, Лю, Гуан-Хуэй (19 января 2023 г.). , Моши; Тан, Фучоу; Чжоу, Ци; Бельмонте , . 186 (2): 287–304.e26 doi : 10.1016 . ISSN   0092-8674 . PMID   36610399 . .   j.cell.2022.12.017 /
  60. ^ Белшоу Р., Доусон А.Л., Вулвен-Аллен Дж., Реддинг Дж., Берт А., Тристем М. (октябрь 2005 г.). «Полногеномный скрининг выявляет высокие уровни инсерционного полиморфизма в семействе эндогенных ретровирусов человека HERV-K (HML2): последствия для современной активности» . Журнал вирусологии . 79 (19): 12507–12514. doi : 10.1128/JVI.79.19.12507-12514.2005 . ПМК   1211540 . ПМИД   16160178 .
  61. ^ Джа А.Р., Пиллаи С.К., Йорк В.А., Sharp ER, Storm EC, Wachter DJ и др. (ноябрь 2009 г.). «Поперечное датирование новых гаплотипов HERV-K 113 и HERV-K 115 указывает на то, что эти провирусы возникли в Африке до появления Homo sapiens» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (11): 2617–2626. дои : 10.1093/molbev/msp180 . ПМК   2760466 . ПМИД   19666991 .
  62. ^ Джа А.Р., Никсон Д.Ф., Розенберг М.Г., Мартин Дж.Н., Дикс С.Г., Хадсон Р.Р. и др. (май 2011 г.). «Человеческий эндогенный ретровирус K106 (HERV-K106) стал заразным после появления анатомически современного человека» . ПЛОС ОДИН . 6 (5): e20234. Бибкод : 2011PLoSO...620234J . дои : 10.1371/journal.pone.0020234 . ПМК   3102101 . ПМИД   21633511 .
  63. ^ Ли Й.Н., Бениас П.Д. (январь 2007 г.). «Восстановление инфекционного эндогенного ретровируса человека» . ПЛОС Патогены . 3 (1): е10. дои : 10.1371/journal.ppat.0030010 . ПМК   1781480 . ПМИД   17257061 .
  64. ^ Деваннье М., Харпер Ф., Ришо А., Летцельтер С., Рибет Д., Пьеррон Г., Хайдманн Т. (декабрь 2006 г.). «Идентификация инфекционного предшественника множественных копий эндогенных ретроэлементов человека HERV-K» . Геномные исследования . 16 (12): 1548–1556. дои : 10.1101/гр.5565706 . ПМЦ   1665638 . ПМИД   17077319 .
  65. ^ Морозов В.А., Дао Тхи В.Л., Деннер Дж. (2013). «Трансмембранный белок человеческого эндогенного ретровируса-K (HERV-K) модулирует высвобождение цитокинов и экспрессию генов» . ПЛОС ОДИН . 8 (8): е70399. Бибкод : 2013PLoSO...870399M . дои : 10.1371/journal.pone.0070399 . ПМЦ   3737193 . ПМИД   23950929 .
  66. ^ Майер Дж., Бломберг Дж., Сил Р.Л. (май 2011 г.). «Пересмотренная номенклатура транскрибируемых эндогенных ретровирусных локусов человека» . Мобильная ДНК . 2 (1): 7. дои : 10.1186/1759-8753-2-7 . ПМЦ   3113919 . ПМИД   21542922 .
  67. ^ Чуонг Э.Б., Эльде, Северная Каролина, Фешотт К. (март 2016 г.). «Регуляторная эволюция врожденного иммунитета посредством кооптации эндогенных ретровирусов» . Наука . 351 (6277): 1083–1087. Бибкод : 2016Sci...351.1083C . дои : 10.1126/science.aad5497 . ПМЦ   4887275 . ПМИД   26941318 .
  68. ^ Ли Ю, Фань Т, Цуй Дж (март 2022 г.). «Эндогенные ретровирусы человека в вирусных заболеваниях и терапии» . Клинические и трансляционные открытия . 2 (1). дои : 10.1002/ctd2.38 . ISSN   2768-0622 . S2CID   247750447 .
  69. ^ Jump up to: а б с Грегер В., Цинис Х (20 февраля 2018 г.). «Эндогенные ретровирусы человека и их предполагаемая роль в развитии аутоиммунных заболеваний, таких как рассеянный склероз» . Границы микробиологии . 9 : 265. дои : 10.3389/fmicb.2018.00265 . ПМЦ   5826199 . ПМИД   29515547 .
  70. ^ Мамели Г., Поддиге Л., Мей А., Улери Е., Сотгиу С., Серра С. и др. (27 сентября 2012 г.). «Экспрессия и активация вирусом Эпштейна-Барра эндогенных ретровирусов-W человека в клетках крови и астроцитах: вывод о рассеянном склерозе» . ПЛОС ОДИН . 7 (9): e44991. Бибкод : 2012PLoSO...744991M . дои : 10.1371/journal.pone.0044991 . ПМЦ   3459916 . ПМИД   23028727 .
  71. ^ Мамели Г., Мадедду Г., Мей А., Улери Э., Поддиге Л., Делогу Л.Г. и др. (13 ноября 2013 г.). «Активация эндогенных ретровирусов типа MSRV во время инфекционного мононуклеоза и латентной стадии вируса Эпштейна-Барра: недостающее звено с рассеянным склерозом?» . ПЛОС ОДИН . 8 (11): e78474. Бибкод : 2013PLoSO...878474M . дои : 10.1371/journal.pone.0078474 . ПМЦ   3827255 . ПМИД   24236019 .
  72. ^ Jump up to: а б Баннерт Н, Хофманн Х, Блок А, Хон О (13 февраля 2018 г.). «Новая роль HERV в лечении рака: от обвиняемых преступников к жизнерадостным защитникам» . Границы микробиологии . 9 : 178. дои : 10.3389/fmicb.2018.00178 . ПМЦ   5816757 . ПМИД   29487579 .
  73. ^ Рычай К., Пламмер Дж.Б., Инь Б., Ли М., Гарза Дж., Радваный Л. и др. (январь 2015 г.). «Цитотоксичность эндогенных К-специфических Т-клеток ретровируса человека по отношению к аутологичным клеткам рака яичников» . Клинические исследования рака . 21 (2): 471–483. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-14-0388 . ПМИД   25370465 . S2CID   2651471 .
  74. ^ Маллинз К.С., Линнебахер М. (июль 2012 г.). «Эндогенные ретровирусные последовательности как новый класс опухолеспецифичных антигенов: пример env HERV-H, кодирующего сильные эпитопы CTL» . Иммунология рака, иммунотерапия . 61 (7): 1093–1100. дои : 10.1007/s00262-011-1183-3 . ПМЦ   11029769 . ПМИД   22187063 . S2CID   28485656 .
  75. ^ Jump up to: а б с д Алькацер В., Бонавентура П., Депиль С. (март 2020 г.). «Эндогенные ретровирусы человека (HERV): формирование врожденного иммунного ответа при раке» . Раки . 12 (3): 610. doi : 10.3390/cancers12030610 . ПМК   7139688 . ПМИД   32155827 .
  76. ^ Херст Т.П., Магиоркинис Г. (июнь 2015 г.). «Активация врожденного иммунного ответа эндогенными ретровирусами» . Журнал общей вирусологии . 96 (Часть 6): 1207–1218. дои : 10.1099/jgv.0.000017 . ПМИД   26068187 .
  77. ^ Роллан А., Жувен-Марш Э., Вире С., Фор М., Перрон Х., Марке П.Н. (июнь 2006 г.). «Белок оболочки семейства эндогенных ретровирусов-W человека активирует врожденный иммунитет посредством CD14/TLR4 и способствует Th1-подобным ответам» . Журнал иммунологии . 176 (12): 7636–7644. дои : 10.4049/jimmunol.176.12.7636 . ПМИД   16751411 . S2CID   24492010 .
  78. ^ Jump up to: а б Гаррисон К.Э., Джонс Р.Б., Мейкледжон Д.А., Анвар Н., Ндхлову Л.К., Чепмен Дж.М. и др. (ноябрь 2007 г.). «Реакция Т-клеток на эндогенные ретровирусы человека при инфекции ВИЧ-1» . ПЛОС Патогены . 3 (11): е165. дои : 10.1371/journal.ppat.0030165 . ПМК   2065876 . ПМИД   17997601 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Endogenous_retrovirus&oldid=1220894828"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 95af5b3b9eca3b40fa6ea87ac6bf111e__1714135140
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/95/1e/95af5b3b9eca3b40fa6ea87ac6bf111e.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Endogenous retrovirus - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)