Круппель Асвязанный коробка
| Krüppel Associated Box | |||
|---|---|---|---|
 Krab Domain | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Круб | ||
| Pfam | PF01352 | ||
| InterPro | IPR001909 | ||
| УМНЫЙ | SM00349 | ||
| PROSITE | PS50805 | ||
| Краткое содержание | 1v65 / scope / supfam | ||
| |||
Домен Assulity Assulity Box ( KRAB ) -это категория транскрипционных человека белка на основе цинкового пальца на основе доменов репрессии, присутствующих примерно в 400 транскрипционных факторах (белки из цинкового пальца KRAB). [ 1 ] Домен KRAB обычно состоит из около 75 аминокислотных остатков, в то время как модуль минимальной репрессии составляет приблизительно 45 аминокислотных остатков. [ 2 ] Предполагается, что он функционирует через белкопротеиновые взаимодействия через две амфипатические спирали. Наиболее заметный взаимодействующий белок называется TRIM28, первоначально визуализируется как SMP1, [ 3 ] клонирован как Kap1 [ 4 ] и TIF1-бета. [ 5 ] Замена консервативных остатков отменяют репрессии.
Было показано, что более 10 независимых доменов KRAB являются эффективными репрессорами транскрипции, что предполагает, что эта деятельность является общим свойством домена. Домены KRAB могут быть объединены с инструментами DCAS9 CRISPR, чтобы сформировать еще более сильные репрессоры. [ 6 ]
Эволюция
[ редактировать ]The KRAB domain had initially been identified in 1988 as a periodic array of leucine residues separated by six amino acids 5’ to the zinc finger region of KOX1/ZNF10[7] coined heptad repeat of leucines (also known as a leucine zipper).[8] Later, this domain was named in association with the C2H2-Zinc finger proteins Krüppel associated box (KRAB).[9][10] The KRAB domain is confined to genomes from tetrapod organisms. The KRAB containing C2H2-ZNF genes constitute the largest sub-family of zinc finger genes. More than half of the C2H2-ZNF genes are associated with a KRAB domain in the human genome. They are more prone to clustering and are found in large clusters on the human genome.[11]
The KRAB domain presents one of the strongest repressors in the human genome.[2] Once the KRAB domain was fused to the tetracycline repressor (TetR), the TetR-KRAB fusion proteins were the first engineered drug-inducible repressor that worked in mammalian cells.[3] Two distinct types of KRAB A domains can be structurally and functionally distinguished. Ancestral KRAB A domains present in human PDRM9 proteins are even evolutionary conserved in mussel genomes. Modern KRAB A domain sequences are found in coelacanth latimeria chalumnae and in Lungfish genomes.[12]
Examples
[edit]Human genes encoding KRAB-ZFPs include KOX1/ZNF10, KOX8/ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 and HTF34.
References
[edit]- ^ Huntley S, Baggott DM, Hamilton AT, Tran-Gyamfi M, Yang S, Kim J, Gordon L, Branscomb E, Stubbs L (May 2006). "A comprehensive catalog of human KRAB-associated zinc finger genes: insights into the evolutionary history of a large family of transcriptional repressors". Genome Res. 16 (5): 669–77. doi:10.1101/gr.4842106. PMC 1457042. PMID 16606702.
- ^ Jump up to: a b Margolin JF, Friedman JR, Meyer WK, Vissing H, Thiesen HJ, Rauscher FJ (May 1994). "Krüppel-associated boxes are potent transcriptional repression domains". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (10): 4509–13. Bibcode:1994PNAS...91.4509M. doi:10.1073/pnas.91.10.4509. PMC 43815. PMID 8183939.
- ^ Jump up to: a b Deuschle U, Meyer WK, Thiesen HJ (April 1995). "Tetracycline-reversible silencing of eukaryotic promoters". Mol. Cell. Biol. 15 (4): 1907–14. doi:10.1128/mcb.15.4.1907. PMC 230416. PMID 7891684.
- ^ Friedman JR, Fredericks WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (August 1996). "KAP-1, a novel corepressor for the highly conserved KRAB repression domain". Genes Dev. 10 (16): 2067–78. doi:10.1101/gad.10.16.2067. PMID 8769649.
- ^ Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (December 1996). "Transcriptional repression by RING finger protein TIF1 beta that interacts with the KRAB repressor domain of KOX1". Nucleic Acids Res. 24 (24): 4859–67. doi:10.1093/nar/24.24.4859. PMC 146346. PMID 9016654.
- ^ Jensen, Trine I.; Mikkelsen, Nanna S.; Gao, Zongliang; Foßelteder, Johannes; Pabst, Gabriel; Axelgaard, Esben; Laustsen, Anders; König, Saskia; Reinisch, Andreas; Bak, Rasmus O. (2021-08-18). "Targeted regulation of transcription in primary cells using CRISPRa and CRISPRi". Genome Research. 31 (11): 2120–2130. doi:10.1101/gr.275607.121. ISSN 1549-5469. PMC 8559706. PMID 34407984.
- ^ Annual Report. Basel: Basel Institute for Immunology. 1988. p. 53. ISSN 0301-3782. OCLC 1793356.
- ^ Thiesen, Hans-Jürgen [in German] (April 1990). "Multiple genes encoding zinc finger domains are expressed in human T cells" (PDF). New Biol. 2 (4): 363–74. PMID 2288909.
- ^ Bellefroid EJ, Poncelet DA, Lecocq PJ, Revelant O, Martial JA (May 1991). "The evolutionarily conserved Krüppel-associated box domain defines a subfamily of eukaryotic multifingered proteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88 (9): 3608–12. Bibcode:1991PNAS...88.3608B. doi:10.1073/pnas.88.9.3608. PMC 51501. PMID 2023909.
- ^ Thiesen HJ, Bellefroid E, Revelant O, Martial JA (July 1991). "Conserved KRAB protein domain identified upstream from the zinc finger region of Kox 8". Nucleic Acids Res. 19 (14): 3996. doi:10.1093/nar/19.14.3996. PMC 328495. PMID 1861988.
- ^ Rousseau-Merck MF, Koczan D, Legrand I, Möller S, Autran S, Thiesen HJ (2002). «Гены коксовых цинковых пальцев: картирование широкого генома 368 клонов Znf PAC с кластерами гена цинкового пальца преимущественно в 23 хромосомных локусах подтверждаются человеческими последовательностями, аннотированными в ансамбле». Цитогенет. Геном Res . 98 (2–3): 147–53. doi : 10.1159/000069802 . PMID 12697996 . S2CID 29964545 .
- ^ Лоренц П., Стейнбек Ф., Краузе Л., Тизен Х.Дж. (2022-01-19). «Домен KRAB ZNF10 направляет идентификацию специфических аминокислот, которые превращают наследственный домен, связанный с KRAB-A, присутствующий в человеческом PRDM9 в канонический современный домен KRAB-A» . Международный журнал молекулярных наук . 23 (3): 1072. doi : 10.3390/ijms23031072 . ISSN 1422-0067 . PMC 8835667 . PMID 35162997 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Пенг Х, Бегг Г.Е., Харпер С.Л., Фридман младший, Спейхер Д.В., Раушер Ф.Дж. (июнь 2000 г.). «Биохимический анализ транскрипционного домена транскрипции, ассоциированной с Kruppel (KRAB)» . Дж. Биол. Химический 275 (24): 18000–10. doi : 10.1074/jbc.m001499200 . PMID 10748030 .
 | Эта биохимическая статья является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |