ТРИМ28

ТРИМ28
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 1FP0, 2RO1, 2YVR
Идентификаторы
Псевдонимы	TRIM28 , KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, трехчастный мотив, содержащий 28, TIF1beta
Внешние идентификаторы	Опустить : 601742 ; МГИ : 109274 ; Гомологен : 21175 ; Генные карты : TRIM28 ; OMA : TRIM28 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 19 (human) Band 19q13.43 Start 58,544,064 bp End 58,550,722 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 7 (mouse) Band 7|7 A1 Start 12,733,041 bp End 12,764,962 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in left testis right testis ventricular zone ganglionic eminence stromal cell of endometrium left ovary right ovary body of uterus gonad right uterine tube Top expressed in epiblast spermatocyte spermatid ventricular zone internal carotid artery somite morula blastocyst genital tubercle tail of embryo More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function protein kinase activity Krueppel-associated box domain binding chromo shadow domain binding transcription corepressor activity promoter-specific chromatin binding transcription coactivator activity metal ion binding ubiquitin-protein transferase activity protein binding ubiquitin protein ligase binding DNA-binding transcription factor activity sequence-specific DNA binding DNA binding chromatin binding zinc ion binding RNA binding transferase activity SUMO transferase activity Cellular component intracellular anatomical structure chromatin RNA polymerase II transcription regulator complex nucleus nucleoplasm Biological process regulation of transcription, DNA-templated positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly convergent extension involved in axis elongation embryonic placenta morphogenesis positive regulation of DNA repair in utero embryonic development negative regulation of transcription by RNA polymerase II transcription, DNA-templated negative regulation of DNA demethylation protein phosphorylation protein complex oligomerization protein autophosphorylation DNA methylation involved in embryo development Ras protein signal transduction transcription initiation from RNA polymerase II promoter DNA repair embryo implantation positive regulation of transcription by RNA polymerase II regulation of genetic imprinting protein sumoylation epithelial to mesenchymal transition protein ubiquitination negative regulation of transcription, DNA-templated positive regulation of transcription, DNA-templated positive regulation of DNA binding innate immune response negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate chromatin organization viral process positive regulation of protein import into nucleus Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 10155 21849 Вместе ENSG00000130726 ENSMUSG00000005566 ЮниПрот Q13263 Q62318 RefSeq (мРНК) НМ_005762 НМ_011588 RefSeq (белок) НП_005753 НП_035718 Местоположение (UCSC) Чр 19: 58,54 – 58,55 Мб Чр 7: 12,73 – 12,76 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Трехчастный мотив, содержащий 28 ( TRIM28 ), также известный как транскрипционный промежуточный фактор 1β ( TIF1β ) и KAP1 (KRAB-ассоциированный белок-1), представляет собой белок , который у людей кодируется TRIM28 геном .

Функция

Белок, кодируемый этим геном, обеспечивает контроль транскрипции путем взаимодействия с Kruppel -ассоциированным доменом репрессии бокса, обнаруженным во многих факторах транскрипции . Белок локализуется в ядре и, как полагают, связывается со специфическими хроматина областями . Белок является членом семейства трехчастных мотивов . Этот трехчастный мотив включает три цинксвязывающих домена, RING, B-box типа 1 и B-box типа 2, а также область спиральной спирали .

KAP1 представляет собой повсеместно экспрессируемый белок, участвующий во многих важных функциях, включая: регуляцию транскрипции, клеточную дифференцировку и пролиферацию, восстановление повреждений ДНК, подавление вируса и апоптоз. Его функциональность зависит от посттрансляционных модификаций. Сумоилированный TRIM28 может собирать эпигенетический механизм для подавления генов, тогда как фосфорилированный TRIM28 участвует в репарации ДНК.

Клеточная дифференциация и пролиферация

Исследования показали, что делеция KAP1 у мышей до гаструляции приводит к смерти (что указывает на то, что он является необходимым белком для пролиферации), тогда как делеция у взрослых мышей приводит к повышенной тревожности и вызванным стрессом изменениям в обучении и памяти. Было показано, что KAP1 участвует в поддержании плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток, а также способствует и ингибирует клеточную дифференцировку взрослых клеточных линий. Повышенные уровни KAP1 также были обнаружены при раке печени, желудка, молочной железы, легких и простаты, что указывает на то, что он может играть важную роль в пролиферации опухолевых клеток (возможно, путем ингибирования апоптоза).

Транскрипционная регуляция

KAP1 может регулировать геномную транскрипцию посредством множества механизмов, многие из которых остаются неясными. Исследования показали, что KAP1 может подавлять транскрипцию путем связывания непосредственно с геномом (чего само по себе может быть достаточно) или путем индукции образования гетерохроматина через макромолекулярный комплекс Mi2α-SETB1-HP1. KAP1 также может взаимодействовать с гистоновыми метилтрансферазами и деацетилазами через C-концевой PHD и бромодомен, чтобы эпигенетически контролировать транскрипцию.

Реакция восстановления повреждений ДНК

Было показано, что ATM фосфорилирует KAP1 при обнаружении поврежденной или разорванной ДНК. Фосфорилированный KAP1, наряду со многими другими белками, повреждающими ДНК, быстро мигрирует к месту повреждения ДНК. Его точное участие в этом пути несколько неясно, но оно участвует в запуске остановки клеток, что позволяет восстановить поврежденную ДНК.

Апоптоз

KAP1 образует комплекс с MDM2 (убиквитин E3-лигазой), который связывается с p53. Комплекс маркирует связанный р53 для деградации. p53 является известным предшественником апоптоза, который облегчает синтез белков, необходимых для гибели клеток, поэтому его деградация приводит к ингибированию апоптоза.

Клиническое значение

Роль в установлении вирусной латентности

KAP1 способствует установлению вирусной латентности в определенных типах клеток для цитомегаловируса человека (ЦМВВ) и других эндогенных ретровирусов. . KAP1 действует как транскрипционный корепрессор вирусного генома. Белок связывается с гистонами вирусного хроматина, а затем рекрутирует Mi2α и SETB1. SETB1 представляет собой гистон-метилтрансферазу, которая рекрутирует HP1, тем самым индуцируя образование гетерохроматина. Образование гетерохроматина предотвращает транскрипцию вирусного генома. mTOR участвует в фосфорилировании KAP1, что приводит к переключению с латентного периода на литический цикл.

Манипуляции и потенциал будущего лечения

Мутационная атаксия телеангиэктазии (ATM) представляет собой киназу, которая (подобно mTOR) может фосфорилировать KAP1, что приводит к переключению с латентного периода вируса на литический цикл. Было показано, что активатор хлорохин (АТМ) приводит к увеличению транскрипции генома HCMV. Этот эффект усиливается за счет использования фактора некроза опухоли. Было высказано предположение, что это лечение (в сопровождении антиретровирусной терапии) может удалить вирус из инфицированных людей.

Взаимодействия

Было показано, что TRIM28 взаимодействует с:

• CBX5 ,
• ЦЕБПБ ,
• глюкокортикоидный рецептор ,
• SETDB1 и
• ЗНФ10 .

См. также

• Корегулятор транскрипции

Дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД   8125298 .
• Фридман-младший, Фредерикс В.Дж., Дженсен Д.Е., Спейчер Д.В., Хуанг Х.П., Нилсон Э.Г., Раушер Ф.Дж. (август 1996 г.). «KAP-1, новый корепрессор высококонсервативного домена репрессии KRAB» . Гены и развитие . 10 (16): 2067–78. дои : 10.1101/гад.16.10.2067 . ПМИД   8769649 .
• Ким С.С., Чен Ю.М., О'Лири Э., Витцгалл Р., Видал М., Бонвентре СП (декабрь 1996 г.). «Новый член семейства RING-пальцев, KRIP-1, связан с доменом репрессора транскрипции KRAB-A белков цинковых пальцев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 93 (26): 15299–304. Бибкод : 1996PNAS...9315299K . дои : 10.1073/pnas.93.26.15299 . ПМК   26399 . ПМИД   8986806 .
• Моосманн П., Георгиев О., Ле Дуарен Б., Буркен Ж.П., Шаффнер В. (декабрь 1996 г.). «Репрессия транскрипции с помощью белка RING-пальца TIF1 бета, который взаимодействует с репрессорным доменом KRAB KOX1» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (24): 4859–67. дои : 10.1093/нар/24.24.4859 . ПМК   146346 . ПМИД   9016654 .
• Сузуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД   9373149 .
• Чанг С.Дж., Чен Ю.Л., Ли С.К. (октябрь 1998 г.). «Коактиватор TIF1beta взаимодействует с транскрипционным фактором C/EBPbeta и рецептором глюкокортикоида, индуцируя экспрессию гена альфа1-кислотного гликопротеина» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (10): 5880–7. дои : 10.1128/mcb.18.10.5880 . ПМК   109174 . ПМИД   9742105 .
• Энг ФК, Барсалу А, Акуцу Н, Мерсье И, Зехель К, Мадер С, Уайт Дж. Х. (октябрь 1998 г.). «Различные классы коактиваторов распознают разные, но перекрывающиеся сайты связывания в лигандсвязывающем домене рецептора эстрогена» (PDF) . Журнал биологической химии . 273 (43): 28371–7. дои : 10.1074/jbc.273.43.28371 . ПМИД   9774463 .
• Райан Р.Ф., Шульц Д.К., Айянатан К., Сингх П.Б., Фридман-младший, Фредерикс В.Дж., Раушер Ф.Дж. (июнь 1999 г.). «Белок-корепрессор KAP-1 взаимодействует и колокализуется с гетерохроматическими и эухроматическими белками HP1: потенциальная роль Krüppel-ассоциированных белков коробчатого цинкового пальца в гетерохроматин-опосредованном молчании генов» . Молекулярная и клеточная биология . 19 (6): 4366–78. дои : 10.1128/mcb.19.6.4366 . ПМК   104396 . ПМИД   10330177 .
• Агата Ю., Мацуда Э., Симидзу А. (июнь 1999 г.). «Два новых белка типа «цинковые пальцы», ассоциированные с Круппелем, KRAZ1 и KRAZ2, репрессируют транскрипцию посредством функционального взаимодействия с корепрессором KAP-1 (TIF1beta/KRIP-1)» . Журнал биологической химии . 274 (23): 16412–22. дои : 10.1074/jbc.274.23.16412 . ПМИД   10347202 .
• Нильсен А.Л., Ортис Дж.А., Ю Дж., Улад-Абдельгани М., Хечумян Р., Гансмюллер А., Шамбон П., Лоссон Р. (ноябрь 1999 г.). «Взаимодействие с членами семейства гетерохроматинового белка 1 (HP1) и деацетилирование гистонов по-разному участвуют в подавлении транскрипции членами семейства TIF1» . Журнал ЭМБО . 18 (22): 6385–95. дои : 10.1093/emboj/18.22.6385 . ПМЦ   1171701 . ПМИД   10562550 .
• Пэн Х., Бегг Г.Е., Харпер С.Л., Фридман Дж.Р., Спайчер Д.В., Раушер Ф.Дж. (июнь 2000 г.). «Биохимический анализ домена транскрипционной репрессии KRAB, ассоциированного с Kruppel» . Журнал биологической химии . 275 (24): 18 000–10. дои : 10.1074/jbc.M001499200 . ПМИД   10748030 .
• Лехнер М.С., Бегг Г.Е., Спайчер Д.В., Раушер Ф.Дж. (сентябрь 2000 г.). «Молекулярные детерминанты для нацеливания на подавление генов, опосредованное белком 1 гетерохроматина: прямое взаимодействие хромотеневого домена и корепрессора KAP-1 имеет важное значение» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (17): 6449–65. дои : 10.1128/MCB.20.17.6449-6465.2000 . ПМЦ   86120 . ПМИД   10938122 .
• Андерхилл С., Кутоб М.С., Йи С.П., Торчиа Дж. (декабрь 2000 г.). «Новый корепрессорный комплекс ядерного рецептора, N-CoR, содержит компоненты комплекса SWI/SNF млекопитающих и корепрессора KAP-1» . Журнал биологической химии . 275 (51): 40463–70. дои : 10.1074/jbc.M007864200 . ПМИД   11013263 .
• Гебелейн Б., Уррутия Р. (февраль 2001 г.). «Последовательность-специфическая репрессия транскрипции с помощью KS1, коробчатого белка, связанного с множественными цинковыми пальцами и Круппелем» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (3): 928–39. дои : 10.1128/MCB.21.3.928-939.2001 . ПМК   86683 . ПМИД   11154279 .
• Капили А.Д., Шульц Д.К., РаушерIII Ф.Дж., Борден К.Л. (январь 2001 г.). «Структура раствора домена PHD корепрессора KAP-1: структурные детерминанты для цинксвязывающих доменов PHD, RING и LIM» . Журнал ЭМБО . 20 (1–2): 165–77. дои : 10.1093/emboj/20.1.165 . ПМК   140198 . ПМИД   11226167 .
• Шульц, округ Колумбия, Фридман-младший, Раушер Ф.Дж. (февраль 2001 г.). «Нацеливание на комплексы гистондеацетилазы через белки KRAB-цинковые пальцы: PHD и бромодомены KAP-1 образуют кооперативную единицу, которая рекрутирует новую изоформу субъединицы Mi-2альфа NuRD» . Гены и развитие . 15 (4): 428–43. дои : 10.1101/gad.869501 . ПМК   312636 . ПМИД   11230151 .
• Реймонд А, Мерони Г, Фантоцци А, Мерла Г, Каиро С, Лузи Л, Риганелли Д, Занария Е, Мессали С, Кайнарка С, Гуффанти А, Минуччи С, Пеличчи П.Г., Баллабио А (май 2001 г.). «Семейство трехсторонних мотивов идентифицирует клеточные отсеки» . Журнал ЭМБО . 20 (9): 2140–51. дои : 10.1093/emboj/20.9.2140 . ПМК   125245 . ПМИД   11331580 .
• Сюй С.И., Ян К.М., Сим К.Г., Хентшель Д.М., О'Лири Э., Бонвентре СП (май 2001 г.). «TRIP-Br: новое семейство белков PHD, взаимодействующих с цинковыми пальцами и бромодоменами, которые регулируют транскрипционную активность E2F-1/DP-1» . Журнал ЭМБО . 20 (9): 2273–85. дои : 10.1093/emboj/20.9.2273 . ПМЦ   125435 . ПМИД   11331592 .
• Нильсен А.Л., Улад-Абдельгани М., Ортис Дж.А., Рембуцика Э., Шамбон П., Лоссон Р. (апрель 2001 г.). «Формирование гетерохроматина в клетках млекопитающих: взаимодействие гистонов и белков HP1» . Молекулярная клетка . 7 (4): 729–39. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00218-0 . hdl : 10261/308369 . ПМИД   11336697 .

Внешние ссылки

• Белок TRIM28, человеческий, в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
• НУРСА C153
• ФакторБук КАП1
• TRIM28 Расположение гена человека в браузере генома UCSC .
• Подробности о гене человека TRIM28 в браузере генома UCSC .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .