SETDB1

SETDB1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3DLM, 4X3S, 5KE2
Идентификаторы
Псевдонимы	SETDB1 , ESET, H3-K9-HMTase4, KG1T, KMT1E, TDRD21, раздвоенный домен SET 1, раздвоенный домен SET гистон-лизин-метилтрансфераза 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 604396 ; МГИ : 1934229 ; Гомологен : 32157 ; Генные карты : SETDB1 ; OMA : SETDB1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	150,964,744 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	95,264,513 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	sural nerve; ; monocyte; ; granulocyte; ; right lobe of thyroid gland; ; right ovary; ; left ovary; ; left testis; ; right testis; ; right uterine tube; ; left lobe of thyroid gland;
	Top expressed in
	secondary oocyte; ; zygote; ; primary oocyte; ; Ileal epithelium; ; tail of embryo; ; otic placode; ; genital tubercle; ; superior surface of tongue; ; gallbladder; ; ventricular zone;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	methyltransferase activity; transferase activity; DNA binding; promoter-specific chromatin binding; zinc ion binding; histone-lysine N-methyltransferase activity; metal ion binding; protein binding; chromatin binding; histone methyltransferase activity (H3-K9 specific);
Cellular component	intracellular membrane-bounded organelle; plasma membrane; nucleoplasm; chromosome; nucleus; cytosol; cytoplasm;
Biological process	regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly; response to vitamin; transcription, DNA-templated; methylation; histone lysine methylation; Ras protein signal transduction; response to ethanol; chromatin organization; negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate; histone H3-K9 methylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9869
	84505
	ENSG00000143379
	ENSMUSG00000015697
	Q15047
	О88974
	НМ_001145415 ; НМ_001243491 ; НМ_012432 ; НМ_001366417 ; НМ_001366418
	НМ_001163641 ; НМ_001163642 ; НМ_018877
	NP_001138887 ; НП_001230420 ; НП_036564 ; НП_001353346 ; НП_001353347
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Гистон-лизин N-метилтрансфераза SETDB1 — фермент , который у человека кодируется SETDB1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} SETDB1 также известна как KMT1E или H3K9 метилтрансфераза ESET.

Функция

Домен SET представляет собой высококонсервативный мотив, состоящий примерно из 150 аминокислот, участвующий в модуляции структуры хроматина . Первоначально он был идентифицирован как часть более крупной консервативной области, присутствующей в белке Drosophila Trithorax, а затем был идентифицирован в белках Su(var)3-9 и «Enhancer of zeste» дрозофилы , от которых произошла аббревиатура SET. Исследования показали, что домен SET может быть признаком белков, которые модулируют транскрипционно активные или подавленные состояния хроматина посредством активности ремоделирования хроматина. ^{[ 6 ]}

Взаимодействия

Было показано, что SETDB1 взаимодействует с TRIM28 . ^{[ 7 ]}>

См. также

SETD1A , белок, который очень гомологичен SETDB1.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000143379 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000015697 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Харте П.Дж., Ву В., Карраскильо М.М., Matera AG (июнь 1999 г.). «Присвоение нового гена раздвоенного домена SET, SETDB1, полосе хромосомы человека 1q21 путем гибридизации in situ и радиационных гибридов». Цитогенет. Клеточная генетика . 84 (1–2): 83–6. дои : 10.1159/000015220 . ПМИД 10343109 . S2CID 10805552 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: домен SETDB1 SET, раздвоенный 1» .
^ Шульц Д.К., Айянатан К., Негорев Д., Мол Г.Г., Раушер Ф.Дж. (апрель 2002 г.). «SETDB1: новый KAP-1-ассоциированный гистон H3, лизин-9-специфичная метилтрансфераза, которая способствует HP1-опосредованному подавлению эухроматических генов белками цинковых пальцев KRAB» . Генс Дев . 16 (8): 919–32. дои : 10.1101/gad.973302 . ПМК 152359 . ПМИД 11959841 .

Дальнейшее чтение

Номура Н., Нагасе Т., Миядзима Н., Сазука Т., Танака А., Сато С., Секи Н., Каварабаяши Ю., Исикава К., Табата С. (1994). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. II. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0041-KIAA0080), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток человека KG-1» . ДНК Рез . 1 (5): 223–9. дои : 10.1093/dnares/1.5.223 . ПМИД 7584044 .
Ян Л., Ся Л., Ву Д.И., Ван Х., Чански Х.А., Шубах В.Х., Хикштейн Д.Д., Чжан Ю. (2002). «Молекулярное клонирование ESET, новой метилтрансферазы, специфичной для гистона H3, которая взаимодействует с фактором транскрипции ERG». Онкоген . 21 (1): 148–52. дои : 10.1038/sj.onc.1204998 . ПМИД 11791185 . S2CID 10912876 .
Шульц Д.К., Айянатан К., Негорев Д., Мол Г.Г., Раушер Ф.Дж. (2002). «SETDB1: новый KAP-1-ассоциированный гистон H3, лизин-9-специфичная метилтрансфераза, которая способствует HP1-опосредованному подавлению эухроматических генов белками цинковых пальцев KRAB» . Генс Дев . 16 (8): 919–32. дои : 10.1101/gad.973302 . ПМК 152359 . ПМИД 11959841 .
Ян Л., Мэй К., Зелинска-Квятковска А., Мацуи Ю., Блэкберн М.Л., Бенедетти Д., Крумм А.А., Таборский Г.Дж., Чански Х.А. (2003). «ЭРГ (ets-родственный ген)-ассоциированная гистон-метилтрансфераза взаимодействует с гистон-деацетилазами 1/2 и ко-репрессорами транскрипции mSin3A/B» . Биохим. Дж . 369 (Часть 3): 651–7. дои : 10.1042/BJ20020854 . ПМЦ 1223118 . ПМИД 12398767 .
Накаяма М., Кикуно Р., Охара О (2002). «Белко-белковые взаимодействия между крупными белками: двухгибридный скрининг с использованием функционально классифицированной библиотеки, состоящей из длинных кДНК» . Геном Рез . 12 (11): 1773–84. дои : 10.1101/гр.406902 . ПМК 187542 . ПМИД 12421765 .
Айянатан К., Лехнер М.С., Белл П., Мол Г.Г., Шульц Д.К., Ямада Ю., Танака К., Ториго К., Раушер Ф.Дж. (2003). «Регулируемое привлечение HP1 к эухроматическому гену вызывает митотически наследственное эпигенетическое молчание генов: модель разнообразия генов в культуре клеток млекопитающих» . Генс Дев . 17 (15): 1855–69. дои : 10.1101/gad.1102803 . ЧВК 196232 . ПМИД 12869583 .
Ван Х, Ан В, Цао Р, Ся Л, Эрджюмент-Бромаж Х, Чаттон Б, Темпст П, Редер Р.Г., Чжан Ю (2003). «mAM способствует превращению с помощью ESET диметила в триметиллизин 9 гистона H3, вызывая репрессию транскрипции» . Мол. Клетка . 12 (2): 475–87. doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.007 . ПМИД 14536086 .
Пейс-Фесси М., Буше Д., Пети Э., Пот-Бриан С., Бланше-Турнье М.Ф. (2004). «Негативный регулятор Gli, супрессор слияния (Суфу), взаимодействует с SAP18, Галектином3 и другими ядерными белками» . Биохим. Дж . 378 (Часть 2): 353–62. дои : 10.1042/BJ20030786 . ПМЦ 1223961 . ПМИД 14611647 .
Колланд Ф., Жак Икс, Труплен В., Мужен С., Гроазело С., Гамбургер А., Мейл А., Войчик Дж., Легрен П., Готье Ж.М. (2004). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека» . Геном Рез . 14 (7): 1324–32. дои : 10.1101/гр.2334104 . ПМК 442148 . ПМИД 15231748 .
Гёлер Х, Лаловски М, Стельцль У, Вельтер С, Стродике М, Ворм У, Дроге А, Линденберг К.С., Кноблих М, Хениг С, Хербст М, Суопанки Дж, Шерзингер Е, Абрахам С, Бауэр Б, Хазенбанк Р, Фрицше А , Людвиг А.Х., Бюссов К., Бюссов К., Коулман Ш., Гутекунст К.А., Ландвермейер Б.Г. , Лерах Х., Ванкер Э.Э. (2004). «Сеть взаимодействия белков связывает GIT1, усилитель агрегации хантингтина, с болезнью Хантингтона» . Крот. Клетка . 15 (6): 853–65. doi : 10.1016/j.molcel.2004.09.016 . ПМИД 15383276 .
Ичимура Т., Ватанабэ С., Сакамото Ю., Аото Т., Фудзита Н., Накао М. (2005). «Транкрипционная репрессия и образование гетерохроматина белками семейства MBD1 и MCAF/AM» . Ж. Биол. Хим . 280 (14): 13928–35. дои : 10.1074/jbc.M413654200 . ПМИД 15691849 .
Вершур П.Дж., ван дер Краан И., де Леув В., ван дер Флаг Дж., Карпентер А.Э., Бельмонт А.С., ван Дрил Р. (2005). «Нацеливание на HP1 in vivo вызывает крупномасштабную конденсацию хроматина и усиление метилирования лизина гистонов» . Крот. Клетка. Биол . 25 (11): 4552–64. дои : 10.1128/MCB.25.11.4552-4564.2005 . ПМЦ 1140641 . ПМИД 15899859 .
Геварт К., Стас А., Ван Дамм Дж., Де Гроот С., Хугелье К., Демол Х., Мартенс Л., Геталс М., Вандекеркхове Дж. (2005). «Глобальный анализ фосфопротеома гепатоцитов человека HepG2 с использованием диагональной ЖХ с обращенной фазой». Протеомика . 5 (14): 3589–99. дои : 10.1002/pmic.200401217 . ПМИД 16097034 . S2CID 895879 .
Стелцль Ю, Ворм Ю, Лаловски М, Хениг К, Брембек Ф.Х., Гёлер Х, Стродике М, Ценкнер М, Шенхерр А, Кеппен С, Тимм Дж, Минцлафф С, Абрахам С, Бок Н, Китцманн С, Гёдде А, Токсёз Е , Дроге А., Кробич С., Корн Б., Бирчмайер В., Лерах Х., Ванкер Э.Э. (2005). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка . 122 (6): 957–68. дои : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . ПМИД 16169070 . S2CID 8235923 .
Руал Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрез М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С, Лламосас Е, Чевик С, Бекс С, Ламеш П, Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж, Зогби Х.И., Смоляр А, Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. ( 2005). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .
Оруджи Э., Федерико А., Ларрибер Л., Новак Д., Липка Д.Б., Асенов Ю., Сачиндра С., Хюзер Л., Гранадос К., Гебхардт С., Пласс С., Уманский В., Утикал Дж. (2019). «Гистон-метилтрансфераза SETDB1 способствует развитию опухолей меланомы и служит новой потенциальной терапевтической мишенью» . Инт Дж Рак . 145 (12): 3462–3477. дои : 10.1002/ijc.32432 . ПМИД 31131878 .
Стрепкос Д., Маркули М., Клону А., Папавассилиу А.Г., Пипери С. (2021). «Гистон-метилтрансфераза SETDB1: общий знаменатель онкогенеза с терапевтическим потенциалом» . Исследования рака . 81 (3): 525–534. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-20-2906 . ПМИД 33115801 . S2CID 226046421 .
Цао Н, Ю Ю, Чжу Х, Чен М, Чен П, Чжо М, Е М (2020). «SETDB1 способствует прогрессированию колоректального рака посредством эпигенетического подавления экспрессии p21» . Смерть клеток и болезни . 11 (5): 351. doi : 10.1038/s41419-020-2561-6 . ПМК 7214465 . ПМИД 32393761 .
Ли С., Ли С., Хван Сай, Ким Д., Хан Ю, Хон С.Н., Чо К.Х. (2020). «Анализ сетевого вывода идентифицирует SETDB1 как ключевой регулятор для превращения клеток колоректального рака в дифференцированные нормальные клетки» . Молекулярные исследования рака . 18 (1): 118–129. дои : 10.1158/1541-7786.MCR-19-0450 . ПМИД 31896605 .
Фукуда К., Синкай Ю. (2020). «SETDB1-опосредованное замалчивание ретроэлементов» . Вирусы . 12 (6): 596. дои : 10.3390/v12060596 . ПМЦ 7354471 . ПМИД 32486217 .

Внешние ссылки

Факторбук SETDB1
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q15047 (гистон-лизин N-метилтрансфераза SETDB1) в PDBe-KB .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000143379 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000015697 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10343109-5] Харте П.Дж., Ву В., Карраскильо М.М., Matera AG (июнь 1999 г.). «Присвоение нового гена раздвоенного домена SET, SETDB1, полосе хромосомы человека 1q21 путем гибридизации in situ и радиационных гибридов». Цитогенет. Клеточная генетика . 84 (1–2): 83–6. дои : 10.1159/000015220 . ПМИД 10343109 . S2CID 10805552 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: домен SETDB1 SET, раздвоенный 1» .

[pmid11959841-7] Шульц Д.К., Айянатан К., Негорев Д., Мол Г.Г., Раушер Ф.Дж. (апрель 2002 г.). «SETDB1: новый KAP-1-ассоциированный гистон H3, лизин-9-специфичная метилтрансфераза, которая способствует HP1-опосредованному подавлению эухроматических генов белками цинковых пальцев KRAB» . Генс Дев . 16 (8): 919–32. дои : 10.1101/gad.973302 . ПМК 152359 . ПМИД 11959841 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]