Проза1

Проза1
Идентификаторы
Псевдонимы	2810046L04Rik9330161F11богатый пролином и серином 1
Внешние идентификаторы	Гомологен : 13463 ; Генные карты : [1] ; ОМА : - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 3 (human)
End	53,389,176 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	otic vesicle; ; genital tubercle; ; tail of embryo; ; Rostral migratory stream; ; epiblast; ; primitive streak; ; ventricular zone; ; ganglionic eminence; ; trigeminal ganglion; ; yolk sac;
	n/a
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	molecular function;
Cellular component	cellular component;
Biological process	biological process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	212127
	н/д
	ENSMUSG00000049504
	н/д
	Q5PRE5
	н/д
	НМ_173382
	н/д
	НП_775558
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

PROSER1 — это белок , который у человека кодируется геном PROSER1 . ^{[ 2 ]}

Номенклатура

PROSER1 имеет несколько псевдонимов: C13orf23, KIAA2032 и белок 1, богатый пролином и серином. ^{[ 3 ]} ^{[ 4 ]}

Ген

Расположение

PROSER1 расположен на отрицательной (обратной) цепи хромосомы 13 в позиции 13q13.3. Он охватывает от 39 009 865 пар оснований от птера до 39 038 095 пар оснований от птера и имеет размер 28 231 основание. ^{[ 5 ]} PROSER1 имеет в общей сложности 13 экзонов в мРНК первичного несплайсированного транскрипта длиной 5185 п.н. Существует 2 изоформы PROSER1, обе в диапазоне 5000 п.н. ^{[ 6 ]}

Джин район

Гены STOML3 и NHLRC3 соседствуют с PROSER1 на хромосоме 13. ^{[ 7 ]}

Распределение тканей

Картирование экспрессируемых последовательностей экспрессии PROSER1 показывает, что он имеет особенно высокую экспрессию в лимфе, эмбриональной ткани, тимусе и матке. Он имеет умеренную экспрессию в яичках, гортани, нервах, крови и жировой ткани. ^{[ 8 ]} Согласно Атласу белков человека, PROSER1 имеет общую цитоплазматическую экспрессию и экспрессируется во всех категориях тканей РНК. ^{[ 9 ]}

Гомология

Паралоги

PROSER1 не имеет паралогов. ^{[ 10 ]}

Ортологи

PROSER1 высоко консервативен среди млекопитающих. Он менее консервативен, хотя был обнаружен у рыб, птиц и некоторых беспозвоночных. Он не экспрессируется в бактериях, растениях и грибах. ^{[ 11 ]} Ниже представлена таблица ортологов, составленная из NCBI.

Латинское название	Общее имя	Дата расхождения (от H. sapiens )	Инвенционный номер	Длина белковой последовательности	Идентичность последовательности	Сходство последовательностей
Мудрый человек	Человек	-	НП_079414.3	944 аминокислоты	-	-
Горилла горилла	Горилла	8,9 миллионов лет назад	XP_004054459	994 аа	99%	99%
Ангольский колобус в маскировке	Ангольский колобус	29,1 млн лет назад	XP_011798372	947 аа	97%	97%
Наннопалакс Галили	Спалакс	90,9 млн лет назад	XP_008847583	916 аа	80%	85%
Крицетулюс серый	Китайский хомяк	90,9 млн лет назад	XP_007626898	912 аа	79%	84%
Пантера тигр алтайский	Сибирский тигр	97,5 млн лет назад	XP_007097793	665 аа	85%	89%
Ациноникс юбатус	Гепард	97,5 млн лет назад	XP_014926409	770 аа	79%	83%
Турсиоп усеченный	Обыкновенный афалина	97,5 млн лет назад	XP_004332367	1064 аа	77%	83%
Орниторинх анатинус	Утконос	179,2 млн лет назад	XP_007666895	888 аа	69%	74%
Челония Мидас	Зеленая морская черепаха	320,5 млн лет назад	XP_007070970	936 аа	75%	83%
Пигосцелис аделия	Адели Пингвин	320,5 млн лет назад	XP_009318201	938 аа	75%	83%
Калидрис (филомах) агрессивный	Ерш	320,5 млн лет назад	XP_014821534	899 аа	74%	83%
Рождественские картинки красивые	Раскрашенная черепаха	320,5 млн лет назад	XP_008175998	825 аа	73%	82%
Aquila chrysaetos Canadensis	Золотой орел	320,5 млн лет назад	XP_011579121	916 аа	73%	81%
Аллигатор китайский	Китайский Аллигатор	320,5 млн лет назад	XP_014376376	940 а.а.	72%	81%
Геккон японский	Японский геккон	320,5 млн лет назад	XP_015281837	1053 аа	65%	75%
Питон обоюдоострый	Бирманский питон	320,5 млн лет назад	XP_007438154	924 аа	65%	75%
Анолис Каролинский	Каролина Анол	320,5 млн лет назад	XP_008124125	920 аа	64%	75%
Ксенопус тропический	Западная шпорцевая лягушка	355,7 млн лет назад	XP_012813331	944 аа	51%	63%
Леписостеус глазчатый	Пятнистый Гар	429,6 млн лет назад	XP_015197497	885 аа	47%	58%
Каллоринхус милии	Австралийская акула-призрак	482,9 млн лет назад	XP_007889503	965 аа	64%	75%

Белок

Общие свойства

Транслированный белок PROSER1 имеет длину 944 аминокислоты. Его прогнозируемая молекулярная масса составляет 95,7 кдал. ^{[ 12 ]} PROSER1 имеет изоэлектрическую точку 9. ^{[ 13 ]} Предполагается, что он локализуется в ядре. ^{[ 14 ]}

Состав

Последовательность богата пролином и серином и не отличается низким содержанием других аминокислот.

Домены

PROSER1 содержит один домен неизвестной функции, DUF 4476, часть pfam14771. DUF охватывает аминокислоты с 26 по 121. ^[2] Молекулярная масса DUF 4476 составляет 11,1 кдал.

Подробное расположение DUF 4476 на PROSER1.

Вторичная структура

PROSER1 состоит в основном из альфа-спиралей, бета-листов и катушек. Белок в значительной степени свернут. DUF состоит в основном из альфа-спиралей и клубков. Он имеет немного меньше бета-листов по сравнению с белком в целом. ^{[ 15 ]}

Ссылки

^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Генные карты» . База данных генов человека.
^ «Биокомпарэйт» . БиоСравнить.
^ «Ансамбль» . ансамбль
^ «Генные карты» . База данных генов человека.
^ «Ген NCBI» . НКБИ.
^ «Ген NCBI» . НКБИ.
^ «Юнипрот» . Унипрот.
^ «Атлас тканей» . Атлас белков человека.
^ «Ансамбль» . ансамбль
^ «Ансамбль» . ансамбль
^ «Юнипрот» . Унипрот.
^ «Эспази» . Экспаси.
^ «ПСОРТ II Прогноз» . ПСОРТ II.
^ «Инструментарий биологии SDSC» . СДСК.

[1] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[2] «Генные карты» . База данных генов человека.

[3] «Биокомпарэйт» . БиоСравнить.

[4] «Ансамбль» . ансамбль

[5] «Генные карты» . База данных генов человека.

[6] «Ген NCBI» . НКБИ.

[7] «Ген NCBI» . НКБИ.

[8] «Юнипрот» . Унипрот.

[9] «Атлас тканей» . Атлас белков человека.

[10] «Ансамбль» . ансамбль

[11] «Ансамбль» . ансамбль

[12] «Юнипрот» . Унипрот.

[13] «Эспази» . Экспаси.

[14] «ПСОРТ II Прогноз» . ПСОРТ II.

[15] «Инструментарий биологии SDSC» . СДСК.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]