Выжимая красный цвет

Выжимая красный цвет
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Псевдомонадота
Сорт:	Альфапротеобактерии
Заказ:	Гифомикробиалы
Семья:	Метилобактерии
Род:	Метилорубрум
Биномиальное имя
	Выжимая красный цвет ; (Ураками и Комагата, 1984 г.) Грин и Ардли, 2018 г.
Синонимы
	Bacillus extorquens Бассалик 1913 г. ; Vibrio extorquens (Бассалик, 1913 г.) Бхат и Баркер, 1948 г. ; Pseudomonas extorquens (Bassalik 1913) Krasil'nikov 1949 ; Flavobacterium extorquens (Бассалик 1913) Bassalik et al . 1960 год ; Protomonas extorquens ( бывший Бассалик 1913) Ураками и Комагата ; Метилобактерия хлорметаникум Макдональд и др . 2001 г. ; Метилобактерия дихлорметаникум Доронина и др . 2000 г. ; Mmethylobacterium extorquens (Ураками и Комагата, 1984 г.) Боусфилд и Грин, 1985 г. ; Метилобактерия дихлорметаникум подвид. chromethanicum (McDonald et al ., 2001) Hördt et al . 2020 год ;

Mmethylorubrum extorquens — грамотрицательная бактерия . Виды Mmethylorubrum часто кажутся розовыми и классифицируются как факультативные метилотрофы с розовым пигментом, или PPFM . ^{[ 4 ]} углерода . Известно, что дикий тип использует в качестве источников энергии как метан, так и несколько соединений ^{[ 4 ]} В частности, M. extorquens было замечено, что C ₁ использует в основном метанол и соединения в качестве субстратов в своих энергетических циклах. ^{[ 5 ]} Также было замечено, что лантаноиды используются в качестве кофактора для увеличения метанолдегидрогеназы. активности ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Генетическая структура

После выделения из почвы у M. extorquens была обнаружена единственная хромосома размером 5,71 Мб . ^{[ 8 ]} Сама бактерия содержит 70 генов в восьми областях хромосомы, которые используются для метаболизма метанола. ^{[ 9 ]} В участке хромосомы M. extorquens AM1 находятся два гена xoxF , которые позволяют ему расти в метаноле. ^{[ 9 ]}

Геном M. extorquens AM1 кодирует ген размером 47,5 т.п.н. с неизвестной функцией. Этот ген кодирует полипептид длиной более 15 000 остатков, а также три уникальных соединения, которые не экспрессируются. ^{[ 10 ]} Микроб использует mxa ген ^{[ 11 ]} как способ дегидрирования метанола и использования его в качестве источника энергии. ^{[ 10 ]}

Химическое использование

Mmethylorubrum extorquens для роста использует в основном соединения C ₁ и C ₂ . ^{[ 9 ]} Использование соединений с небольшим количеством углерод-углеродных связей позволяет бактериям успешно расти в среде с метанолом, например, на поверхности листьев, устьица которых выделяют метанол. ^{[ 12 ]} Способность использовать метанол как источник углерода и энергии оказалась полезной при колонизации Medicago truncatula . ^{[ 13 ]}

H ₄ MPT-зависимое окисление формальдегида было впервые выделено у M. extroquens AM1 и использовалось для определения того, использует ли организм метилотрофный метаболизм. ^{[ 10 ]}

Отношения с другими организмами

Многие бактерии семейства Mmethylobacteriaceae живут в различных биотических средах, таких как почва, пыль и листья растений. ^{[ 14 ]} Некоторые из этих бактерий были обнаружены в симбиотических отношениях с растениями, в которых они обитают, обеспечивая фиксированный азот или производя витамин B ₁₂ . ^{[ 14 ]} M. extorquens также производит PhyR , который растения используют для регулирования реакции на стресс , позволяя растению выживать в различных условиях. ^{[ 15 ]} Помимо PhyR, бактерия может вырабатывать гормон, связанный с общим ростом растений и корней. ^{[ 9 ]}

M. extorquens Было обнаружено, что имеет мутуалистическую связь с клубникой. ^{[ 16 ]} В конечном итоге M. extorquens используется для окисления 1,2-пропандиола до лактальдегида, который позже используется в химических реакциях. ^{[ 17 ]} При внесении его в цветущие растения выработка фуранола увеличивается, изменяя вкус клубники. ^{[ 16 ]}

См. также

Ссылки

^ Грин П.Н., Ардли Дж.К. (сентябрь 2018 г.). «Обзор рода Mmethylobacterium и близкородственных организмов: предложение о реклассификации некоторых видов Mmethylobacterium в новый род Mmethylorubrum gen. nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (9): 2727–2748. дои : 10.1099/ijsem.0.002856 . ПМИД 30024371 .
^ LPSN lpsn.dsmz.de
^ Като Ю, Асахара М, Арай Д, Гото К, Ёкота А (октябрь 2005 г.). «Реклассификация метилобактерий хлорметаникум и метилобактерий дихлорметаникум как более поздних субъективных синонимов метилобактерии эксторквенс и метилобактерии лузитанум как более позднего субъективного синонима метилобактерии родезианум» . Журнал общей и прикладной микробиологии . 51 (5): 287–299. дои : 10.2323/jgam.51.287 . ПМИД 16314683 .
^ Jump up to: ^а ^б Лидстрем М.Е., Чистосердова Л. (апрель 2002 г.). «Растения в розовом: производство цитокининов метилобактериями» . Журнал бактериологии . 184 (7): 1818. doi : 10.1128/JB.184.7.1818.2002 . ПМК 134909 . ПМИД 11889085 .
^ Белхельфа С., Рош Д., Дюбуа И., Бергер А., Дельмас В.А., Каттолико Л. и др. (2019). «Адаптация непрерывной культуры Mmethylobacterium extorquens AM1 и TK 0001 к очень высоким концентрациям метанола» . Границы микробиологии . 10 : 1313. дои : 10.3389/fmicb.2019.01313 . ПМК 6595629 . ПМИД 31281294 .
^ Хорошо, Натан М.; Феллнер, Матиас; Демирер, Кемаль; Ху, Цзянь; Хаузингер, Роберт П.; Мартинес-Гомес, Н. Сесилия (25 февраля 2020 г.). «Лантаноид-зависимым алкогольдегидрогеназам необходим существенный остаток аспартата для координации металлов и ферментативной функции» . Журнал биологической химии . 295 (24): 8272–8284. дои : 10.1074/jbc.RA120.013227 . ПМК 7294098 . ПМИД 32366463 .
^ Накагава Т., Мицуи Р., Тани А., Саса К., Таширо С., Ивама Т. и др. (27 ноября 2012 г.). «Каталитическая роль XoxF1 как La3+-зависимой метанолдегидрогеназы в штамме Mmethylobacterium extorquens AM1» . ПЛОС ОДИН . 7 (11): е50480. Бибкод : 2012PLoSO...750480N . дои : 10.1371/journal.pone.0050480 . ПМК 3507691 . ПМИД 23209751 .
^ Белхельфа С., Лабади К., Круо С., Ори Дж.М., Рош Д., Бузон М. и др. (февраль 2018 г.). «Полная последовательность генома факультативного метилотрофа Mmethylobacterium extorquens TK 0001, выделенного из почвы в Польше» . Геномные объявления . 6 (8). doi : 10.1128/genomeA.00018-18 . ПМК 5824006 . ПМИД 29472323 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Дурадо М.Н., Камарго Невес А.А., Сантос Д.С., Араужо В.Л. (2015). «Биотехнологический и агрономический потенциал эндофитных розовопигментированных метилотрофных Mmethylobacterium spp» . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2015 : 909016. doi : 10.1155/2015/909016 . ПМЦ 4377440 . ПМИД 25861650 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Вийемье С., Чистосердова Л., Ли М.К., Брингель Ф., Лаюс А., Чжоу Ю. и др. (18 мая 2009 г.). «Последовательности генома метилобактерий: эталонный проект для исследования микробного метаболизма соединений C1 из природных и промышленных источников» . ПЛОС ОДИН . 4 (5): е5584. Бибкод : 2009PLoSO...4.5584V . дои : 10.1371/journal.pone.0005584 . ПМЦ 2680597 . ПМИД 19440302 .
^ «Ген MX1 - GeneCards | Белок MX1 | Антитело MX1» . www.genecards.org . Проверено 2 ноября 2020 г.
^ Немечек-Маршалл М., Макдональд Р.К., Франзен Дж.Дж., Войцеховски К.Л., Фолл Р. (август 1995 г.). «Эмиссия метанола из листьев (ферментативное обнаружение метанола в газовой фазе и связь потоков метанола с устьичной проводимостью и развитием листьев)» . Физиология растений . 108 (4): 1359–1368. дои : 10.1104/стр.108.4.1359 . ПМЦ 157513 . ПМИД 12228547 .
^ Сай А., Тиммерс А.С., Книф С., Ворхольт Дж.А. (ноябрь 2005 г.). «Метилотрофный метаболизм выгоден Mmethylobacterium extorquens при колонизации Medicago truncatula в конкурентных условиях» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7245–7252. Бибкод : 2005ApEnM..71.7245S . дои : 10.1128/АЕМ.71.11.7245-7252.2005 . ПМЦ 1287603 . ПМИД 16269765 .
^ Jump up to: ^а ^б Сай А., Тиммерс А.С., Книф С., Ворхольт Дж.А. (ноябрь 2005 г.). «Метилотрофный метаболизм выгоден Mmethylobacterium extorquens при колонизации Medicago truncatula в конкурентных условиях» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7245–7252. Бибкод : 2005ApEnM..71.7245S . дои : 10.1128/АЕМ.71.11.7245-7252.2005 . ПМЦ 1287603 . ПМИД 16269765 .
^ Гурион Б., Франсез-Шарло А., Форхольт Дж.А. (февраль 2008 г.). «PhyR участвует в общей реакции на стресс Mmethylobacterium extorquens AM1» . Журнал бактериологии . 190 (3): 1027–1035. дои : 10.1128/JB.01483-07 . ПМК 2223570 . ПМИД 18024517 .
^ Jump up to: ^а ^б Зигмунд Б., Лейтнер Э. (январь 2014 г.). «Глава 26. Влияние применения метилобактерий на вкус клубники, исследованное с помощью ГХ-МС и комплексного ГХ×ГХ-кМС». В Феррейра В., Лопес Р. (ред.). Наука вкуса . Сан-Диего: Академическая пресса. стр. 141–145. ISBN 978-0-12-398549-1 .
^ Насопулу К., Похьянен Дж., Коскимяки Дж.Дж., Забетакис И., Пирттиля А.М. (август 2014 г.). «Локализация генов клубники (Fragaria x ananassa) и Mmethylobacterium extorquens биосинтеза клубничного аромата в ткани клубники путем гибридизации in situ». Журнал физиологии растений . 171 (13): 1099–1105. дои : 10.1016/j.jplph.2014.03.018 . ПМИД 24973582 .

Внешние ссылки

Метилорурум Дж. П. Эзеби: Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре
Вымогательство метилобактерий NCBI
Типовой штамм Mmethylobacterium extorquens в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию

[Methylorubrum-1] Грин П.Н., Ардли Дж.К. (сентябрь 2018 г.). «Обзор рода Mmethylobacterium и близкородственных организмов: предложение о реклассификации некоторых видов Mmethylobacterium в новый род Mmethylorubrum gen. nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (9): 2727–2748. дои : 10.1099/ijsem.0.002856 . ПМИД 30024371 .

[LSPN-2] LPSN lpsn.dsmz.de

[3] Като Ю, Асахара М, Арай Д, Гото К, Ёкота А (октябрь 2005 г.). «Реклассификация метилобактерий хлорметаникум и метилобактерий дихлорметаникум как более поздних субъективных синонимов метилобактерии эксторквенс и метилобактерии лузитанум как более позднего субъективного синонима метилобактерии родезианум» . Журнал общей и прикладной микробиологии . 51 (5): 287–299. дои : 10.2323/jgam.51.287 . ПМИД 16314683 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^б Лидстрем М.Е., Чистосердова Л. (апрель 2002 г.). «Растения в розовом: производство цитокининов метилобактериями» . Журнал бактериологии . 184 (7): 1818. doi : 10.1128/JB.184.7.1818.2002 . ПМК 134909 . ПМИД 11889085 .

[5] Белхельфа С., Рош Д., Дюбуа И., Бергер А., Дельмас В.А., Каттолико Л. и др. (2019). «Адаптация непрерывной культуры Mmethylobacterium extorquens AM1 и TK 0001 к очень высоким концентрациям метанола» . Границы микробиологии . 10 : 1313. дои : 10.3389/fmicb.2019.01313 . ПМК 6595629 . ПМИД 31281294 .

[6] Хорошо, Натан М.; Феллнер, Матиас; Демирер, Кемаль; Ху, Цзянь; Хаузингер, Роберт П.; Мартинес-Гомес, Н. Сесилия (25 февраля 2020 г.). «Лантаноид-зависимым алкогольдегидрогеназам необходим существенный остаток аспартата для координации металлов и ферментативной функции» . Журнал биологической химии . 295 (24): 8272–8284. дои : 10.1074/jbc.RA120.013227 . ПМК 7294098 . ПМИД 32366463 .

[7] Накагава Т., Мицуи Р., Тани А., Саса К., Таширо С., Ивама Т. и др. (27 ноября 2012 г.). «Каталитическая роль XoxF1 как La3+-зависимой метанолдегидрогеназы в штамме Mmethylobacterium extorquens AM1» . ПЛОС ОДИН . 7 (11): е50480. Бибкод : 2012PLoSO...750480N . дои : 10.1371/journal.pone.0050480 . ПМК 3507691 . ПМИД 23209751 .

[8] Белхельфа С., Лабади К., Круо С., Ори Дж.М., Рош Д., Бузон М. и др. (февраль 2018 г.). «Полная последовательность генома факультативного метилотрофа Mmethylobacterium extorquens TK 0001, выделенного из почвы в Польше» . Геномные объявления . 6 (8). doi : 10.1128/genomeA.00018-18 . ПМК 5824006 . ПМИД 29472323 .

[ReferenceA-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Дурадо М.Н., Камарго Невес А.А., Сантос Д.С., Араужо В.Л. (2015). «Биотехнологический и агрономический потенциал эндофитных розовопигментированных метилотрофных Mmethylobacterium spp» . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2015 : 909016. doi : 10.1155/2015/909016 . ПМЦ 4377440 . ПМИД 25861650 .

[:2-10] Jump up to: ^а ^б ^с Вийемье С., Чистосердова Л., Ли М.К., Брингель Ф., Лаюс А., Чжоу Ю. и др. (18 мая 2009 г.). «Последовательности генома метилобактерий: эталонный проект для исследования микробного метаболизма соединений C1 из природных и промышленных источников» . ПЛОС ОДИН . 4 (5): е5584. Бибкод : 2009PLoSO...4.5584V . дои : 10.1371/journal.pone.0005584 . ПМЦ 2680597 . ПМИД 19440302 .

[11] «Ген MX1 - GeneCards | Белок MX1 | Антитело MX1» . www.genecards.org . Проверено 2 ноября 2020 г.

[12] Немечек-Маршалл М., Макдональд Р.К., Франзен Дж.Дж., Войцеховски К.Л., Фолл Р. (август 1995 г.). «Эмиссия метанола из листьев (ферментативное обнаружение метанола в газовой фазе и связь потоков метанола с устьичной проводимостью и развитием листьев)» . Физиология растений . 108 (4): 1359–1368. дои : 10.1104/стр.108.4.1359 . ПМЦ 157513 . ПМИД 12228547 .

[13] Сай А., Тиммерс А.С., Книф С., Ворхольт Дж.А. (ноябрь 2005 г.). «Метилотрофный метаболизм выгоден Mmethylobacterium extorquens при колонизации Medicago truncatula в конкурентных условиях» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7245–7252. Бибкод : 2005ApEnM..71.7245S . дои : 10.1128/АЕМ.71.11.7245-7252.2005 . ПМЦ 1287603 . ПМИД 16269765 .

[ReferenceB-14] Jump up to: ^а ^б Сай А., Тиммерс А.С., Книф С., Ворхольт Дж.А. (ноябрь 2005 г.). «Метилотрофный метаболизм выгоден Mmethylobacterium extorquens при колонизации Medicago truncatula в конкурентных условиях» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7245–7252. Бибкод : 2005ApEnM..71.7245S . дои : 10.1128/АЕМ.71.11.7245-7252.2005 . ПМЦ 1287603 . ПМИД 16269765 .

[15] Гурион Б., Франсез-Шарло А., Форхольт Дж.А. (февраль 2008 г.). «PhyR участвует в общей реакции на стресс Mmethylobacterium extorquens AM1» . Журнал бактериологии . 190 (3): 1027–1035. дои : 10.1128/JB.01483-07 . ПМК 2223570 . ПМИД 18024517 .

[:1-16] Jump up to: ^а ^б Зигмунд Б., Лейтнер Э. (январь 2014 г.). «Глава 26. Влияние применения метилобактерий на вкус клубники, исследованное с помощью ГХ-МС и комплексного ГХ×ГХ-кМС». В Феррейра В., Лопес Р. (ред.). Наука вкуса . Сан-Диего: Академическая пресса. стр. 141–145. ISBN 978-0-12-398549-1 .

[17] Насопулу К., Похьянен Дж., Коскимяки Дж.Дж., Забетакис И., Пирттиля А.М. (август 2014 г.). «Локализация генов клубники (Fragaria x ananassa) и Mmethylobacterium extorquens биосинтеза клубничного аромата в ткани клубники путем гибридизации in situ». Журнал физиологии растений . 171 (13): 1099–1105. дои : 10.1016/j.jplph.2014.03.018 . ПМИД 24973582 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]