Удачного картографирования

В генетике связей HAPPY Mapping , впервые предложенный Полом Х. Диром и Питером Р. Куком в 1989 году, представляет собой метод, используемый для изучения между двумя или более последовательностями ДНК . ^{[ 1 ]} По данным группы Single Molecule Genomics , это «картирование, основанное на анализе примерно образцов гаплоидной ДНК с использованием цепной реакции полимеразы» . В геномике картирование HAPPY может применяться для оценки синтении и ориентации различных последовательностей ДНК в конкретном геноме — создания «геномной» карты.

Как и картирование связей , картирование HAPPY основано на дифференциальной вероятности разделения двух или более последовательностей ДНК. При генетическом картировании вероятность события рекомбинации между двумя генетическими локусами на одной хромосоме прямо пропорциональна расстоянию между ними. Картирование HAPPY заменяет рекомбинацию фрагментацией — вместо того, чтобы полагаться на рекомбинацию для разделения генетических локусов, весь геном фрагментируется, например, с помощью радиации или механического разрезания. Если ДНК разрывается случайным образом, то чем больше расстояние между двумя последовательностями ДНК, тем выше вероятность разрыва между ними, и наоборот.

Картирование HAPPY сохраняет преимущества генетического картирования, устраняя при этом некоторые проблемы, связанные с рекомбинацией. Т.е. необходим полиморфизм и селекция. Кроме того, рекомбинация может быть локально-специфичной, тогда как разрушение геномной ДНК радиацией или механическим сдвигом кажется более случайным. Его использовали для генетического картирования нескольких организмов. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Картирование HAPPY также было адаптировано для обеспечения точного анализа изменений числа копий и, в частности, анализа изменений количества копий при раке. ^{[ 4 ]}

Ссылки

^ Дорогой PH, Cook PR (сентябрь 1989 г.). «Счастливое картирование: предложение по картированию генома человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 17 (17): 6795–807. дои : 10.1093/нар/17.17.6795 . ПМК 318413 . ПМИД 2780310 .
^ Пайпер М.Б., Банкир А.Т., Дорогой PH (декабрь 1998 г.). «СЧАСТЛИВАЯ карта Cryptosporidium parvum» . Геном Рез . 8 (12): 1299–307. дои : 10.1101/гр.8.12.1299 . ПМК 310802 . ПМИД 9872984 .
^ Гамильтон Э.П., Дорогой П.Х., Роуленд Т., Сакс К., Эйзен Дж.А., Ориас Э. (октябрь 2006 г.). «Использование картирования HAPPY для сборки высшего порядка генома Tetrahymena» . Геномика . 88 (4): 443–51. дои : 10.1016/j.ygeno.2006.05.002 . ПМК 3169840 . ПМИД 16782302 .
^ МакКоган Ф., Дарай-Рамквист Э., Банкир А.Т., Конфортов Б.А., Фостер Н., Джордж П.Дж., Рэббитс Т.Х., Кост-Алимова М., Рэббиттс П.Х., Дорогой П.Х. (ноябрь 2008 г.). «Микродиссекционный молекулярный подсчет числа копий (microMCC) – открытие архивов рака с помощью цифровой ПЦР» . Дж. Патол . 216 (3): 307–16. дои : 10.1002/путь.2413 . ПМИД 18773450 .

[pmid2780310-1] Дорогой PH, Cook PR (сентябрь 1989 г.). «Счастливое картирование: предложение по картированию генома человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 17 (17): 6795–807. дои : 10.1093/нар/17.17.6795 . ПМК 318413 . ПМИД 2780310 .

[pmid9872984-2] Пайпер М.Б., Банкир А.Т., Дорогой PH (декабрь 1998 г.). «СЧАСТЛИВАЯ карта Cryptosporidium parvum» . Геном Рез . 8 (12): 1299–307. дои : 10.1101/гр.8.12.1299 . ПМК 310802 . ПМИД 9872984 .

[pmid16782302-3] Гамильтон Э.П., Дорогой П.Х., Роуленд Т., Сакс К., Эйзен Дж.А., Ориас Э. (октябрь 2006 г.). «Использование картирования HAPPY для сборки высшего порядка генома Tetrahymena» . Геномика . 88 (4): 443–51. дои : 10.1016/j.ygeno.2006.05.002 . ПМК 3169840 . ПМИД 16782302 .

[pmid18773450-4] МакКоган Ф., Дарай-Рамквист Э., Банкир А.Т., Конфортов Б.А., Фостер Н., Джордж П.Дж., Рэббитс Т.Х., Кост-Алимова М., Рэббиттс П.Х., Дорогой П.Х. (ноябрь 2008 г.). «Микродиссекционный молекулярный подсчет числа копий (microMCC) – открытие архивов рака с помощью цифровой ПЦР» . Дж. Патол . 216 (3): 307–16. дои : 10.1002/путь.2413 . ПМИД 18773450 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]