Ценорхабдитис
| Ценорхабдитис | |
|---|---|
| |
| Ценорабдитис элегантный | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Эукариоты |
| Королевство: | животное |
| Тип: | Нематоды |
| Сорт: | Хромадория |
| Заказ: | Рабдитида |
| Семья: | Рабдитиды |
| Род: | Ценорхабдитис Оше , 1952 год. [ 1 ] |
| Синонимы | |
|
Рабдитис (Caenorhabditis) Оше, 1952 г. | |
Caenorhabditis — это род нематод , которые живут в богатых бактериями средах, таких как компостные кучи, разлагающиеся трупы животных и гниющие фрукты. Название происходит от греческого: caeno- ( καινός ( caenos ) = новый, недавний); рабдитис = палочковидный ( ῥάβδος ( рабдос ) = палочка, палочка).
Род Caenorhabditis включает известный модельный организм Caenorhabditis elegans которых и несколько других видов, последовательность генома либо доступна, либо в настоящее время определяется. Два наиболее изученных вида этого рода ( C. elegans и C. briggsae ) являются андродиоидными (у них есть мужской и гермафродитный пол), тогда как большинство других видов являются гонохорическими (у них есть мужской и женский пол). [ 2 ]
C. elegans является типовым видом рода. [ 3 ] В 1900 году Мопас первоначально назвал вид Rhabditis elegans , Оше поместил его в подрод Caenorhabditis в 1952 году, а в 1955 году Догерти возвел Caenorhabditis в статус рода . [ 4 ]
Экология
[ редактировать ]Caenorhabditis занимают различные среды, богатые питательными веществами и бактериями. Они не образуют самоподдерживающихся популяций в почве, так как в ней недостаточно органического вещества. Молодые черви, а также личинки дауэра могут переноситься беспозвоночными, в том числе многоножками , насекомыми , изоподами и брюхоногими моллюсками . Некоторые виды, по-видимому, также связаны с позвоночными, включая крупный рогатый скот зебу , хотя природа этой ассоциации не ясна. Виды можно классифицировать как « форетические » или «некроменические» в зависимости от их взаимоотношений с беспозвоночными-хозяевами. Форетический червь ездит на хозяине, пока не найдет благоприятную среду, а затем уходит. Червь-некромен ждет, пока хозяин умрет, и живет за счет бактерий, которые размножаются в мертвом животном. Многие виды способны вести как форетический, так и некроменический образ жизни. [ 5 ]
Разновидность
[ редактировать ]| Кладограмма Caenorhabditis видов | |||||||||||||||
| |||||||||||||||
| Виды Caenorhabditis: C. nigoni является родственным видом C. briggsae, тогда как C. elegans остается одиноким, базальным в группе «Elegans». |
В этом роде около 50 известных видов, некоторые из них еще официально не описаны и не названы. [ 6 ] несмотря на то, что в одной статье 2014 г. названо 15 видов. [ 7 ] На основе сравнения последовательностей ITS2 их можно сгруппировать следующим образом: [ 7 ]
- Супергруппа «Элеганс»
- Caenorhabditis inopinata - до 2017 г. назывался C. sp. 34 . Из инжира и инжирных ос выделен гонохорный (самец-женский) вид. Его геном секвенируют в Университете Миядзаки. [ 8 ]
- Caenorhabditis sp. 35
- группа «Элеганс»
- Caenorhabditis elegans - геном секвенирован в 1998 году Вашингтонским университетом в Сент-Луисе и Институтом Wellcome Trust Sanger с шестикратным охватом. [ 9 ] В настоящее время это наиболее изученный вид рода и, вероятно, всего типа. C. elegans в основном представляют собой XX протандрические гермафродиты, которые оплодотворяются с использованием собственной спермы или спермы случайных самцов XO. [ 10 ]
- Caenorhabditis briggsae - секвенирование генома завершено в 2003 году в Вашингтонском университете в Сент-Луисе. [ 11 ] C. briggsae - второй наиболее изученный вид этого рода. Хотя C. briggsae также в основном являются XX протандрическими гермафродитами, они не являются ближайшими родственниками C. elegans , и гермафродитная репродуктивная стратегия этих видов, а также C. тропических , является примером конвергентной эволюции . Эволюционная дистанция между C. briggsae и C. elegans аналогична дистанции между людьми и мышами. C. nigoni — ближайший родственник C. briggsae , и эти два вида иногда могут давать несколько плодовитые гибриды. [ 12 ]
- Caenorhabditis remanei - геном, секвенированный WashU GSC. [ 13 ] более тесно связан с C. briggsae , чем с C. elegans , C. remanei и представляет собой гонохористический (облигатный самец-женщина) вид из группы Elegans . В прошлом существовала некоторая путаница относительно размещения штаммов между C. remanei , C. vulgaris (теперь рассматриваемым как подвид C. remanei ) и C. brenneri». [ 14 ]
- Caenorhabditis brenneri - (до 2007 г. назывался C. sp 4 , C. sp CB5161 и C. sp PB2801 ) - геном, секвенированный WashU GSC. [ 15 ] Этот гонохористический вид встречается в группе Elegans , ближе к C. briggsae, чем к C. elegans . [ 16 ]
- Caenorhabditis nigoni - до 2014 г. назывался C. sp. 9 [ 7 ]
- Caenorhabditis догертии - до 2014 г. назывался C. sp. 10 [ 7 ]
- Caenorhabditis тропический - до 2014 г. назывался C. sp. 11 [ 7 ] Подобно C. elegans и C. briggsae , популяции C.tropicis состоят из XX протандрических гермафродитов и X0 самцов. Эти три вида не являются ближайшими родственниками друг друга.
- Caenorhabditis wallacei - до 2014 г. назывался C. sp. 16 [ 7 ]
- Caenorhabditis latens - до 2014 г. назывался C. sp. 23 [ 7 ]
- Caenorhabditis sinica - до 2014 г. назывался C. sp. 5
- группа «Японика»
- Caenorhabditis japonica - геном секвенируется WashU GSC. [ 17 ] Этот гонохористический вид встречается в группе Japonica , сестринской кладе группы Elegans . В дикой природе этот вид встречается в непаразитарной связи с норными клопами Parastrachia japonensis и может вступать в стадию дауера независимо от питания и условий скученности. [ 18 ] [ 19 ]
- Caenorhabditis afra - (также называемый C. sp. 7 , C. sp. JU1199 и C. sp. JU1286 ). Этот гонохоричный (мужско-женский) вид был выделен Матиасом Херрманном в Бегоро, Гана, Африка, в 2007 году. [ 20 ] [ 7 ] Его геном секвенируют в Вашингтонском университете. [ 21 ]
- Caenorhabditis Imperialis - до 2014 г. назывался C. sp. 14 [ 7 ]
- Caenorhabditis kamaaina - до 2014 г. назывался C. sp. 15 [ 7 ]
- Caenorhabditis nouraguensis - до 2014 г. назывался C. sp. 17 [ 7 ]
- Caenorhabditis macrosperma - до 2014 г. назывался C. sp. 18 [ 7 ]
- Caenorhabditis yunquensis - до 2014 г. назывался C. sp. 19 [ 7 ]
- Супергруппа «Drosophilae»: группа видов, обычно встречающихся на гнилых фруктах и переносимых -дрозофилами мухами .
- Caenorhabditis angaria - (до 2011 г. назывался C. sp. 2 , C. sp. 3 и C. sp. PS1010 ) [ 22 ] - геном секвенирован в Калифорнийском технологическом институте в 2010 году. [ 23 ] Этот гонохористический вид, обнаруженный в Angaria группе супергруппы Drosophilae , имеет отличную морфологию и поведение по сравнению с C. elegans . Примечательно, что самцы C. angaria демонстрируют спиральное спаривающееся поведение. Его отличие от C. elegans похоже на расстояние между человеком и рыбой. C. castelli — его ближайший родственник, и эти два вида могут давать гибриды F1. [ 24 ]
- Caenorhabditis castelli - до 2014 г. назывался C. sp. 12 [ 7 ]
- Ценорхабдитис дрозофила
- Caenorhabditis guadeloupensis - до 2014 г. назывался C. sp. 20 [ 7 ]
- Caenorhabditis portoensis - до 2014 г. назывался C. sp. 6 [ 7 ]
- Caenorhabditis virilis - до 2014 г. назывался C. sp. 13 [ 7 ]
- Caenorhabditis sp. 8
- базальный
- Caenorhabditis monodelphis - до 2017 года назывался Caenorhabditis sp. 1
- Геном Caenorhabditis plicata секвенируется в Эдинбургском университете .
Другие филогенетические исследования
[ редактировать ]Группа видов Caenorhabditis с группой Protorhabditis, содержащей виды родов Protorhabditis , Diploscapter и Prodontorhabditis , с одной стороны, и с видами Oscheius , с другой стороны, образуют группу Eurhabditis родов Rhabditidae . [ 25 ]
Члены Caenorhabditis имеют исключительно общие 39 консервативных сигнатурных инделей , которые обнаруживаются в консервативных областях различных белков, таких как белок Rab44 и белок полиАДФ-рибозогликогидролазы (PARG-1), и специфически расположены на открытых петлях на поверхности. [ 26 ] Эти молекулярные маркеры помогают отличить этот род от всех других видов, а их присутствие на петлях, открытых на поверхности, предполагает участие во взаимодействиях белок-белок или белок-лиганд. [ 26 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Оше, Г., 1952.— «Систематика и филогения рода Rhabditis (Nematoda)». Зоол. Иб. (Отдел 1), 81, 190–280.
- ^ Хааг, Эрик С. (2005). «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии» . WormBook: Интернет-обзор биологии C. Elegans . Червячная книга : 1–14. дои : 10.1895/wormbook.1.120.1 . ПМЦ 4781019 . ПМИД 18050417 .
- ^ Ценорхабдиты на nematode.unl.edu
- ^ Эллсворт К. Догерти (1955) Роды и виды подсемейства Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): номенклатурный анализ, включая дополнение о составе семейства Rhabditidae Orley, 1880. Журнал гельминтологии 29 (3): 105 -152 дои : 10.1017/S0022149X00024317
- ^ Кионтке, К; Судхаус, В. (январь 2006 г.). «Экология видов Caenorhabditis» . Червячная книга : 1–14. дои : 10.1895/wormbook.1.37.1 . ПМК 4780885 . ПМИД 18050464 .
- ^ Кионтки, Карин; и др. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды Caenorhabditis с многочисленными новыми видами из гниющих фруктов» . Эволюционная биология BMC . 11 : 339. дои : 10.1186/1471-2148-11-339 . ПМЦ 3277298 . ПМИД 22103856 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д Феликс, Мари-Анн; Брэндл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (11 апреля 2014 г.). «Упрощенная система видовой диагностики Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с названиями для 15 различных биологических видов» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94723. Бибкод : 2014PLoSO...994723F . дои : 10.1371/journal.pone.0094723 . ПМЦ 3984244 . ПМИД 24727800 .
- ^ «НЦБИ» . Проверено 23 июня 2017 г.
- ^ Консорциум секвенирования C. elegans (1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для изучения биологии» . Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . ПМИД 9851916 .
- ^ «Червячная база» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ Штейн, Л.Д.; и др. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae : платформа для сравнительной геномики» . ПЛОС Биология . 1 (2): 166–192. doi : 10.1371/journal.pbio.0000045 . ПМК 261899 . ПМИД 14624247 .
- ^ «Червячная база» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ «GSC: Caenorhabditis remanei» . Архивировано из оригинала 13 марта 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
- ^ «Червячная база» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ «GSC: Caenorhabditis n. sp. PB2801» . Архивировано из оригинала 18 августа 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
- ^ «Червячная база» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ «GSC: Caenorhabditis japonica» . Архивировано из оригинала 28 февраля 2008 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
- ^ «ВормБейс» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ «Институт Генома» . Архивировано из оригинала 9 октября 2015 года . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ «Червячная база» . Проверено 7 сентября 2015 г.
- ^ «Червячная база» . Проверено 7 сентября 2015 г.
- ^ Судхаус, Уолтер; Кионтке, Карин; Гиблин-Дэвис, Робин М. (2011). «Описание Caenorhabditis angaria n. sp. (Nematoda: Rhabditidae), сородича сахарного тростника и пальмовых долгоносиков (Coleoptera: Curculionidae)». Нематология . 13 (1): 61–78. дои : 10.1163/138855410X500334 .
- ^ Мортазави, А.; Шварц, Э.М.; Уильямс, Б.; Шеффер, Л.; Антошечкин И.; Уолд, Би Джей; Штернберг, PW (2010). «Создание генома нематоды Caenorhabditis с помощью секвенирования РНК» . Геномные исследования . 20 (12): 1740–1747. дои : 10.1101/гр.111021.110 . ПМК 2990000 . ПМИД 20980554 .
- ^ «Червячная база» . Проверено 4 сентября 2015 г.
- ^ Филогенетические взаимоотношения Caenorhabditis и других рабдитид. Карин Кионтке и Дэвид Х.А. Фитч, Wormbook, 2005 г., два : 10.1895/wormbook.1.11.1
- ^ Jump up to: а б Хадка, Биджендра; Чаттерджи, Тонука; Гупта, Бхагвати П.; Гупта, Рэдхи С. (24 сентября 2019 г.). «Геномный анализ выявляет новые молекулярные признаки, специфичные для Caenorhabditis и других таксонов нематод, обеспечивая новые средства для генетических и биохимических исследований» . Гены . 10 (10): 739. doi : 10.3390/genes10100739 . ISSN 2073-4425 . ПМК 6826867 . ПМИД 31554175 .