ST мотив
Мотив ST является часто встречающейся особенностью белков и полипептидов . Он состоит из четырех или пяти аминокислотных остатков с серином или треонином в качестве первого остатка (остаток i ). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Он определяется двумя внутренними водородными связями . Один находится между кислородом боковой цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 2 или i + 3; другой находится между кислородом основной цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 3 или i + 4. Для поиска и изучения мотивов ST в белках доступны два веб-сайта: «Мотивированные белки»: [ 4 ] [ 5 ] и ПДбеМотиф. [ 6 ] [ 7 ]
Когда одна из водородных связей находится между кислородом основной цепи остатка i и NH боковой цепи остатка i + 3, мотив включает бета-поворот . Когда одна из водородных связей находится между кислородом боковой цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 2, мотив включает поворот ST .
Как и в случае с поворотами ST , значительная часть мотивов ST встречается на N-конце альфа -спирали с серином или треонином в качестве остатка N-кэпа . Поэтому их часто называют элементами, закрывающими спираль. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
Родственным мотивом является мотив asx , который имеет аспартат или аспарагин в качестве первого остатка.
Два хорошо консервативных треонина на α-спиральных N-концах встречаются как ST-мотивы и образуют часть характерных сайтов связывания нуклеотидов ДНК- и РНК- хеликаз типа SF1 и SF2 . [ 12 ]
Было высказано предположение, что последовательности SPXX или STXX часто обнаруживаются в сайтах связывания ДНК, а также что они распознаются в качестве субстратов некоторыми протеинкиназами . Структурные исследования полипептидов показывают, что такие тетрапептиды могут принимать структуру водородных связей мотива ST. [ 13 ] [ 14 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ван, Вайоминг; Милнер-Уайт, Э.Дж. (1999). «Повторяющийся мотив из двух водородных связей, включающий остаток серина или треонина, обнаруживается как на альфа-спиральных N-концах, так и в других ситуациях». Журнал молекулярной биологии . 286 (5): 1650–1666. дои : 10.1006/jmbi.1999.2551 . ПМИД 10064721 .
- ^ Аткинсон, А; Гратон Дж (2014). «Понимание высококонсервативной сети водородных связей в месте связывания агониста никотиновых рецепторов ацетилхолина». Белки . 82 (10): 2303–2317. дои : 10.1002/прот.24589 . ПМИД 24752960 .
- ^ Цюань, А; Робинсон П.Дж. (2013). «Синдапин - ремоделирующий мембрану и эндоцитотический белок F-BAR». Журнал ФЭБС . 280 (21): 5198–5212. дои : 10.1111/февраль 12343 . ПМИД 23668323 .
- ^ «Маленькие трехмерные белковые мотивы» .
- ^ Руководитель, ДП; Милнер-Уайт, Э.Дж. (2009). «Мотивированные белки: веб-приложение для изучения небольших трехмерных белковых мотивов» . БМК Биоинформатика . 10 (1): 60. дои : 10.1186/1471-2105-10-60 . ПМЦ 2651126 . ПМИД 19210785 .
- ^ «ПДБеМотиф» .
- ^ Головин А; Хенрик К. (2008). «MSDmotif: изучение белковых сайтов и мотивов» . БМК Биоинформатика . 9 (1): 312. дои : 10.1186/1471-2105-9-312 . ПМК 2491636 . ПМИД 18637174 .
- ^ Преста, LG; Роуз Г.Д. (1988). «Хеликс Шапки». Наука . 240 (4859): 1632–1641. дои : 10.1126/science.2837824 . ПМИД 2837824 .
- ^ Дойг, Эй Джей; Макартур М.В. (1997). «Структуры N-концев спиралей белков» . Белковая наука . 6 (1): 147–155. дои : 10.1002/pro.5560060117 . ПМК 2143508 . ПМИД 9007987 .
- ^ Аврора, Р; Роуз Г.Д. (1998). «Кэппинг Хеликс» . Белковая наука . 7 (1): 21–38. дои : 10.1002/pro.5560070103 . ПМК 2143812 . ПМИД 9514257 .
- ^ Гунасекаран, К; Нагараджам Х.А. (1998). «Стереохимические знаки препинания в структуре белка». Журнал молекулярной биологии . 275 (5): 917–932. дои : 10.1006/jmbi.1997.1505 . ПМИД 9480777 . S2CID 35919397 .
- ^ Милнер-Уайт, Э.Дж.; Пьетрас З; Луизи Б.Ф. (2010). «Древний анион-связывающий структурный модуль в хеликазах РНК и ДНК» . Белки . 78 (8): 1900–1908. дои : 10.1002/прот.22704 . ПМЦ 7610952 . ПМИД 20310069 .
- ^ Сузуки, М (1989). «SPXX, частый мотив последовательности в белках, регулирующих гены». Журнал молекулярной биологии . 207 (1): 61–84. дои : 10.1016/0022-2836(89)90441-5 . ПМИД 2500531 .
- ^ Песня, Б; Бомар М.Г.; Киблер П; Кодукула К; Галанде АК (2012). «Поворот серина и пролина: новый шаблон с водородными связями для разработки пептидомиметиков». Органические письма . 14 (3): 732–735. дои : 10.1021/ol203272k . ПМИД 22257322 .