ASX Motif
Мотив ASX является обычно встречающейся особенностью в белках и полипептидах . [ 1 ] [ 2 ] Он состоит из четырех или пяти аминокислотных остатков с аспартатом или аспарагином в качестве первого остатка (остаток I). Это определяется двумя внутренними водородными связями . Один находится между кислородом боковой цепи остатка I и основной цепью NH остатка I+2 или I+3; Другой находится между основной цепной кислородом остатка I и основной цепью NH остатка I+3 или I+4. Мотивы ASX обычно встречаются в белках и полипептидах.
Когда одна из водородных связей находится между кислородом основной цепи остатка I и боковой цепью NH остатка I+3, мотив включает бета -поворот . Когда одна из водородных связей находится между кислородом боковой цепи остатка I и основной цепью NH остатка I+2, мотив включает в себя поворот ASX .
Как и в случае поворота ASX , значительная часть мотивов ASX происходит на N-конце альфа -спирали с ASX в качестве остатка N CAP . Таким образом, мотивы ASX часто описываются как функции сжатия Helix. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]
Связанный мотив - это мотив ST , который имеет серин или треонин в качестве первого остатка.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Wan, wy; Милнер-Уайт Э.Дж. (1999). «Естественная группировка мотивов с аспартатом или аспарагином, образующим две водородные связи с аминокислотами впереди в последовательности». Журнал молекулярной биологии . 286 (5): 1633–1649. doi : 10.1006/jmbi.1999.2552 . PMID 10064720 .
- ^ Ли, J; Dubey VK (2008). «Логическая или избыточность в рамках типа ASX-P-ASX-GLY, я бета-мотив поворота». Журнал молекулярной биологии . 377 (4): 1251–1264. doi : 10.1016/j.jmb.2008.01.055 . PMID 18308335 .
- ^ Presta, LG; Роуз Г.Д. (1988). "Helix Caps". Наука . 240 (4859): 1632–1641. doi : 10.1126/science.2837824 . PMID 2837824 .
- ^ Дойг, AJ; Макартур М.В. (1997). «Структуры N-концевых спиралей в белках» . Белковая наука . 6 (1): 147–155. doi : 10.1002/pro.5560060117 . PMC 2143508 . PMID 9007987 .
- ^ Аврора, R; Роуз Г.Д. (1998). "Helix Capping" . Белковая наука . 7 (1): 21–38. doi : 10.1002/pro.5560070103 . PMC 2143812 . PMID 9514257 .
- ^ Gunasekaran, K; Нагараджам Х.А. (1998). «Стереохимические знаки препинания в структуре белка» (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 275 (5): 917–932. doi : 10.1006/jmbi.1997.1505 . PMID 9480777 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ^ Лидер, DP; Милнер-Уайт Э.Дж. (2009). «Мотивированные белки: веб-приложение для изучения небольших общих трехмерных белковых мотивов» . BMC Bioinformatics . 10 (1): 60. doi : 10.1186/1471-2105-10-60 . PMC 2651126 . PMID 19210785 .
- ^ Головин, а; Хенрик К (2008). «MSDMotif: изучение белковых сайтов и мотивов» . BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. DOI : 10.1186/1471-2105-9-312 . PMC 2491636 . PMID 18637174 .