Список генетических кодов

Хотя существует много общего, разные части древа жизни используют несколько разные генетические коды . ^[1] При трансляции генома в белок крайне важно использовать правильный генетический код. Митохондриальные коды являются относительно хорошо известными примерами вариаций. Приведенный ниже список таблиц перевода соответствует нумерации и обозначениям NCBI. ^[2] Четыре новых альтернативных генетических кода были обнаружены в бактериальных геномах Шульгиной и Эдди с использованием их программного обеспечения для назначения кодонов Codetta, в некоторых случаях дополнительно подтвержденного анализом содержания тРНК. ^[3]; эти коды в настоящее время не приняты в NCBI, но имеют здесь номера 34–37 и указаны в таблице ниже.

Стандартный код
позвоночных Митохондриальный код
дрожжей Митохондриальный код
Митохондриальный код плесени , простейших и кишечнополостных, а также код микоплазмы/спироплазмы.
Митохондриальный код беспозвоночных
Ядерный код инфузорий , дазикладовых и гексамитов
Удаленный код кинетопласта ; ср . таблица 4.
удалено, см . таблица 1.
Митохондриальный код иглокожих и плоских червей
Эуплотидный ядерный код
Бактериальный , архейный и растительный пластидный код
Альтернативный ядерный код дрожжей
Асцидианный митохондриальный код
Альтернативный митохондриальный код плоских червей
Блефаризмы Ядерный код ^[4]
хлорофицеев Митохондриальный код
(никто)
(никто)
(никто)
(никто)
трематоды Митохондриальный код
Scenedesmus Косой митохондриальный код
Thraustochytrium Митохондриальный код
птеробранхии Митохондриальный код
Кандидатный раздел SR1 и код gracilibacteria
Pachysolen tannophilus Ядерный код
Кариореликтный ядерный код
кондилостомы Ядерный код
мезодиния код Ядерный
Перитриховый ядерный код
бластокритидий код Ядерный
Код пластиды Balanophoraceae (не показан в Интернете) ^[4]^[5]
Cephalodiscidae Митохондриальный код
Код UBA4682 ^[3]
Код пептацетобактерия ^[3]
Код анаэрококка ^[3]
Код Absconditabacterales ^[3]

Альтернативные таблицы трансляции (от 2 до 37) включают переназначения кодонов , которые повторяются в таблицах кодонов ДНК и РНК .

Сводная таблица

Сравнение альтернативных таблиц трансляции всех кодонов (с использованием кодов аминокислот IUPAC ):

аминокислот Биохимические свойства	Неполярный	Полярный	Базовый	Кислый		Терминация: стоп-кодон *


Кодон	Идентификатор таблицы перевода (см. выше)
Кодон	1	2	3	4	5	6	9	10	11	12	13	14	15	16	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37
ТТТ	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф
ТТС	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф	Ф
ТТА	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	*	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
ТТГ	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
ТСТ	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТСС	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТСА	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	*	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТКГ	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТАТ	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И
ТАС	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И
СЕГОДНЯ	*	*	*	*	*	вопрос	*	*	*	*	*	И	*	*	*	*	*	*	*	*	вопрос	вопрос	И	И	И	*	И	*	*	*	*
ЯРЛЫК	*	*	*	*	*	вопрос	*	*	*	*	*	*	вопрос	л	*	л	*	*	*	*	вопрос	вопрос	И	И	И	В	*	*	*	*	*
ТГТ	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТГК	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
ТГА	*	В	В	В	В	*	В	С	*	*	В	В	*	*	В	*	*	В	Г	*	В	В	*	*	В	*	В	*	*	*	Г
ТГГ	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В	В
СТТ	л	л	Т	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
СТС	л	л	Т	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
призыв к действию	л	л	Т	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
КТГ	л	л	Т	л	л	л	л	л	л	С	л	л	л	л	л	л	л	л	л	А	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л	л
ЦКТ	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П
CCC	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П
Приблизительно	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П
CCG	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П	П
КОТ	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС
САС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС	ЧАС
САА	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос
ЦАГ	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос	вопрос
ВКТ	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р
КГК	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р
CGA	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	В
КГГ	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	вопрос	В	В
К	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я
УВД	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я
МИНУТЫ	я	М	М	я	М	я	я	я	я	я	М	я	я	я	М	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я	я
АТГ	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М	М
ДЕЙСТВОВАТЬ	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т
АСС	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т
АСА	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т
АКГ	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т	Т
ААТ	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н
ААС	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н	Н
ААА	К	К	К	К	К	К	Н	К	К	К	К	Н	К	К	Н	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К
ААГ	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К	К
ВОСЕМЬ	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
АРУ	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С	С
НО	Р	*	Р	Р	С	Р	С	Р	Р	Р	Г	С	Р	Р	С	Р	Р	С	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	С	Р	Р	Р	Р
АГГ	Р	*	Р	Р	С	Р	С	Р	Р	Р	Г	С	Р	Р	С	Р	Р	К	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	Р	К	М	Р	Р	Р
ГТТ	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V
ГТК	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V
ГТА	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V
ГТГ	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V	V
GCT	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А
GCC	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А
ГКА	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А
ГКГ	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А	А
ДЫРА	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д
ПКК	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д	Д
ИДТИ	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И
кляп	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И	И
ГГТ	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г
ГГК	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г
ГГА	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г
ГГГ	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г	Г

Примечания

Три таблицы перевода имеют своеобразный статус:

Таблица 7 теперь объединена с таблицей перевода 4.
Таблица 8 объединена с таблицей 1; все различия в хлоропластах растений обусловлены редактированием РНК.
Таблица 32 не отображается на веб-странице, но присутствует в выпуске gc.prt формата ASN.1 . ^[4]

Другие механизмы также играют роль в биосинтезе белка , например, посттранскрипционная модификация .

Ссылки

^ Ватанабэ, Кимицуна; Судзуки, Цутому (2001). «Генетический код и его варианты». Энциклопедия наук о жизни . дои : 10.1038/npg.els.0000810 . ISBN 047001590X .
^ Эльжановский, Анджей; Джим Остелл (7 июля 2010 г.). «Генетические коды» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 6 мая 2013 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Шульгина, Екатерина; Эдди, Шон Р. (9 ноября 2021 г.). «Вычислительный экран для альтернативных генетических кодов в более чем 250 000 геномах» . электронная жизнь . 10 . дои : 10.7554/eLife.71402 . ПМЦ 8629427 . ПМИД 34751130 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с «Таблица генетического кода NCBI в формате ASN-1, с журналом изменений: gc.prt» .
^ Су, Хуэй-Цзюнь; Баркман, Тодд Дж.; Хао, Вэйлун; Джонс, Сэмюэл С.; Науманн, Юлия; Скиппингтон, Элизабет; Вафула, Эрик К.; Ху, Джер-Минг; Палмер, Джеффри Д.; ДеПамфилис, Клод В. (15 января 2019 г.). «Новый генетический код и рекордное богатство AT в сильно редуцированном пластидном геноме голопаразитного растения Balanophora» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 116 (3): 934–943. Бибкод : 2019PNAS..116..934S . дои : 10.1073/pnas.1816822116 . ПМК 6338844 . ПМИД 30598433 .

См. также

Генетические коды: список альтернативных кодонов

Внешние ссылки

Список альтернативных кодов NCBI

Дальнейшее чтение

Стефани Габриэле Саммет; Уго Бастолла и Маркус Порто (14 июня 2010 г.). «Сравнение трансляционных нагрузок стандартных и альтернативных генетических кодов» . БМК Эвол Биол . 10 (178): 178. Бибкод : 2010BMCEE..10..178S . дои : 10.1186/1471-2148-10-178 . ПМК 2909233 . ПМИД 20546599 .
Лилиана Торкорома Гарсия; Ней Рибейро Лейте; Хуан Д. Альфонсо; Отавио Энрике Тиманн (31 июля 2007 г.). «Эффекты подавления триптофанил-тРНК-синтетазы Trypanosoma brucei посредством РНК-интерференции» . Память Освальдо Круз . 102 (6). Рио-де-Жанейро.

[WatanabeSuzuki2001-1] Ватанабэ, Кимицуна; Судзуки, Цутому (2001). «Генетический код и его варианты». Энциклопедия наук о жизни . дои : 10.1038/npg.els.0000810 . ISBN 047001590X .

[2] Эльжановский, Анджей; Джим Остелл (7 июля 2010 г.). «Генетические коды» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 6 мая 2013 г.

[Shulgina-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Шульгина, Екатерина; Эдди, Шон Р. (9 ноября 2021 г.). «Вычислительный экран для альтернативных генетических кодов в более чем 250 000 геномах» . электронная жизнь . 10 . дои : 10.7554/eLife.71402 . ПМЦ 8629427 . ПМИД 34751130 .

[gcprt-4] Перейти обратно: ^а ^б ^с «Таблица генетического кода NCBI в формате ASN-1, с журналом изменений: gc.prt» .

[5] Су, Хуэй-Цзюнь; Баркман, Тодд Дж.; Хао, Вэйлун; Джонс, Сэмюэл С.; Науманн, Юлия; Скиппингтон, Элизабет; Вафула, Эрик К.; Ху, Джер-Минг; Палмер, Джеффри Д.; ДеПамфилис, Клод В. (15 января 2019 г.). «Новый генетический код и рекордное богатство AT в сильно редуцированном пластидном геноме голопаразитного растения Balanophora» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 116 (3): 934–943. Бибкод : 2019PNAS..116..934S . дои : 10.1073/pnas.1816822116 . ПМК 6338844 . ПМИД 30598433 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]