Бактериальный, архейный и растительный пластидный код
Бактериальный , архейный и растительный пластидный код (таблица перевода 11 ) — это код ДНК, используемый бактериями , архей , прокариотическими вирусами и белками хлоропластов . По существу он аналогичен стандартному коду , однако существуют некоторые вариации альтернативных стартовых кодонов .
Код
[ редактировать ]| аминокислот Биохимические свойства | Неполярный | Полярный | Базовый | Кислый | Терминация: стоп-кодон |
| 1-й база |
2-я база | 3-й база | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| В | С | А | Г | ||||||
| В | Ууу | (Phe/F) Фенилаланин | КОНЧИК | (Сер/С) Серин | УХ ТЫ | (Тир/Y) Тирозин | САМЫЙ | (Цис/Ц) Цистеин | В |
| УУК | УКК | ОАК | Пользовательский контент | С | |||||
| УАА | (Лей/л) Лейцин | УЦА | УАА | Стоп ( Охра ) [Б] | УГА | Стоп ( Опал ) [Б] | А | ||
| УУГ [А] | УКГ | УАГ | Стоп ( Янтарный ) [Б] | Угги | (Trp/W) Триптофан | Г | |||
| С | КУУ | CCU | (Про/П) Пролин | КАУ | (His/H) Гистидин | ЕГДС | (Arg/R) Аргинин | В | |
| CUC | CCC | САС | КГК | С | |||||
| ВОЗДУХ | Приблизительно | САА | (Gln/Q) Глутамин | CGA | А | ||||
| КУГ | CCG | ЦАГ | КГГ | Г | |||||
| А | Австралия | (Ile/I) Изолейцин | АКУ | (Thr/T) Треонин | ААУ | (Asn/N) Аспарагин | АГУ | (Сер/С) Серин | В |
| АУК | АСС | ААС | АРУ | С | |||||
| НЕ | АСА | ААА | (Свет/К) Лизин | НО | (Arg/R) Аргинин | А | |||
| АВГ [А] | (Met/M) Метионин | АКГ | ААГ | АГГ | Г | ||||
| Г | ГУУ | (Val/V) Valine | ГКУ | (Ала/А) Оранжевый | НОЧЬ | (Asp/D) Аспарагиновая кислота | ГГУ | (Gly/G) Глицин | В |
| GUC | GCC | ПКК | ГГК | С | |||||
| ПЕЩЕРА | ГКА | ИДТИ | (Glu/E) Глутаминовая кислота | ГГА | А | ||||
| ГУГ [А] | ГКГ | кляп | ГГГ | Г | |||||
- А Возможные стартовые кодоны в таблице 1 NCBI. Наиболее распространен AUG. [ 2 ] Два других стартовых кодона, перечисленных в таблице 1 (GUG и UUG), у эукариот встречаются редко. [ 3 ] У прокариот менее строгие требования к стартовым кодонам; они описаны в таблице 11 NCBI .
- Б ^ ^ ^ Историческая основа обозначения стоп-кодонов янтарем, охрой и опалом описана в автобиографии Сиднея Бреннера. [ 4 ] и в исторической статье Боба Эдгара. [ 5 ]
Как и в стандартном коде, инициация наиболее эффективна на АУГ. Кроме того, старты GUG и UUG зарегистрированы у архей и бактерий. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] По оценкам, в Escherichia coli UUG служит инициатором примерно 3% белков бактерии. [ 13 ] Известно, что CUG действует как инициатор одного кодируемого плазмидой белка (RepA) в E. coli . [ 14 ] В дополнение к инициации NUG, в редких случаях бактерии могут инициировать трансляцию с кодона AUU , как, например, в случае поли(А)-полимеразы PcnB и гена InfC , который кодирует фактор инициации трансляции IF3 . [ 15 ] [ 16 ] [ 10 ] [ 17 ] Внутренние назначения такие же, как и в стандартном коде, однако UGA кодирует триптофан с низкой эффективностью у Bacillus subtilis и, предположительно, у Escherichia coli . [ 18 ]
Необработанный формат NCBI следующий: UUG, CUG, AUU, AUC, AUA, AUG и GUG отмечены как возможные инициаторы: [ 19 ]
AAs = FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG Starts = ---M------**--*----M------------MMMM---------------M------------ Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG
Инициация AUC и AUA не рассматривается в тексте описания NCBI, но известно, что оба они происходят в E. coli . [ 20 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе . [ 19 ]
- ^ Эльжановский А., Остелл Дж. (7 января 2019 г.). «Генетические коды» . Национальный центр биотехнологической информации. Архивировано из оригинала 5 октября 2020 года . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Накамото Т. (март 2009 г.). «Эволюция и универсальность механизма инициации синтеза белка». Джин . 432 (1–2): 1–6. дои : 10.1016/j.gene.2008.11.001 . ПМИД 19056476 .
- ^ Асано, К. (2014). «Почему выбор стартовых кодонов у эукариот настолько точен?». Перевод (Остин, Техас) . 2 (1): e28387. дои : 10.4161/trla.28387 . ПМИД 26779403 .
- ^ Бреннер С. Жизнь в науке (2001), опубликованная Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 см. страницы 101–104.
- ^ Эдгар Б. (2004). «Геном бактериофага Т4: археологические раскопки» . Генетика . 168 (2): 575–82. ПМЦ 1448817 . ПМИД 15514035 . см. стр. 580-581
- ^ Козак, М. (март 1983 г.). «Сравнение инициации синтеза белка у прокариот, эукариот и органелл» . Микробиологические обзоры . 47 (1): 1–45. дои : 10.1128/ММБР.47.1.1-45.1983 . ПМК 281560 . ПМИД 6343825 .
- ^ Фотерингем, штат Индиана; Дейси, ЮАР; Тейлор, П.П.; Смит, Ти Джей; Хантер, МГ; Финли, Мэн; Примроуз, Южная Каролина; Паркер, DM; Эдвардс, РМ (15 марта 1986 г.). «Клонирование и анализ последовательности генов aspC и tyrB из Escherichia coli K12. Сравнение первичных структур аспартатаминотрансферазы и ароматической аминотрансферазы E. coli с структурами изоферментов аспартатаминотрансферазы свиньи» . Биохимический журнал . 234 (3): 593–604. дои : 10.1042/bj2340593 . ПМЦ 1146613 . ПМИД 3521591 .
- ^ Гольдерер, Г; Дласка, М; Грёбнер, П; Пиендл, В. (октябрь 1995 г.). «TTG служит инициирующим кодоном рибосомного белка MvaS7 археи Methanococcus vannielii» . Журнал бактериологии . 177 (20): 5994–6. дои : 10.1128/jb.177.20.5994-5996.1995 . ПМК 177430 . ПМИД 7592355 .
- ^ Нёллинг, Дж; Пиль, Т.Д.; Вризема, А; Рив, JN (май 1995 г.). «Организация и фазозависимая транскрипция генов метана в двух областях генома Methanobacterium thermoautotropicum» . Журнал бактериологии . 177 (9): 2460–8. дои : 10.1128/jb.177.9.2460-2468.1995 . ПМК 176905 . ПМИД 7730278 .
- ^ Jump up to: а б Сазука, Т; Охара, О (31 августа 1996 г.). «Особенности последовательностей, окружающих сайты инициации трансляции, присвоенные в последовательности генома штамма Synechocystis sp. PCC6803 посредством секвенирования аминоконцевого белка» . Исследование ДНК . 3 (4): 225–32. дои : 10.1093/dnares/3.4.225 . ПМИД 8946162 .
- ^ Генсер, К.Ф.; Реннер, Дж; Шваб, Х. (8 октября 1998 г.). «Молекулярное клонирование, секвенирование и экспрессия в Escherichia coli генов синтеза поли(3-гидроксиалканоата) из Alcaligenes latus DSM1124». Журнал биотехнологии . 64 (2–3): 125–35. дои : 10.1016/S0168-1656(98)00093-5 . ПМИД 9821671 .
- ^ Ван, Дж; Не, Л; Тан, Х (2003). «Клонирование и характеристика sanO, гена, участвующего в биосинтезе никкомицина у Streptomyces ansochromogenes» . Письма по прикладной микробиологии . 37 (6): 452–7. дои : 10.1046/j.1472-765x.2003.01426.x . ПМИД 14633098 .
- ^ Блаттнер, Франция; Планкетт Дж., 3-й; Блох, Калифорния; Перна, Северная Каролина; Берланд, В.; Райли, М; Кольядо-Видес, Дж; Гласнер, доктор юридических наук; Роде, СК; Мэйхью, ГФ; Грегор, Дж; Дэвис, Северо-Запад; Киркпатрик, ХА; Гёден, Массачусетс; Роуз, диджей; Мау, Б; Шао, Ю. (5 сентября 1997 г.). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12». Наука . 277 (5331): 1453–62. дои : 10.1126/science.277.5331.1453 . ПМИД 9278503 .
{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ Спирс, Эй Джей; Бергквист, Польша (декабрь 1992 г.). «Экспрессия и регуляция белка RepA репликона RepFIB из плазмиды P307» . Журнал бактериологии . 174 (23): 7533–41. дои : 10.1128/jb.174.23.7533-7541.1992 . ПМК 207463 . ПМИД 1447126 .
- ^ Полярд, П; Прер, МФ; Чендлер, М; Файе, О. (5 декабря 1991 г.). «Программированный сдвиг рамки трансляции и инициация кодона AUU в экспрессии гена бактериальной инсерционной последовательности IS911». Журнал молекулярной биологии . 222 (3): 465–77. дои : 10.1016/0022-2836(91)90490-w . ПМИД 1660923 .
- ^ Ливерис, Д; Шварц, Джей-Джей; Гертман, Р; Шварц, I (1 сентября 1993 г.). «Молекулярное клонирование и секвенирование infC, гена, кодирующего фактор инициации трансляции IF3, из четырех видов энтеробактерий» . Письма FEMS по микробиологии . 112 (2): 211–6. дои : 10.1111/j.1574-6968.1993.tb06450.x . ПМИД 8405963 .
- ^ Биннс, Н.; Мастерс, М. (июнь 2002 г.). «Экспрессия гена pcnB Escherichia coli трансляционно ограничена использованием неэффективного стартового кодона: второй хромосомный пример трансляции, инициированной в AUU» . Молекулярная микробиология . 44 (5): 1287–98. дои : 10.1046/j.1365-2958.2002.02945.x . ПМИД 12068810 .
- ^ Хэтфилд, Д; Даймонд, А (март 1993 г.). «УГА: раздвоение личности в универсальном генетическом коде». Тенденции в генетике . 9 (3): 69–70. дои : 10.1016/0168-9525(93)90215-4 . ПМИД 8488562 .
- ^ Jump up to: а б Эльжановский А., Остелл Дж., Лейпе Д., Суссов В. «Генетические коды» . Браузер таксономии . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), Национальная медицинская библиотека США . Проверено 19 марта 2016 г.
- ^ Ромеро, А; Гарсиа, П. (1 декабря 1991 г.). «Инициация трансляции кодонов AUC, AUA и AUU в Escherichia coli» . Письма FEMS по микробиологии . 68 (3): 325–30. дои : 10.1016/0378-1097(91)90377-м . ПМИД 1687139 .