ДПВеб

DPVweb — это база данных для вирусологов, работающих над вирусами растений, объединяющая таксономические , биоинформационные данные и данные о симптомах .

Описание

DPVweb — центральный интернет-источник информации о вирусах , вироидах и спутниках растений , грибов и простейших . ^[1]

Он предоставляет исчерпывающую таксономическую информацию, включая краткие описания каждого семейства и рода, а также классифицированные списки последовательностей вирусов. Он использует большую базу данных, которая также содержит подробную, тщательно подобранную информацию обо всех последовательностях вирусов, вироидов и спутников растений, грибов и простейших, которые являются полными или содержат хотя бы один полный ген. В настоящее время существует около 10 000 таких последовательностей. Для сравнительных целей DPVweb также содержит репрезентативную последовательность всех других полностью секвенированных видов вирусов с РНК или одноцепочечной ДНК геномом . Для каждой курируемой последовательности база данных содержит начальные и конечные положения каждого признака ( гена , нетранслируемой области и т. д.), и они были проверены на точность. Насколько это возможно, номенклатура генов и белков стандартизирована внутри родов и семейств. Последовательности признаков (в виде ДНК или аминокислотных последовательностей) можно напрямую загрузить с веб-сайта в формате FASTA . ^{[ нужна ссылка ]}

Доступ к информации о последовательности также можно получить через клиентское программное обеспечение для персональных компьютеров.

История

«Описания вирусов растений» (DPV) были впервые опубликованы Ассоциацией прикладных биологов в 1970 году в виде серии листовок, каждая из которых была написана экспертом, описывающим конкретный вирус растений. ^[2] В 1998 году все 354 опубликованных в бумажном виде DPV были отсканированы, преобразованы в электронный формат в базе данных и распространены на компакт-диске. В 2001 году описания были размещены на новом веб-сайте DPV, обеспечив открытый доступ к более чем 400 DPV (в настоящее время 415), а также к таксономическим данным и данным о последовательностях всех вирусов растений.

Использование

DPVweb — это помощь исследователям в области вирусологии растений, а также образовательный ресурс для студентов, изучающих вирусологию и молекулярную биологию .

Сайт обеспечивает единую точку доступа ко всем известным последовательностям генома вирусов растений, что упрощает сбор этих последовательностей для дальнейшего анализа и сравнения. Данные о последовательностях из базы данных DPVweb оказались ценными для ряда проектов:

исследование систематической ошибки использования кодонов среди всех растительных вирусов,
двусторонние сравнения между полными наборами последовательностей из семейств Flexiviridae и Potyviridae , которые помогли составить информацию о таксономии и уточнить критерии распознавания родов и видов,
исследование и проверка сайтов расщепления полипротеинов семейства Potyviridae.

См. также

Передача вирусов растений

Ссылки

^ Адамс, М; Антонив, Дж (2005). «DPVweb: Интернет-ресурс с открытым доступом по вирусам растений и вирусным заболеваниям». Перспективы борьбы с вредителями . 16 (6): 268–270. дои : 10.1564/16дек08 .
^ Адамс, М; Антонив, Дж (январь 2006 г.). «DPVweb: обширная база данных генов и геномов вирусов растений и грибов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D382–5. дои : 10.1093/nar/gkj023 . ПМЦ 1347386 . ПМИД 16381892 .

Цитата Датского института сельскохозяйственных наук
Цитата Центра Джона Иннеса, Соединенное Королевство.
Адамс М.Дж., Антонив Дж.Ф., Фоке К.М. (март 2005 г.). «Молекулярные критерии дискриминации родов и видов внутри семейства Potyviridae ». Арх. Вирол . 150 (3): 459–79. дои : 10.1007/s00705-004-0440-6 . ПМИД 15592889 . S2CID 20451483 .
Адамс М.Дж., Антонив Дж.Ф., Бодуан Ф. (июль 2005 г.). «Обзор и анализ сайтов расщепления полипротеинов семейства Potyviridae » . Мол. Растительный патол . 6 (4): 471–87. дои : 10.1111/j.1364-3703.2005.00296.x . ПМИД 20565672 .
Адамс М.Дж., Антонив Дж.Ф. (январь 2004 г.). «Предвзятость использования кодонов среди растительных вирусов». Арх. Вирол . 149 (1): 113–35. дои : 10.1007/s00705-003-0186-6 . ПМИД 14689279 . S2CID 21830222 .
Адамс М.Дж., Антонив Дж.Ф., Бар-Джозеф М. и др. (май 2004 г.). «Новое семейство растительных вирусов Flexiviridae и оценка молекулярных критериев разграничения видов» . Арх. Вирол . 149 (5): 1045–60. дои : 10.1007/s00705-004-0304-0 . ПМИД 15098118 . S2CID 34493607 .

Внешние ссылки

Официальный сайт
DPVweb EDAM Онтология биоинформатики

[researchgate-1] Адамс, М; Антонив, Дж (2005). «DPVweb: Интернет-ресурс с открытым доступом по вирусам растений и вирусным заболеваниям». Перспективы борьбы с вредителями . 16 (6): 268–270. дои : 10.1564/16дек08 .

[nist-2] Адамс, М; Антонив, Дж (январь 2006 г.). «DPVweb: обширная база данных генов и геномов вирусов растений и грибов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D382–5. дои : 10.1093/nar/gkj023 . ПМЦ 1347386 . ПМИД 16381892 .

[1]

[2]