Oxalobacter paraformigenes

Oxalobacter paraformigenes
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Филум:	Pseudomonadota
Сорт:	Betaproteobacteria
Заказ:	Burkholderiales
Семья:	Oxalobacteraceae
Род:	Oxalobacter
Разновидность:	O. paraformignes
Биномиальное название
	Oxalobacter paraformigenes ; Chmiel et al , 2022
Тип напряжения
	Oxalobacter paraformigenes hoxbls Т

Оксалобактерные параформаны представляют собой грамм -негативную , не спорообразующую , оксалат -транградирующую анаэробную бактерию, которая была сначала изолирована из образцов фекалий человека. ^{[ 1 ]} О. Параформамигены могут играть роль в заболевании оксалата кальциевых почек из -за его уникальной способности использовать оксалат в качестве основного источника углерода. ^{[ 1 ]}

Таксономия

Первоначально считалось, что параформаны oxalobacter являются подгруппой осалобактерных форм . ^{[ 1 ]} Основываясь на профиле жирных кислот , секвенирование рибосом 16S рибосомального РНК и ДНК-зонды, специфичные для гена OXC ( оксалил-коа-декарбоксилаза ) и FRC ( Formyl-CoA-трансфераза ), штамм Hoxbls O. paraformigenes и штамм группы II. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Однако секвенирование целого генома показало, что O. paraformigenes hoxbls - это другой вид от O. formigenes , и впоследствии он был переименован. ^{[ 6 ]} Новые виды название ParaFormigenes использует исходные видовые формы и добавляет греческий префикс Para, означающий «кроме», ^{[ 7 ]} Из -за того, что в течение самого долгого времени O. Параформамигены были единственным штаммом группы II с полной последовательности генома, и он использовался для проведения генетических сравнений между штаммами I группы (теперь известны как O. Formigenes ). ^{[ 6 ]}

Геном

Геном O. paraformigenes был секвенирован как часть проекта Microbiome человека и составляет приблизительно 2,5 МБ с содержанием G+C примерно 52,7%. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} O. Paraformigenes имеет немного более высокое содержание G+C, чем O. formigenes и немного больше генных последовательностей. ^{[ 1 ]}^{[ 6 ]}^{[ 10 ]}

Рост в культуре

О. Параформигены растет в CO ₂ -бикарбонатном забуференном оксалатной среде и обычно культивируются в анаэробных повешенных трубках или в анаэробной камере. ^{[ 1 ]} Оксалат дополняется 20 - 100 мм (в зависимости от желаемой плотности клеток), а бактерии выращивают при 37 ° C в течение 24 - 48 часов. ^{[ 1 ]}^{[ 6 ]} Анаэробные рулонные трубки, которые представляют собой непрозрачные заполненные агаром, приподнятыми трубками используются для бактериальной изоляции. ^{[ 1 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон ^глин Даниэль, Стивен Л.; Моради, Люк; Пайст, Генри; Вуд, Кайл Д.; Ассимос, Дин Г.; Холмс, Росс П.; Наззал, лама; Хэтч, Маргарита; Рыцарь, Джон (2021-08-26). Джулия Петтинари, М. (ред.). «Сорок лет формалобактерных формгенов, смехотворного специалиста по деградированию оксалатов» . Прикладная и экологическая микробиология . 87 (18): E0054421. doi : 10.1128/aem.00544-21 . ISSN 0099-2240 . PMC 8388816 . PMID 34190610 .
^ Эллисон М.Дж., Доусон К.А., Мэйберри В.Р., Фосс Дж. Г. (февраль 1985 г.). «Оксалобактерные формигены, генерал, ноябрь, Sp. Nov.: Анаэробные оксалат, которые обитают в желудочно-кишечном тракте». Архив микробиологии . 141 (1): 1–7. doi : 10.1007/bf00446731 . PMID 3994481 . S2CID 10709172 .
^ Дженсен, NS; Эллисон, MJ (1994). «Исследования по разнообразию среди анаэробных оксалат-деградирующих бактерий, которые сейчас в видах оксалобактерных формах , абстрак. I-12». Тезисы 94 -го общего собрания Американского общества микробиологии 1994 . Вашингтон, округ Колумбия, США: Американское общество микробиологии. п. 255
^ Гаррити, Джордж М.; Белл, Джулия А.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т. (ред.), «Класс II. Класс Betaproteobacteria. Nov.» , Bergey's Manual® систематической бактериологии , Бостон, Массачусетс: Springer US, стр. 575–922, doi : 10.1007/978-0-387-29298-4_2 , ISBN 978-0-387-24145-6 Получено 2022-11-10
^ Сидху, ч; Enatska, L; Огден, S; Уильямс, W; Эллисон, м; Пек, А (июнь 1997 г.). «Оценка детей в Украине для колонизации с помощью форматорий кишечной бактерии оксалобактер, используя систему обнаружения полимеразной цепной реакции*» . Молекулярный диагноз . 2 (2): 89–97. doi : 10.1016/s1084-8592 (97) 80015-x .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Chmiel, John A.; Карр, Чарльз; Stuivenberg, Gerrit A.; Венема, Робертсон; Chanyi, Ryan M.; Ал, Кейт Ф.; Giguere, Daniel; Скажи, Генри; Akouris, Polycronis p.; Домингес Ромеро, Серхио Ари; Квонг, Аарон; Тай, Вера; Коваль, Сьюзен Ф.; Разви, Хасан; Бьязевич, Дженнифер (2022-12-21). «Новые перспективы старой группировки: геномная и фенотипическая изменчивость формгенов оксалобактер и последствия для профилактики кальциевого оксалатного камня» . Границы в микробиологии . 13 : 1011102. DOI : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X . PMC 9812493 . PMID 36620050 .
^ Паллен, Марк Дж.; Телатин, Андреа; Орен, Аарон (апрель 2021 г.). «Следующие миллионы имен для археи и бактерий» . Тенденции в микробиологии . 29 (4): 289–298. doi : 10.1016/j.tim.2020.10.009 .
^ Chmiel, John A.; Карр, Чарльз; Stuivenberg, Gerrit A.; Венема, Робертсон; Chanyi, Ryan M.; Ал, Кейт Ф.; Giguere, Daniel; Скажи, Генри; Akouris, Polycronis p.; Домингес Ромеро, Серхио Ари; Квонг, Аарон; Тай, Вера; Коваль, Сьюзен Ф.; Разви, Хасан; Бьязевич, Дженнифер (2022-12-21). «Новые перспективы старой группировки: геномная и фенотипическая изменчивость формгенов оксалобактер и последствия для профилактики кальциевого оксалатного камня» . Границы в микробиологии . 13 doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X . PMC 9812493 . PMID 36620050 .
^ «MIGS культивируется бактериальный/архиальный образец из Oxalo ... - Biosample - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2023-10-23 .
^ Рыцарь, Джон; Деора, Раджендар; Ассимос, Дин Г.; Холмс, Росс П. (июнь 2013 г.). «Генетический состав формалобактерных формгенов и его связь с колонизацией и заболеванием кальциевого оксалата» . Уролитиаз . 41 (3): 187–196. doi : 10.1007/s00240-013-0566-7 . ISSN 2194-7228 . PMC 3713771 . PMID 23632911 .

Внешние ссылки

NCBI таксономия браузер
"www.atcc.org/products/tsd-346" . atcc.org . Получено 2023-10-23 .
«Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур GmbH: детали» . dsmz.de. Получено 2023-10-23 .

[AEM-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон ^глин Даниэль, Стивен Л.; Моради, Люк; Пайст, Генри; Вуд, Кайл Д.; Ассимос, Дин Г.; Холмс, Росс П.; Наззал, лама; Хэтч, Маргарита; Рыцарь, Джон (2021-08-26). Джулия Петтинари, М. (ред.). «Сорок лет формалобактерных формгенов, смехотворного специалиста по деградированию оксалатов» . Прикладная и экологическая микробиология . 87 (18): E0054421. doi : 10.1128/aem.00544-21 . ISSN 0099-2240 . PMC 8388816 . PMID 34190610 .

[Allison_1985-2] Эллисон М.Дж., Доусон К.А., Мэйберри В.Р., Фосс Дж. Г. (февраль 1985 г.). «Оксалобактерные формигены, генерал, ноябрь, Sp. Nov.: Анаэробные оксалат, которые обитают в желудочно-кишечном тракте». Архив микробиологии . 141 (1): 1–7. doi : 10.1007/bf00446731 . PMID 3994481 . S2CID 10709172 .

[3] Дженсен, NS; Эллисон, MJ (1994). «Исследования по разнообразию среди анаэробных оксалат-деградирующих бактерий, которые сейчас в видах оксалобактерных формах , абстрак. I-12». Тезисы 94 -го общего собрания Американского общества микробиологии 1994 . Вашингтон, округ Колумбия, США: Американское общество микробиологии. п. 255

[4] Гаррити, Джордж М.; Белл, Джулия А.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т. (ред.), «Класс II. Класс Betaproteobacteria. Nov.» , Bergey's Manual® систематической бактериологии , Бостон, Массачусетс: Springer US, стр. 575–922, doi : 10.1007/978-0-387-29298-4_2 , ISBN 978-0-387-24145-6 Получено 2022-11-10

[5] Сидху, ч; Enatska, L; Огден, S; Уильямс, W; Эллисон, м; Пек, А (июнь 1997 г.). «Оценка детей в Украине для колонизации с помощью форматорий кишечной бактерии оксалобактер, используя систему обнаружения полимеразной цепной реакции*» . Молекулярный диагноз . 2 (2): 89–97. doi : 10.1016/s1084-8592 (97) 80015-x .

[New_perspectives-6] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Chmiel, John A.; Карр, Чарльз; Stuivenberg, Gerrit A.; Венема, Робертсон; Chanyi, Ryan M.; Ал, Кейт Ф.; Giguere, Daniel; Скажи, Генри; Akouris, Polycronis p.; Домингес Ромеро, Серхио Ари; Квонг, Аарон; Тай, Вера; Коваль, Сьюзен Ф.; Разви, Хасан; Бьязевич, Дженнифер (2022-12-21). «Новые перспективы старой группировки: геномная и фенотипическая изменчивость формгенов оксалобактер и последствия для профилактики кальциевого оксалатного камня» . Границы в микробиологии . 13 : 1011102. DOI : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X . PMC 9812493 . PMID 36620050 .

[7] Паллен, Марк Дж.; Телатин, Андреа; Орен, Аарон (апрель 2021 г.). «Следующие миллионы имен для археи и бактерий» . Тенденции в микробиологии . 29 (4): 289–298. doi : 10.1016/j.tim.2020.10.009 .

[8] Chmiel, John A.; Карр, Чарльз; Stuivenberg, Gerrit A.; Венема, Робертсон; Chanyi, Ryan M.; Ал, Кейт Ф.; Giguere, Daniel; Скажи, Генри; Akouris, Polycronis p.; Домингес Ромеро, Серхио Ари; Квонг, Аарон; Тай, Вера; Коваль, Сьюзен Ф.; Разви, Хасан; Бьязевич, Дженнифер (2022-12-21). «Новые перспективы старой группировки: геномная и фенотипическая изменчивость формгенов оксалобактер и последствия для профилактики кальциевого оксалатного камня» . Границы в микробиологии . 13 doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X . PMC 9812493 . PMID 36620050 .

[9] «MIGS культивируется бактериальный/архиальный образец из Oxalo ... - Biosample - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2023-10-23 .

[10] Рыцарь, Джон; Деора, Раджендар; Ассимос, Дин Г.; Холмс, Росс П. (июнь 2013 г.). «Генетический состав формалобактерных формгенов и его связь с колонизацией и заболеванием кальциевого оксалата» . Уролитиаз . 41 (3): 187–196. doi : 10.1007/s00240-013-0566-7 . ISSN 2194-7228 . PMC 3713771 . PMID 23632911 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]