РегулонДБ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Регуляция транскрипции Escherichia coli K-12 |
| Организмы | Эшерихия коли К-12 |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Центр геномных наук Национального автономного университета Мексики |
| Авторы | Гама-Кастро и др. |
| Первичное цитирование | Гама-Кастро и др. (2015) [1] |
| Дата выпуска | 2017 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | РегулонДБ |
| Разнообразный | |
| Версия | 9.4 |
RegulonDB — это база данных регуляторной сети экспрессии генов в Escherichia coli K-12 . [1] [2] RegulonDB также моделирует организацию генов в единицах транскрипции , оперонах и регуляронах . Также включено в общей сложности 120 мРНК с 231 взаимодействием, которые в совокупности регулируют 192 гена. RegulonDB была основана в 1998 году и также вносит данные в базу данных EcoCyc .
Факторы транскрипции и единицы сенсорного ответа
[ редактировать ]У бактерий , таких как E. coli , гены регулируются элементами последовательности в промоторах и соответствующих сайтах связывания). RegulonDB предоставляет базу данных таких регуляторных элементов, их сайтов связывания и факторов транскрипции, которые связываются с этими сайтами в E. coli . RegulonDB 9.0 включает в себя 184 экспериментально определенных фактора транскрипции (ТФ), а также 120 предсказанных с помощью вычислений ТФ, то есть всего 304.
Сообщается о полном репертуаре из 189 генетических единиц сенсорного ответа (единиц GENSOR), объединяющих их сигналы, регуляторные взаимодействия и метаболические пути. Всего у 78 блоков GENSOR выделены четыре компонента; 119 включают генетический переключатель и реакцию, а 2 содержат только генетический переключатель.
Всего в RegulonDB известен эффектор 103 ТФ, в том числе 25 двухкомпонентных систем . Было достаточно сайтов, чтобы построить мотив для 93 ТФ, чтобы сделать вывод о 16 207 предсказанных сайтах связывания ТФ. Этот набор предсказанных сайтов связывания соответствует 12 574 регуляторным взаимодействиям TF → ген; это представляет собой восстановление 52% из 1592 аннотированных регуляторных взаимодействий в базе данных для 93 TF, для которых RegulonDB имеет позиционно-весовую матрицу (PWM). Если учитывать только ТФ с ШИМ хорошего качества, общее количество предсказанных взаимодействий ТФ → ген составляет 8714, восстанавливая 672 (57%) аннотированных взаимодействий для этого подмножества ТФ. Полуавтоматическое курирование произвело в общей сложности 3195 регуляторных взаимодействий для 199 ТФ.
Определения
[ редактировать ]Проверьте глоссарий на наличие всех определений .
Транскрипционная единица (ТУ)
[ редактировать ]Единица транскрипции представляет собой набор из одного или нескольких генов, транскрибируемых с одного промотора. TU может также включать сайты связывания регуляторных белков, влияющие на этот промотор, и терминатор. с Следовательно, сложный оперон несколькими промоторами содержит несколько единиц транскрипции. Единица транскрипции должна включать все гены оперона.
Промоутеры и терминаторы
[ редактировать ]Промотор определяется в RegulonDB как нуклеотидная последовательность, расположенная на 60 оснований выше и на 20 ниже от точной инициации транскрипции или +1. Терминаторы — это области, где транскрипция заканчивается и РНК-полимераза отделяется от ДНК .
Связывающий сайт
[ редактировать ]Сайты связывания TF представляют собой физические сайты ДНК, распознаваемые факторами транскрипции внутри генома, включая энхансеры , вышестоящие активаторы (UAS) и операторные сайты, которые могут связывать репрессоры или активаторы .
Графическое отображение в RegulonDB
[ редактировать ]Графическое отображение оперона содержит все гены его различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU. Оперон здесь понимается как структурная единица, охватывающая все гены и регуляторные элементы. Оперон с несколькими промоторами, расположенными рядом друг с другом, также может иметь двойные сайты связывания, что указывает на то, что такой сайт может активировать один конкретный промотор, но репрессировать второй.На той же странице под опероном отображается набор различных TU. Графическое отображение оперона содержит все гены его различных единиц транскрипции, а также все регуляторные элементы, участвующие в транскрипции и регуляции этих TU.Графическое отображение TU всегда будет содержать только один промотор, если он известен, с сайтами связывания, которые регулируют его активность, за которым следуют транскрибируемые гены. Обратите внимание, что двойные сайты часто отображаются в TU как репрессоры или активаторы. Это связано с тем, что сайт будет иметь особое влияние на промоутера этого TU.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Гама-Кастро С, Сальгадо Х, Перальта-Хиль М, Сантос-Савалета А, Муньис-Раскадо Л, Солано-Лира Х, Хименес-Хасинто В, Вайс В, Гарсиа-Сотело ХС, Лопес-Фуэнтес А, Поррон-Сотело Л , Алькисира-Эрнандес С, Медина-Ривера А, Мартинес-Флорес И, Алькисира-Эрнандес К, Мартинес-Адам Р, Бонавидес-Мартинес С, Миранда-Риос Х, Уэрта А.М., Мендоса-Варгас А, Кольядо-Торрес Л, Табоада Б, Вега-Альварадо Л, Ольвера М, Ольвера Л, Гранде Р, Моретт Э, Кольядо-Видес Дж (январь 2011 г.). «RegulonDB версия 7.0: Регуляция транскрипции Escherichia coli K-12 интегрирована в единицы генетических сенсорных реакций (генсорные единицы)» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D98-105. дои : 10.1093/nar/gkq1110 . ПМК 3013702 . ПМИД 21051347 .
- ^ Гама-Кастро, Сокорро; Сальгадо, Хеладия; Сантос-Савалета, Альберто; Ледезма-Техейда, Даниэла; Муньис-Раскадо, Луис; Гарсиа-Сотело, Хаир Сантьяго; Алькисира-Эрнандес, Кевин; Мартинес-Флорес, Ирма; Паннье, Люсия (04 января 2016 г.). «RegulonDB версия 9.0: высокоуровневая интеграция регуляции генов, коэкспрессия, кластеризация мотивов и многое другое» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д133–143. дои : 10.1093/нар/gkv1156 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4702833 . ПМИД 26527724 .