CXorf49
CXorf49 представляет собой белок , который у человека кодируется геном открытой 49 хромосомы X рамки считывания (CXorf49).
Ген
[ редактировать ]
Ген CXorf49 имеет один псевдоним CXorf49B. [ 1 ] Название A8MYA2 также относится к белку, кодируемому CXorf49 или CXorf49B. [ 2 ]
CXorf49 расположен на Х-хромосоме в месте Xq13.1. Его длина составляет 3912 пар оснований , а последовательность гена состоит из 6 экзонов . [ 3 ] CXorf49 имеет один транскрипт, кодирующий белок. [ 4 ]
Белок
[ редактировать ]Белок имеет 514 аминокислот и молекулярную массу 54,4 кДа. [ 5 ] Изоэлектрическая точка 9,3. По сравнению с другими человеческими белками CXorf49 богат глицином и пролином , но этот белок имеет более низкие уровни аспарагина , изолейцина , тирозина и треонина (Статистический анализ белковых последовательностей, SAPS). [ 6 ] ).
Домены
[ редактировать ]
Домен неизвестной функции , DUF4641, представляет собой почти весь белок. Его длина составляет 433 аминокислоты, от аминокислоты 80 до аминокислоты номер 512. [ 7 ] DUF4641 является частью pfam15483. [ 8 ] Домен богат пролином и аргинином, но DUF4641 имеет более низкие уровни изолейцина, тирозина и треонина по сравнению с другими белками человека (Анализ белковых последовательностей, SAPS [ 6 ] ). DUF4641 имеет необычное расстояние между остатками лизина и положительно заряженными аминокислотами (Анализ белковых последовательностей, SAPS). [ 6 ] ).
Постпереводческие модификации
[ редактировать ]Предполагается, что CXorf49 будет иметь несколько посттрансляционных сайтов. Сюда входят сайты N-ацетилтрансферазы (NetAcet 1- [ 9 ] ), гликирование ε-аминогрупп лизина (NetGlycate 1.0 [ 10 ] ), GalNAc O-гликозилирование муцинового типа (NetOглик 4.0 [ 11 ] ), фосфорилирование (NetPhos 2.0 [ 12 ] ), сумойлирование (Программа анализа SUMOplot [ 13 ] ) и вложение O-ß-GlcNAc (YinOYang WWW [ 14 ] ).
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Было предсказано, что белок CXorf49 локализуется в ядре клетки (PSORT II [ 15 ] ).
Выражение
[ редактировать ]Регион-промоутер
[ редактировать ]Промоторная . область CXorf49 расположена между парой оснований 71718051 и 71718785 на минус-цепи Х-хромосомы и имеет длину 735 пар оснований (программа Genomatix ElDorado) [ 16 ] ). Одним из наиболее частых транскрипционных факторов сайтов связывания в промоторной области являются сайты фактора связывания Y-бокса.
Выражение
[ редактировать ]Хотя экспрессия CXorf49 очень низкая в клетках человека, она несколько выше в соединительных тканях , семенниках и матке (NCBI-Unigene [ 17 ] ).
Взаимодействия
[ редактировать ]Пока не было показано, что белок CXorf49 взаимодействует с другими белками (PSICQUIC [ 18 ] ).
Обнаружено, что CXorf49 является одним из компонентов небольшой группы HL-60 клеток протеома , которые были наиболее склонны к образованию аддуктов 4-гидрокси-2-ноненала (HNE) при воздействии нетоксичных (10 мкМ) концентраций HNE, а также при тепловом шоке белок 60 кДа 1. [ 19 ]
Гомология
[ редактировать ]Использование ВЗРЫВ [ 20 ] ортологов CXorf49 не обнаружено у одноклеточных организмов, грибов или растений, геномы которых были секвенированы. Для многоклеточных организмов ортологи обнаружены у млекопитающих. В таблице ниже показаны некоторые ортологи млекопитающих. Они перечислены после времени отклонения от человека.
| Название рода и вида | Общее имя | Инвентарный номер | Длина последовательности | Идентичность человеческому белку |
|---|---|---|---|---|
| Пан-троглодиты | Шимпанзе | XP_001137982 | 514 аа | 98 % |
| Каллитрикс Якх | Обыкновенная игрунка | XP_008987719 | 487 аа | 65 % |
| Галеоптерус вариегатус | Малайский летающий лемур | XP_008574823 | 525 аа | 54 % |
| Тупая китайская | Китайская землеройка | XP_006168003 | 527 аа | 35 % |
| Шиншилла ланигера | Длиннохвостая шиншилла | XP_013358263 | 307 аа | 49 % |
| Мышиная мышца | Домовая мышь | НП_081944 | 513 аа | 36 % |
| Знакомая волчья собака | Собака | XP_850392 | 526 аа | 54 % |
| Расхождение Odobenus rosmarus | Тихоокеанский морж | XP_012422579 | 530 аа | 51 % |
| Мустела путориус фуро | Хорек | XP_004777306 | 544 аа | 50 % |
| Липоты вексилифер | Китайский речной дельфин | XP_007452050 | 529 аа | 45 % |
| Овечьи поля | Овца | XP_004022229 | 536 аа | 45 % |
| козел козел | Козел | XP_005700711 | 538 аа | 44 % |
| Myotis lucifugus | Маленькая коричневая летучая мышь | XP_006083036 | 500 а.а. | 42 % |
| Миотис Давидии | миот Давида | XP_006759573 | 495 аа | 42 % |
| Бос Телец | Крупный рогатый скот | НП_001092664 | 534 аа | 42 % |
| Лошадь осла | Осел | XP_014707878 | 723 аа | 42 % |
| Trichechus manatus latirostris | Флоридский ламантин | XP_012415455 | 505 аа | 44 % |
| Дасипу девятнадцать | Девятипоясной броненосец | XP_004475873 | 497 аа | 44 % |
| Ориктеропус после этого | трубкозуб | XP_007957133 | 477 аа | 38 % |
Филогения
[ редактировать ]CXorf49 развился из трубкозубов в человеческий белок за 105,0 миллионов лет.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Открытая рамка считывания 49 хромосомы X человека (CXorf49) человека разумного, мРНК — Нуклеотид — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 28 сентября 2015 г. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «RecName: Full=Неохарактеризованный белок CXorf49 — Белок — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 28 сентября 2015 г. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Открытая рамка считывания 49 хромосомы X CXorf49 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Сводка по генам и белкам: cxorf49» . Ebi.ac.uk. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Ген CXorf49 (кодирующий белок) Х-хромосомы, открытая рамка считывания 49» . Генные карты . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Инструментарий биологии SDSC» . seqtool.sdsc.edu . Архивировано из оригинала 11 августа 2003 г. Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ «неохарактеризованный белок CXorf49 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 28 сентября 2015 г. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «NCBI CDD Консервативный белковый домен DUF4641» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ «Сервер NetAcet 1.0» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Сервер NetGlycate 1.0» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Сервер NetOGlyc 4.0» . Cbs.dtu.dk. 15 мая 2013 г. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Сервер NetPhos 2.0» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Программа анализа SUMOplot» . Абджент . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «Сервер ИньОЯн 1.2» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Эльдорадо Геноматикса» . Архивировано из оригинала 3 апреля 2021 г. Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ «Профиль EST — Hs.632817» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «ПСИКВИК» . Архивировано из оригинала 17 декабря 2014 г.
- ^ Аркаро, Алессия; Дага, Мартина; Четранголо, Джованни Паоло; Чампорсеро, Эрик Стефано; Лепор, Алессио; Пиццименти, Стефания; Петрелла, Клаудия; Граф, Мэри; Учида, Кодзи; Мамоне, Джанфранко; Ферранти, Паскуале; Эймс, Пол Р.Дж.; Палумбо, Джузеппе; Баррера, Джузеппина; Джентиле, Фабрицио (2015). «Получение аддуктов 4-гидрокси-2-ноненаля с белком 1 теплового шока 60 кДа в линиях промиелоцитарных клеток человека HL-60 и моноцитарных THP-1» . Окислительная медицина и клеточное долголетие . 2015 : 296146. doi : 10.1155/2015/296146 . ПМЦ 4452872 . ПМИД 26078803 .
- ^ Белковый ВЗРЫВ