Аминокислотная замена

Замена аминокислот является изменением от одной аминокислоты на другую аминокислоту в белке из -за точечной мутации в соответствующей последовательности ДНК. Это вызвано несинонимичной миссенс -мутацией , которая изменяет последовательность кодона, чтобы кодировать другие аминокислоты вместо оригинала.

Консервативные и радикальные замены

Не все замены аминокислот оказывают одинаковое влияние на функцию или структуру белка. Величина этого процесса может варьироваться в зависимости от того, насколько похожи или разнородны замененные аминокислоты, а также от их положения в последовательности или структуре. Сходство между аминокислотами может быть рассчитано на основе матриц замещения , физико-химического расстояния или простых свойств, таких как размер аминокислоты или заряд ^{[ 1 ]} (См. Также аминокислотные химические свойства ). Обычно аминокислоты, таким образом, классифицируются на два типа: ^{[ 2 ]}

Консервативная замена - аминокислота обменивается на другую, которая обладает сходными свойствами. Ожидается, что этот тип замены редко приведет к дисфункции в соответствующем белке ^{[ Цитация необходима ]}.
Радикальная замена - аминокислота обменивается в другую с различными свойствами. Это может привести к изменениям в структуре или функции белка, что может привести к изменению фенотипа, иногда патогенных. Хорошо известным примером у людей является серповидно -клеточная анемия , из -за мутации в бета -глобале, где в положении 6 глутаминовая кислота (отрицательно заряженная) обменивается с валином (не заряженным).

Физико -химические расстояния

Физико -химическое расстояние - это мера, которая оценивает разницу между замененными аминокислотами. Значение расстояния основано на свойствах аминокислот. Существует 134 физико -химические свойства, которые можно использовать для оценки сходства между аминокислотами. ^{[ 3 ]} Каждое физико -химическое расстояние основано на различном составе свойств.

Свойства аминокислот, используемые для оценки общего сходства ^{[ 3 ]}
Двух государственных символов	Характеристики
1-5	Уважаемая достоверность: B -Ch ₂ , C _, D -Ch ₂ ( пролин оценивается как положительный), e ₂ -Ch ₂ Group
6-10	Присутствие соответственно: ω -sh, ω -coOH, ω -nh ₂ (basic), ω -conh ₂ и ―choh
11-15	Присутствие соответственно: бензоловое кольцо (включая триптофан как положительный), разветвление в боковой цепи группой CH, второй группой CH ₃ , две, но не три группы на концах боковой цепи (пролин оценил положительный) и C―S - C Group
16-20	Присутствие соответственно: гуанидо группа _{, α - nh 2} , α- nh -группа в кольце, Δ - nh Group в кольце, ―n = группа в кольце
21-25	Присутствие соответственно: ― = n, индолильная группа, группа имидазола, группа C = O в боковой цепи и конфигурация при α - C потенциально изменяющемся направлении пептидной цепи (только положительные оценки пролина)
26-30	Присутствие соответственно: атом серы, первичной алифатической группы, вторичная алифатическая группа, фенольная группа, способность формировать мостики
31-35	Присутствие соответственно из: имидазола ―nh Group, индолил ―nh Group, ― Sch ₃ , второй оптический центр, группа n = cr―nh
36-40	Присутствие соответственно: изопропильной группы, отдельная ароматическая реакционная способность, сильная ароматическая реакционная способность, терминальный положительный заряд, отрицательный заряд при высоком рН (тирозин оценил положительный результат)
41	Присутствие пирролидинового кольца
42-53	Молекулярная масса (приблизительная) боковой цепь, набранная на 12 аддитивных этапах (серная подсчет как эквивалент двух атомов углерода, азота или кислорода)
54-56	Присутствие, соответственно, из: плоская 5-, 6- и 9-членная кольцевая система
57-64	PK в изоэлектрической точке, забитый аддитивно на ступеньках 1 pH
65-68	Логарифм растворимости в воде ʟ-изомера в мг/100 мл.
69-70	Оптическое вращение в 5 ɴ -HCl, [α] _D 0 до -25 и более -25 соответственно
71-72	Оптическое вращение в 5 ɴ-HCI, [α] от 0 до +25 соответственно (значения для глютамина и триптофана с водой в качестве растворителя и для аспарагина 3 · 4 ɴ-HCl)
73-74	Водородная связь с боковой цепью (ионовый тип), сильный донор и сильный акцептор соответственно
75-76	Водородная связь с боковой цепью (нейтральный тип), сильный донор и сильный акцептор соответственно
77-78	Структура воды прежняя, соответственно умеренная и сильная
79	Выключатель по структуре воды
80-82	Мобильные электроны мало, умеренные и многие, соответственно (забитый аддитивно)
83-85	Тепло и возрастная стабильность умеренная, высокая и очень высокая, соответственно (забита аддитивно)
86-89	R _f в феноловоотер-бумажной хроматографии в шагах 0 · 2 (забитый аддитивно)
90-93	R _f в толуол-пиридино-гликольхлоргидрине (бумажная хроматография DNP-производства) на шагах 0 · 2 (начиная с аддитивно: для лизина производного ди-DNP)
94-97	Цвет нингидрина после коллидина-лутидина хроматографии и нагрева 5 минут при 100 ° С соответственно фиолетового, розового, коричневого и желтого
98	Конец боковой цепочки
99-101	Количество заместителей на β-углеродном атоме, соответственно 1, 2 или 3 (забитый аддитивно)
102-111	Среднее количество электронов одиноких пар на боковой цепи (забито аддитивно)
112-115	Количество связей в боковой цепочке, позволяющая вращать (забито аддитивно)
116-117	Ионовый объем в кольцах незначительный или умеренный (забитый аддитивно)
118-124	Максимальный момент инерции для вращения в α -β -связи (забит аддитивно в семи приблизительных этапах)
125-131	Максимальный момент инерции для вращения в связи β -γ (забитый аддитивно в семи приблизительных этапах)
132-134	Максимальный момент инерции для вращения в связи γ -δ (набрал аддитивно на три приблизительных шага)

Расстояние Грэнтэма

Расстояние Грэнтэма зависит от трех свойств: композиция, полярность и молекулярный объем. ^{[ 4 ]}

Разница расстояния D Для каждой пары аминокислот I и J рассчитывается как: $D_{ij}=[\alpha (c_{i}-c_{j})^{2}+\beta (p_{i}-p_{j})^{2}+\gamma (v_{i}-v_{j})^{2}]^{\frac {1}{2}}$

где C = состав, P = полярность и V = молекулярный объем; и являются постоянными квадратами конвердов среднего расстояния для каждого свойства, соответственно, равны 1,833, 0,1018, 0,000399. Согласно расстоянию Грантама, большинство сходных аминокислот являются лейцином и изолецином, а наиболее отдаленными являются цистеин и триптофан.

Разница D для аминокислот ^{[ 4 ]}
Арг	Лея	Профиль	Тр	Земля	Дольдо	Гли	С	Пэ	Тир	Cys	Его	Глн	ASN	Свет	Аспирант	Глю	Из	TRP
110	145	74	58	99	124	56	142	155	144	112	89	68	46	121	65	80	135	177	Быть
	102	103	71	112	96	125	97	97	77	180	29	43	86	26	96	54	91	101	Арг
		98	92	96	32	138	5	22	36	198	99	113	153	107	172	138	15	61	Лея
			38	27	68	42	95	114	110	169	77	76	91	103	108	93	87	147	Профиль
				58	69	59	89	103	92	149	47	42	65	78	85	65	81	128	Тр
					64	60	94	113	112	195	86	91	111	106	126	107	84	148	Земля
						109	29	50	55	192	84	96	133	97	152	121	21	88	Дольдо
							135	153	147	159	98	87	80	127	94	98	127	184	Гли
								21	33	198	94	109	149	102	168	134	10	61	С
									22	205	100	116	158	102	177	140	28	40	Пэ
										194	83	99	143	85	160	122	36	37	Тир
											174	154	139	202	154	170	196	215	Cys
												24	68	32	81	40	87	115	Его
													46	53	61	29	101	130	Глн
														94	23	42	142	174	ASN
															101	56	95	110	Свет
																45	160	181	Аспирант
																	126	152	Глю
																		67	Из

Индекс Снета

Индекс Снета учитывает 134 категории активности и структуры. ^{[ 3 ]} Индекс различий D - процентное значение суммы всех свойств, не разделенных двумя замененными аминокислотами. Это процентная стоимость, выраженная $D=1-S$ , где s сходство.

Различие D между аминокислотами ^{[ 3 ]}
	Лея	С	Дольдо	Гли	Земля	Профиль	Глн	ASN	Из	Тр	Быть	Cys	Глю	Аспирант	Свет	Арг	Тир	Пэ	TRP
С	5
Дольдо	9	7
Гли	24	25	19
Земля	15	17	12	9
Профиль	23	24	20	17	16
Глн	22	24	25	32	26	33
ASN	20	23	23	26	25	31	10
Из	20	22	23	34	25	31	13	21
Тр	23	21	17	20	20	25	24	19	25
Быть	23	25	20	19	16	24	21	15	22	12
Cys	24	26	21	21	13	25	22	19	17	19	13
Глю	30	31	31	37	34	43	14	19	26	34	29	33
Аспирант	25	28	28	33	30	40	22	14	31	29	25	28	7
Свет	23	24	26	31	26	31	21	27	24	34	31	32	26	34
Арг	33	34	36	43	37	43	23	31	28	38	37	36	31	39	14
Тир	30	34	36	36	34	37	29	28	32	32	29	34	34	34	34	36
Пэ	19	22	26	29	26	27	24	24	24	28	25	29	35	35	28	34	13
TRP	30	34	37	39	36	37	31	32	31	38	35	37	43	45	34	36	21	13
Его	25	28	31	34	29	36	27	24	30	34	28	31	27	35	27	31	23	18	25

Коэффициент разницы Эпштейна

Коэффициент разницы Эпштейна основан на различиях в полярности и размере между замененными парами аминокислот. ^{[ 5 ]} Этот индекс, который отличает направление обмена между аминокислотами, описанное 2 уравнениями:

$\Delta _{a\rightarrow b}=(\delta _{polarity}^{2}+\delta _{size}^{2})^{1/2}$ Когда меньший гидрофобный остаток заменяется большим гидрофобным или полярным остатком

$\Delta _{a\rightarrow b}=(\delta _{polarity}^{2}+[0.5\delta _{size}]^{2})^{1/2}$ Когда полярный остаток обменивается или больший остаток заменяется меньшим

Коэффициент различия $(\Delta _{a\rightarrow b})$ ^{[ 5 ]}
	Пэ	Из	Лея	С	Дольдо	Профиль	Тир	TRP	Cys	Земля	Гли	Быть	Тр	Его	Глю	Глн	Аспирант	ASN	Свет	Арг
Пэ		0.05	0.08	0.08	0.1	0.1	0.21	0.25	0.22	0.43	0.53	0.81	0.81	0.8	1	1	1	1	1	1
Из	0.1		0.03	0.03	0.1	0.1	0.25	0.32	0.21	0.41	0.42	0.8	0.8	0.8	1	1	1	1	1	1
Лея	0.15	0.05		0	0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
С	0.15	0.05	0		0.03	0.03	0.28	0.36	0.2	0.43	0.51	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.01
Дольдо	0.2	0.1	0.05	0.05		0	0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Профиль	0.2	0.1	0.05	0.05	0		0.32	0.4	0.2	0.4	0.5	0.8	0.8	0.81	1	1	1	1	1	1.02
Тир	0.2	0.22	0.22	0.22	0.24	0.24		0.1	0.13	0.27	0.36	0.62	0.61	0.6	0.8	0.8	0.81	0.81	0.8	0.8
TRP	0.21	0.24	0.25	0.25	0.27	0.27	0.05		0.18	0.3	0.39	0.63	0.63	0.61	0.81	0.81	0.81	0.81	0.81	0.8
Cys	0.28	0.22	0.21	0.21	0.2	0.2	0.25	0.35		0.25	0.31	0.6	0.6	0.62	0.81	0.81	0.8	0.8	0.81	0.82
Земля	0.5	0.45	0.43	0.43	0.41	0.41	0.4	0.49	0.22		0.1	0.4	0.41	0.47	0.63	0.63	0.62	0.62	0.63	0.67
Гли	0.61	0.56	0.54	0.54	0.52	0.52	0.5	0.58	0.34	0.1		0.32	0.34	0.42	0.56	0.56	0.54	0.54	0.56	0.61
Быть	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.62	0.63	0.6	0.4	0.3		0.03	0.1	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.24
Тр	0.81	0.8	0.8	0.8	0.8	0.8	0.61	0.63	0.6	0.4	0.31	0.03		0.08	0.21	0.21	0.2	0.2	0.21	0.22
Его	0.8	0.8	1	1	0.8	0.8	0.6	0.61	0.61	0.42	0.34	0.1	0.08		0.2	0.2	0.21	0.21	0.2	0.2
Глю	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2		0	0.03	0.03	0	0.05
Глн	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0		0.03	0.03	0	0.05
Аспирант	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03		0	0.03	0.08
ASN	1	1	1	1	1	1	0.81	0.81	0.8	0.61	0.51	0.21	0.2	0.21	0.03	0.03	0		0.03	0.08
Свет	1	1	1	1	1	1	0.8	0.81	0.8	0.61	0.52	0.22	0.21	0.2	0	0	0.03	0.03		0.05
Арг	1	1	1	1	1.01	1.01	0.8	0.8	0.81	0.62	0.53	0.24	0.22	0.2	0.05	0.05	0.08	0.08	0.05

Мията расстояние

Расстояние Мияты основано на 2 физико -химических свойствах: объем и полярность. ^{[ 6 ]}

между аминокислотами A _и как J _{Расстояние} рассчитывается $d_{ij}={\sqrt {(\Delta p_{ij}/\sigma _{p})^{2}+(\Delta v_{ij}/\sigma _{v})^{2}}}$ где $\Delta p_{ij}$ является ценность разницы в полярности между замененными аминокислотами и $\Delta v_{ij}$ и это разница для объема; $\sigma _{p}$ и $\sigma _{v}$ являются стандартными отклонениями для $\Delta p_{ij}$ и $\Delta v_{ij}$

Аминокислотная пара расстояние ( *D _IJ* ) ^{[ 6 ]}
Cys	Профиль	Земля	Гли	Быть	Тр	Глн	Глю	ASN	Аспирант	Его	Свет	Арг	Дольдо	Лея	С	Из	Пэ	Тир	TRP
	1.33	1.39	2.22	2.84	1.45	2.48	3.26	2.83	3.48	2.56	3.27	3.06	0.86	1.65	1.63	1.46	2.24	2.38	3.34	Cys
		0.06	0.97	0.56	0.87	1.92	2.48	1.8	2.4	2.15	2.94	2.9	1.79	2.7	2.62	2.36	3.17	3.12	4.17	Профиль
			0.91	0.51	0.9	1.92	2.46	1.78	2.37	2.17	2.96	2.92	1.85	2.76	2.69	2.42	3.23	3.18	4.23	Земля
				0.85	1.7	2.48	2.78	1.96	2.37	2.78	3.54	3.58	2.76	3.67	3.6	3.34	4.14	4.08	5.13	Гли
					0.89	1.65	2.06	1.31	1.87	1.94	2.71	2.74	2.15	3.04	2.95	2.67	3.45	3.33	4.38	Быть
						1.12	1.83	1.4	2.05	1.32	2.1	2.03	1.42	2.25	2.14	1.86	2.6	2.45	3.5	Тр
							0.84	0.99	1.47	0.32	1.06	1.13	2.13	2.7	2.57	2.3	2.81	2.48	3.42	Глн
								0.85	0.9	0.96	1.14	1.45	2.97	3.53	3.39	3.13	3.59	3.22	4.08	Глю
									0.65	1.29	1.84	2.04	2.76	3.49	3.37	3.08	3.7	3.42	4.39	ASN
										1.72	2.05	2.34	3.4	4.1	3.98	3.69	4.27	3.95	4.88	Аспирант
											0.79	0.82	2.11	2.59	2.45	2.19	2.63	2.27	3.16	Его
												0.4	2.7	2.98	2.84	2.63	2.85	2.42	3.11	Свет
													2.43	2.62	2.49	2.29	2.47	2.02	2.72	Арг
														0.91	0.85	0.62	1.43	1.52	2.51	Дольдо
															0.14	0.41	0.63	0.94	1.73	Лея
																0.29	0.61	0.86	1.72	С
																	0.82	0.93	1.89	Из
																		0.48	1.11	Пэ
																			1.06	Тир
																				TRP

Экспериментальная обмена

Экспериментальная обмена была разработана Ямпольски и Стольцфусом. ^{[ 7 ]} Это мера среднего эффекта обмена одной аминокислотой в другую аминокислоту.

Он основан на анализе экспериментальных исследований, в которых 9671 аминокислот заменяли из разных белков, сравнивались для влияния на активность белка.

Обменение (x1000) по источнику (строка) и пункту назначения (столбец) ^{[ 7 ]}
	Cys	Быть	Тр	Профиль	Земля	Гли	ASN	Аспирант	Глю	Глн	Его	Арг	Свет	Из	С	Лея	Дольдо	Пэ	Тир	TRP	Бывший _SRC
Cys	.	258	121	201	334	288	109	109	270	383	258	306	252	169	109	347	89	349	349	139	280
Быть	373	.	481	249	490	418	390	314	343	352	353	363	275	321	270	295	358	334	294	160	351
Тр	325	408	.	164	402	332	240	190	212	308	246	299	256	152	198	271	362	273	260	66	287
Профиль	345	392	286	.	454	404	352	254	346	384	369	254	231	257	204	258	421	339	298	305	335
Земля	393	384	312	243	.	387	430	193	275	320	301	295	225	549	245	313	319	305	286	165	312
Гли	267	304	187	140	369	.	210	188	206	272	235	178	219	197	110	193	208	168	188	173	228
ASN	234	355	329	275	400	391	.	208	257	298	248	252	183	236	184	233	233	210	251	120	272
Аспирант	285	275	245	220	293	264	201	.	344	263	298	252	208	245	299	236	175	233	227	103	258
Глю	332	355	292	216	520	407	258	533	.	341	380	279	323	219	450	321	351	342	348	145	363
Глн	383	443	361	212	499	406	338	68	439	.	396	366	354	504	467	391	603	383	361	159	386
Его	331	365	205	220	462	370	225	141	319	301	.	275	332	315	205	364	255	328	260	72	303
Арг	225	270	199	145	459	251	67	124	250	288	263	.	306	68	139	242	189	213	272	63	259
Свет	331	376	476	252	600	492	457	465	272	441	362	440	.	414	491	301	487	360	343	218	409
Из	347	353	261	85	357	218	544	392	287	394	278	112	135	.	612	513	354	330	308	633	307
С	362	196	193	145	326	160	172	27	197	191	221	124	121	279	.	417	494	331	323	73	252
Лея	366	212	165	146	343	201	162	112	199	250	288	185	171	367	301	.	275	336	295	152	248
Дольдо	382	326	398	201	389	269	108	228	192	280	253	190	197	562	537	333	.	207	209	286	277
Пэ	176	152	257	112	236	94	136	90	62	216	237	122	85	255	181	296	291	.	332	232	193
Тир	142	173	.	194	402	357	129	87	176	369	197	340	171	392	.	362	.	360	.	303	258
TRP	137	92	17	66	63	162	.	.	65	61	239	103	54	110	.	177	110	364	281	.	142
Ex _dest	315	311	293	192	411	321	258	225	262	305	290	255	225	314	293	307	305	294	279	172	291

Типичные и уникальные аминокислоты

Аминокислоты также могут быть классифицированы в соответствии с тем, сколько различных аминокислот они могут быть обменены посредством одного нуклеотидного замещения.

Типичные аминокислоты - есть несколько других аминокислот, которые они могут изменить с помощью одного нуклеотидного замещения. Типичные аминокислоты и их альтернативы обычно обладают сходными физико -химическими свойствами. Лейцин является примером типичной аминокислоты.
Идентичные аминокислоты - существует несколько подобных аминокислот, которые они могут мутировать посредством одного нуклеотидного замещения. В этом случае большинство аминокислотных замены будут разрушать для функции белка. Триптофан является примером уникальной аминокислоты. ^{[ 8 ]}

Склонность к замене аминокислот

Некоторые аминокислоты с большей вероятностью будут заменены. Одним из факторов, которые влияют на эту тенденцию, является физико -химическое расстояние. Пример показателя аминокислот может быть индексом стабильности Граура. ^{[ 9 ]} Предполагается, что скорость замены аминокислоты и эволюция белка зависят от аминокислотного состава белка. Индекс стабильности аминокислот рассчитывается на основе физико -химических расстояний этой аминокислоты и ее альтернатив, чем может мутировать посредством замены одноклеотидов и вероятностей замены в эти аминокислоты. Основываясь на расстоянии Грантхама, наиболее неизменной аминокислотой является цистеин, и наиболее склонным к обмену является метионин.

Пример расчета индекса стабильности ^{[ 9 ]} Для метионина, кодируемый AUG на основе физико -химической расстояния Грантама
Альтернативные кодоны	Альтернативные аминокислоты	Вероятности	Расстояния Грантема ^{[ 4 ]}	Среднее расстояние
OU, AAC, потому что	Изолецин	1/3	10	3.33
Акг	Треонин	1/9	81	9.00
ААГ	Лизин	1/9	95	10.56
Агг	Аргинин	1/9	91	10.11
Uug, cug	Лейцин	2/9	15	3.33
Поручено	Валин	1/9	21	2.33
Индекс стабильности ^{[ 9 ]}				38.67

Паттерны замены аминокислот

Эволюция белков медленнее, чем ДНК, поскольку только несинонимичные мутации в ДНК могут привести к аминокислотным заменам. Большинство мутаций нейтральны для поддержания функции и структуры белка. Следовательно, чем более похожие аминокислоты, тем более вероятно, что они будут заменены. Консервативные замены чаще встречаются, чем радикальные замены, поскольку они могут привести к менее важным фенотипическим изменениям. ^{[ 10 ]} С другой стороны, полезные мутации, усиление функций белка, скорее всего, представляют собой радикальные замены. ^{[ 11 ]} Кроме того, физико -химические расстояния, основанные на аминокислотных свойствах, отрицательно коррелируют с вероятностью замены аминокислот. Меньшее расстояние между аминокислотами указывает на то, что они с большей вероятностью подвергаются замене.

Ссылки

^ Даган, Тал; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (июль 2002 г.). «Соотношения радикала к консервативной замене аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы и не могут указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . PMID 12082122 .
^ Graur, Dan (2015-01-01). Молекулярная и геномная эволюция . Синауэр. ISBN 9781605354699 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} SNEATH, PH (1966-11-01). «Отношения между химической структурой и биологической активностью в пептидах» . Журнал теоретической биологии . 12 (2): 157–195. Bibcode : 1966jthbi..12..157s . doi : 10.1016/0022-5193 (66) 90112-3 . ISSN 0022-5193 . PMID 4291386 - через Elsevier Science Direct.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Грантхам Р. (1974-09-06). «Аминокислотная формула, чтобы помочь объяснить эволюцию белка». Наука . 185 (4154): 862–864. Bibcode : 1974sci ... 185..862g . doi : 10.1126/science.185.4154.862 . ISSN 0036-8075 . PMID 4843792 . S2CID 35388307 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Эпштейн, Чарльз Дж. (1967-07-22). «Неполучаемость боммокислотных изменений в эволюции гомологичных белков». Природа . 215 (5099): 355–359. Bibcode : 1967natur.215..355e . doi : 10.1038/2153555A0 . PMID 4964553 . S2CID 38859723 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Miyata, T.; Miyazawa, S.; Ясунага Т. (1979-03-15). «Два типа аминокислотных замен в эволюции белка». Журнал молекулярной эволюции . 12 (3): 219–236. Bibcode : 1979jmole..12..219m . doi : 10.1007/bf01732340 . ISSN 0022-2844 . PMID 439147 . S2CID 20978738 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Ямпольский, Лев Y.; Столцфус, Арлин (2005-08-01). «Обмены аминокислот в белках» . Генетика . 170 (4): 1459–1472. doi : 10.1534/Genetics.104.039107 . ISSN 0016-6731 . PMC 1449787 . PMID 15944362 .
^ Xia, Xuhua (2000-03-31). Анализ данных в молекулярной биологии и эволюции . Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Graur, D. (1985-01-01). «Аминокислотный состав и эволюционные скорости генов кодирования белка». Журнал молекулярной эволюции . 22 (1): 53–62. Bibcode : 1985jmole..22 ... 53G . doi : 10.1007/bf02105805 . ISSN 0022-2844 . PMID 3932664 . S2CID 23374899 .
^ Zukerkandl; Полинг (1965). «Эволюционная дивергенция и конвергенция в белках». Нью -Йорк: Академическая пресса : 97–166. {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Даган, Тал; Талмор, Яэль; Graur, Dan (2002-07-01). «Соотношения радикала к консервативной замене аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы и не могут указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ISSN 0737-4038 . PMID 12082122 .

[1] Даган, Тал; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (июль 2002 г.). «Соотношения радикала к консервативной замене аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы и не могут указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . PMID 12082122 .

[2] Graur, Dan (2015-01-01). Молекулярная и геномная эволюция . Синауэр. ISBN 9781605354699 .

[:0-3] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} SNEATH, PH (1966-11-01). «Отношения между химической структурой и биологической активностью в пептидах» . Журнал теоретической биологии . 12 (2): 157–195. Bibcode : 1966jthbi..12..157s . doi : 10.1016/0022-5193 (66) 90112-3 . ISSN 0022-5193 . PMID 4291386 - через Elsevier Science Direct.

[:1-4] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Грантхам Р. (1974-09-06). «Аминокислотная формула, чтобы помочь объяснить эволюцию белка». Наука . 185 (4154): 862–864. Bibcode : 1974sci ... 185..862g . doi : 10.1126/science.185.4154.862 . ISSN 0036-8075 . PMID 4843792 . S2CID 35388307 .

[:2-5] Jump up to: ^а ^{беременный} Эпштейн, Чарльз Дж. (1967-07-22). «Неполучаемость боммокислотных изменений в эволюции гомологичных белков». Природа . 215 (5099): 355–359. Bibcode : 1967natur.215..355e . doi : 10.1038/2153555A0 . PMID 4964553 . S2CID 38859723 .

[:3-6] Jump up to: ^а ^{беременный} Miyata, T.; Miyazawa, S.; Ясунага Т. (1979-03-15). «Два типа аминокислотных замен в эволюции белка». Журнал молекулярной эволюции . 12 (3): 219–236. Bibcode : 1979jmole..12..219m . doi : 10.1007/bf01732340 . ISSN 0022-2844 . PMID 439147 . S2CID 20978738 .

[:4-7] Jump up to: ^а ^{беременный} Ямпольский, Лев Y.; Столцфус, Арлин (2005-08-01). «Обмены аминокислот в белках» . Генетика . 170 (4): 1459–1472. doi : 10.1534/Genetics.104.039107 . ISSN 0016-6731 . PMC 1449787 . PMID 15944362 .

[8] Xia, Xuhua (2000-03-31). Анализ данных в молекулярной биологии и эволюции . Springer Science & Business Media. ISBN 9780792377672 .

[:5-9] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Graur, D. (1985-01-01). «Аминокислотный состав и эволюционные скорости генов кодирования белка». Журнал молекулярной эволюции . 22 (1): 53–62. Bibcode : 1985jmole..22 ... 53G . doi : 10.1007/bf02105805 . ISSN 0022-2844 . PMID 3932664 . S2CID 23374899 .

[10] Zukerkandl; Полинг (1965). «Эволюционная дивергенция и конвергенция в белках». Нью -Йорк: Академическая пресса : 97–166. {{cite journal}}: Cs1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[11] Даган, Тал; Талмор, Яэль; Graur, Dan (2002-07-01). «Соотношения радикала к консервативной замене аминокислот влияют мутационные и композиционные факторы и не могут указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161 . ISSN 0737-4038 . PMID 12082122 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]